bioinformatics पेपर

HighFold-Lasso: Topology-Guided Prediction of Lasso Peptide Structures Using AlphaFold3

HighFold-Lasso एक नवीन कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो चारों लासो पेप्टाइड वर्गों की जटिल यांत्रिक रूप से इंटरलॉक्ड संरचनाओं की भविष्यवाणी करने में 100% सफलता प्राप्त करने के लिए कस्टम कोवेलेंट कनेक्टिविटी को स्कैफोल्ड-गाइडेड एडेप्टिव इनिशियलाइज़ेशन के साथ एकीकृत करता है, जो सटीकता और विश्वसनीयता में सामान्य-उद्देश्य वाले मॉडलों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।

Sen, C., Zhang, C., Yang, H., Ge, Y., Hou, H., Zhu, N., Li, C., Mo, J., Wu, Y., Guo, J., GUO, J., Duan, H.2026-10-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Biopsy-aware phylogenetic reconstruction from longitudinal single-cell copy number profiles

यह शोध पत्र कैंसर ट्री बायोप्सी फ्रेमवर्क (CTBF) प्रस्तुत करता है, जो अनुदैर्ध्य सिंगल-सेल कॉपी-नंबर प्रोफाइल से कैंसर फाइलोगेनी को पुनर्गठित करने की एक विधि है जो स्पष्ट रूप से टेम्पोरल सैंपलिंग ऑर्डर को ध्यान में रखती है और प्रेक्षित प्रोफाइल एवं उनकी पूर्वज अवस्थाओं के बीच अंतर करती है, जो मौजूदा पूल्ड या टोपोलॉजी-ओनली दृष्टिकोणों की तुलना में बेहतर सटीकता और जीनोम-स्केल व्यवहार्यता प्रदर्शित करती है।

Paszek, J., Mykowiecka, A., Gogolewski, K.2026-10-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Efficient and precise discovery of LTR-retrotransposon families using HiRepEat

यह शोध पत्र HiRepEat प्रस्तुत करता है, जो एक तेज़ और स्मृति-कुशल (मेमोरी-एफिशिएंट) कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो विविध वर्टेब्रेट और ड्रोसोफिला जीनोम्स में LTR-रेट्रोट्रांसपोज़न परिवारों को सटीक रूप से पहचानने, क्लस्टर करने और विश्लेषण करने के लिए TACO रिपीट कंप्रेसर और SALSA कोऑर्डिनेट मैपिंग सिस्टम को एक अनुकूलित वेवफ्रंट अलाइनमेंट एल्गोरिदम के साथ जोड़ता है।

Maheshwari, A., Myers, E., Sierra, P., Vertebrate Genomes Project Consortium Phase I,, Lawniczak, M., Durbin, R.2026-10-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Capturing domain-level detail of molecular interactions in the IMEx Consortium binding domain data set

यह शोध पत्र IMEx बाइंडिंग डोमेन डेटासेट प्रस्तुत करता है, जो कि प्रयोगों द्वारा प्राप्त प्रोटीन इंटरेक्शन क्षेत्रों का एक बड़े पैमाने पर, मैन्युअल रूप से क्यूरेट किया गया संग्रह है जिसे UniProtKB अनुक्रमों पर मैप किया गया है, जो इंटरफ़ेस भविष्यवाणी विधियों के बेंचमार्किंग और रोग-संबंधित उत्परिवर्तनों के यांत्रिक आधार को स्पष्ट करने के लिए एक स्वर्ण मानक (गोल्ड स्टैंडर्ड) के रूप में कार्य करता है।

Pinto, A., Lo Surdo, P., Medina Reyes, J. J., Bergogne, L., Padilla Franzotti, C., Iannuccelli, M., Panni, S., Panneerse (…)2026-10-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

PatientPheX: A Full-Text Biomedical Corpus for Patient-Specific Phenotype Information Extraction

यह शोध पत्र पेशेंटफेक्स (PatientPheX) को प्रस्तुत करता है, जो कि 200 केस रिपोर्ट्स वाला एक नवीन पूर्ण-पाठ बायोमेडिकल कॉर्पस है जिसमें रोगी-विशिष्ट फेनोटाइप संस्थाओं और उनके संबंधों के विस्तृत एनोटेशन शामिल हैं, जिसे दुर्लभ रोग अनुसंधान को आगे बढ़ाने और रोगी-केंद्रित सूचना निष्कर्षण विधियों के विकास में सहायता करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

Zhu, X., Luo, L., Wang, Z., Huang, C., Li, Y., Zhong, Y., Lv, T., Li, J., Liu, C., Tian, F., Sun, Y., Wang, J., Lin, H.2026-10-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Multimodal phenotyping reveals plant-food-related dietary information in serum Raman spectra of community-dwelling Japanese adults

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि समुदाय में रहने वाले जापानी वयस्कों में, आदत संबंधी पादप-खाद्य-संबंधी आहार संबंधी जानकारी किसी एक जैविक अवस्था द्वारा कैप्चर नहीं की जाती है, बल्कि इसके बजाय यह पूरक फेनोटाइपिक परतों में वितरित ट्रेस करने योग्य आयामों के रूप में प्रस्तुत होती है, जिसमें सीरम रमन स्पेक्ट्रा बीटा-कैरोटीन जैसे विशिष्ट आहार चरों के बारे में अद्वितीय भविष्य कहनेवाला अंतर्दृष्टि प्रदान करता है जो नैदानिक और मेटाबोलोमिक डेटा का पूरक है।

Hiraga, K., Miyamoto, T., Nishino, T., Yoon, J., Shibuya, K., Ye, X., Shi, T., Liu, W., Suzuki, H., Isoda, H., Sakurai (…)2026-10-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality

एक मल्टी-प्लेटफॉर्म बी-सेल लिंफोमा डेटासेट पर 87 ऑर्थोगोनल मेट्रिक्स के माध्यम से 2,234 हार्मोनइजेशन दृष्टिकोणों का मूल्यांकन करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि इष्टतम विधि चुने गए मेट्रिक वर्ग पर अत्यधिक निर्भर है, जिसमें ComBat विशेष रूप से क्रॉस-बैच भविष्यवाणी गुणवत्ता के लिए श्रेष्ठ उभरता है जबकि अन्य विधियाँ जैविक अखंडता को बनाए रखने में विफल रहती हैं।

Nikitin, D., Arakelyan, A.2026-10-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

NoiTox: A Machine Learning Strategy for Peptide Toxicity Prediction Reveals Label Noise in Benchmark Datasets

यह शोध पत्र NoiTox को प्रस्तुत करता है, जो एक मल्टी-मॉडल मशीन लर्निंग रणनीति है जो बेंचमार्क डेटासेट्स में लेबल नॉइज़ (label noise) को प्रकट और विश्लेषित करते हुए, अत्याधुनिक प्रदर्शन के साथ पेप्टाइड विषाक्तता (peptide toxicity) की भविष्यवाणी करने के लिए भौतिक-रासायनिक विवरणों (physicochemical descriptors), प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल एम्बेडिंग्स और ग्राफ न्यूरल नेटवर्क को एकीकृत करता है।

Almeida, G. O., Albuquerque, M. C., Silva, B. M., Silva, O. A. B., Ferreira, R. S., Meira, W., Pires, D. V., Prata, W. M (…)2026-10-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

A Benchmark of Unsupervised Circadian Phase Inference Methods for Bulk Transcriptomic Data

यह अध्ययन 25 डेटासेटों में दस अनसुपरवाइज्ड सर्कैडियन फेज इन्फरेंस विधियों का व्यवस्थित रूप से बेंचमार्किंग करता है, जिसमें CHIRAL को न्यूनतम माध्य त्रुटि के साथ शीर्ष प्रदर्शन करने वाले के रूप में पहचाना गया है, जबकि यह भी प्रदर्शित किया गया है कि विधि की सटीकता डेटासेट की विशेषताओं के अनुसार भिन्न होती है और शीर्ष विधियाँ लयबद्ध जीन पैटर्न को प्रभावी ढंग से पुन: प्राप्त करती हैं, भले ही नमूना संग्रह का समय अज्ञात हो।

Purohit, S., Grant, G. R., Brooks, T. G.2026-10-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

DIPLER: rapid k-mer-based locus identification

यह शोध पत्र Dipler को प्रस्तुत करता है, जो एक तीव्र, संदर्भ-स्वतंत्र दो-चरणीय विधि है जो समूह-विशिष्ट k-mer पहचान को लक्षित PacBio de novo असेंबली के साथ जोड़कर कम अनुक्रमण कवरेज (sequencing coverage) पर यूकेरियोटिक जीनोम में संरचनात्मक रूप से जटिल, विचलित एलील्स (alleles) को सफलतापूर्वक हल और असेंबल करता है।

Kivirüüt, K. R., Kaplinski, L., Salumets, A., Puurand, T.2026-10-15

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