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Development of Deep-Learning Models that Predict Quantitative Protein-Ligand Interac-tions in Glycobiology as a part of a Capstone Course

यूनिवर्सिटी ऑफ अल्बर्टा के एक कैपस्टोन कोर्स के हिस्से के रूप में, यह शोध पत्र तीन डीप-लर्निंग मॉडलों (ProMax, APEX, और UltraMax) को पेश करता है जिन्हें लगभग दस लाख प्रोटीन-लिगैंड युग्मों के हाइब्रिड डेटासेट पर प्रशिक्षित किया गया है ताकि मात्रात्मक ग्लाइकेन-प्रोटीन बाइंडिंग स्ट्रेंथ की भविष्यवाणी की जा सके, जबकि यह लॉन्ग-टेल डेटा वितरण और अपर्याप्त काइरल फीचर उपयोग द्वारा उत्पन्न चुनौतियों पर भी प्रकाश डालता है।

Yin, H., Liu, W., Zhou, W., Chang, Z., Carpenter, E. J., Satyajith, A., Haregu, S., Greiner, R., Derda, R.2026-06-24
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ComplexDesign: sequence-hallucination design of protein binders bridging multiple proteins

कॉम्प्लेक्सडिज़ाइन (ComplexDesign) एक हैलुसिनेशन-आधारित दृष्टिकोण है जो मल्टीचेन प्रोटीन कॉम्प्लेक्स और कई लक्ष्यों को जोड़ने वाले फ्लेक्सिबल बाइंडर्स को सफलतापूर्वक डिजाइन करने के लिए स्ट्रक्चर-प्रेडिक्शन-गाइडेड सीक्वेंस ऑप्टिमाइजेशन और एक विशेष मास्किंग मैकेनिज्म का उपयोग करता है, जो अनकंडीशनल मल्टीमर डिज़ाइन और टर्नरी कॉम्प्लेक्स जनरेशन दोनों में मौजूदा तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Xu, J., Ren, M., Qi, N., Zhang, X., He, Z., Yu, C., Bu, D.2026-06-24
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fastQpick: scalable bootstrap and subsampling of FASTQ reads

fastQpick एक ओपन-सोर्स कमांड-लाइन टूल और पायथन लाइब्रेरी है जो कच्चे सीक्वेंसिंग डेटा में अनिश्चितता को मापने के लिए FASTQ रीड्स के कुशल, स्केलेबल बूटस्ट्रैप रीसैंपलिंग को सक्षम बनाता है, जो बड़ी लाइब्रेरीज़ को संभालने के लिए कई मेमोरी-ऑप्टिमाइज्ड मोड प्रदान करता है।

Rich, J., Pachter, L.2026-06-24
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HoloCell: A Generative Foundation Model for Holistic Cellular Modeling

HoloCell एक 860-मिलियन-पैरामीटर वाला जनरेटिव फाउंडेशन मॉडल है जिसे एक विशाल मल्टी-ओमिक्स कॉर्पस पर प्रीट्रेन किया गया है जो पदानुक्रमित टोकनाइजेशन (hierarchical tokenization) और इटरेटिव डिफ्यूजन (iterative diffusion) के माध्यम से एपिजेनोमिक, ट्रांसक्रिप्टोमिक और प्रोटियोमिक डेटा को एकीकृत करता है ताकि समग्र सेलुलर प्रतिनिधित्व लर्निंग और लचीली क्रॉस-मोडल जनरेशन को सक्षम बनाया जा सके।

Jiang, Q., Li, Z., Hu, B., Bie, Y., Li, K., Li, Q., Jin, P., He, Y., Deng, P., Wang, Z., Chen, X., Qin, T., Liu, H., Jia (…)2026-06-23
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Comorbidity structure as an inductive bias: Comparing output-head designs for multi-label prediction of diabetes and myocardial infarction complications

यह शोधपत्र यह प्रदर्शित करता है कि मल्टी-लेबल प्रेडिक्शन के लिए आउटपुट-हेड डिज़ाइन्स को स्पष्ट रूप से कोमोर्बिडिटीज (comorbidities) की अंतर्निहित जैविक संरचना को प्रतिबिंबित करने के लिए चुना जाना चाहिए, जैसा कि टाइप 2 मधुमेह की माइक्रोवैस्कुलर रूप से जुड़ी जटिलताओं में एक सिमेट्रिक कंडीशनल रैंडम फील्ड द्वारा जटिल विकल्पों से बेहतर प्रदर्शन करने से सिद्ध होता है, जबकि मायोकार्डियल इंफार्क्शन की विषम इलेक्ट्रोफिजियोलॉजिकल जटिलताओं के लिए कोई भी एकल आर्किटेक्चर स्थिर सिद्ध नहीं हुआ।

Asumboya, W. A., Agbenorhevi, P. K., Adams, C. F., Ayariga, D. A., Adjadeh, T., Adams Ziblim, S., Kwofie, S. K.2026-06-23
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Drug-Prot: A query system for statistical inference of drug effects and interactions in dynamic proteomic networks

ड्रग-प्रोट (Drug-Prot) एक सार्वजनिक रूप से उपलब्ध कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क और वेब एप्लिकेशन है जो स्तन कैंसर सेल लाइनों के बड़े पैमाने पर परटर्बेशन प्रोटिओमिक्स डेटा का लाभ उठाकर कारण संबंधी दवा प्रभावों, ड्रग-ड्रग इंटरैक्शन और गतिशील प्रोटीन डिपेंडेंसी नेटवर्क को सांख्यिकीय रूप से अनुमानित करता है, जिससे एकल और संयोजन उपचारों के प्रति प्रोटीन-स्तरीय प्रतिक्रियाओं के लक्षित विश्लेषण को सक्षम बनाया जा सके।

Ulmer, M., Sun, R., Qian, L., Aebersold, R., Guo, T., Buehlmann, P.2026-06-22
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Hierarchical classification of immune cell transcriptomes at population-scale

यह शोध पत्र सुको (Suco), जो स्वतंत्र विशेषज्ञ एनोटेशन का एक संसाधन है, और कंपोसाइट (Compocyte), जो एक पदानुक्रमित वर्गीकारक है, को पेश करता है ताकि एक सुदृढ़ ढांचा स्थापित किया जा सके जिसने लगभग 4,000 रोगियों में से 15.6 मिलियन प्रतिरक्षा कोशिकाओं को सफलतापूर्वक वर्गीकृत किया, जिससे नवीन प्रतिरक्षा फेनोटाइप का अनावरण हुआ और जनसंख्या-स्तर के इम्यूनोलॉजी अनुसंधान को आगे बढ़ाया गया।

Beltz, C., Qiu, Z., Sadowski, L., Kraske, J. A., Aggarwal, A., Quintanal-Villalonga, A., Manoj, P., Littbarski, A., Baja (…)2026-06-21
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Antibody-Antigen Affinity Prediction with Chain-Aware Protein Language Modeling

यह शोध पत्र AbAffinity को प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का, केवल-अनुक्रम (sequence-only) आधारित गहरा शिक्षण मॉडल है जो एक चेन-अवेयर थ्री-स्ट्रीम आर्किटेक्चर का उपयोग करता है ताकि अलग-अलग हेवी चेन, लाइट चेन और एंटीजन निरूपणों को संरक्षित करते हुए एंटीबॉडी-एंटीजन एफिनिटी की सटीक भविष्यवाणी की जा सके, जिससे यह उन परिदृश्यों में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है जहाँ संरचनात्मक डेटा उपलब्ध नहीं होता है।

Singh, H., Malhotra, A., Srivastava, S. P., SINGH, R. K., Gorantla, R.2026-06-21
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The recount3 Python package for programmatic access to uniformly processed RNA-seq data

recount3 पायथन पैकेज हज़ारों की संख्या में समान रूप से संसाधित मानव और चूहे के RNA-seq नमूनों के लिए कुशल प्रोग्रामेटिक एक्सेस, कैशिंग और विश्लेषण-तैयार डेटा फॉर्मेटिंग को सक्षम करने हेतु एक सुदृढ़ API और CLI प्रदान करता है, जिससे बड़े पैमाने पर सार्वजनिक ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा और आधुनिक पायथन-आधारित मशीन लर्निंग इकोसिस्टम के बीच के अंतर को पाटा जा सके।

Alsalihi, A., Flight, R. M., Moseley, H. N. B.2026-06-20
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Ribosomes are covered by a coat of flexible protein fragments

यह अध्ययन प्रकट करता है कि जीवन के सभी डोमेन में राइबोसोम लचीले प्रोटीन अंशों (एफपीएफ) के एक पूर्व में अनदेखे, कार्यात्मक रूप से महत्वपूर्ण आवरण से युक्त होते हैं जो मानक संरचनात्मक मॉडलों में अदृश्य हैं, जिनकी विशिष्ट संरचना और लंबाई विशिष्ट झिल्ली और संयोजन वातावरण के अनुकूल होने के लिए राइबोसोम वर्ग के अनुसार भिन्न होती है।

McGrath, H., Kvasnovsky, R., Kolar, M.2026-06-20