💻 जैव सूचना विज्ञान

Pre-binning correction of chimeric contigs reduces reference-discordant gene annotations in near-complete metagenome-assembled genomes

यह अध्ययन DeepMM को पेश करता है, जो एक डीप लर्निंग टूल है जो बिनिंग से पूर्व मेटाजीनोम-असेंबल किए गए जीनोम में इंटरस्पीशीज काइमेरिक कंटिग्स (interspecies chimeric contigs) का पता लगाता है और उन्हें ठीक करता है, जिससे संदर्भ-विसंगत जीन (reference-discordant gene) और विरुलेंस-फैक्टर एनोटेशन में उल्लेखनीय कमी आती है जिन्हें अक्सर मानक मार्कर-आधारित गुणवत्ता नियंत्रणों द्वारा छोड़ दिया जाता है।

Ding, Y., Xiao, J., Zou, B., Yang, C., Wu, Z., Lyu, A., Zhang, L.2026-10-15
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Joint Variable Selection for Omic Biomarkers in Time-to-Event Data

यह शोध पत्र vampW को प्रस्तुत करता है, जो वेक्टर एप्रोक्सिमेट मैसेज पासिंग और एक वेइबुल मॉडल पर आधारित एक नवीन पूर्णतः पैरामीट्रिक बेयसियन विधि है, जो सह-संबंधित मल्टी-ओमिक्स बायोमार्कर और समय-से-घटना (टाइम-टू-इवेंट) डेटा के प्रभावी संयुक्त मॉडलिंग के माध्यम से गलत खोजों (फॉल्स डिस्कवरीज) को महत्वपूर्ण रूप से कम करके और रोग की शुरुआत के पूर्वानुमान में सुधार करके पारंपरिक मार्जिनल टेस्टिंग और अन्य संयुक्त मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करती है।

Bajzik, J., Depope, A., Zolfimoselo, Y., Sharipov, A., Lesayova, A., Klein, H., Richmond, A., Vernardis, S., Grauslys, A (…)2026-10-14
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Toxicity by Consortium Revisited: Structural Neighbors and Cross-Family Reach

यह अध्ययन रैट ओरल LD50 और 28 अन्य एंडपॉइंट्स के लिए इसकी सटीकता को मान्य करने हेतु अपडेटेड सार्वजनिक डेटा का उपयोग करके 2003 की नियरेस्ट-नेबर टॉक्सिसिटी प्रेडिक्शन पद्धति का पुनरावलोकन करता है, जबकि यह प्रदर्शित करता है कि एक रिवर्स-स्क्रीनिंग दृष्टिकोण, जो प्रोटीन परिवारों में एक यौगिक की स्ट्रक्चरल रीच को मापता है, मानक फिज़िकोकेमिकल गुणों से परे प्रॉमिसक्यूइटी (promiscuity) को कैप्चर करके टॉक्सिसिटी प्रेडिक्शन में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Muskal, S. M., Jha, S. K., Kishore, P., Tyagi, P.2026-10-14
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DNA-LLM2Vec: Architecture-Aware Task-Conditioned Adaptation of Decoder DNA Foundation Models

DNA-LLM2Vec एक चरणबद्ध ढांचे (staged framework) को पेश करता है जो दिशात्मक डिकोडर-आधारित DNA फाउंडेशन मॉडल्स को द्विदिश एनकोडर्स (bidirectional encoders) में परिवर्तित करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि डाउनस्ट्रीम जीनोमिक कार्यों के लिए इष्टतम अनुकूलन रणनीति विशिष्ट कार्य संरचना और अंतर्निहित मॉडल आर्किटेक्चर दोनों पर निर्भर करती है।

Liang, Y., Zhai, K., Gan, Y., Li, S., Shao, J., Watson, G. H., Poesio, M.2026-10-14
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E3 Ligase Ligandalyzer: A Structure-First, Ligand-Centric Platform for E3 Ligase Recruiter Selection

यह शोध पत्र E3 लिगेज लिगैंडलाइज़र (E3 Ligase Ligandalyzer) का परिचय देता है, जो एक निःशुल्क सुलभ, संरचना-प्रथम वेब प्लेटफॉर्म है जो डाउनस्ट्रीम डिग्रेडर डिज़ाइन को सुगम बनाने के लिए एकीकृत केमिनोफॉर्मेटिक्स और स्ट्रक्चरल वर्कफ़्लो के माध्यम से प्रयोगात्मक रूप से हल किए गए E3 लिगेज-रिक्रूटर कॉम्प्लेक्स के तुलनात्मक विश्लेषण को सक्षम बनाता है।

Schulz, J. M., Bardhan, M., Reynolds, R., Leroy, G., Reinberg, D., Schurer, S. C. M.2026-10-14
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NCI-Profiler: automated protein-ligand interaction detection and visualization

लेखक NCI-Profiler प्रस्तुत करते हैं, जो एक निःशुल्क स्वचालित उपकरण है जो मौजूदा टूल जैसे कि PLIP की तुलना में अधिक सटीकता और गति के साथ सीधे संरचनात्मक निर्देशांकों (structural coordinates) से नौ प्रकार के प्रोटीन-लिगैंड गैर-सहसंयोजक अंतःक्रियाओं का पता लगाता है और उन्हें दृश्यमान बनाता है, जबकि धातु समन्वय और मैक्रोसाइक्लिक लिगैंड जैसे जटिल मामलों के लिए बेहतर कवरेज प्रदान करता है।

Sharma, R., Lee, E. Y.2026-10-14
💻 जैव सूचना विज्ञान

AlphaFold3 and Intrinsically Disordered Proteins: Reliable Monomer Prediction, Unpredictable Multimer Performance

यह अध्ययन प्रकट करता है कि जहाँ अल्फाफोल्ड3 (AlphaFold3) प्रशिक्षण डेटा से सीखकर स्वाभाविक रूप से अव्यवस्थित मोनोमर्स (intrinsically disordered monomers) की विश्वसनीय रूप से भविष्यवाणी करता है, वहीं इसके मल्टीमर अनुमान कठोर संरचनात्मक पूर्वग्रहों (rigid structural priors) के कारण अप्रत्याशित बने रहते हैं जो इनपुट जानकारी को दरकिनार कर देते हैं, जो केवल स्थापत्य नवाचार (architectural innovation) के बजाय विकार-समृद्ध डेटासेट (disorder-enriched datasets) और एन्सेम्बल सैंपलिंग (ensemble sampling) की महत्वपूर्ण आवश्यकता को रेखांकित करता है।

Dao, T. M., Ghent, S., Uversky, V. N., Rahman, T.2026-10-13
💻 जैव सूचना विज्ञान

LOCALE: Local-Alignment Embeddings for Noise-Robust DNA Search at Scale

LOCALE एक शोर-सहिष्णु (noise-robust) DNA खोज ढांचे को पेश करता है जो अनुक्रम पुनर्प्राप्ति (sequence retrieval) को एक InfoNCE-प्रशिक्षित एनकोडर का उपयोग करके डेंस रिट्रीवल के रूप में पुनर्गठित करता है ताकि परिवर्तन-सहिष्णु एम्बेडिंग उत्पन्न की जा सके, जो पेटाबेस-पैमाने के रिपॉजिटरी में सटीकता और स्केलेबिलिटी के मामले में अत्याधुनिक k-mer इंडेक्स और मौजूदा एम्बेडिंग विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।

Synk, R., Pandey, P., Sahinalp, C., Duraiswami, R.2026-10-13
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VirtualSkin integrates skin-cell identity with intervention-response prediction

VirtualSkin एक सेल लैंग्वेज मॉडल है जो स्किन सेल आइडेंटिटी को इंटरवेंशन-रिस्पॉन्स प्रेडिक्शन के साथ सफलतापूर्वक एकीकृत करता है, जो विभिन्न रोगों, शारीरिक स्थलों और परटर्बेशन्स में इन्फ्लेमेटरी स्किन स्टेट्स को एनोटेट करने और सेलुलर रिस्पॉन्स का पूर्वानुमान लगाने में बेहतर सटीकता प्रदर्शित करता है।

Velland, M., Norwick, E., Ardene, S., Marwick, T., Corven, L., Solmere, A., Calder, N., Quillon, R., Renn, I., Elian, M.2026-10-13
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Do LLM Proposers Improve Budgeted Search for Ionizable Lipids?

यह अध्ययन आयनीकरण योग्य लिपिड (ionizable lipids) के लिए बजट वाले आणविक खोज (budgeted molecular search) में क्या भाषा मॉडल सुधार करते हैं, इसका मूल्यांकन करने के लिए LEF फ्रेमवर्क पेश करता है, जिसमें यह पाया गया कि साक्ष्य जुड़ाव (evidence engagement) की विभिन्न डिग्री के बावजूद, ज़ीरो-शॉट एलएलएम (zero-shot LLM) प्रस्तावक उच्च दोहराव दरों और वास्तविक प्रदर्शन लाभों की कमी के कारण जेनेटिक एल्गोरिदम जैसे शास्त्रीय बेसलाइन से बेहतर प्रदर्शन करने में विफल रहते हैं।

Singh, H., SINGH, R. K., Krishna, C. S., Srivastava, S. P., Gorantla, R.2026-10-13