💻 bioinformatics

From Plants to Patients: Mitochondrial Stress Signaling as a Systems Framework for Human Disease Vulnerability

यह शोध पत्र एक तुलनात्मक *इन सिलिको* ढांचे का प्रस्ताव करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि यद्यपि पादप और मानव माइटोकॉन्ड्रियल तनाव संकेतन नेटवर्क जटिलता में भिन्न हो गए हैं, वे मौलिक संगठनात्मक सिद्धांतों को साझा करते हैं, जो यह सुझाव देता है कि सरल, लचीलापन-उन्मुख पादप प्रणालियाँ मानव माइटोकॉन्ड्रियल रोग संवेदनशीलता के बारे में परीक्षण योग्य परिकल्पनाएँ उत्पन्न करने के लिए एक वैचारिक मॉडल के रूप में कार्य कर सकती हैं।

Gokdemir, F. S., Eyidogan, F., Kubat, G. B., Singh, K. K.2026-08-21
💻 bioinformatics

Beyond the Default: Optimizing Molecular Networking with arteMIS

यह शोधपत्र arteMIS का परिचय देता है, जो एक व्यवस्थित ढांचा है जो डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स की सीमाओं को दूर करने के लिए मल्टी-मेट्रिक मूल्यांकन और लैटिन हाइपरक्यूब सैंपलिंग के माध्यम से मॉलिक्यूलर नेटवर्किंग मापदंडों को अनुकूलित करता है, जिससे विविध डेटासेट और स्कोरिंग विधियों में अधिक सुदृढ़, रासायनिक रूप से सार्थक और स्थिर नेटवर्क उत्पन्न होते हैं।

Torres Ortega, L. R., Charria Giron, E., Huber, F., Simone, M., Sosio, M., van der Hooft, J. J. J.2026-08-21
💻 bioinformatics

PyMOL plugin for Protein Circuit Topology

यह शोध पत्र एक नए PyMOL प्लगइन को प्रस्तुत करता है जो संरचित और अव्यवस्थित दोनों प्रोटीनों की टोपोलॉजी का विश्लेषण करने के लिए एक उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस और पुनरुत्पादक वातावरण के साथ विभिन्न सर्किट टोपोलॉजी पद्धतियों को एकीकृत करता है।

Dimins, M., Bazba, A., Mogyorosi, A., Kennon, E., Fiol, T. D., Hagen, L. A., Sheikhhassani, V., Akulov, V., Mashaghi, A.2026-08-20
💻 bioinformatics

Sparse Autoencoders Reveal Structural and Family-level Features in BiRNA-BERT

यह शोध पत्र SPIRAL को प्रस्तुत करता है, जो एक स्पार्स ऑटोएन्कोडर फ्रेमवर्क है जो BiRNA-BERT RNA लैंग्वेज मॉडल के हिडन स्टेट्स को व्याख्या योग्य, न्यूक्लियोटाइड-अलाइन्ड फीचर्स में सफलतापूर्वक डिकोड करता है जो सेकेंडरी स्ट्रक्चर और RNA फैमिली टाइप्स का प्रतिनिधित्व करते हैं, जिससे बाइट-पेयर टोकनाइजेशन की चुनौतियों के बावजूद डाउनस्ट्रीम प्रेडिक्शन परफॉर्मेंस में वृद्धि होती है।

Hossain, M. S., Sojib, M. R., Tahmid, M. T., Rahman, M. S.2026-08-20
💻 bioinformatics

scDblFinder in Python with GPU support

यह शोध पत्र scDblFinderPy प्रस्तुत करता है, जो R-आधारित scDblFinder डबलट डिटेक्शन टूल का एक पायथन कार्यान्वयन है जो इसके उच्च प्रदर्शन को दोहराता है और बड़े पैमाने के सिंगल-सेल सीक्वेंसिंग डेटा के लिए प्रोसेसिंग को तेज करने हेतु वैकल्पिक GPU सपोर्ट जोड़ता है।

Hiropedi, A., Germain, P.-L.2026-08-20
💻 bioinformatics

SPARKLE: evidence-constrained correction of local RNA leakage in high-resolution spatial transcriptomics

SPARKLE एक तेज़, संदर्भ-मुक्त (reference-free) गणनात्मक विधि है जो उच्च-रिज़ॉल्यूशन वाले स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में स्थानीय RNA रिसाव (leakage) को ठीक करने के लिए इन-सैंपल आउट-ऑफ-मास्क साक्ष्य का लाभ उठाती है ताकि एक्टोपिक संकेतों का अनुमान लगाकर उन्हें हटाया जा सके, जिससे सेल-टाइप लोकलाइजेशन और डाउनस्ट्रीम विश्लेषण की विश्वसनीयता में सुधार होता है।

Wang, S., Zhu, B., Li, S., Wei, X.2026-08-20
💻 bioinformatics

Relational Graph Convolutional Networks for Glioblastoma Biomarker Discovery via ceRNA and Copy Number Variation Analysis

यह अध्ययन एक नवीन लेट फ्यूजन रिलेशनल ग्राफ कनवल्शनल नेटवर्क (RGCN) एंसेम्बल पेश करता है जो ग्लियोब्लास्टोमा में बेहतर उत्तरजीविता भविष्यवाणी और चिकित्सीय लक्ष्यीकरण के लिए hsa-miR-196a और hsa-miR-224 सहित पांच रोगनिरोधी बायोमार्कर की पहचान करने हेतु कॉम्पिटिंग एंडोजेनस आरएनए (ceRNA) और कॉपी नंबर वेरिएशन (CNV) डेटा को एकीकृत करता है।

Khandelwal, S., Jarvis, N., Zhan, J.2026-08-20
💻 bioinformatics

GlycoMeSH: linking glycan structures to biomedical context for systematic enrichment analysis

GlycoMeSH एक व्यापक संसाधन है जो एक अनुमान मॉडल और पता लगाने योग्य डेटाबेस के माध्यम से ग्लाइकेन संरचनाओं को मेडिकल सब्जेक्ट हेडिंग्स (MeSH) से जोड़कर ग्लाइकेन संरचनाओं और बायोमेडिकल संदर्भ के बीच के अंतर को पाटता है, जिससे ग्लाइकोसाइंस डेटासेट में व्यवस्थित संवर्धन विश्लेषण सक्षम होता है।

Kitani, A., Zhang, B., Himori, K., Matsui, Y.2026-08-20
💻 bioinformatics

PandaDock: An Open-Source Molecular Docking Platform with Flexible-Ligand Search and Equivariant Neural Scoring

PandaDock एक ओपन-सोर्स मॉलिक्यूलर डॉकिंग प्लेटफॉर्म है जो फ्लेक्सिबल-लिगैंड कन्फॉर्मेशनल सर्च को एनालिटिक ग्रेडिएंट्स के साथ एकीकृत करता है, जिसमें जटिल बाइंडिंग परिदृश्यों के लिए विशेष मॉड्यूल और विविध प्रोटीन-लिगैंड लक्ष्यों में प्रतिस्पर्धी पोज़ रिकवरी और एफिनिटी प्रेडिक्शन प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए एक स्केलेबल SE(3)-इक्विवेरिएंट न्यूरल नेटवर्क स्कोरिंग फंक्शन शामिल है।

Panda, P. K.2026-08-20
💻 bioinformatics

Mantpy: a framework for extracellular matrix analysis in spatial proteomics

यह शोधपत्र Mantpy को प्रस्तुत करता है, जो एक स्थानिक प्रोटिओमिक्स ढांचा (spatial proteomics framework) है जो बाह्यकोशिकीय मैट्रिक्स (extracellular matrix) और कोशिकाओं के साथ इसके इंटरफेस को स्थानिक ग्राफ़ के रूप में निरूपित करता है ताकि पारंपरिक कोशिका-केंद्रित दृष्टिकोणों से परे संयुक्त विश्लेषण, विज़ुअलाइज़ेशन और मशीन लर्निंग को सक्षम बनाया जा सके।

Ghafoor, M., Parkinson, J. E., Pham, T., Georgaka, S., Hayley, M. J., Jokl, E., Hanley, K. P., Allen, J. E., Sutherland (…)2026-08-19