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💻 जैव सूचना विज्ञान

Inferring ecDNA Evolution from Allele Frequency Spectra

यह शोध पत्र ecEvol को पेश करता है, जो एक कम्प्यूटेशनल विधि है जो एलील फ्रीक्वेंसी स्पेक्ट्रा का बल्क होल-जीनोम सीक्वेंसिंग से विश्लेषण करके एक्स्ट्राक्रोमोसोमल डीएनए (ecDNA) के उद्भव के समय, चयन की शक्ति और क्लोनल प्रभुत्व का अनुमान लगाती है, जिससे यह प्रकट होता है कि ऑन्कोजीन द्वारा संचालित प्रारंभिक ecDNA निर्माण का संबंध खराब रोगी उत्तरजीविता से है और उपचार न किए गए तथा उन्नत ट्यूमर के बीच ecDNA की गतिशीलता महत्वपूर्ण रूप से भिन्न होती है।

Dameracharla, B., Prasad, G., Luebeck, J., Amin, S., Kirkland, J., Chapman, O. S., Chavez, L., Verhaak, R., Huang, W., M (…)2026-10-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Ab initio CryoEM maps minimizing preferred orientation problems in heterogeneous mixtures: ReconSIREN

ReconSIREN एक नवीन डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो 'मिक्सचर-ऑफ-एक्सपर्ट्स' आर्किटेक्चर का उपयोग करके पूर्णतः *ab initio* क्रायो-ईएम (CryoEM) सिंगल-पार्टिकल विश्लेषण करने के लिए है, जो पारंपरिक अनुकूलन विधियों पर निर्भर किए बिना साथ ही साथ प्रेफर्ड ओरिएंटेशन आर्टिफैक्ट्स (preferred orientation artifacts), पार्टिकल हेटेरोजेनिटी (particle heterogeneity) और कन्फॉर्मेशनल फ्लेक्सिबिलिटी (conformational flexibility) को हल करता है।

Herreros, D., Sorzano, C. O. S., Carazo, J. M.2026-10-10
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Proteome modulation by opposite inotropic drugs in human engineered cardiac tissue revealed by topology-driven cross-modal integration

यह अध्ययन एक टोपोलॉजी-संचालित ढांचे को प्रस्तुत करता है जो मानव इंजीनियर कार्डिएक ऊतकों से प्रोटिओमिक और कार्यात्मक डेटा को सफलतापूर्वक एकीकृत करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि एपिनेफ्रिन और डॉक्सोरूबिसिन ऊर्जा होमियोस्टैसिस, माइटोकॉन्ड्रियल ट्रांसलेशन और प्रोटियोस्टेसिस को विभेदित रूप से नियंत्रित करके कैसे विपरीत इनोट्रोपिक प्रभाव डालते हैं।

Staykova, D. K., Snippert, D., Wessels, H. J. C. T., Passier, R., Conte, F.2026-10-08
💻 जैव सूचना विज्ञान

KENT: Fast Pathogen Screening with NVIDIA Jetson Cluster in Resource-Constrained Areas

KENT एक पोर्टेबल, ऑफलाइन एज-कंप्यूटिंग फ्रेमवर्क है जो संसाधन-सीमित वातावरण में तेज़, GPU-त्वरित मेटाजीनोमिक रोगजनक स्क्रीनिंग को सक्षम करने के लिए NVIDIA Jetson Nano मॉड्यूल के क्लस्टर का उपयोग करता है, जो उच्च वर्गीकरण सटीकता और प्रचुरता अनुमान निष्ठा बनाए रखते हुए CPU बेसलाइन की तुलना में महत्वपूर्ण गति वृद्धि प्राप्त करता है।

Icoz, A., Roman-Brenes, R., Bingöl, Z., Alkan, C.2026-10-08
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FlyAnatoView: Visualization of Drosophila Single-cell RNA-seq Datasets on Anatomographs

FlyAnotoView एक ऐसा संसाधन है जो सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा में स्थानिक संदर्भ (spatial context) की कमी को दूर करता है, क्योंकि यह ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रोफाइल को ड्रोसोफिला (Drosophila) के शारीरिक आरेखों पर प्रक्षेपित करता है, जिससे व्यक्तिगत कोशिकाओं के विशिष्ट ऊतक या अंग स्थानों के बारे में जानकारी को पुनः स्थापित किया जा सके।

Hu, Y., Kalina, J., Veal, A., Ewen-Campen, B., Porter, T., Song, J., Luo, Y., Huang, K., Goutte-Gattat, D., Brown, N. H. (…)2026-10-08
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FilAdh: degradation-aware analysis of focal adhesions and actin stress fibers

FilAdh एक एकीकृत, डिग्रेडेशन-जागरूक (degradation-aware) कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो सटीक मॉर्फोमेट्रिक विश्लेषण और स्थानिक वर्गीकरण को सक्षम करने के लिए फोकल एडहेशन्स को एक साथ सेगमेंट करता है और एक्टिन स्ट्रेस फाइबर्स को पुनर्गठित करता है, जो बेंचमार्क परीक्षणों में मौजूदा तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है और स्पष्ट रूप से यह लक्षण वर्णन करता है कि विशिष्ट इमेजिंग खामियां संरचनात्मक मापों को कैसे प्रभावित करती हैं।

Rey-Paniagua, G., Garcia-Lopez-de-Haro, C., Hernandez-Martinez, M., Lachowski, D., Munoz-Barrutia, A.2026-10-08
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A strategy for ionic current analysis of nanopore protein readouts

यह शोध पत्र नैनोपोर प्रोटीन आयनिक करंट संकेतों के विश्लेषण के लिए एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल रणनीति प्रस्तुत करता है जो चार्ज-आधारित बाइनरी वर्गीकरण में उच्च सटीकता प्राप्त करने और पेप्टाइड ट्रांसलोकेशन को मॉडल करने के लिए डिनोइजिंग (denoising), सेगमेंटेशन और मशीन लर्निंग तकनीकों को जोड़ता है, बावजूद इसके कि सभी 20 अमीनो एसिड के बीच अंतर करने में चुनौतियां मौजूद हैं।

Stein, A. J., Ghohabi Esfahani, N., Akeson, S., Kakhaki, P. D., Kontogiorgos-Heintz, D., Nivala, J., Jain, M.2026-10-08
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Additive-input encoding fails operator-level target-held-out prediction on current Perturb-seq screens

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि वर्तमान पर्टर्ब-seq (Perturb-seq) स्क्रीन्स में उपयोग किए जाने वाले एडिटिव-इनपुट एनकोडिंग मॉडल नए, होल्ड-आउट पर्टर्बेशन लक्ष्यों (held-out perturbation targets) के लिए सामान्यीकरण करने में विफल रहते हैं, जो यह प्रकट करता है कि अनुमानित नियामक ऑपरेटरों (regulatory operators) को उनकी गणितीय पहचान क्षमता (mathematical identifiability) के बावजूद अनदेखे जीनों के प्रति प्रतिक्रियाओं की भविष्यवाणी करने के लिए सत्यापित नहीं किया गया है।

Fullmer, K., Kutzen, D., Terooatea, T. W.2026-10-08
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VINTER: a generative vision-language model for annotating and interrogating spatial tissues

VINTER एक जनरेटिव विजन-लैंग्वेज मॉडल है जो विभिन्न प्लेटफार्मों और रिज़ॉल्यूशन में स्थानिक ऊतक संरचनाओं (spatial tissue structures) को सटीक रूप से एनोटेट और इंटररोगेट करने के लिए हिस्टोलॉजी, जीन एक्सप्रेशन और स्थानिक पड़ोस (spatial neighborhood) को एक एकल अनुक्रम (sequence) में एकीकृत करता है, जिससे छिपी हुई जैविक विषमता (biological heterogeneity) प्रकट होती है और बिना पुनर्र्विक्षण (retraining) के आणविक साक्ष्य संपादन (molecular evidence editing) सक्षम होता है।

Wu, J., Xu, W., Zhuang, Y., Zhang, Y., Loza Lopez, M. d. J., yang, y., Nakai, K.2026-10-08
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Evaluation of synthetic data generation for longitudinal 6-year follow-up subclinical cardiovascular disease data using GAN models

यह अध्ययन 6-वर्षीय अनुदैर्ध्य हृदय रोग डेटा उत्पन्न करने में TGAN और CTGAN मॉडलों के प्रदर्शन का मूल्यांकन करता है, जिसमें यह पाया गया है कि हालांकि CTGAN सामान्य रूप से TGAN और एक पर्टरबेशन बेसलाइन की तुलना में बेहतर फिडेलिटी और गोपनीयता प्रदान करता है, फिर भी इसे टेम्पोरल विशेषताओं और कम उम्र के समूहों में प्रदर्शन को बेहतर ढंग से संरक्षित करने के लिए परिशोधन की आवश्यकता है।

Bertgren, A., Ohberg, F., Soda, P., Naslund, U., Wennberg, P., Gronlund, C.2026-10-08