bioinformatics पेपर

Testing the reliability of AI-generated protein structures

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अल्फाफोल्ड2 (AlphaFold2) और कोलबफोल्ड (ColabFold) गैर-प्रोटीन अनुक्रमों के लिए संरचनाओं की भविष्यवाणी करते समय बहुत कम फॉल्स पॉजिटिव दर प्रदर्शित करते हैं, जबकि संयोगवश यह भी प्रकट करते हैं कि गैर-कोडिंग मानव जीनोमिक क्षेत्रों में कुछ उच्च-स्कोरिंग भविष्यवाणियाँ पहले से अज्ञात छद्म जीन (pseudogenes) के अनुरूप हैं, जो मौजूदा जीन एनोटेशन में संभावित त्रुटियों का सुझाव देती हैं और आगे की जांच के लिए उच्च-स्कोरिंग संरचनात्मक भविष्यवाणियों की उपयोगिता को प्रमाणित करती हैं।

Xu, A., Salzberg, S.2026-06-13

💻 bioinformatics

ADMETron: An AI-driven SaaS platform for comprehensive ADMET prediction and compound prioritisation

ADMETron एक AI-संचालित SaaS प्लेटफॉर्म है जो 34 ADMET एंडपॉइंट्स की भविष्यवाणी करने के लिए RNN-व्युत्पन्न आणविक एम्बेडिंग को ग्रेडिएंट बूस्टिंग मशीनों के साथ एकीकृत करता है और इसमें एक इंटरैक्टिव रडार ग्राफ विज़ुअलाइज़ेशन टूल है, जो ड्रग डिस्कवरी में व्यापक, उच्च-थ्रूपुट यौगिक प्राथमिकता और डेटा-संचालित निर्णय लेने में सक्षम बनाता है।

Nair, D. N., Yadav, R. S., Jondhale, P. M., Didhate, S., Gunjal, G., Ranjit, A., Patil, P., Dawande, A., Shisode, A., Bh (…)2026-06-13

💻 bioinformatics

MoE-Bind: Guiding De Novo Protein Binder Generation with Sparse Experts

MoE-Bind ने डे नोवो (de novo) प्रोटीन बाइंडर जनरेशन के लिए पहले स्पार्स मिक्स्चर-ऑफ-एक्सपर्ट्स आर्किटेक्चर को पेश किया है, जो पूर्व संरचनात्मक जानकारी की आवश्यकता के बिना, डेंस बेसलाइन्स के बराबर या उनसे बेहतर, तेज़, अधिक कुशल और व्याख्या योग्य सीक्वेंस-ओनली डिज़ाइन प्राप्त करता है।

Sarkar, D., Sarkar, C.2026-06-13

💻 bioinformatics

Revealing trajectories of multi-modal voxel-level changes in neurodegenerative diseases using latent event mapping

यह शोध पत्र लेटेंट इवेंट मैपिंग (LEMING) को प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल और व्याख्यात्मक अनसुपरवाइज्ड मॉडलिंग तकनीक है जो अल्जाइमर रोग में मल्टी-मोडल न्यूरोइमेजिंग परिवर्तनों के वोक्सेल-स्तरीय प्रक्षेपवक्रों (trajectories) को पुनर्गठित करती है, जिससे एसीटाइलकोलाइन रिसेप्टर घनत्व और अमाइलॉइड पैथोलॉजी के बीच देर-चरण के जुड़ाव जैसे प्रगति-निर्भर तंत्रों में नई अंतर्दृष्टि प्राप्त होती है।

Pinnawala, S., Hartanto, A., Jairamani, M., Simpson, I. J. A., Wijeratne, P. A.2026-06-11

💻 bioinformatics

STITCH links cellular morphology and gene expression in spatial transcriptomics

यह शोध पत्र STITCH को प्रस्तुत करता है, जो कि केंडल शेप मैनिफोल्ड (Kendall shape manifold) में टेंजेंट प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस (tangent principal component analysis) पर आधारित एक व्याख्यात्मक विधि है, जो स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में आकार-स्वतंत्र कोशिकीय आकृति विज्ञान (size-independent cellular morphology) को जीन अभिव्यक्ति से प्रभावी ढंग से जोड़ता है, और विविध डेटासेट्स में जैविक रूप से प्रासंगिक आकार-ट्रांसक्रिप्टोम संबंधों की पहचान करने में मौजूदा डीप लर्निंग दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Kumar, S., Shi, Y., Vallius, T., Day, C.-P., Absil, P.- A., Srivastava, A., Hannenhalli, S., Gopalan, V.2026-06-11

💻 bioinformatics

Calibrated Uncertainty Quantification for Patient-Level AML Drug Sensitivity Prediction Using Split Conformal Prediction

यह अध्ययन एक स्प्लिट कॉन्फॉर्मल प्रेडिक्शन फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जिसे बीटएएमएल (BeatAML) 2.0 कोहॉर्ट पर लागू किया गया है, जो रोगी-स्तरीय एएमएल (AML) ड्रग संवेदनशीलता भविष्यवाणियों के लिए सांख्यिकीय रूप से कैलिब्रेटेड अनिश्चितता अंतराल सफलतापूर्वक उत्पन्न करता है, जो ड्रग क्लास के बीच विशिष्ट अनिश्चितता पैटर्न को प्रकट करता है और यह प्रदर्शित करता है कि ऐसी अनिश्चितता मानक आणविक जोखिम वर्गीकरणों से स्वतंत्र है।

Shokrzadeh, A. J., Shokrzadeh, P.2026-06-11

💻 bioinformatics

Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning

यह शोध पत्र scCRAFT+ को प्रस्तुत करता है, जो एक सुदृढ़ अर्ध-पर्यवेक्षित (semi-supervised) scRNA-seq एकीकरण मॉडल है जो मार्कर जीन जानकारी को शामिल करने के लिए वर्चुअल एडवरसेरियल ट्रेनिंग का लाभ उठाता है, जिससे सूक्ष्म सेल उपप्रकारों के अंतर को बनाए रखने और शोरयुक्त या अपूर्ण मार्कर सेटों के साथ भी एनोटेशन सटीकता में सुधार करने में मौजूदा विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सके।

He, C., Filippidis, P., Xing, J., Kleinstein, S., Guan, L.2026-06-11

💻 bioinformatics

Pillbox: A Leakage-Aware Foundation-Model Predictor and Lineage-Ceiling Diagnostic for Cancer Drug Response

पिलबॉक्स (Pillbox) एक लीकेज-ऑडिटेड फाउंडेशन-मॉडल प्रेडिक्टर है जो कैंसर ड्रग रिस्पॉन्स प्रेडिक्शन में उच्च सटीकता प्राप्त करने के लिए FiLM-कंडीशन्ड ग्राफ अटेंशन के माध्यम से CpGPT, CLAMP और जीन-एक्सप्रेशन एम्बेडिंग्स को एकीकृत करता है, जबकि फीचर-स्टैक सैचुरेशन (feature-stack saturation) का निदान करने और यह पुष्टि करने के लिए क्रॉस-आर्किटेक्चर रेसिडुअल कोरिलेशन का उपयोग करता है कि टिश्यू लीनेज (tissue lineage) ड्रग रिस्पॉन्स के लिए प्रमुख कारक बना हुआ है।

Hill, J. J. K., Ryoo, H. J., Ghanta, A., Singh, S., Anders, D., Jiao, E., Jeong, J.2026-06-11

💻 bioinformatics

GermRL: Alleviating The Germline Bias In Autoregressive Antibody Language Models Through Reinforcement Learning

यह शोध पत्र GermRL को प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का सुदृढीकरण शिक्षण (reinforcement learning) ढांचा है जो ऑटोरेग्रेसिव एंटीबॉडी लैंग्वेज मॉडल्स में जर्मलाइन पूर्वाग्रह (germline bias) को प्रभावी ढंग से कम करता है, जिससे चिकित्सीय खोज के लिए जर्मलाइन अनुक्रमों से उच्च उत्परिवर्तन थ्रेशोल्ड वाले संरचनात्मक रूप से प्रशंसनीय, विविध एंटीबॉडी उम्मीदवारों के वन-शॉट जनरेशन को सक्षम बनाया जा सके।

Ludwig, L., Chungyoun, M., Gray, J. J.2026-06-11

💻 bioinformatics

DivQuant: Estimation of Species Richness and Entropy from Small Samples

DivQuant एक अनुकूलन-आधारित उपकरण है जो समस्या को नेयमैन $\chi^2$ उद्देश्य के साथ एक उत्तल द्विघाती प्रोग्राम (convex quadratic program) के रूप में स्वरूपित करके छोटे नमूनों से प्रजातियों की प्रचुरता और शैनन एंट्रॉपी के अनुमान में सुधार करता है, जिससे विविध जैविक डेटासेट में अत्याधुनिक विधियों की तुलना में बेहतर सटीकता और सुव्यवस्थित आत्मविश्वास अंतराल (confidence intervals) प्राप्त होता है।

Schmitz, J. E., Rahmann, S.2026-06-11

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