💻 bioinformatics

An AI-Powered Trisomy 21 Research Assistant

T21 रिसर्च असिस्टेंट NVIDIA Nemotron मॉडल्स पर निर्मित एक सेक्शन-अवेयर रिट्रीवल-ऑगमेंटेड जनरेशन सिस्टम है जो शोध संबंधी प्रश्नों के लिए कठोरता से उद्धृत, साक्ष्य-आधारित उत्तर प्रदान करने हेतु 1,789 ओपन-एक्सेस डाउन सिंड्रोम प्रकाशनों के प्रयोगात्मक परिणामों को प्राथमिकता देता है।

NANDI, S., Sundararajan, Z., Subirana-Granes, M., Espinosa, J. M., Pividori, M., Sullivan, K. D., Galbraith, M. D., Cost (…)2026-06-11
💻 bioinformatics

EditorForge: An Active-Site-Aware Framework for Inverse-Folding-Based Protein Redesign

EditorForge एक मॉड्यूलर फ्रेमवर्क है जो स्पष्ट डिज़ाइन मास्क, सक्रिय-साइट शील्डिंग और संरचनात्मक गुणवत्ता नियंत्रण को एकीकृत करके इनवर्स-फोल्डिंग-आधारित प्रोटीन रीडिज़ाइन को बढ़ाता है, ताकि एंजाइम और जीनोम-एडिटर डोमेन के लिए सुरक्षित रूप से बाधित, उच्च-विश्वास वाले अनुक्रम उम्मीदवारों को उत्पन्न किया जा सके।

Chen, A., Siddiqui, J., Taucar, W., Tiralongo, L., Tkachenko, M., Xu, A., Bawa, S., Guo, S., Pinska, O., Rim, J., Shi, J (…)2026-06-11
💻 bioinformatics

OMIO: A policy-driven Python library for reproducible microscopy image I/O

OMIO एक हल्का, ओपन-सोर्स पायथन लाइब्रेरी है जो निम्न-स्तरीय फ़ाइल पठन (low-level file reading) को एक केंद्रीकृत, नीति-संचालित परत (policy-driven layer) से अलग करके सूक्ष्मदर्शी इमेज विश्लेषण की पुनरुत्पादकता सुनिश्चित करता है, जो विषम फ़ाइल स्वरूपों (heterogeneous file formats) में मानक अक्ष परंपराओं (canonical axis conventions) और सुदृढ़ मेटाडेटा सामान्यीकरण को लागू करता है।

Musacchio, F., Antony, H., Crux, S., Fuhrmann, F., Gockel, N., Hoffmann, D. M., Mercan, D., Nebeling, F. C., Fuhrmann, M (…)2026-06-11
💻 bioinformatics

Depth normalization for single-cell genomics count data

यह शोध पत्र PFlogPF नामक एक अद्वितीय सामान्यीकरण (नॉर्मलाइजेशन) विधि का प्रस्ताव और सत्यापन करता है, जो एकल-कोशिका जीनोमिक्स डेटा में विचरण को प्रभावी ढंग से स्थिर करने, अनुक्रमण गहराई (सीक्वेंसिंग डेप्थ) को ध्यान में रखने और फीचर प्रचुरता की एकतोनता (मोनोटोनिसिटी) को बनाए रखने के लिए योगात्मक और गुणात्मक आनुपातिक फिटिंग को लघुगणकीय रूपांतरण (लॉग ट्रांसफॉर्म) के साथ जोड़ता है।

Booeshaghi, A. S., Hallgrimsdottir, I. B., Galvez-Merchan, A., Pachter, L.2026-06-10
💻 bioinformatics

Bias-mitigated microbiome inference refines coronary artery disease signature

यह शोधपत्र BootDA को प्रस्तुत करता है, जो एक नॉन-पैरामीट्रिक बूटस्ट्रैप विधि है जो रूपांतरणों (transformations) या स्यूडोकाउंट्स (pseudocounts) पर निर्भर हुए बिना माइक्रोबायोम डेटा में चार प्रमुख पूर्वाग्रहों (biases) को एक साथ ठीक करती है, जिससे वास्तविक विभेदक प्रचुरता (differential abundance) की पहचान करने और कोरोनरी आर्टरी डिजीज के माइक्रोबियल सिग्नेचर को परिष्कृत करने में बेहतर संवेदनशीलता और विशिष्टता प्राप्त होती है।

Honeybrook, L.2026-06-10
💻 bioinformatics

Pseudoperplexity Probes Memorization in Protein Language Models

यह अध्ययन यह प्रदर्शित करने के लिए स्यूडोपरप्लेक्सिटी (pseudoperplexity) का उपयोग करता है कि प्रोटीन भाषा मॉडल ProtT5 अपने प्रशिक्षण डेटा का पता लगाने योग्य लेकिन सीमित रट्टा मारता है (memorization), जो यह सुझाव देता है कि यह केवल अनुक्रमों को रटने के बजाय मुख्य रूप से प्रोटीनों के सांख्यिकीय व्याकरण का सामान्यीकरण करता है।

Plaikner, A., Ploner, M., Sewald, Z., Senoner, T., Franz, S., Brenner, M., Heinzinger, M., Rost, B.2026-06-10
💻 bioinformatics

ECMME: an atlas of selection pressures on the mammalian extracellular matrix reveals contrasting evolutionary dynamics

यह अध्ययन ECMME प्रस्तुत करता है, जो 228 स्तनधारी प्रजातियों का उपयोग करके 272 मानव बाह्यकोशिकीय मैट्रिक्स (एक्स्ट्रासेलुलर मैट्रिक्स) प्रोटीन में प्रति-अवशेष चयन दबावों का विश्लेषण करने वाला एक व्यापक वेब एटलस है, जो ईसीएम (ECM) विकासवादी गतिशीलता की जांच के लिए एक ओपन-एक्सेस संसाधन प्रदान करने हेतु कोलेजन में व्यापक शुद्धिकरण चयन (प्यूरीफाइंग सिलेक्शन) के साथ-साथ एपिसोडिक सकारात्मक चयन के विशिष्ट पैटर्न को प्रकट करता है।

Petrov, P. B., Oshinjo, A., Roning, J., Izzi, V.2026-06-10
💻 bioinformatics

FLAG-X: Hybrid machine learning workflows for automated gating of clinical flow cytometry data

लेखक FLAG-X प्रस्तुत करते हैं, जो एक पायथन पैकेज है जो विशेषज्ञ एनोटेशन के साथ अत्याधुनिक मशीन लर्निंग विधियों को हाइब्रिड वर्कफ़्लो में एकीकृत करके मैनुअल और स्वचालित फ्लो साइटोमेट्री विश्लेषण के बीच के अंतर को पाटता है, जिससे नियमित नैदानिक गेटिंग में मानकीकरण और दक्षता की कमी को संबोधित किया जा सके।

Martini, P., Mohammadi, M., Thrun, M. C., Blumenthal, D. B., Krause, S. W.2026-06-09
💻 bioinformatics

Supervised Deep Learning for Efficient Cryo-EM Image Alignment in Drug Discovery with cryoPARES

यह शोध पत्र cryoPARES को प्रस्तुत करता है, जो एक सुपरवाइज्ड डीप लर्निंग विधि है जो पूर्व पोज़ जानकारी का लाभ उठाकर और मैन्युअल हस्तक्षेप को समाप्त करके क्रायो-ईएम (Cryo-EM) इमेज अलाइनमेंट को त्वरित करती है और दवा की खोज के लिए रीयल-टाइम, स्वचालित संरचनात्मक निर्धारण को सक्षम बनाती है।

Sanchez-Garcia, R., Berndt, A., Apelbaum, A., Reeks, J., Williams, P. A., Poelking, C., Deane, C., Saur, M.2026-06-08
💻 bioinformatics

Multi-feature Classification to Improve Colorimetric Loop-Mediated Isothermal Amplification Fidelity

यह अध्ययन थर्मोडायनामिक और अनुक्रम विशेषताओं, विशेष रूप से F1c और B1c प्राइमरों के उपयोग वाले एक मशीन लर्निंग वर्गीकरण मॉडल को विकसित करके कलरिमेट्रिक लूप-मीडिएटेड आइसोथर्मल एम्प्लीफिकेशन (LAMP) की पुनरुत्पादकता चुनौतियों को संबोधित करता है, ताकि परख की सफलता का पूर्वानुमान लगाया जा सके और प्राइमर डिजाइन की निष्ठा में सुधार किया जा सके।

Melton, G., Negron, D. A., Hauser, K., Jagannathan, S., Tolli, N., Jennings, K., Necciai, B., Sozhamannan, S., Abramson (…)2026-06-08