bioinformatics पेपर

Real-World Progression-Free Survival with Erlotinib versus Osimertinib in EGFR L858R+T790M Compound Mutation Non-Small Cell Lung Cancer: An Exploratory Analysis of the MSK-CHORD Dataset

MSK-CHORD डेटासेट का यह खोजपूर्ण विश्लेषण यह सुझाव देता है कि, L858R-केवल या T790M-केवल संदर्भों के विपरीत जहाँ ओसिमर्टिनिब (osimertinib) श्रेष्ठ या समकक्ष है, नॉन-स्मॉल सेल लंग कैंसर में EGFR L858R+T790M कंपाउंड म्यूटेशन एक विशिष्ट औषधीय इकाई (pharmacological entity) का प्रतिनिधित्व कर सकता है जहाँ एरलोटिनिब (erlotinib), ओसिमर्टिनिब से संख्यात्मक रूप से बेहतर प्रदर्शन करता है, जो भावी सत्यापन (prospective validation) की मांग करता है।

Dalloul, Z., Abboud, A., Dalloul, I., Abdelsalam, M.2026-06-30

💻 bioinformatics

NPTX2-Centered Cognitive Resilience Mechanisms in the Context of AD Pathology

यह अध्ययन प्रकट करता है कि अल्जाइमर रोग के पैथोलॉजी के प्रति संज्ञानात्मक लचीलापन (cognitive resilience) एक विशिष्ट आणविक अवस्था द्वारा अभिलक्षित है जो संरक्षित NPTX2 अभिव्यक्ति पर केंद्रित है, जो उच्च-पैथोलॉजी वाले व्यक्तियों में मुख्य सिनैप्टिक और निरोधात्मक कार्यक्रमों को बनाए रखते हुए अनुकूल प्रोटीओस्टेसिस, ट्रैफ़िकिंग और प्रतिरक्षा मार्गों को चुनिंदा रूप से नियोजित करती है, एक ऐसा समन्वय जो लक्षणात्मक रोग में लुप्त हो जाता है।

Lao, Y., Xiao, M.-F., Ji, S., Piras, I. S., Kim, K., Bonfitto, A., Song, S., Aldabergenova, A., Sloan, J., Trejo, A., Ge (…)2026-06-29

💻 bioinformatics

Context-dependent correlations mislead transcriptomic network inference in bulk and single-cell data

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि बल्क और सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा में संचित सहसंबंध गुणांक (pooled correlation coefficients) अक्सर जैविक विषमता द्वारा संचालित सिम्पसन के विरोधाभास (Simpson's paradox) के कारण दिशा को उलटकर नेटवर्क अनुमान को गुमराह करते हैं, जिससे एकल वैश्विक अनुमानों पर भरोसा करने के बजाय संदर्भ-विशिष्ट सहसंबंधों और विषमता सांख्यिकी को रिपोर्ट करने की आवश्यकता होती है।

Asiaee, A., Bombina, P., McGee, R. L., Reed, J., Abrams, Z. B., Abruzzo, L. V., Coombes, K. R.2026-06-29

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OpenGerminal: an open-source implementation of the Germinal antibody design pipeline

OpenGerminal जर्मिनल एंटीबॉडी डिज़ाइन पाइपलाइन का एक पूर्णतः ओपन-सोर्स कार्यान्वयन प्रस्तुत करता है जो मालिकाना घटकों को एक ओपन स्टैक से बदल देता है और AbLang1 को अपनाता है, जिससे समान संरचनात्मक आत्मविश्वास मेट्रिक्स बनाए रखते हुए काफी उच्च को-फोल्डिंग पास दर और व्यापक तैनाती सुलभता प्राप्त होती है।

Han, B., Li, S.2026-06-29

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Retention, not flux: endpoint confounding caps computational prediction of peptide skin penetration, with a delivery-aware reframing

यह शोध पत्र यह तर्क देता है कि पेप्टाइड त्वचा प्रवेश (skin penetration) के मॉडलिंग में रुकी हुई भविष्य कहने वाली प्रदर्शन क्षमता (predictive performance) का कारण डिलीवरी वाहनों और एंडपॉइंट्स की अनदेखी करने वाले मिश्रित ट्रांसडर्मल फ्लक्स लेबल पर एक दोषपूर्ण निर्भरता है, और इसके बजाय एक पुनर्गठित दृष्टिकोण का प्रस्ताव करता है जो वितरण-विशिष्ट प्रतिधारण (delivery-specific retention) और जोखिम से आंतरिक अवरोध-पार करने की क्षमता (intrinsic barrier-crossing potential) को अलग करता है।

Komianos, N., Prakash, P.2026-06-29

💻 bioinformatics

Function-guided design of active enzymes

यह शोध पत्र EnzymeArt प्रस्तुत करता है, जो एक फंक्शन-कंडीशन्ड जनरेटिव फ्रेमवर्क है जो कार्यात्मक विवरणों को कई प्रोटीन परिवारों में मात्रात्मक उत्प्रेरक गतिविधि वाले प्रयोगात्मक रूप से प्रमाणित एंजाइमों में सफलतापूर्वक परिवर्तित करता है, और ऐसा प्रदर्शन प्राप्त करता है जो अक्सर वाइल्ड-टाइप और वाणिज्यिक संदर्भों के बराबर या उनसे बेहतर होता है।

Hu, M., Wu, L., Yang, Y., Li, F., Zhu, L.2026-06-29

💻 bioinformatics

Homology-aware cross-validation strategies for generalization assessment in RNA structure prediction

यह शोध पत्र शास्त्रीय और डीप लर्निंग-आधारित आरएनए (RNA) माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी विधियों के लिए डेटा लीकेज को संबोधित करने और निष्पक्ष सामान्यीकरण मूल्यांकन सुनिश्चित करने हेतु होमोलॉजी-जागरूक क्रॉस-वैलिडेशन रणनीतियों की आलोचनात्मक समीक्षा करता है और उन्हें प्रस्तावित करता है।

Bugnon, L., Kulemeyer, G., Gerard, M., Di Persia, L., Stegmayer, G., Milone, D. H.2026-06-29

💻 bioinformatics

Bamsnap-LRS: an automated batch visualization tool for long-read sequencing alignments

Bamsnap-LRS एक स्वचालित कमांड-लाइन टूल है जिसे लॉन्ग-रीड विशिष्ट विशेषताओं, फेज़्ड SNP निरीक्षण और विविध जीनोमिक विश्लेषणों के समर्थन के साथ लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग अलाइनमेंट्स के उच्च-थ्रूपुट, प्रकाशन-योग्य बैच विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम करके मौजूदा विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर की स्केलेबिलिटी और अनुकूलन सीमाओं को दूर करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

Chen, W., Yang, C., Qiu, L., Hu, J., Zhou, Y.2026-06-25

💻 bioinformatics

Development of Deep-Learning Models that Predict Quantitative Protein-Ligand Interac-tions in Glycobiology as a part of a Capstone Course

यूनिवर्सिटी ऑफ अल्बर्टा के एक कैपस्टोन कोर्स के हिस्से के रूप में, यह शोध पत्र तीन डीप-लर्निंग मॉडलों (ProMax, APEX, और UltraMax) को पेश करता है जिन्हें लगभग दस लाख प्रोटीन-लिगैंड युग्मों के हाइब्रिड डेटासेट पर प्रशिक्षित किया गया है ताकि मात्रात्मक ग्लाइकेन-प्रोटीन बाइंडिंग स्ट्रेंथ की भविष्यवाणी की जा सके, जबकि यह लॉन्ग-टेल डेटा वितरण और अपर्याप्त काइरल फीचर उपयोग द्वारा उत्पन्न चुनौतियों पर भी प्रकाश डालता है।

Yin, H., Liu, W., Zhou, W., Chang, Z., Carpenter, E. J., Satyajith, A., Haregu, S., Greiner, R., Derda, R.2026-06-24

💻 bioinformatics

ComplexDesign: sequence-hallucination design of protein binders bridging multiple proteins

कॉम्प्लेक्सडिज़ाइन (ComplexDesign) एक हैलुसिनेशन-आधारित दृष्टिकोण है जो मल्टीचेन प्रोटीन कॉम्प्लेक्स और कई लक्ष्यों को जोड़ने वाले फ्लेक्सिबल बाइंडर्स को सफलतापूर्वक डिजाइन करने के लिए स्ट्रक्चर-प्रेडिक्शन-गाइडेड सीक्वेंस ऑप्टिमाइजेशन और एक विशेष मास्किंग मैकेनिज्म का उपयोग करता है, जो अनकंडीशनल मल्टीमर डिज़ाइन और टर्नरी कॉम्प्लेक्स जनरेशन दोनों में मौजूदा तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Xu, J., Ren, M., Qi, N., Zhang, X., He, Z., Yu, C., Bu, D.2026-06-24

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