1188 पेपर
CoTRA एक ओपन-सोर्स, मॉड्यूलर R/Shiny फ्रेमवर्क है जो बल्क और सिंगल-सेल RNA-seq विश्लेषण दोनों के लिए पारदर्शी और पुनरुत्पादक वर्कफ़्लो को एकीकृत करता है, जो व्यापक कार्यक्षमता, क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म अनुकूलता और मौजूदा उपकरणों के बराबर या उनसे बेहतर प्रमाणित प्रदर्शन प्रदान करता है।
यह शोधपत्र spatialMET को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स, स्केलेबल फ्रेमवर्क है जो प्रीप्रोसेसिंग, डोमेन डिटेक्शन और सांख्यिकीय परीक्षण सहित स्थानिक मेटाबोलोमिक्स विश्लेषण के लिए एक एंड-टू-एंड वर्कफ़्लो प्रदान करता है—जबकि उच्च-प्रदर्शन कंप्यूटिंग क्षमताओं और पुनरुत्पादनीय डॉकर परिनियोजन (Docker deployment) के माध्यम से मौजूदा उपकरणों की सीमाओं को दूर करता है।
यह शोध पत्र 1,047 दुर्लभ-रोग मामलों के एक स्तरीकृत बेंचमार्क को प्रस्तुत करता है जिसे स्रोत साहित्य के साथ एनोटेशन ओवरलैप को चिह्नित करके जीन-प्राथमिकता मूल्यांकन में चक्रीयता (circularity) को मापने और कम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, साथ ही इसमें 2.25 मिलियन PMC ओपन एक्सेस लेखों पर एक हाइब्रिड रिट्रीवल इंडेक्स बनाने के लिए एक वर्ज़न-पिन्ड रेसिपी भी दी गई है।
यह शोध पत्र ब्रावे लैटिस सैंपलिंग (BLS) प्रस्तुत करता है, जो एक ज्यामिति-निर्देशित दो-चरणीय एल्गोरिदम है जो व्यापक रास्टर स्कैन के स्थान पर विरल लैटिस प्रोबिंग और लक्षित विस्तार का उपयोग करके 3D विविक्त (discretized) स्थानों में जुड़े उच्च-घनत्व वाले क्षेत्रों को कुशलतापूर्वक पहचानता है, जिससे मौजूदा विधियों की तुलना में समान या कम कम्प्यूटेशनल लागत के साथ 100% रिकॉल प्राप्त होता है।
यह शोध पत्र मीराप्रोट (MiraProt) को प्रस्तुत करता है, जो इंटरैक्टिव डाउनस्ट्रीम प्रोटिओमिक्स विश्लेषण के लिए एक मॉड्यूलर और मेटाडेटा-जागरूक आर शाइनी (R Shiny) प्लेटफॉर्म है, और घोड़ों में इक्वाइन रिकरेंट यूवेइटिस (equine recurrent uveitis) से म्यूलर सेल प्रोटिओम के पुनरविश्लेषण द्वारा इसकी उपयोगिता को प्रदर्शित करता है ताकि एक इंटरफेरॉन-उत्तरदायी, कोशिका-चक्र-जुड़े हुए, और एमएचसी क्लास II-जुड़े हुए प्रोटीन सिग्नेचर का अनावरण किया जा सके।
लेखकों ने मुरल सेल-वेसल इंटरैक्शन और मल्टीस्केल टोपो-मॉर्फोलॉजिकल मेट्रिक्स के 3D विश्लेषण के लिए एक सेमी-ऑटोमेटेड पायथन वर्कफ़्लो, Mural-VISTA विकसित किया, जिसने परिवर्तित RhoA गतिविधि द्वारा संचालित पेरिसाइट्स और वैस्कुलर स्मूथ मसल सेल्स में कोशिका-प्रकार-विशिष्ट संरचनात्मक परिवर्तनों को प्रकट किया।
EXTRARTNAS एक पुनरुत्पादक (reproducible), डॉकर-आधारित (Docker-based) जावा फ्रेमवर्क है जो कई उपकरणों का उपयोग करके RNA संरचनात्मक एनोटेशन के निष्कर्षण को स्वचालित करता है और उनके विषम आउटपुट को BPSEQ और नए BPSEQE प्रारूपों में मानकीकृत करता है ताकि कैनोनिकल और नॉन-कैनोनिकल इंटरैक्शन के सुसंगत तुलना को सुगम बनाया जा सके।
यह शोधपत्र dnoise को प्रस्तुत करता है, जो एक तेज़ ओपन-सोर्स रस्ट (Rust) टूल है जो DDA और DIA दोनों वर्कफ़्लो में विश्लेषणात्मक सटीकता को बनाए रखते हुए अनावश्यक बिंदुओं को हटाकर Bruker timsTOF के नेटिव डेटा के स्टोरेज फुटप्रिंट को काफी कम कर देता है।
यह शोध पत्र MetaDome 2027 प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक रूप से अपडेट किया गया संसाधन है जो GRCh38 समर्थन के साथ समरूप मानव प्रोटीन डोमेन में मिसेंस वेरिएंट साक्ष्य को एकत्रित करता है, जो डोमेन कवरेज का महत्वपूर्ण विस्तार करता है और क्लिनिकल जेनेटिक्स में अनिश्चित महत्व वाले वेरिएंट्स (variants of uncertain significance) को पुनर्वर्गीकृत करने के लिए महत्वपूर्ण रोगजनक साक्ष्य प्रदान करता है।
scPyviewer एक पायथन-नेटिव, वेब-आधारित इंटरैक्टिव व्यूअर है जो गैर-प्रोग्रामरों को Seurat रूपांतरण के बिना सीधे AnnData सिंगल-सेल डेटासेट को एक्सप्लोर करने में सक्षम बनाता है, जो मौजूदा R शाइनी (Shiny) टूल्स के साथ फीचर समानता प्रदान करता है और साथ ही बेहतर रेंडरिंग गति, कम मेमोरी उपयोग और बड़े पैमाने के डेटासेट को संभालने की क्षमता प्रदर्शित करता है जो R-आधारित विकल्पों को विफल कर देते हैं।