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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

Keloid transcriptomics reveal heterogeneity in fibroblast subtype enrichment, gene expression, and immune cell responses

यह अध्ययन केलॉइड और मेलों (मैच्ड) सामान्य त्वचा ऊतकों के बल्क आरएनए-सीक (RNA-Seq) विश्लेषण का उपयोग यह प्रदर्शित करने के लिए करता है कि कोशिका प्रकार की विषमता (cell type heterogeneity) को ध्यान में रखने से फाइब्रोब्लास्ट और प्रतिरक्षा कोशिकाओं के संवर्धन, उनकी विशिष्ट अंतःक्रियाओं, और केलॉइड रोग के अंतर्निहित प्रमुख जीन अभिव्यक्ति हस्ताक्षरों के बीच स्पष्ट अंतर प्रकट होते हैं।

Panzer, J. J., Pan, M., Nair, M., Loveless, I. M., Adrianto, I., Huang, L., Chitale, D., Francescone, R., Vendramini-Cos (…)2026-09-07
💻 जैव सूचना विज्ञान

labapi: a Python object model for the LabArchives electronic lab notebook

labapi एक पायथन लाइब्रेरी है जो इसके फ्लैट API को एक सहज ऑब्जेक्ट मॉडल में अनुवादित करके कम्प्यूटेशनल वर्कफ़्लो और LabArchives इलेक्ट्रॉनिक लैब नोटबुक के बीच एक सेतु का कार्य करती है, जिससे प्रायोगिक डेटा के निर्बाध पठन और लेखन को स्वचालित किया जाता है ताकि मैनुअल अपलोड को समाप्त किया जा सके।

Li, C., Lawrimore, J., Moraczewski, D., Thomas, A. G.2026-09-07
💻 जैव सूचना विज्ञान

PharmCast: rapid generation of three-dimensional pharmacophore fingerprints from two-dimensional structure without conformer generation

PharmCast एक फीडफॉरवर्ड न्यूरल नेटवर्क है जो बिना कन्फ़ॉर्मर जनरेशन के सीधे 2D SMILES स्ट्रिंग्स से 3D फार्माकोफोर फिंगरप्रिंट्स का तेजी से और सटीक रूप से पूर्वानुमान लगाता है, जिससे पारंपरिक तरीकों की तुलना में बहुत कम कम्प्यूटेशनल लागत पर कुशल वर्चुअल स्क्रीनिंग और स्कैफोल्ड हॉपिंग संभव हो पाती है।

Muskal, S. M., McGregor, M. J.2026-09-07
💻 जैव सूचना विज्ञान

Trustworthy ML/AI for Aging Clocks: Preventing Systematic Prediction Bias in Biological Age Estimation

यह शोध पत्र मशीन लर्निंग-आधारित एजिंग क्लॉक्स (aging clocks) में व्यवस्थित भविष्यवाणी पूर्वाग्रह (systematic prediction bias) के महत्वपूर्ण मुद्दे की पहचान और समाधान करता है, जो डाउनस्ट्रीम एसोसिएशन विश्लेषणों को विकृत कर सकता है, और वैध जैविक आयु अनुमान और निष्कर्ष सुनिश्चित करने के लिए एक कड़े अनुकूलन ढांचे (constrained optimization framework) का प्रस्ताव करता है।

Lee, H., Ye, Z., Yang, Y., Pan, Y., Maron, B., Wang, Z., Kochunov, P., Thompson, P., Hong, L. E., MA, T., Chen, C., Chen (…)2026-09-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

RevPert: predicting candidate drivers of transcriptomic state transitions via gallery-native reverse perturbation

RevPert एक गैलरी-नेटिव रिवर्स परटर्बेशन मॉडल है जो साइन्ड पीयरसन कनेक्टिविटी को एक सीखे हुए रेसिडुअल के साथ जोड़कर ट्रांसक्रिप्टोमिक स्टेट ट्रांज़िशन के संभावित जेनेटिक ड्राइवर्स को प्राथमिकता देता है, जो मौजूदा बेसलाइन की तुलना में होल्ड-आउट इंटरवेंशन को रिकवर करने और रोग-प्रासंगिक एंकर्स की पहचान करने में बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है।

Liang, S., Yang, C., Wang, J., Li, y.2026-09-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Coarse composition suffices: tabular in-context learning for multi-activity antimicrobial peptide profiling

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि 330 व्याख्यात्मक डिस्क्रिप्टर्स (interpretable descriptors) के साथ एक सरल, केवल-अनुक्रम (sequence-only) पाइपलाइन, जो TabPFN फाउंडेशन मॉडल को जोड़ती है, ESCAPE बेंचमार्क पर मल्टी-लेबल एंटीमाइक्रोबियल पेप्टाइड प्रोफाइलिंग में जटिल, संरचना-सशर्त डीप लर्निंग दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करती है, और ग्रेडिएंट-आधारित प्रशिक्षण या संरचनात्मक डेटा की आवश्यकता के बिना अत्याधुनिक सटीकता प्राप्त करती है।

Pal, A., Kumar, R., Solanki, D., Pareek, P., Singh, J., Singla, J.2026-09-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Covariance Nonstationarity is Evident in Spatial Transcriptomics and Provides a New Categorization of Spatially Varying Genes

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि कोवेरिएंस नॉन-स्टेशनैरिटी (covariance non-stationarity) स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में एक प्रचलित और जैविक रूप से महत्वपूर्ण विशेषता है जो सामान्य गॉसियन प्रोसेस (Gaussian process) धारणाओं का उल्लंघन करती है, जिससे स्थानिक रूप से परिवर्तनशील जीनों के लक्षण वर्णन और वर्गीकरण के तरीके के पुनर्मूल्यांकन की आवश्यकता उत्पन्न होती है।

Velidi, P., Wei, Z., Nathoo, F.2026-09-05
💻 जैव सूचना विज्ञान

Comparing phenotypic manifolds with Kompot: Cluster-free differential expression at single-cell resolution

यह शोधपत्र कोम्पोट (Kompot) का परिचय देता है, जो एक क्लस्टर-मुक्त सांख्यिकीय ढांचा है जो कोशिका घनत्व और जीन अभिव्यक्ति को निरंतर फलनों (continuous functions) के रूप में मॉडल करके मल्टी-कंडीशन डेटा के सिंगल-सेल रिज़ॉल्यूशन वाले तुलनात्मक विश्लेषण को सक्षम बनाता है, ताकि पूर्व-निर्धारित कोशिका प्रकारों पर निर्भर किए बिना विभेदक प्रचुरता (differential abundance) और स्थानीयकृत, विषम ट्रांसक्रिप्शनल परिवर्तनों का पता लगाया जा सके।

Otto, D. J., Arriaga-Gomez, E., Thieme, E., Yang, R., Lee, S. C., Setty, M.2026-09-04
💻 जैव सूचना विज्ञान

Probing the transcriptome response to shivering in skeletal muscle using a multilayered bioinformatics approach

यह अध्ययन बार-बार होने वाली थरथराहट (shivering) के जवाब में मानव कंकाल की मांसपेशियों के सुदृढ़, लिंग-विशिष्ट ट्रांसक्रिप्शनल सिग्नेचर को लक्षणबद्ध करने के लिए एक बहुस्तरीय बायोइन्फॉर्मेटिक्स दृष्टिकोण का उपयोग करता है, जो यह प्रकट करता है कि कैसे ये आणविक अनुकूलन शीत अनुकूलन (cold acclimation) के साथ कम हो जाते हैं और बेहतर चयापचय स्वास्थ्य में सुधार के लिए नए यांत्रिक अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं।

Kalkhoven, E., Baak, R. E., Hooiveld, G. J. E. J., Schrauwen, P., Hoeks, J., Raymakers, R., van der Stolpe, A., Kersten (…)2026-09-04
💻 जैव सूचना विज्ञान

Experimental and In Silico Analysis of the Structural Dynamics of Dengue NS2B-NS3 Protease

यह अध्ययन डेंगू वायरस NS2B-NS3 प्रोटीज की pH-निर्भर संरचनात्मक गतिशीलता और संरचनात्मक लचीलेपन को चित्रित करने के लिए प्रयोगात्मक बायोफिजिकल विश्लेषणों और कम्प्यूटेशनल सिमुलेशन को एकीकृत करता है, जो pH-विशिष्ट एंटीवायरल अवरोधकों के तर्कसंगत डिजाइन के लिए महत्वपूर्ण अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।

Muthuvel, s. k., BALAKRISHNAN, S. S., MANJINI, S., DHAL, K., DAS, S., S, D.2026-09-04