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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

Classical baselines outperform released deep-learning ITS classifiers, which collapse on ITS2 where predictions follow the flanking regions

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जहाँ पूर्ण-लंबाई वाले संदर्भों पर फंगल ITS अनुक्रमों के लिए डीप-लर्निंग क्लासिफायर उच्च सटीकता प्राप्त करते हैं, वहीं वे आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले ITS2 सबरीजन पर नाटकीय रूप से विफल हो जाते हैं क्योंकि वे स्वयं बारकोड के बजाय उसके आस-पास के क्षेत्रों (फ्लैंकिंग रीजन्स) पर निर्भर करते हैं, जिससे वास्तविक पर्यावरणीय मेटाबारकोडिंग परिदृश्यों में शास्त्रीय बेसलाइन विधियाँ उन्हें महत्वपूर्ण रूप से पीछे छोड़ देती हैं।

O'Brien, A., Gardette, A., Marin, C., Parada, P.2026-09-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Reference-guided pseudotime inference across species and biological contexts

यह शोध पत्र Cavebear को पेश करता है, जो एक मशीन लर्निंग फ्रेमवर्क है जो एक प्रजाति या स्थिति के संदर्भ scRNA-seq टाइम-सीरीज़ डेटा का लाभ उठाकर उन क्वेरी संदर्भों में सटीक रूप से सूडोटाइम (pseudotime) का अनुमान लगाता है और जैविक उम्र बढ़ने या रोग की प्रगति को मैप करता है जिनमें विश्वसनीय टेम्पोरल लेबल का अभाव होता है।

Rittenhouse, N., Dannenfelser, R., Filippova, G. N., Yao, V., Deng, X., Disteche, C. M., Zhang, R.2026-09-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

Scaling Quantum Optimisation Beyond Hardware Limits for Real-World Scientific Workloads: Genome Assembly on Current Quantum Hardware

यह शोध प्रदर्शित करता है कि हैमिल्टोनियन ऑटो डीकंपोजिशन ऑप्टिमाइजेशन फ्रेमवर्क (HADOF), वास्तविक क्वांटम हार्डवेयर पर 7.1 मिलियन बेस पेयर के *Pseudomonas aeruginosa* जीनोम को सफलतापूर्वक संयोजित करने के लिए वर्तमान NISQ हार्डवेयर सीमाओं को पार कर सकता है, जो 99.348% जीनोम अंश प्राप्त करके बड़े पैमाने के वैज्ञानिक वर्कलोड के लिए स्केलेबल क्वांटम ऑप्टिमाइजेशन की व्यवहार्यता को सिद्ध करता है।

G Sankar, N., Miliotis, G., Caton, S.2026-09-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

Predicted and experimental protein-ligand coordinates with distance labels and evaluation splits

यह शोध पत्र PLI-Parallax प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक डेटासेट है जो अनुमानित और प्रयोगात्मक प्रोटीन-लिगैंड संरचनाओं को कैलिब्रेटेड सटीकता लेबल और कठोर मूल्यांकन विभाजन के साथ एकीकृत करता है, जिससे प्रयोगात्मक ग्राउंड ट्रुथ की अनुपस्थिति में भी विधि सहमति के माध्यम से भविष्यवाणी विश्वसनीयता का अनुमान लगाना सक्षम होता है।

Klamt, T.2026-09-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

Atlas-scale single-cell analysis beyond in-memory paradigm with scAtlasPy

scAtlasPy एक नवीन, डिस्क-रेसिडेंट कंप्यूटिंग फ्रेमवर्क है जो मानक वर्कस्टेशन की मेमोरी सीमाओं को दूर करता है, जिससे मौजूदा अत्याधुनिक प्लेटफॉर्मों की तुलना में काफी कम मेमोरी उपयोग और उच्च प्रसंस्करण गति के साथ विशाल सिंगल-सेल एटलस (जैसे, 10 करोड़ कोशिकाएं) का पूर्ण-रिज़ॉल्यूशन विश्लेषण सक्षम होता है।

Xu, H., Ye, Y., Zhang, S., Xie, R., Li, J., Lin, J., Hu, Y., Gao, L.2026-09-08
💻 जैव सूचना विज्ञान

A shared functional organisation underlies vascular disease remodelling

यह अध्ययन संवहनी रोग (vascular disease) में एक पुनरुत्पादनीय, उच्च-स्तरीय "कार्यात्मक संगठन" की पहचान करता है जो व्यक्तिगत जीन या पथ विविधताओं से परे जाता है, यह प्रकट करते हुए कि विविध स्थितियों और कोशिका प्रकारों में हृदय संबंधी पुनर्गठन छह संरक्षित जैविक कार्यों के एक समन्वित, गतिशील पुनर्संतुलन द्वारा संचालित होता है।

Bradford, A., Bidula, S., Fabian, L., Warren, D.2026-09-08
💻 जैव सूचना विज्ञान

AnnoAudit: a marker-based protocol for auditing single-cell atlas annotations reveals systematic, state-dependent annotation failure in a widely used traumatic brain injury resource

यह शोधपत्र AnnoAudit को प्रस्तुत करता है, जो एक मार्कर-आधारित प्रोटोकॉल है जो व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले सिंगल-सेल एटलस, जैसे कि CEREBRI ट्रॉमैटिक ब्रेन इंजरी रिसोर्स में व्यवस्थित एनोटेशन त्रुटियों को प्रकट करता है, जहाँ ग्लूटामेटर्जिक न्यूरॉन्स के रूप में लेबल किए गए अधिकांश सेल वास्तव में गैर-न्यूरोनल हैं, जिससे महत्वपूर्ण जैविक आर्टिफैक्ट्स उत्पन्न होते हैं जिन्हें पुन: एनोटेशन पर सुधारा जाता है।

Zhang L, Yan Q, Rao H, Li M, Qian X, Zhang Y, Gao R2026-09-08✓ Author reviewed ⓘ
💻 जैव सूचना विज्ञान

bioq: a unified, agent-native command-line interface to a fleet of AI drug-discovery methods

bioq एक ओपन-सोर्स, लाइटवेट कमांड-लाइन इंटरफेस है जो एक सर्वरलेस गेटवे के माध्यम से 38+ कंटेनरीकृत एआई ड्रग-डिस्कवरी टूल्स के बेड़े तक पहुंच को एकीकृत करता है, जिससे शोधकर्ता और स्वचालित एजेंट स्थानीय हार्डवेयर या संघर्षित सॉफ़्टवेयर निर्भरताओं को प्रबंधित किए बिना एक लैपटॉप से जटिल वर्कफ़्लो को निष्पादित करने में सक्षम होते हैं।

Liu, Z., Wang, Y.2026-09-08
💻 जैव सूचना विज्ञान

End-to-end plaque counting and virus titration from laboratory plate images with deep learning

यह शोध पत्र Titra को प्रस्तुत करता है, जो एक एंड-टू-एंड डीप लर्निंग वर्कफ़्लो है जो वायरस टाइट्रेशन की संपूर्ण प्रक्रिया को स्वचालित करता है—वेल डिटेक्शन और प्लाक सेगमेंटेशन से लेकर PFU/mL अनुमान तक—जो विविध वायरल प्रजातियों और प्लेट प्रारूपों में मैनुअल एनोटेशन के साथ मजबूत सहमति प्रदर्शित करता है।

Moris, E., Costable, A., Rey, S., Ferreiro, I., Hurtado, J., Villagran, M., Luciano, L. L., Vazquez, A. E., Ramos, J., M (…)2026-09-08
💻 जैव सूचना विज्ञान

How do Co-Folding Models Organize Structural Information?

यह शोध पत्र बोल्ट्ज़-1 (Boltz-1) को-फोल्डिंग मॉडल का विश्लेषण करता है जिससे यह प्रकट होता है कि संरचनात्मक जानकारी तीन विशिष्ट धाराओं—एकल, इंट्रा-चेन (intra-chain), और इंटर-चेन (inter-chain) निरूपणों—में व्यवस्थित है जो एक मिक्स-कंप्रेस-रिफाइन (Mix-Compress-Refine) प्रक्षेपवक्र का अनुसरण करती हैं, जहाँ इंट्रा-चेन ज्यामिति काफी हद तक पूर्व-निर्धारित होती है जबकि इंटर-चेन व्यवस्थाओं का निर्माण और सामंजस्य डिफ्यूजन मॉड्यूल द्वारा प्रगतिशील रूप से किया जाता है।

Park, M., Kim, S., Moon, S., Kim, H., Jeon, G., Kim, W. Y.2026-09-08