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1012 पेपर

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PKProbDesign: RNA inverse folding including pseudoknots by optimizing thermodynamic folding probability

PKProbDesign एक नवीन सैंपलिंग-आधारित ढांचा है जो स्कैफोल्ड अपघटन (scaffold decomposition) और सशर्त एन्सेम्बल मूल्यांकन (conditional ensemble evaluation) के माध्यम से सीधे थर्मोडायनामिक फोल्डिंग संभावनाओं को अनुकूलित करके स्यूडोनॉटेड (pseudoknotted) संरचनाओं के लिए आरएनए इनवर्स फोल्डिंग की चुनौती का समाधान करता है, जो बेंचमार्क लक्ष्यों पर DesiRNA और MODENA जैसे मौजूदा तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Otagaki, T., Iwakiri, J., terai, g., Asai, K., Sato, K.2026-07-11
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Spatial mitochondrial lineage tracing uncovers a premetastatic niche and microenvironment programmed fate switching in osteosarcoma

सिंगल-सेल और स्पेशियल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स को माइटोकॉन्ड्रियल वेरिएंट-आधारित वंश अनुरेखण (lineage tracing) के साथ एकीकृत करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि ऑस्टियोसारकोमा की प्रगति में COL3A1 प्रोजेनिटर से मेटास्टैटिक THY1 कोशिकाओं तक एक क्रमिक ट्रांसक्रिप्शनल कैस्केड शामिल है, जो एक ऐसा भाग्य परिवर्तन (fate switch) है जो दोषपूर्ण PLVAP एंडोथेलिया के साथ स्थानिक सह-स्थानीयकरण द्वारा कड़ाई से लाइसेंस प्राप्त है ताकि एक PTN/NOTCH-समृद्ध प्री-मेटास्टैटिक नीच (niche) बनाया जा सके, जिससे एक "समय-स्थान-वंश" ढांचा स्थापित होता है जहाँ सूक्ष्म पर्यावरणीय संकेत अपरिवर्तनीय क्लोनल प्रतिबद्धता को संचालित करते हैं।

Xue, Y., Su, Z., Su, J., Chu, A. S., Wan, L., Chen, M., Cheung, J. P. Y., Cheung, K. S. C., Ho, J. W. K.2026-07-11
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ProtAug: An Empirical Investigation of pLM-Guided Data Augmentation for Protein Sequence Prediction Tasks

यह शोधपत्र ProtAug प्रस्तुत करता है, जो pLM-निर्देशित प्रोटीन अनुक्रम डेटा संवर्धन (augmentation) के लिए एक ऐसा ढांचा है जो व्यवस्थित रूप से यह प्रदर्शित करता है कि कैसे उपयोगकर्ता-नियंत्रित भिन्नता स्तर विविध कार्यों में निरंतर डाउनस्ट्रीम भविष्यवाणी प्रदर्शन में सुधार कर सकते हैं, जिससे यह प्रकट होता है कि जहाँ कम-से-मध्यम भिन्नता पर जैविक संभाव्यता को बनाए रखना फायदेमंद है, वहीं उच्च-भिन्नता संवर्धन भी नियमितीकरण प्रभावों (regularization effects) के माध्यम से लाभ पहुंचा सकता है।

Chen, Z., Wang, R., Luo, Q.2026-07-11
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High resolution Streptococcus pyogenes core genome MLST and LIN coding scheme for outbreak detection

यह शोध पत्र *Streptococcus pyogenes* के लिए एक नवीन, स्केलेबल और वैश्विक स्तर पर सुलभ कोर जीनोम MLST और LIN कोडिंग योजना प्रस्तुत करता है, जिसे PubMLST द्वारा होस्ट किया गया है, ताकि प्रकोपों का पता लगाने में वृद्धि की जा सके और आनुवंशिक वेरिएंट की ट्रैकिंग में अंतर्राष्ट्रीय सहयोग को सुगम बनाया जा सके।

Ryan, Y., Jolley, K. A., Hearn, H., Parfitt, K. M., Platt, S., Lamagni, T., Moganeradj, K.2026-07-11
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GBZ-base and GAF-base: Indexed pangenome file formats

यह शोध पत्र GBZ-base और GAF-base को प्रस्तुत करता है, जो SQLite-आधारित इंडेक्स्ड फ़ाइल प्रारूप हैं जो स्थानीय पैनजीनोम सबग्राफ और उनके संगत अलाइनमेंट के कुशल, डिस्क-आधारित निष्कर्षण को सक्षम करते हैं, जो इंटरैक्टिव अनुप्रयोगों के लिए मौजूदा बैच-प्रोसेसिंग प्रारूपों की सीमाओं को संबोधित करते हैं।

Siren, J., Paten, B., the Human Pangenome Reference Consortium,2026-07-11
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Panomap: Unbiased Nanopore Signal Mapping with Pangenome Variation Graphs

पैनोमैप (Panomap) पहला सिग्नल-स्पेस मैपर है जो विविध नैनोपोर नमूनों के लिए रेफरेंस बायस (reference bias) को समाप्त करने और मैपिंग सटीकता में सुधार करने के लिए पैनजीनोम वेरिएशन ग्राफ्स का उपयोग करता है, जबकि एक कॉम्पैक्ट और स्केलेबल इंडेक्स को बनाए रखता है।

Shih, P. J., Sanghani, Z., Guarracino, A., Gamaarachchi, H., Batten, C.2026-07-11
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Generative continuous time model reveals epistatic signatures in protein evolution

यह शोध पत्र एक निरंतर-समय प्रोटीन विकास मॉडल प्रस्तुत करता है जो एपिस्टेटिक प्रभावों (epistatic effects) को सिम्युलेट करने के लिए एक जनरेटिव पॉट्स मॉडल (generative Potts model) द्वारा पैरामीटराइज्ड है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि एपिस्टेसिस समग्र विकास को धीमा करता है और विकासवादी दूरियों का व्यवस्थित रूप से कम आकलन (underestimation) करता है, यह संदर्भ-निर्भर दर विषमता (context-dependent rate heterogeneity) के कारण औसत साइट-विशिष्ट दरों को परिवर्तित नहीं करता है।

Pagnani, A., Barrat-Charlaix, P.2026-07-10
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Enhanced proteome relative quantification using refined quantotypic spectral libraries

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि गैर-प्रतिनिधि पेप्टाइड्स को बाहर करके प्लाज्मा स्पेक्ट्रल लाइब्रेरी को परिष्कृत करने से प्रोटीन पहचान से समझौता किए बिना डेटा-स्वतंत्र अधिग्रहण (DIA) प्रोटिओमिक्स सापेक्ष मात्रा निर्धारण की परिशुद्धता, सटीकता और कम्प्यूटेशनल दक्षता में महत्वपूर्ण सुधार होता है।

Barnes, B. A., Alharbi, H., Unwin, R.2026-07-10
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MKMC enables reference-free transcriptomic analysis using k-mer representations

MKMC एक स्केलेबल, रेफरेंस-फ्री टूलकिट है जो k-mer सांख्यिकी का लाभ उठाकर मॉडल और नॉन-मॉडल जीवों में सुदृढ़ RNA-seq विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जो सफलतापूर्वक उन जैविक संकेतों और आइसोफॉर्म-विशिष्ट घटनाओं का पता लगाता है जो अक्सर पारंपरिक एलाइनमेंट-आधारित विधियों से बच निकलते हैं।

Mboning, L., Dlugosz, M., Kokot, M., Chen, J., Costa, E. K., Wu, M.-R., Wang, S., Bouchard, L.-S., Deorowicz, S., Pelleg (…)2026-07-10
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CircDiscoverer: A multispecies comprehensive resource for circRNA-protein interactions and RNA modification landscapes

लेखक CircDiscoverer प्रस्तुत करते हैं, जो एक व्यापक, उपयोगकर्ता के अनुकूल वेब संसाधन है जो मनुष्यों, चूहों, फ्रूट फ्लाइज और पौधों सहित कई प्रजातियों में circRNA-प्रोटीन इंटरैक्शन और RNA मॉडिफिकेशन लैंडस्केप्स का अन्वेषण करने के लिए मैन्युअल रूप से क्यूरेटेड और कम्प्यूटेशनल रूप से अनुमानित डेटा को एकीकृत करता है।

Srinivasan, S., Kumar, S., Chatterjee, S., Chande, A.2026-07-09