💻 जैव सूचना विज्ञान

Pretrained gene representations transfer mean expression more broadly than spatial patterns in virtual spatial transcriptomics

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि वर्चुअल स्पेशियल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (virtual spatial transcriptomics) में, प्रीट्रेन्ड जीन रिप्रजेंटेशन (pretrained gene representations) मुख्य रूप से ऊतकों में एक जीन की औसत अभिव्यक्ति (mean expression) के पूर्वानुमान को बढ़ाते हैं न कि उसकी स्थानिक भिन्नता (spatial variation) को, जो यह प्रकट करता है कि क्रॉस-जीन जनरलाइजेशन (cross-gene generalization) व्यापक अभिव्यक्ति हस्तांतरण (broad expression transfer) द्वारा संचालित होता है न कि विशिष्ट स्थानिक पैटर्न की रिकवरी द्वारा।

Chen, T., Hicks, S. C.2026-09-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Interrogating contrastive learning embeddings for structure-based virtual screening: a case study on DrugCLIP

यह शोध पत्र संरचना-आधारित वर्चुअल स्क्रीनिंग के लिए DrugCLIP के कंट्रास्टिव लर्निंग एम्बेडिंग्स का व्यवस्थित मूल्यांकन करता है, जिससे यह पता चलता है कि जहाँ इसके पॉकेट एम्बेडिंग्स तेज़ और सुदृढ़ संरचनात्मक समानता खोज प्रदान करते हैं और इसके लिगैंड एम्बेडिंग्स अनदेखे लक्ष्यों के प्रति मजबूत सामान्यीकरण के साथ पॉकेट-जागरूक रासायनिक पैटर्न को कैप्चर करते हैं, वहीं इनका प्रदर्शन संरचनात्मक विविधताओं और अनुमानित प्रोटीन पॉकेट्स की अशुद्धियों के कारण काफी सीमित है।

Sanchez Utges, J., Jones, D. T., Orengo, C.2026-09-18
💻 जैव सूचना विज्ञान

Targeted ortholog search in unannotated genome assemblies with fDOG-Assembly

यह शोध पत्र fDOG-Assembly को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन उपकरण है जो अनएनोटेटेड (unannotated) जीनोम असेंबली में सीधे लक्षित, फीचर आर्किटेक्चर-जागरूक ऑर्थोलॉग खोजों को सक्षम बनाता है, जिससे पूर्व-एनोटेटेड प्रोटिओम (proteome) पर निर्भर पारंपरिक विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सकता है और स्प्रिंगटेल्स (springtails) में व्यापक β\beta-लैक्टम बायोसिंथेसिस क्षमता जैसे नए जैविक अंतर्दृष्टि का अनावरण किया जा सकता है।

Muelbaier, H., Arthen, F., Tran, V., Schaefer, I., Balint, M., Ebersberger, I.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

SixPack-AbScan: a web server to discover cross-reactivity of antibodies across species

स्क्वैकपैक-एबस्कैन (SixPack-AbScan) एक निःशुल्क, प्रजाति-निरपेक्ष वेब सर्वर है जो एपिटोप अनुक्रम संरक्षण (epitope sequence conservation) के लिए कम्प्यूटेशनल स्क्रीनिंग करके, गैर-मॉडल जीवों पर काम करने वाले शोधकर्ताओं को संभावित एंटीबॉडी क्रॉस-रिएक्टिविटी की पहचान करने में सहायता करता है, जिससे प्रायोगिक सत्यापन के लिए उम्मीदवारों को प्राथमिकता दी जा सके।

Grillo, M.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

Structured cross-omics interaction discovery with a triple-graph model

यह शोध पत्र TriGer को प्रस्तुत करता है, जो एक ट्रिपल-ग्राफ फ्रेमवर्क है जो मल्टी-ओमिक्स डेटा में खंडित युग्म-संबंधों (pairwise associations) की सीमाओं को दूर करते हुए, आणविक परतों के बीच व्याख्या योग्य, समन्वित मैनी-टू-मैनी (many-to-many) मॉड्यूल की पहचान करता है, जो सिमुलेशन में संरचित संकेतों को पुनः प्राप्त करने में अपनी प्रभावशीलता को प्रदर्शित करता है और इंफ्लेमेटरी बाउल डिजीज तथा कोलोरेक्टल कैंसर में रोग-विशिष्ट जैविक पैटर्न को प्रकट करता है।

YU, J., Lin, H., Chen, S.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

Flow Orchestrated Regulatory Genomics Engine (FORGE): A Configurable Nextflow Pipeline for End-to-End snMultiome Analysis

FORGE एक कॉन्फ़िगर करने योग्य, कंटेनराइज्ड Nextflow पाइपलाइन है जो जीन अभिव्यक्ति और क्रोमैटिन एक्सेसिबिलिटी डेटा को रेगुलेटरी नेटवर्क इन्फरेंस और डिफरेंशियल टेस्टिंग के लिए एकीकृत करके एंड-टू-एंड सिंगल-न्यूक्लियस मल्टीओम विश्लेषण को स्वचालित करती है, जिससे विविध डेटासेट्स में स्केलेबिलिटी, पुनरुत्पादकता और जैविक व्याख्या में वृद्धि होती है।

Solano, L. E., Rahimzadeh, N., Shi, Z., Swarup, V.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

ML4SD: Leveraging Machine Learning and High-Throughput Search Algorithms for an Iterative Growth-Coupled Design Innovation

यह शोधपत्र ML4SD को प्रस्तुत करता है, जो एक सक्रिय-लर्निंग डिज़ाइन-बिल्ड-टेस्ट-लर्न चक्र है जो मशीन लर्निंग को एक नवीन उच्च-थ्रूपुट एल्गोरिदम (gcSwarms) के साथ एकीकृत करता है ताकि ग्रोथ-कपल्ड माइक्रोबियल स्ट्रेन डिज़ाइनों को कुशलतापूर्वक पहचाना जा सके, जिससे पारंपरिक खोज विधियों की तुलना में बहुत कम प्रयोगात्मक पुनरावृत्तियों के साथ काफी अधिक कार्बन यील्ड प्राप्त की जा सकती है।

Gargantilla Becerra, A., Nogales Enrique, J.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

A Turing-Style Test for In-Silico Antibodies: How Sampling Mode Makes WGAN-GP Beat VAE in the Wet Lab

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जबकि वॉर्मस्टीन GANs ने प्रयोगात्मक रूप से व्यवहार्य 'डी नोवो' एंटीबॉडी उत्पन्न करने में वेरिएशनल ऑटोएनकोडर्स से बेहतर प्रदर्शन किया (99% बनाम 5% सफलता), यह असमानता मुख्य रूप से सैंपलिंग रणनीति—अनकंडीशनल जनरेशन बनाम ज्ञात एंटीबॉडी के साथ लेटेंट सीडिंग—द्वारा संचालित थी, न कि अंतर्निहित स्थापत्य श्रेष्ठता द्वारा।

Kummer, A., Mahmoudinobar, F., Liu, W., Davis, J. W., Ma, E. J., Kumar, S.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

Uncertainty-Aware Model Selection with a Calibrated Probability-Generating-Function-Based Bayesian Information Criterion

यह शोधपत्र स्टोकेस्टिक जीन-एक्सप्रेशन मॉडल्स के लिए एक अनिश्चितता-जागरूक मॉडल चयन नियम प्रस्तुत करता है जो सैंपलिंग अनिश्चितता को ध्यान में रखने और कम्प्यूटेशनल दक्षता से समझौता किए बिना जटिल मॉडल्स के अत्यधिक चयन को रोकने के लिए इन्फ्लुएंस फंक्शन्स और कैन्टेली की असमानता (Cantelli's inequality) के माध्यम से प्राप्त डेटा-संचालित थ्रेशोल्ड को शामिल करके पारंपरिक PGF-BIC को उन्नत करता है।

Wang, Y., Shu, Z., Gao, F., Cao, Z.2026-09-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

Interpretable Machine Learning Reveals Complementary Age-Related Signatures in the Oral and Gut Microbiome

युग्मित मौखिक और आंत माइक्रोबायोम डेटा पर SHAP-आधारित व्याख्यात्मकता (interpretability) का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि संयुक्त मॉडल नवजात शिशुओं को वयस्कों से अलग करने के लिए केवल आंत के डेटा की पूर्ण भविष्य कहने वाली सटीकता (predictive accuracy) से आगे नहीं बढ़ते हैं, वे मौखिक गुहा से पूरक, गैर-अतिरेक (non-redundant) जैविक हस्ताक्षरों को उजागर करते हैं जिन्हें अन्यथा पारंपरिक सटीकता मेट्रिक्स द्वारा छोड़ दिया जाता।

Ruthbah, C. A., Sadi, T. H., Jahan, N. E. S., Adib, A. N. M. T.2026-09-15