bioinformatics पेपर

A Bayesian modelling framework for inference of latent infection risk patterns from virus neutralisation assay titration data

यह शोध पत्र एक दो-भाग वाले बेयसियन ढांचे (Bayesian framework) को प्रस्तुत करता है जो एंटीबॉडी सांद्रता का मॉडलिंग करके और अनिश्चितता को एक आयु-संरचित सेरोकैटलिटिक मिश्रण मॉडल (age-structured serocatalytic mixture model) में प्रसारित करके, कच्चे वायरस न्यूट्रलाइजेशन परख टाइट्रेशन डेटा से सीधे गुप्त संक्रमण जोखिम पैटर्न का अनुमान लगाता है, जिससे पारंपरिक द्वि-आधारी विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सके और इंग्लैंड में एंटरोवायरस A71, D68 और कॉक्सैकीवायरस A6 के लिए विशिष्ट संक्रमण गतिकी को प्रकट किया जा सके।

Alrefae, T. A., Pons-Salort, M., Donnelly, C. A., Lambert, B., Kamau, E.2026-09-22

💻 जैव सूचना विज्ञान

Quantifying the Rearrangement Complexity of Pangenomes

यह शोध पत्र जटिल पैनजीनोमिक डेटा पर लागू होने वाले मौजूदा पुनर्व्यवस्था मॉडलों की सैद्धांतिक और व्यावहारिक सीमाओं को दूर करके, तुलनात्मक जीनोमिक्स और पैनजीनोमिक्स के बीच के अंतर को पाटने के लिए 'कम्प्लीट एंसेस्ट्रल रिकंस्ट्रक्शन फॉर पैनजीनोम्स' (CARP) समस्या को प्रस्तुत करता है।

Bohnenkaemper, L., Stoye, J.2026-09-22

💻 जैव सूचना विज्ञान

Two Comparators May Be All We Need

यह शोधपत्र दो स्ट्रक्चर-फ्री (संरचना-मुक्त) मशीन लर्निंग मॉडल प्रस्तुत करता है जो रासायनिक संरचनाओं और प्रोटीन अनुक्रमों की तुलना करके यौगिकों और लक्ष्यों के बीच युग्मवार प्राथमिकताओं (pairwise preferences) की सटीक भविष्यवाणी करते हैं, जिससे बिना किसी कन्फर्मेशनल विश्लेषण या प्रोटीन संरचना डेटा की आवश्यकता के रैंकिंग में उच्च सटीकता प्राप्त होती है।

Muskal, S. M.2026-09-22✓ Author reviewed ⓘ

💻 जैव सूचना विज्ञान

PREpiBind: Protein Representation-integrated Epitope--MHC Class II Binding Prediction

यह शोध पत्र PREpiBind को प्रस्तुत करता है, जो एक द्वि-प्रवाह (dual-stream) ढांचा है जो pMHC-II बाइंडिंग भविष्यवाणी के लिए दस प्रोटीन निरूपणों (representations) का व्यवस्थित रूप से मूल्यांकन करता है, जिससे यह स्पष्ट होता है कि यद्यपि प्रोटीन भाषा मॉडल आम तौर पर उच्चतम प्रदर्शन प्राप्त करते हैं, फिर भी इष्टतम निरूपण का चयन विशिष्ट भविष्यवाणी परिदृश्य और डेटासेट की विशेषताओं पर निर्भर करता है।

Jang, D. H., Kim, D., Park, B., Hwang, U., Choi, Y., Lee, J.2026-09-21

💻 जैव सूचना विज्ञान

CalFluxTools: An R package for analysis of high-throughput calcium oscillation screening data

CalFluxTools R पैकेज एक स्वचालित पाइपलाइन है जिसे 384-वेल प्लेटों से उच्च-थ्रूपुट कैल्शियम ऑसिलेशन डेटा के विश्लेषण को सुव्यवस्थित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो गुणवत्ता नियंत्रण मेट्रिक्स उत्पन्न करके, सांख्यिकीय परीक्षणों को निष्पादित करके और यौगिक विषाक्तता की भविष्यवाणी करके 60 से अधिक काइनेटिक मापदंडों को मैन्युअल रूप से संसाधित करने की चुनौतियों को दूर करता है।

Patt, A. C., Borschel, W. F., Braisted, J., Raza, D., Wu, C.-K., Farkondeh, A., Strong, C., Zhang, J., Lee, E., Traynor (…)2026-09-21

💻 जैव सूचना विज्ञान

ProtPipe2: Multi-Platform Downstream Proteomics Analysis Tool

ProtPipe2 एक बहुमुखी, मल्टी-प्लेटफ़ॉर्म डाउनस्ट्रीम प्रोटिओमिक्स विश्लेषण ढांचा है जो एक R पैकेज और वेब एप्लिकेशन दोनों के रूप में उपलब्ध है, जो मास स्पेक्ट्रोमेट्री, ओलिंक (Olink) और सोमास्कैन (SomaScan) डेटा के लिए गुणवत्ता नियंत्रण, सांख्यिकीय विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन वर्कफ़्लो को एकीकृत करता है ताकि पुनरुत्पादकता और लचीलेपन को बढ़ाया जा सके।

Epstein, J., Weller, C., Kowal, I., Hao, Y., Tindall, C., Jin, B., Cookson, M. R., Nalls, M. A., Li, Z., Qi, Y. A.2026-09-21

💻 जैव सूचना विज्ञान

OpenAntigens: a structure-aware database for antigen construct design across the human cell-surface and secreted proteome

OpenAntigens एक निःशुल्क, बिना लॉगिन वाला डेटाबेस है जो मानव स्रावित (secreted) और कोशिका-सतह (cell-surface) प्रोटिओम के लिए एंटीजन कंस्ट्रक्ट डिजाइन को सुव्यवस्थित करता है, जो पुनरुत्पादनीय (reproducible) और क्रॉस-रिएक्टिविटी-जागरूक डिजाइन सुझाव उत्पन्न करने के लिए विविध संरचनात्मक, टोपोलॉजिकल और तुलनात्मक डेटा को एक एकीकृत, संवादात्मक वर्कफ़्लो में एकीकृत करता है।

Teixeira, A. A. R., Zhu, H., Kothiwal, D., Cao, R., Mills, A.2026-09-18

💻 जैव सूचना विज्ञान

Incomplete references leave bulk deconvolution targets non-identifiable, but identification has a computable precision price

यह शोध पत्र यह तर्क देता है कि अपूर्ण संदर्भ प्रोफाइल (reference profiles) बल्क डीकनवोल्यूशन लक्ष्यों को केवल अनुमान लगाने में कठिन बनाने के बजाय उन्हें गैर-पहचान योग्य (non-identifiable) बना देते हैं, यह प्रदर्शित करते हुए कि मानक बिंदु अनुमान (point estimates) अक्सर कवरेज की कमी रखते हैं और जैविक निष्कर्षों को उलट सकते हैं, जबकि एक नए ढांचे का प्रस्ताव देता है जो सरल श्रिंकेज (shrinkage) के बजाय प्रमाणित परिशुद्धता, कवरेज और गलत-प्रमाणन मेट्रिक्स को प्राथमिकता देता है।

Jiang, H., Gao, F., Liu, P., Wu, Y., Jie, Y., Li, Y., Jiang, Y.2026-09-18

💻 जैव सूचना विज्ञान

Mapping Gene Expression to an Interpretable Semantic Space

यह शोध पत्र MESIC को प्रस्तुत करता है, जो एक विधि है जो एकल-कोशिका अभिव्यक्ति डेटा (single-cell expression data) को व्याख्या योग्य घटकों में मैप करने के लिए एक सिमेंटिक समन्वय प्रणाली (semantic coordinate system) में क्यूरेटेड जीन ज्ञान को एकीकृत करती है, जिससे पोस्ट-हॉक व्याख्या पर निर्भर किए बिना कोशिका प्रकारों का जैविक रूप से सार्थक क्लस्टरिंग और एनोटेशन सक्षम होता है।

Duan, X., Aggarwal, M., Periwal, V.2026-09-18

💻 जैव सूचना विज्ञान

A Unified 3D Generative Model for Synthesizable Structure-Based Drug Design

यह शोध पत्र LDDM को प्रस्तुत करता है, जो एक एकीकृत 3D जनरेटिव मॉडल है जो ड्रग डिस्कवरी में सिंथेटिक सुलभता की चुनौतियों पर काबू पाने के लिए नवीन, लक्ष्य-विशिष्ट लघु अणुओं और पेप्टाइड्स के तीव्र डिजाइन को सक्षम बनाता है, जिन्हें पांच प्रोटीन लक्ष्यों में उच्च बाइंडिंग एफिनिटी और संरचनात्मक सटीकता प्राप्त करने के लिए प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया गया था।

Igashov, I., Schneuing, A., Dobbelstein, A. W., Morozova, I., Neeser, R. M., Zielinski, K., Abriata, L. A., Petruzzella (…)2026-09-18

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