💻 जैव सूचना विज्ञान

Stability-driven multi-omics integration for reproducible latent structure

यह शोध पत्र एक स्थिरता-संचालित मल्टी-ओमिक्स एकीकरण ढांचे का प्रस्ताव करता है जो पुनरुत्पादक अव्यक्त संरचनाओं (latent structures) की पहचान करने के लिए स्पार्स जनरलाइज्ड कैनोनिकल कोरिलेशन एनालिसिस को कठोर क्रॉस-वैलिडेशन के साथ जोड़ता है, जो थायराइड कैंसर कोहॉर्ट में मेटाबोलोमिक और प्रोटिओमिक प्रोफाइल में निरंतर रोग संबंधी संबंधों और टेम्पोरल परिवर्तनों को प्रकट करके अपनी प्रभावशीलता प्रदर्शित करता है।

Guan, H., Gerwen, M. v., Kim-Schulze, S., Colicino, E., Dolios, G., Petrick, L.2026-08-25
💻 जैव सूचना विज्ञान

Benchmarking the robustness of segmentation models to corruptions in biological imaging

यह शोध पत्र 30 जैविक इमेजिंग डेटासेट और 36 भ्रष्टाचार (corruption) प्रकारों के माध्यम से सेगमेंटेशन मॉडल की मजबूती का एक व्यापक बेंचमार्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि स्वच्छ छवियों पर उच्च प्रदर्शन भ्रष्टाचार के प्रति लचीलेपन की गारंटी नहीं देता है और स्टारडिस्ट्र (StarDist) जैसे पुराने तरीके आधुनिक फाउंडेशन मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन कर सकते हैं, जिसमें विफलताएं मुख्य रूप से प्रारंभिक एन्कोडिंग परतों में होती हैं।

Kesenci, Y., Le Folgoc, L., Angelini, E.2026-08-25
💻 जैव सूचना विज्ञान

Benchmarking antibody-antigen co-folding on human monomeric antigens

यह अध्ययन दस एंटीबॉडी-एंटीजन को-फोल्डिंग प्रोटोकॉल का मूल्यांकन करने के लिए HuMonoAg-Bench बेंचमार्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि जहाँ हालिया विधियों ने CDRH3 मॉडलिंग में महत्वपूर्ण सुधार किया है और लगभग आधे पोस्ट-कटऑफ परिसरों (complexes) के लिए मध्यम या बेहतर सटीकता प्राप्त की है, वहीं सही बाइंडिंग मोड को नमूना बनाने (sampling) और लचीले लूप्स को मॉडल करने में चुनौतियाँ बनी हुई हैं, जो कई संरचनात्मक रूप से विषम परिसरों के पूर्वानुमान को सीमित करती हैं।

Park, M., Nett, R., Petersen, B., Sivasubramanian, A.2026-08-24
💻 जैव सूचना विज्ञान

Kiosc: an integrated platform for managing bioinformatics data analysis containers

Kiosc एक स्वयं-होस्ट किया गया, उपयोगकर्ता के अनुकूल वेब प्लेटफॉर्म है जो Django पर निर्मित है, जो डॉकर कंटेनरीकृत बायोइन्फॉर्मेटिक्स वेब अनुप्रयोगों के ऑर्केस्ट्रेशन, संगठन और एक्सेस कंट्रोल को सरल बनाता है, और इंटरैक्टिव विश्लेषण परिणामों को साझा करने के लिए कुबेरनेट्स (Kubernetes) के मुकाबले कम ओवरहेड वाला एक विकल्प प्रदान करता है।

Marotta, F., Stolpe, O., Obermayer, B., Weiner, J., Holtgrewe, M., Beule, D., Nieminen, M.2026-08-24
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Microenvironment-informed inference of transcriptional progression geometry

यह शोध पत्र BIOCURRENT को प्रस्तुत करता है, जो एक कारण अनुमान (causal inference) ढांचा है जो डोनर-विशिष्ट छद्म समय ज्यामिति (pseudotime geometry) को पुनर्गठित करता है ताकि यह मात्रात्मक रूप से माप सके कि सूक्ष्म पर्यावरणीय संदर्भ ट्रांसक्रिप्शनल प्रोग्रेशन अंतराल को कैसे विकृत करते हैं, जिससे टी-सेल विकास और COVID-19 प्रतिरक्षा डिसरेगुलेशन जैसी जटिल जैविक प्रणालियों में चरण-विशिष्ट विचलन और संभावित हस्तक्षेप चेकपॉइंट्स की पहचान की जा सके।

Kobara, S., Rahman, S. A., Ribeiro, S. P., Coopersmith, C. M., Kamaleswaran, R.2026-08-24
💻 जैव सूचना विज्ञान

CodonMamba: a foundation model for programmable mRNA coding sequence design

CodonMamba mRNA कोडिंग अनुक्रम डिजाइन के लिए एक अत्याधुनिक फाउंडेशन मॉडल है, जो बड़े पैमाने पर कॉर्पोरा पर प्रीट्रेनिंग के माध्यम से, भविष्यवाणी कार्यों में उत्कृष्ट प्रदर्शन प्राप्त करता है और बिना पुन: प्रशिक्षण के विशिष्ट होस्ट या एप्लिकेशन प्राथमिकताओं को पूरा करने के लिए कोडन अनुकूलन के प्रोग्रामेबल, इन्फरेंस-टाइम स्टीयरिंग को सक्षम करता है।

Lang, M., Fang, X., Wang, Z., Chen, M., Cheng, Z., Zhu, X., Tam, K. Y., Zhang, J., Li, X.2026-08-24
💻 जैव सूचना विज्ञान

Bayesian Network Structure Learning: The NewCalibrated Minimum Uncertainty Criterion andDiscriminative Power Evaluation Framework

यह शोध पत्र विषम डेटा से बेयसियन नेटवर्क संरचना शिक्षण की मजबूती, व्याख्यात्मकता और सांख्यिकीय अंशांकन को बढ़ाने के लिए एक रिज़ॉल्यूशन-जागरूक, कैलिब्रेटेड न्यूनतम अनिश्चितता मानदंड और एक विभेदक शक्ति मूल्यांकन ढांचे को प्रस्तुत करता है।

Gogoshin, G., RODIN, A. S.2026-08-23
💻 जैव सूचना विज्ञान

Delta Marches: Generative AI based image synthesis to decode disease-driving morphologic transformations.

डेल्टा-मार्चेस (Delta-Marches) एक जनरेटिव एआई फ्रेमवर्क है जो ऊतक वर्गों (tissue classes) के बीच आदर्श रूपात्मक संक्रमणों (idealized morphological transitions) को सिम्युलेट करके रोग तंत्रों को डिकोड करता है ताकि उन उपकोशिकीय विशेषताओं (subcellular features) का पता लगाया जा सके जो पैथोफिजियोलॉजिकल परिवर्तनों को संचालित करती हैं, जैसा कि रीनल कार्सिनोमा ग्रेडिंग और कोलोरेक्टल डिस्पलेसिया में प्रदर्शित किया गया है।

Nguyen, T. H., Panwar, V., Jarmale, V., Perny, A., Dusek, C., Cai, Q., Kapur, P. H., Danuser, G., Rajaram, S.2026-08-22
💻 जैव सूचना विज्ञान

KRAKEN: A provenance-tracked knowledge graph for multiomic and wellness research

KRAKEN एक स्केलेबल, प्रोवेनेंस-ट्रैक्ड नॉलेज ग्राफ है जो विविध बायोमेडिकल स्रोतों को एक मॉड्यूलर, 15-मिलियन-नोड सिस्टम में एकीकृत करके मल्टीओमिक और वेलनेस डेटा के कम प्रतिनिधित्व की समस्या का समाधान करता है, जिसमें मानकीकृत सिमेंटिक्स, अंतर्निहित विश्लेषणात्मक उपकरण और मानव एवं एआई-संचालित अनुसंधान दोनों के लिए मल्टी-मोडल इंटरफेस शामिल हैं।

Glen, A. K., Witherington, D., Leslie, T., Baumgartner, A., Fernando, A., Vemuri, B., Nahman, O., Glusman, G., Hood, L. (…)2026-08-22
💻 जैव सूचना विज्ञान

Sequence-Derived Representations versus Pfam-Domain Content for Biosynthetic Gene Cluster Retrieval

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि बायोसिंथेटिक जीन क्लस्टर्स (biosynthetic gene clusters) को खोजने के लिए स्पष्ट Pfam-डोमेन सामग्री, ESM-2 अनुक्रम-व्युत्पन्न निरूपणों (sequence-derived representations) से बेहतर प्रदर्शन करती है या उनके बराबर है, जो यह संकेत देता है कि अनुक्रम एम्बेडिंग (sequence embeddings) वर्तमान में स्थापित डोमेन-आधारित मेट्रिक्स से परे वैकल्पिक बायोसिंथेटिक मार्गों की रिकवरी में सुधार नहीं करते हैं।

Urokov, R., Khan, A., Eshboyev, F., Asadov, D., Rahman, S., Kushokova, D.2026-08-22