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यह अध्ययन एक टेंसर-व्युत्पन्न समानता नेटवर्क ढांचे का प्रस्ताव करता है जो कोलोरेक्टल कैंसर स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा को विघटित करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि ऊतक संरचना (tissue architecture) आणविक कनेक्टिविटी को कैसे सीमित करती है, जो स्थानिक विषमता को चित्रित करने और बायोमार्कर खोजने के लिए एक मात्रात्मक दृष्टिकोण प्रदान करता है।
यह अध्ययन एक नेटवर्क-आधारित ढांचे को प्रस्तुत करता है जो विभेदक प्रोटीन फोल्ड-चेंज दिशाओं की संगति का विश्लेषण करके विषम प्रोटिओमिक डेटासेट को एकीकृत करता है, और ट्यूमर चरण से जुड़े स्तन कैंसर प्रोफाइल और लिपिड-संबंधी पथों जैसे जैविक रूप से सार्थक समूहों को सफलतापूर्वक पहचानता है।
BioEngine एक स्केलेबल निष्पादन और अनुकूलन परत है जो क्यूरेटेड बायोइमेज AI मॉडल्स को विविध हार्डवेयर के साथ जोड़ती है, जिससे वैज्ञानिक एक AI एजेंट के साथ प्राकृतिक भाषा इंटरैक्शन के माध्यम से जटिल विश्लेषण वर्कफ़्लो को चलाने, फाइन-ट्यून करने और तैनात करने में सक्षम होते हैं।
यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि एक स्वचालित एजेंट-निर्देशित नीति खोज (automated agent-guided policy search), पेप्टाइड ड्रग उम्मीदवारों को प्राथमिकता देने में पारंपरिक वेटेड-सम (weighted-sum), NSGA-II, और रैंडम-वेट दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करती है, जो एक सार्वजनिक रोगाणुरोधी बेंचमार्क के अपने शीर्ष-20 शॉर्टलिस्ट में सर्वश्रेष्ठ विकल्पों का 65% कैप्चर करती है।
यह शोध पत्र RepurAgent को पेश करता है, जो एक मानव-पर्यवेक्षित पदानुक्रमित बहु-एजेंट एआई प्रणाली है जो एक्यूट माइलॉयड ल्यूकेमिया, कोविड-19 और मल्टीपल सल्फेटेज़ डेफिसिएंसी सहित विविध रोग परिदृश्यों में परिकल्पना सृजन और प्रयोगात्मक डिजाइन से लेकर डेटा विश्लेषण और उम्मीदवार परिशोधन तक संपूर्ण ड्रग रिपर्पजिंग जीवनचक्र को सफलतापूर्वक स्वचालित और समर्थित करती है।
यह शोध पत्र सुरलेटन (Surleton) को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन इनवर्स प्रोटीन फोल्डिंग फ्रेमवर्क है जो बैकबोन-ओनली (backbone-only) निरूपणों की सीमाओं को दूर करने के लिए बैकबोन ज्योमेट्री और प्रोटीन सतह संगठन को संयुक्त रूप से मॉडल करता है, जिससे छिपे हुए (buried) और उजागर (exposed) दोनों अवशेषों के लिए अनुक्रम रिकवरी (sequence recovery) और मॉडलिंग संतुलन में महत्वपूर्ण सुधार होता है।
सिस्ट बनाने वाले सारकोसिस्टिडे (Sarcocystidae) और गैर-सिस्ट बनाने वाले इमेरिडिया (Eimeriidae) परजीवियों के बीच प्रोटिओम के फाइलोगेनेटिक तुलना को नियोजित करते हुए, यह अध्ययन *टॉक्सोप्लाज्मा गोंडी* (*Toxoplasma gondii*) प्रोटीनों के विशिष्ट संरक्षण पैटर्न की पहचान करता है और ब्रैडीज़ोइट-संरक्षित प्रोटीनों के एक विशिष्ट क्लस्टर को ब्रैडीज़ोइट विभेदन में शामिल नवीन जीन खोजने के लिए एक आशाजनक स्रोत के रूप में चिन्हित करता है।
यह शोध पत्र HMCVelo को प्रस्तुत करता है, जो एक नियतात्मक (deterministic) ODE-आधारित ढांचा है जो हाइड्रोक्सीमिथाइलेशन गतिकी (hydroxymethylation dynamics) को मॉडल करने और उच्च-विश्वास वाली कोशिकीय प्रक्षेपवक्रों (cellular trajectories) का अनुमान लगाने के लिए Joint-snhmC-seq डेटा का लाभ उठाता है, जो पुनरुद्देश्यित (repurposed) RNA वेलोसिटी विधियों की तुलना में बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है और चक्रीय जैव रासायनिक प्रणालियों के भीतर प्रक्षेपवक्र रिज़ॉल्यूशन में सैद्धांतिक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।
यह शोध पत्र एक क्लोज्ड-लूप इन सिलिको फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो जनरेटिव मॉडलिंग, आणविक सिमुलेशन और मल्टी-ऑब्जेक्टिव बेयसियन ऑप्टिमाइज़ेशन को एकीकृत करता है ताकि रिसेप्टर-सिलेक्टिव बाइंडिंग प्रोफाइल वाले सेल-पेनेट्रेटिंग पेप्टाइड्स को सफलतापूर्वक डिजाइन किया जा सके, जैसा कि प्रयोगात्मक इमेजिंग द्वारा मान्य किया गया है जो NRP1-पॉजिटिव क्षेत्रों की तुलना में CXCR4-पॉजिटिव क्षेत्रों में अधिमान्य संवर्धन (preferential enrichment) प्रदर्शित करता है।
ProNA3D एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल टूल और UCSF ChimeraX प्लग-इन है जिसे संरचनात्मक डेटा, AlphaFold3 स्कोरिंग और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को एकीकृत करके प्रोटीन-न्यूक्लिक एसिड और केवल न्यूक्लिक एसिड इंटरफेस का विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किया गया है ताकि प्रायोगिक और अनुमानित बायोमॉलिकुलर कॉम्प्लेक्स दोनों में कार्यात्मक कनेक्टिविटी और इंटरेक्शन मोड को प्रकट किया जा सके।