💻 जैव सूचना विज्ञान

De novo Design of Macrocyclic Molecular Glues

यह शोध पत्र EvoBind-multimer को प्रस्तुत करता है, जो एक ऐसा डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो केवल प्रोटीन अनुक्रमों के माध्यम से मैक्रोसाइक्लिक मॉलिक्यूलर ग्लूज़ के 'डी नोवो' (de novo) डिज़ाइन को सक्षम बनाता है ताकि निकटता (proximity) प्रेरित की जा सके और लक्षित प्रोटीन क्षरण (targeted protein degradation) को संचालित किया जा सके, साथ ही यह भी प्रकट करता है कि इन ग्लूज़ का कार्यात्मक परिणाम विभिन्न रोगी-व्युत्पन्न मॉडलों के बीच संदर्भ-निर्भर रूप से भिन्न हो सकता है।

Brunner, A., Wierbilowicz, K., Daumiller, D., Bexell, D., Karlsson, K., Sangfelt, O., Bryant, P.2026-08-22
💻 जैव सूचना विज्ञान

A novel benchmark dataset for enzyme function prediction reveals the limitations of state-of-the-art models

यह शोध पत्र एंज़ाइमार्क (EnzymARC) को प्रस्तुत करता है, जो संरचनात्मक रूप से बाधित एंज़ाइम डिकॉय (decoys) का एक नवीन बेंचमार्क डेटासेट है, ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि वर्तमान अत्याधुनिक एंज़ाइम कार्य भविष्यवक्ता (function predictors) अत्यधिक रूप से फाइलोजेनेटिक शॉर्टकट्स पर निर्भर करते हैं और कार्यात्मक एंज़ाइम्स से उत्प्रेरक रूप से अक्षम वेरिएंट्स के बीच अंतर करने में विफल रहते हैं, जिससे मॉडल प्रशिक्षण और मूल्यांकन में संरचना-जागरूक नकारात्मक उदाहरणों की महत्वपूर्ण आवश्यकता पर प्रकाश पड़ता है।

Sartori, J., Guimaraes, A. C. R., Machado, L. d. A.2026-08-22
💻 जैव सूचना विज्ञान

antigen-prime: Simulating coupled genetic and antigenic evolution of influenza virus

यह शोध पत्र 'एंटीजन-प्राइम' (antigen-prime) का परिचय देता है, जो एक फॉरवर्ड-टाइम महामारी सिम्युलेटर है जो इन्फ्लुएंजा वेरिएंट असाइनमेंट और ग्रोथ रेट एस्टीमेशन विधियों के बेंचमार्किंग के लिए ग्राउंड-ट्रुथ डेटा उत्पन्न करने हेतु होस्ट सिलेक्शन के तहत जेनेटिक सीक्वेंस को एंटीजेनिक फेनोटाइप से जोड़ता है, जिससे उनकी सटीकता और विशिष्ट विफलता मोड दोनों का अनावरण होता है।

Thornton, Z. T., Tran, T., Figgins, M. D., Huddleston, J., Bedford, T., Matsen, F. A., Haddox, H. K.2026-08-21
💻 जैव सूचना विज्ञान

Degree-ranked gene lists omit the cross-module connectors, and a partition-free centrality recovers them

यह अध्ययन प्रकट करता है कि मानक डिग्री-आधारित जीन प्राथमिकता प्रणालीगत रूप से उन गैर-हब कनेक्टर जीनों की अनदेखी करती है जो जैविक प्रक्रियाओं के समन्वय के लिए आवश्यक हैं, और EDVS का प्रस्ताव करता है, जो एक विभाजन-मुक्त, सूचना-सैद्धांतिक केंद्रीयता माप है जो कार्यात्मक एनोटेशन या समुदाय पहचान पर निर्भर किए बिना इन छूटे हुए जीनों को सफलतापूर्वक पुनर्प्राप्त करता है।

Qun, Z., Huaizheng, Z., Yuxin, Z., Jieying, B., Tan, S.2026-08-21
💻 जैव सूचना विज्ञान

SVlog: a logic programming framework for understanding structural variation in genomic disease

SVlog एक पारदर्शी, डिक्लेरेटिव लॉजिक प्रोग्रामिंग फ्रेमवर्क है जो Souffle पर निर्मित है, जो जीनोमिक डेटा को रिलेशनल फैक्ट्स में परिवर्तित करके और कंपोजेबल लॉजिकल रूल्स लागू करके क्लिनिकल डिजीज क्यूरेशन के लिए स्ट्रक्चरल वेरिएंट्स के तेज़, नियत और व्याख्यात्मक विश्लेषण, एनोटेशन और प्राथमिकता निर्धारण को सक्षम बनाता है।

Gudkov, M., Reis, A. L. M., Kumaheri, M., Deveson, I. W.2026-08-21
💻 जैव सूचना विज्ञान

From Plants to Patients: Mitochondrial Stress Signaling as a Systems Framework for Human Disease Vulnerability

यह शोध पत्र एक तुलनात्मक *इन सिलिको* ढांचे का प्रस्ताव करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि यद्यपि पादप और मानव माइटोकॉन्ड्रियल तनाव संकेतन नेटवर्क जटिलता में भिन्न हो गए हैं, वे मौलिक संगठनात्मक सिद्धांतों को साझा करते हैं, जो यह सुझाव देता है कि सरल, लचीलापन-उन्मुख पादप प्रणालियाँ मानव माइटोकॉन्ड्रियल रोग संवेदनशीलता के बारे में परीक्षण योग्य परिकल्पनाएँ उत्पन्न करने के लिए एक वैचारिक मॉडल के रूप में कार्य कर सकती हैं।

Gokdemir, F. S., Eyidogan, F., Kubat, G. B., Singh, K. K.2026-08-21
💻 जैव सूचना विज्ञान

Beyond the Default: Optimizing Molecular Networking with arteMIS

यह शोधपत्र arteMIS का परिचय देता है, जो एक व्यवस्थित ढांचा है जो डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स की सीमाओं को दूर करने के लिए मल्टी-मेट्रिक मूल्यांकन और लैटिन हाइपरक्यूब सैंपलिंग के माध्यम से मॉलिक्यूलर नेटवर्किंग मापदंडों को अनुकूलित करता है, जिससे विविध डेटासेट और स्कोरिंग विधियों में अधिक सुदृढ़, रासायनिक रूप से सार्थक और स्थिर नेटवर्क उत्पन्न होते हैं।

Torres Ortega, L. R., Charria Giron, E., Huber, F., Simone, M., Sosio, M., van der Hooft, J. J. J.2026-08-21
💻 जैव सूचना विज्ञान

PyMOL plugin for Protein Circuit Topology

यह शोध पत्र एक नए PyMOL प्लगइन को प्रस्तुत करता है जो संरचित और अव्यवस्थित दोनों प्रोटीनों की टोपोलॉजी का विश्लेषण करने के लिए एक उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस और पुनरुत्पादक वातावरण के साथ विभिन्न सर्किट टोपोलॉजी पद्धतियों को एकीकृत करता है।

Dimins, M., Bazba, A., Mogyorosi, A., Kennon, E., Fiol, T. D., Hagen, L. A., Sheikhhassani, V., Akulov, V., Mashaghi, A.2026-08-20
💻 जैव सूचना विज्ञान

Sparse Autoencoders Reveal Structural and Family-level Features in BiRNA-BERT

यह शोध पत्र SPIRAL को प्रस्तुत करता है, जो एक स्पार्स ऑटोएन्कोडर फ्रेमवर्क है जो BiRNA-BERT RNA लैंग्वेज मॉडल के हिडन स्टेट्स को व्याख्या योग्य, न्यूक्लियोटाइड-अलाइन्ड फीचर्स में सफलतापूर्वक डिकोड करता है जो सेकेंडरी स्ट्रक्चर और RNA फैमिली टाइप्स का प्रतिनिधित्व करते हैं, जिससे बाइट-पेयर टोकनाइजेशन की चुनौतियों के बावजूद डाउनस्ट्रीम प्रेडिक्शन परफॉर्मेंस में वृद्धि होती है।

Hossain, M. S., Sojib, M. R., Tahmid, M. T., Rahman, M. S.2026-08-20
💻 जैव सूचना विज्ञान

scDblFinder in Python with GPU support

यह शोध पत्र scDblFinderPy प्रस्तुत करता है, जो R-आधारित scDblFinder डबलट डिटेक्शन टूल का एक पायथन कार्यान्वयन है जो इसके उच्च प्रदर्शन को दोहराता है और बड़े पैमाने के सिंगल-सेल सीक्वेंसिंग डेटा के लिए प्रोसेसिंग को तेज करने हेतु वैकल्पिक GPU सपोर्ट जोड़ता है।

Hiropedi, A., Germain, P.-L.2026-08-20