bioinformatics पेपर

A leakage-controlled benchmark shows apparent codon-language-model advantages in synonymous-variant prediction are evaluation artifacts

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि सिनोनिमस-वेरिएंट प्रेडिक्शन (synonymous-variant prediction) में कोडन लैंग्वेज मॉडल्स के पूर्व में रिपोर्ट किए गए लाभ डेटा लीकेज (data leakage) के कारण उत्पन्न मूल्यांकन आर्टिफैक्ट्स (evaluation artifacts) हैं, क्योंकि ये लाभ हाल ही में जारी किए गए कोडनबेंच (CodonBench) जैसे सख्त लीकेज-नियंत्रित बेंचमार्क के तहत गायब हो जाते हैं।

Liang, Y., Zhu, W., Liang, H., Pan, X.2026-08-14

💻 जैव सूचना विज्ञान

scDRP: Disentangled representation learning for predicting single-cell responses to perturbations and estimating individual treatment effects

यह शोधपत्र scDRP प्रस्तुत करता है, जो एक जनरेटिव फ्रेमवर्क है जो अनमैच्ड सिंगल-सेल परटर्बेशन डेटा से व्यक्तिगत उपचार प्रभावों का सटीक अनुमान लगाने और काउंटरफैक्चुअल सेल स्टेट्स का निष्कर्ष निकालने के लिए डिसेंटैंगल्ड रिप्रेजेंटेशन लर्निंग और कंडीशनल ऑप्टिमल ट्रांसपोर्ट का उपयोग करता है, जिससे विविध सेल प्रकारों और स्थितियों में विषम जैविक तंत्रों का अनावरण होता है।

Sun, J., Stojanov, P., Zhang, K.2026-08-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

Multiscale harmonization and semantic integration of biomedical data enable biological insights through immersive exploration

यह शोध पत्र "HRA: पावर्स ऑफ टेन" प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स वर्चुअल रियलिटी एप्लिकेशन है जो ह्यूमन रेफरेंस एटलस का लाभ उठाकर उपयोगकर्ताओं को सिंगल-सेल बायोमेडिकल डेटा के मल्टीस्केल, सिमेंटिक रूप से सुसंगत अन्वेषण में डुबो देता है, जिससे अंगों और स्थानिक पैमानों पर कोशिकीय संरचना और सेनेसेंस (senescence) के बारे में नई जैविक अंतर्दृष्टि सक्षम होती है।

Bueckle, A., Zhu, C., Wong, A. Y. H., Enninful, A., Miao, Y., Farzad, N., Pedersen, M., Mattison, C., Sloan, N., Mares (…)2026-08-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

pastForward: a Snakemake pipeline for ancient and historical DNA with eukaryote-wide taxonomic screening and tracking of copy-number variation

लेखक pastForward प्रस्तुत करते हैं, जो एक पूर्णतः स्वचालित Snakemake पाइपलाइन है जो उपयोगकर्ता के अनुकूल प्रसंस्करण, यूकेरियोट-व्यापी टैक्सोनोमिक स्क्रीनिंग और कॉपी-नंबर वेरिएशन ट्रैकिंग को एकीकृत करके प्राचीन और ऐतिहासिक डीएनए विश्लेषण को सुव्यवस्थित करती है ताकि विविध प्रजातियों में अनुदैर्ध्य जीनोमिक अध्ययन सक्षम किए जा सकें।

Saadain, S., Kapun, M., Kofler, R.2026-08-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

PARNET: A CLIP-SEQ-BASED FOUNDATION MODEL FOR RNA SEQUENCE REPRESENTATION LEARNING

PARNET एक नवीन RNA फाउंडेशन मॉडल है जिसे विशेष रूप से प्रयोगात्मक CLIP-seq डेटा पर प्रशिक्षित किया गया है ताकि बेस-रिजॉल्यूशन RBP बाइंडिंग प्रोफाइल की भविष्यवाणी की जा सके, जो पारंपरिक अनुक्रम-आधारित लैंग्वेज मॉडल्स की तुलना में विविध डाउनस्ट्रीम कार्यों में बेहतर प्रदर्शन और यांत्रिक व्याख्यात्मकता प्रदर्शित करता है।

Moyon, L., Tirabassi, A., Baranowskii, A., Capitanchik, C., Kuret Hodnik, K., Wilkinson, L., Londhe, S., Dumbovic, G., G (…)2026-08-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

TriTower-m6Am: a triple-tower heterogeneous deep learning architecture integrating semantic, sequential, and structural information for mRNA N6,2'-O-dimethyladenosine site prediction

यह शोधपत्र TriTower-m6Am को प्रस्तुत करता है, जो एक ट्रिपल-टावर डीप लर्निंग आर्किटेक्चर है जो मौजूदा सिंगल-रिप्रेजेंटेशन विधियों की तुलना में m6Am साइट भविष्यवाणी की सटीकता और व्याख्यात्मकता में महत्वपूर्ण सुधार करने के लिए सिमेंटिक, सीक्वेंशियल और स्ट्रक्चरल RNA रिप्रजेंटेशन को एकीकृत करता है।

Xiong, K., Jia, J.2026-08-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

ASPIRE: the Amplicon Sequencing Profiler for Investigating Respiratory Ecosystems

यह शोध पत्र ASPIRE को प्रस्तुत करता है, जो एक सुलभ Nextflow वर्कफ़्लो है जिसे श्वसन सूक्ष्मजीव पारिस्थितिकी तंत्र और स्वास्थ्य के साथ उनके संबंध की जांच करने के लिए लिंक्ड एम्प्लिकॉन सीक्वेंस वेरिएंट (ASV) और वाष्पशील कार्बनिक यौगिक (VOC) डेटा को संसाधित, विश्लेषण और व्याख्या करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

McLaughlin, R. J., Chen, S., Nag, A., Noonan, A. J. C., Bartolomeu, C., Borden, S. A., Lam, S., Myers, R., Hallam, S. J.2026-08-12

💻 जैव सूचना विज्ञान

megaMine: a scalable, rule-based framework for mining gene-cancer-drug evidence from biomedical literature

यह शोधपत्र megaMine को प्रस्तुत करता है, जो एक पारदर्शी और स्केलेबल नियम-आधारित ढांचा है जो बायोमेडिकल साहित्य से संरचित जीन-कैंसर-ड्रग साक्ष्य को प्रभावी ढंग से निकालता है, जो चिकित्सीय प्रभावकारिता को अलग करने और डाउनस्ट्रीम ज्ञान संश्लेषण के लिए व्याख्या योग्य डेटा उत्पन्न करने में उच्च सटीकता प्रदर्शित करता है।

JUNAID, M., Prazanowska, K. H., Jeong, H.-E., Ryu, Y., Choi, J., An, J.-Y., Lim, S. B.2026-08-12

💻 जैव सूचना विज्ञान

DuplexFM: Transferable small-RNA target representations link miRNA interactions to siRNA efficacy prediction

DuplexFM एक जैविक रूप से आधारित ढांचा है जो हस्तांतरणीय miRNA-व्युत्पन्न निरूपणों और प्रयोगात्मक रूप से स्थापित सुलभता विशेषताओं का लाभ उठाता है ताकि siRNA प्रभावकारिता के पूर्वानुमान में महत्वपूर्ण सुधार किया जा सके, जो Argonaute-मध्यस्थ RNA विनियमन के एकीकृत मॉडलिंग के लिए एक पैरामीटर-कुशल दृष्टिकोण प्रदान करता है।

Chen, B., Yin, J., Fei, J., Yang, M.2026-08-12

💻 जैव सूचना विज्ञान

STR-PG: A Topology-decoupled Pangenome Framework for Scalable Short-read Genotyping of Short Tandem Repeats

STR-PG एक टोपोलॉजी-डिकपल्ड पैनजीनोम फ्रेमवर्क पेश करता है जो एक बाहरी रजिस्ट्री के माध्यम से स्थिर लोकस प्रतिनिधित्व को गतिशील एलील सामग्री से अलग करता है, जिससे नए एलील्स जोड़े जाने पर ग्राफ पुनर्निर्माण की आवश्यकता के बिना शॉर्ट टैंडम रिपीट्स की स्केलेबल और सटीक शॉर्ट-रीड जीनोटाइपिंग सक्षम होती है।

YUAN, J., XUE, Z., TANG, H., LIU, Y., WANG, J.2026-08-12

← पिछला अगला →