bioinformatics पेपर

There and back again: a multi-omics tale of thyroid co-expression network rewiring

यह अध्ययन एक कृंतक मॉडल में थायराइड विषाक्तता और सुधार का विश्लेषण करने के लिए समवर्ती मल्टी-ओमिक्स भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क (simultaneous multi-omics weighted gene co-expression networks) के निर्माण के लिए एक सर्वोत्तम-अभ्यास ढांचा स्थापित करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि बिना स्केल किए गए ओमिक्स परतों को संयोजित करना जैविक संरचना को संरक्षित करता है और पूरक मॉड्यूल संरक्षण एवं विभेदक कनेक्टिविटी विश्लेषणों के माध्यम से व्यापक आणविक व्यवधान और आंशिक बहाली को प्रकट करता है।

Pozhidaeva, M., Bussmann, H., Huisinga, M., Buesen, R., Hackermüller, J., Canzler, S.2026-05-27

💻 bioinformatics

GAE-Δ: A Graph-Learning Framework for Gene Network Rewiring and Clinical Outcome Prediction from Multi-Omics Data

GAE-Δ ढांचा मल्टी-ओमिक्स डेटा में फेनोटाइप-विशिष्ट जीन नेटवर्क रीवायरिंग को मॉडल करने के लिए एक ग्राफ ऑटोएनकोडर का लाभ उठाता है, जो मौजूदा लीनियर फैक्टराइजेशन और नेटवर्क-आधारित विधियों की तुलना में बेहतर नैदानिक परिणाम की भविष्यवाणी करता है और जैविक रूप से प्रासंगिक कैंसर ड्राइवरों की पहचान करता है।

Tang, Z., Chen, Z., Chen, M., Wang, Y., Ennis, S., Niranjan, M., Ewing, R.2026-05-26

💻 bioinformatics

Decoding Multicellular Communication Motifs from Spatial Transcriptomics with ALARMIST

यह शोध पत्र ALARMIST को प्रस्तुत करता है, जो एक संभाव्य ढांचा (probabilistic framework) है जो स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) डेटा से व्याख्या योग्य बहुकोशिकीय संचार रूपांकनों (multicellular communication motifs) को डिकोड करता है ताकि उच्च-क्रम के सिग्नलिंग पैटर्न और उनके डाउनस्ट्रीम फेनोटाइपिक प्रभावों की पहचान की जा सके, जो फेफड़ों के एडेनोकार्सिनोमा और ग्लियोब्लास्टोमा में ट्यूमर की प्रगति के सूक्ष्म पर्यावरणीय चालकों (microenvironmental drivers) को उजागर करने में इसकी उपयोगिता को प्रदर्शित करता है।

Fan, J., Hood, J., Strong, J., Quinn, J. F., Dai, Y., Data Science TeamLab,, Schein, A., Yu, K. K. H., Tansey, W.2026-05-26

💻 bioinformatics

Integrated optimization of experimental and computational workflows improves genome recovery in long-read gut metagenomics

यह शोध पत्र साइक्लोनSEQ (CycloneSEQ) प्लेटफॉर्म के एक व्यवस्थित अनुकूलन को प्रस्तुत करता है, जो लॉन्ग-रीड गट मेटाजीनोमिक्स (long-read gut metagenomics) से पूर्ण सूक्ष्मजीव जीनोम की रिकवरी में शॉर्ट-रीड सीक्वेंसिंग की सीमाओं को दूर करने के लिए प्रयोगात्मक नमूना प्रसंस्करण को कम्प्यूटेशनल असेंबली वर्कफ़्लो के साथ एकीकृत करता है।

Hu, Y., Sun, L., Huang, Y., Jiang, F., Tong, X., Yang, J., Ju, Y., Yang, Z., Liufu, S., Hu, Y., Ma, W., Guo, R., Li, W. (…)2026-05-26

💻 bioinformatics

Characterizing homology-induced data leakage and memorization in genome-trained sequence models

यह शोध पत्र प्रकट करता है कि होमोलॉजी-प्रेरित डेटा लीकेज (homology-induced data leakage) जीनोम-प्रशिक्षित अनुक्रम मॉडलों के प्रदर्शन को व्यवस्थित रूप से बढ़ा देता है क्योंकि यह उन्हें सामान्यीकरण योग्य सिद्धांतों के बजाय रटे हुए संबंधों पर निर्भर होने के लिए मजबूर करता है, और अधिक विश्वसनीय मूल्यांकन तथा बेहतर मॉडल सामान्यीकरण क्षमता सक्षम करने के लिए होमोलॉजी-जागरूक डेटा विभाजन हेतु hashFrag टूल का प्रस्ताव करता है।

Rafi, A. M., Kiyota, B., Yachie, N., de Boer, C. G.2026-05-25

💻 bioinformatics

Time-Resolved Phosphoproteomics-Guided BFS Beam Search Reveals Cell-Type-Specific EGFR Signaling Architectures and SHP2 Inhibitor-Induced Pathway Rewiring

यह अध्ययन एक व्यवस्थित कम्प्यूटेशनल ढांचे को प्रस्तुत करता है जो सेल-टाइप-विशिष्ट EGFR सिग्नलिंग नेटवर्क को पुनर्गठित करने के लिए टाइम-रिज़ॉल्व्ड फॉस्फोप्रोटिओमिक्स को BFS-निर्देशित बीम सर्च एल्गोरिदम के साथ एकीकृत करता है, जो सफलतापूर्वक यह प्रकट करता है कि कैसे SHP2 निषेध (इनहिबिशन) पाथवे आर्किटेक्चर को पुनर्गठित करता है और अनुकूलन संबंधी प्रतिरोध तंत्रों को संचालित करता है।

Lee, H., Lee, G.2026-05-23

💻 bioinformatics

Interpreting Omics Data Analysis with Large Language Models for Disease Target and Drug Discovery

यह शोध पत्र एक प्रोवेनेंस-अवेयर (provenance-aware) टेक्स्ट-टू-टारगेट फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो व्याख्या योग्य, ऑडिट-रेडी रोग लक्ष्यों और दवा खोज रणनीतियों को उत्पन्न करने के लिए स्कीमा-प्रतिबंधित लार्ज लैंग्वेज मॉडल रिट्रीवल को न्यूमेरिक ओमिक्स डेटा विश्लेषण के साथ एकीकृत करता है, जो अल्जाइमर रोग और अग्नाशय के डक्टल एडेनोकार्सिनोमा में महत्वपूर्ण सत्यापन प्रदर्शित करता है।

XU, Z., Chen, W., Ren, W., Xu, T., Amaechin, S., Khan, R., Chen, Y., Province, M., Payne, P., Li, F.2026-05-23

💻 bioinformatics

Integrated Multi-Omics Analysis for the Identification of Disease-Associated Variations and Prognostic Biomarkers in Triple-Negative Breast Cancer

यह अध्ययन ट्रिपल-नेगेटिव स्तन कैंसर के रोगियों में उत्तरजीविता परिणामों (survival outcomes) की सटीक भविष्यवाणी करने के लिए एक सुव्यवस्थित 15-जीन प्रोग्नोस्टिक सिग्नेचर और एक क्लिनिकल-जीनोमिक नोमोग्राम विकसित करने और मान्य करने हेतु मल्टी-ओमिक्स डेटा को एकीकृत करता है।

MANNEKUNTA, N., NATRAJAN, E.2026-05-23

💻 bioinformatics

Asymmetric Contrastive Objectives for Efficient Phenotypic Screening

यह शोध पत्र एसिमेट्रिक कॉन्ट्रास्टिव ऑब्जेक्टिव्स (asymmetric contrastive objectives) का परिचय देता है, जिसमें एक ज्यामितीय रूप से प्रेरित SPC वेरिएंट शामिल है जो प्रयोगात्मक मेटाडेटा को सीखे गए क्लास वेक्टर्स के रूप में समाहित करता है, ताकि फेनोटाइपिक स्क्रीनिंग के लिए इमेज रिप्रेजेंटेशन्स को कुशलतापूर्वक निकालने हेतु उन विधियों से बेहतर प्रदर्शन किया जा सके जो कई डेटासेट्स और मेट्रिक्स में पिछले तरीकों से आगे हैं और सीमित डेटा एवं कंप्यूट संसाधनों के साथ भी प्रभावी बने रहते हैं।

Nightingale, L., Tuersley, J., Warchal, S., Cairoli, A., Howes, J., Shand, C., Powell, A., Green, D., Strange, A., Howel (…)2026-05-22

💻 bioinformatics

Rewriting protein alphabets with language models

यह शोध पत्र TEA को प्रस्तुत करता है, जो कंट्रास्टिव लर्निंग के माध्यम से लैंग्वेज मॉडल एम्बेडिंग्स से प्राप्त एक नवीन 20-अक्षर वाला प्रोटीन वर्णमाला है, जो मौजूदा अनुक्रम खोज एल्गोरिदम का लाभ उठाते हुए संरचना-आधारित विधियों के समान तेज़ और संवेदनशील रिमोट होमोलॉजी डिटेक्शन को सक्षम बनाता है।

Pantolini, L., Studer, G., Engist, L., Pudziuvelyte, I., Pommerening, F., Waterhouse, A. M., Bienert, S., Tauriello, G. (…)2026-05-22

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