💻 Category

bioinformatics

1202 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

SeqDesk: a sequencing-facility management system for standards-compliant and FAIR (meta)data submission

SeqDesk एक ओपन-सोर्स, FAIR-अनुपालन वाला डेटा प्रबंधन सिस्टम है जिसे सीक्वेंसिंग सुविधाओं के लिए मानकीकृत मेटाडेटा के संग्रह को सुव्यवस्थित करने, बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण को स्वचालित करने और इन प्रक्रियाओं को पूर्वव्यापी कार्यों के रूप में मानने के बजाय नियमित परिचालन वर्कफ़्लो में शामिल करके यूरोपीय न्यूक्लियोटाइड आर्काइव (European Nucleotide Archive) में सीधे सबमिशन को सुगम बनाने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

Muench, P. C., Robertson, G., McHardy, A. C.2026-08-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Mapping disease traits onto spatiotemporal domain landscapes through scalable multi-sample integration of spatial transcriptomics

STUltra एक स्केलेबल हाइपरग्राफ-आधारित फ्रेमवर्क है जो बड़े पैमाने पर स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा को एकीकृत करता है ताकि विविध ऊतक संदर्भों में स्थानिक डोमेन का पता लगाया जा सके और रोग-जुड़े आनुवंशिक लक्षणों को मैप किया जा सके, जो बैच प्रभावों पर काबू पाने में सक्षम है और जन्मजात हृदय रोग एवं अल्जाइमर जैसी जटिल बीमारियों के अंतर्निहित आणविक संरचनाओं की खोज को सक्षम बनाता है।

Zhang, S., Luo, S., Luo, Y., Su, S., Shi, Y., Liu, L., Li, W., Tian, T., Li, J.2026-08-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

A Principled Statistical Framework for Analyzing Spatial Patterns in Spatially Resolved Multi-Omics

यह शोध पत्र STORM को प्रस्तुत करता है, जो एक सिद्धांत-आधारित सांख्यिकीय ढांचा है जो मल्टी-ओमिक्स डेटा में स्थानिक पैटर्न का कठोरता से विश्लेषण करने के लिए स्थानिक परिकल्पना परीक्षण (spatial hypothesis testing), प्रभाव आकार अनुमान (effect size estimation), शक्ति विश्लेषण (power analysis) और प्रयोगात्मक डिजाइन को एकीकृत करता है।

Li, J., Raina, M., Wang, Y., Zeng, S., Yu, Y., Yu, X., Jin, X., Chang, Y., Feliciano, D., Himmelfarb, J., Ricardo, A. C. (…)2026-08-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

nf-cavalier: A Nextflow Pipeline for Rare Disease Variant Prioritization and Reporting

nf-cavalier एक ओपन-सोर्स Nextflow पाइपलाइन है जो दुर्लभ मेंडेलियन रोगों में कारण उत्परिवर्तनों (causal mutations) की पहचान को सुगम बनाने के लिए जीनोमिक वेरिएंट्स के एनोटेशन, फ़िल्टरिंग और विज़ुअल रिपोर्टिंग को स्वचालित करती है।

Munro, J. E., Reid, J., Bahlo, M. E., Bennett, M. F.2026-08-10
💻 जैव सूचना विज्ञान

pysigscore: gene signatures scoring across bulk and single-cell transcriptomics

यह शोध पत्र pysigscore को प्रस्तुत करता है, जो एक बहुमुखी पायथन फ्रेमवर्क है जो बल्क और सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा में सिग्नेचर गतिविधि को मजबूती से मापने के लिए अनुकूलन योग्य विकल्पों और विश्वसनीयता विश्लेषणों के साथ 18 जीन सेट स्कोरिंग विधियों को एकीकृत करता है।

Giacomello, T., Mazzara, S., Abbruzzese, G., Barberis, A., tangherloni, a., Buffa, F. M.2026-08-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

A Framework for Benchmarking Pathway Reconstruction Algorithms

यह पंजीकृत रिपोर्ट सिग्नलिंग पाथवे रिकंस्ट्रक्शन एनालिसिस स्ट्रीमलाइनर (SPRAS) फ्रेमवर्क को पेश करती है ताकि 822 डेटासेट्स में 14 पाथवे रिकंस्ट्रक्शन एल्गोरिदम का एक बड़े पैमाने पर, व्यवस्थित बेंचमार्क सक्षम किया जा सके, जिसका उद्देश्य वर्तमान विषमता चुनौतियों को हल करना और विशिष्ट जैविक संदर्भों के लिए इष्टतम एल्गोरिदम चयन को निर्देशित करना है।

Talluri, N., Figueroa-Reid, T., Hiemstra, J., Magnano, C. S., Shedivy, A., Panda, N., Liu, Y., Sanjeev, S., Anderson, O. (…)2026-08-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

A generative model for dimensionality reduction with millions of features and few samples

यह शोध पत्र एक डीप जेनेरेटिव डिकोडर (DGD) प्रस्तुत करता है जो लाखों विशेषताओं और कुछ ही नमूनों वाले डेटासेट पर आयामी न्यूनीकरण (dimensionality reduction) करने में सक्षम है, जो यह प्रदर्शित करता है कि प्रशिक्षण की आवश्यकताएं काफी हद तक विशेषता आयाम से स्वतंत्र हैं और ट्यूमर वर्गीकरण में PCA और VAE की तुलना में बेहतर प्रदर्शन दिखाता है।

Pancotti, C., Fariselli, P., Meisner, J., Krogh, A.2026-08-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

Scop3P-Toolkit: executable structure-aware workflows linking PTMs, peptides, and mutations to protein function

Scop3P-Toolkit एक ओपन-सोर्स, निष्पादन योग्य (executable) विश्लेषणात्मक वातावरण है जो विविध जैविक एनोटेशन को संरचनात्मक डेटा के साथ एकीकृत करता है ताकि उनके त्रि-आयामी संदर्भ के भीतर पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों, आनुवंशिक वेरिएंट्स और प्रोटिओमिक्स-व्युत्पन्न पेप्टाइड्स के विश्लेषण के लिए पुनरुत्पादनीय, संवादात्मक वर्कफ़्लो प्रदान किया जा सके।

Diaz, A., Tichshenko, N., Depoortere, B. G. J., Andrade Buono, R., De Geest, P., Vranken, W. F., Martens, L., Ramasamy (…)2026-08-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

PanGBank: a large-scale resource of precomputed microbial pangenomes built with PPanGGOLiN

PanGBank एक व्यापक, ओपन-एक्सेस डेटाबेस है जो PPanGGOLiN का उपयोग करके 4,600 से अधिक प्रोकैरियोटिक प्रजातियों के लिए प्रीकंप्यूटेड पैनजीनोम (pangenomes) प्रदान करता है, जो बड़े पैमाने पर तुलनात्मक जीनोमिक्स और सूक्ष्मजीव विकास एवं अनुकूलन के अध्ययन को सुगम बनाने के लिए मानकीकृत, ग्राफ-आधारित संसाधन और कई एक्सेस टूल्स प्रदान करता है।

Mainguy, J., Lemane, T., Bazin, A., Arnoux, J., Gautreau, G., Medigue, C., Calteau, A., Vallenet, D.2026-08-09
💻 जैव सूचना विज्ञान

Move BeTween modAlities (MBTA) employs flow matching to predict single cell data modalities

यह शोधपत्र मूव बिटवीन मोडैलिटीज़ (MBTA) को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन ढांचा है जो सिंगल-सेल डेटा में संरचनात्मक बेमेल को संबोधित करने और मोडैलिटी-विशिष्ट लेटेंट स्पेस को जोड़ने के लिए फ्लो मैचिंग का उपयोग करता है, जिससे प्रत्येक आणविक मोडैलिटी की अद्वितीय संरचनात्मक अखंडता को बनाए रखते हुए सटीक क्रॉस-मोडल ट्रांसलेशन सक्षम होता है।

Xu, B., Zhang, Y., Michor, F.2026-08-09