1202 पेपर
यह शोध पत्र एक स्केलेबल टोपोलॉजिकल डेटा एनालिसिस फ्रेमवर्क पेश करता है जो स्थापित ज्योमेट्रिक डीप लर्निंग विधियों की तुलना में प्रतिस्पर्धी सटीकता बनाए रखते हुए, सरफेस पैचेस से प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन इंटरफेस की भविष्यवाणी करने की कम्प्यूटेशनल लागत को महत्वपूर्ण रूप से कम करता है।
यह शोध पत्र MAPPIE को प्रस्तुत करता है, जो मानव प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन का एक द्वि-आयामी एम्बेडिंग मैप उत्पन्न करने की एक नवीन विधि है ताकि व्यक्तिगत इंटरैक्शन युग्मों के विशिष्ट कार्यात्मक भूमिकाओं की भविष्यवाणी की जा सके, विशेष रूप से इंटरैक्टोम के उन क्षेत्रों में जो मौजूदा बेसलाइन की तुलना में बेहतर प्रदर्शन करते हैं जहाँ कार्यात्मक ज्ञान विरल है।
यह अध्ययन VirGenes को प्रस्तुत करता है, जो एक पदानुक्रमित ऑर्थोलॉजी ढांचा (hierarchical orthology framework) है जो वैश्विक वायरोस्फीयर (virosphere) में वायरल कार्बोहाइड्रेट-सक्रिय एंजाइमों की एक विशाल, पूर्व में कम आंकी गई विविधता को उजागर करने के लिए अनुक्रम, संरचनात्मक और कार्यात्मक डेटा को एकीकृत करता है, जो उनके जटिल विकासवादी मूल और वायरस-होस्ट इंटरैक्शन में महत्वपूर्ण भूमिकाओं को प्रकट करता है।
यह अध्ययन PhyCD को पेश करता है, जो एक फाइलोजेनी-सहायता प्राप्त कम्प्यूटेशनल टूल है जिसने 10,000 से अधिक संदूषण घटनाओं की पहचान करने और लगभग 65,000 त्रुटिपूर्ण प्रतिस्थापनों (सबस्टीट्यूशन) को मास्क करने के लिए लगभग 5 मिलियन SARS-CoV-2 जीनोम का विश्लेषण किया, जिससे रोगजनक विकास और संचरण विश्लेषणों की विश्वसनीयता में सुधार हुआ।
SLIM एक हल्का, गणनात्मक रूप से कुशल मॉडल है जो आनुवंशिक परिवर्तनों (जेनेटिक परटर्बेशन्स) के प्रति कोशिकीय प्रतिक्रियाओं की सटीक भविष्यवाणी करने के लिए 64-आयामी STRING नेटवर्क एम्बेडिंग्स और एक क्लोज्ड-फॉर्म रिज-रिग्रेशन एस्टिमेटर का लाभ उठाता है, जो अक्सर न्यूनतम प्रशिक्षित मापदंडों के साथ जटिल डीप लर्निंग बेसलाइन से बेहतर प्रदर्शन करता है।
यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि छोड़े गए वैज्ञानिक सॉफ़्टवेयर, जैसे कि परित्यक्त MATLAB-आधारित NuMorph टूलकिट, को FAIR सिद्धांतों और आधुनिक सॉफ़्टवेयर इंजीनियरिंग मानकों द्वारा निर्देशित व्यवस्थित पुन: इंजीनियरिंग लागू करके, nf-core/lsmquant जैसे टिकाऊ, पुन: प्रयोज्य सामुदायिक वर्कफ़्लो में सफलतापूर्वक बचाया और रूपांतरित किया जा सकता है।
यह अध्ययन 184 परमाणु परिवारों के 555 व्यक्तियों में जीनोटाइप संगति (genotype concordance) और मेंडेलियन उल्लंघन दरों का मूल्यांकन करके, ट्विस्ट बायोसाइंस के जीनोम-वाइड एसएनपी कैप्चर (GxS) प्लेटफॉर्म को होल-जीनोम सीक्वेंसिंग और इलुमिना GSA-24 एरे के विरुद्ध बेंचमार्क करता है, जिसका उद्देश्य इस उभरती हुई लक्षित अनुक्रमण तकनीक का तृतीय-पक्ष मूल्यांकन प्रदान करना है।
यह शोध पत्र एक सार्वजनिक रूप से उपलब्ध डेटाबेस प्रस्तुत करता है जिसमें FAME 2 परीक्षण से पुनर्गठित 779 कोरोनरी धमनियों के लिए 3D अनस्टेडी नेवियर-स्टोक्स सिमुलेशन और उच्च गुणवत्ता वाले हेक्साहेड्रल मेश शामिल हैं, जिसका उद्देश्य डेटा-संचालित मॉडलिंग और मशीन लर्निंग अनुप्रयोगों के लिए संख्यात्मक हेमोडायनामिक्स डेटा की कमी को दूर करना है।
यह शोध पत्र TranScouter को प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का एन्कोडर-डिकोडर फ्रेमवर्क है जो देखे गए और अनदेखे जैविक स्थितियों में जीन परिवर्तनों (gene perturbations) के प्रति ट्रांसक्रिप्शनल प्रतिक्रियाओं की प्रतिस्पर्धी भविष्यवाणी करने के लिए LLM-व्युत्पन्न जीन एम्बेडिंग और लक्षित स्थिति ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रोफाइल का लाभ उठाता है।
यह शोध पत्र SAHA को प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल R पैकेज है जो सारांश सांख्यिकी (summary statistics) और उपयोगकर्ता-निर्धारित हाइपरपैरामीटर का उपयोग करके पारदर्शी, अर्ध-स्वचालित एनोटेशन रिपोर्ट उत्पन्न करने के माध्यम से सिंगल-सेल और स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक अध्ययनों में सेल प्रकार की पहचान को तीव्र करने के लिए तेज़, गोपनीयता-संरक्षित लेबल ट्रांसफर को सक्षम बनाता है।