bioinformatics पेपर

Shiny AMMOA: an interactive platform for integrative multi-omics analysis of murine aging

यह शोध पत्र 'शाइनी एमओएमए' (Shiny AMMOA) को प्रस्तुत करता है, जो एक उपयोगकर्ता के अनुकूल, संवादात्मक आर शाइनी (R Shiny) प्लेटफॉर्म है जो चूहों की उम्र बढ़ने के एकीकृत मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण का लोकतंत्रीकरण करता है, जिससे प्रयोगात्मक शोधकर्ताओं के लिए उन्नत कम्प्यूटेशनल कौशल की आवश्यकता के बिना एकीकृत ट्रांसक्रिप्टोमिक, प्रोटिओमिक और मेटाबोलोमिक डेटासेट का अन्वेषण करने, उन्हें विज़ुअलाइज़ करने और परिकल्पनाएं उत्पन्न करने में सक्षम बनाया जा सके।

Ninomiya Kanda, M.2026-05-20

💻 bioinformatics

ExplainBind: Explainable Physicochemical Determinants of Protein-Ligand Binding via Non-Covalent Interactions

ExplainBind एक नवीन, स्ट्रक्चर-फ्री (संरचना-मुक्त) AI फ्रेमवर्क है जो प्रोटीन-लिगैंड बाइंडिंग की संभावना की भविष्यवाणी करता है, विशिष्ट बाइंडिंग अवशेषों (residues) की पहचान करता है, और ड्रग डिस्कवरी के लिए यांत्रिक अंतर्दृष्टि प्रदान करने हेतु गैर-सहसंयोजक अंतःक्रिया पैटर्न को डिकोड करता है, जो विविध लक्ष्यों पर मौजूदा ब्लैक-बॉक्स मॉडल से बेहतर प्रदर्शन करता है और विशिष्ट कार्यात्मक तंत्रों वाले अवरोधकों (inhibitors) और सक्रियकर्ताओं (activators) दोनों की सफलतापूर्वक पहचान करता है।

Meng, Z., Bai, Z., Yuan, K., Cheah, J. H., Jiang, W., Skepner, A., Leahy, K. J., Ounis, I., Oldham, W. M., Meng, Z., Xu (…)2026-05-19

💻 bioinformatics

Unlocking Open-Access Genomic and Transcriptomic Data: The First Bioinformatic Exploitation of Tunisian Durum Wheat Landraces Chili and Mahmoudi, Pioneering Data-Driven Research in North Africa

यह अध्ययन ट्यूनीशियाई ड्यूरम गेहूं की लैंडरेस (landraces) के पहले एकीकृत जीनोमिक और ट्रांसक्रिप्टोमिक विश्लेषण को प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि शुष्क-क्षेत्र अनुकूलन मुख्य रूप से चयन हॉटस्पॉट के बजाय ट्रांस-रेगुलेटरी स्ट्रेस-नेटवर्क रीवायरिंग द्वारा संचालित होता है, साथ ही विशिष्ट आणविक तंत्रों और भविष्य के प्रजनन के लिए छह क्रोमोसोमल लक्ष्यों की पहचान करता है।

Gdoura-Ben Amor, M., MATHLOUTHI, N. E. H., BELGUITH, I., DEROUICH, R.2026-05-19

💻 bioinformatics

TransXplorer: An automated translational discovery platform for RNA-seq data

TransXplorer एक निःशुल्क रूप से उपलब्ध, बिना लॉगिन वाला वेब प्लेटफॉर्म है जो कच्चे डेटा प्रोसेसिंग और स्वचालित बैच सुधार से लेकर कार्यात्मक संवर्धन (फंक्शनल एनरिचमेंट), नेटवर्क विश्लेषण और क्लिनिकल/ड्रग डिस्कवरी एकीकरण तक संपूर्ण RNA-seq विश्लेषणात्मक वर्कफ़्लो को एक एकल एकीकृत वातावरण में सुव्यवस्थित करता है।

Verma, V. M., Oler, E., Syed, H., Han, S., Berjanskii, M., Mason, A. L., Wishart, D. S., Wong, G. K.-S.2026-05-19

💻 bioinformatics

DistPCA: Tera-Scale Genomic PCA via Out-of-Core Distributed Parallelism

DistPCA पहला वितरित, आउट-ऑफ-कोर C++ फ्रेमवर्क है जो मेमोरी और I/O बाधाओं को दूर करने के लिए MPI-आधारित मल्टी-लेवल पैरेललिज्म का लाभ उठाता है, जिससे सिंगल- और मल्टी-नोड सिस्टम्स में टेरा-स्केल जीनोमिक डेटासेट्स के लिए अत्यधिक स्केलेबल और सटीक प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस सक्षम होता है।

Mermigkis, G., Sofotasios, A., Kontopoulou, E.-M., Gallopoulos, E., Hadjidoukas, P.2026-05-19

💻 bioinformatics

Multi-Scale Tri-Modal Histology Dataset Integrating Tumor Morphology, Immune Patterns, and Clinical Outcomes

यह शोध पत्र Prostate-TriMod को प्रस्तुत करता है, जो प्रोस्टेट कैंसर के लिए एक नवीन त्रि-आयामी (tri-modal) हिस्टोलॉजी डेटासेट है जो उन्नत बहुआयामी एआई अनुसंधान और रोगनिदान विश्लेषण को सुगम बनाने के लिए उच्च-रिज़ॉल्यूशन बहुस्तरीय आकारिकी (multiscale morphology), स्थानिक प्रतिरक्षा कोशिका मानचित्रों और नैदानिक परिणामों को एकीकृत करता है।

Jung, K. J., Qiu, J., Cho, S., McDonough, E., Chadwick, C., Ghose, S., West, R. B., Brooks, J. D., Ginty, F., Machiraju (…)2026-05-19

💻 bioinformatics

Systematic cross-study assessment of RNA-Seq experimental workflows for plasma cell-free transcriptome profiling

यह अध्ययन कई अध्ययनों में से 2,166 प्लाज्मा cfRNA-Seq नमूनों का व्यवस्थित रूप से मूल्यांकन करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि तकनीकी कारक, विशेष रूप से प्रोटोकॉल का चयन और जीनोमिक डीएनए संदूषण, जैविक फेनोटाइप की तुलना में ट्रांसक्रिप्टोमिक भिन्नता पर अत्यधिक हावी हैं, जिससे वर्कफ़्लो को मानकीकृत करने और बायोमार्कर खोज की पुनरुत्पादकता में सुधार करने के लिए साक्ष्य-आधारित दिशानिर्देश स्थापित होते हैं।

Tuni, C., Asole, G., Monteagudo-Mesas, P., Rusu, E. C., Cabus, L., Gonzalez, L., Sanchez, L., Neto, B., Sanders, P., Web (…)2026-05-18

💻 bioinformatics

CatIF-RL: Activity-Oriented Enzyme Sequence Design by Steered Inverse Protein Folding

CatIF-RL एक नवीन ढांचा है जो गतिविधि-उन्मुख प्राथमिकता संकेतों और समूह-सापेक्ष नीति अनुकूलन के माध्यम से एक ग्राफ-आधारित डिनोइजिंग डिफ्यूजन इनवर्स फोल्डिंग मॉडल को उच्च अनुमानित kcat मानों की ओर निर्देशित करके, संरचनात्मक निष्ठा और अनुक्रम संगतता बनाए रखते हुए, एंजाइम उत्प्रेरक गतिविधि को बढ़ाता है।

Li, Y., Xiong, J., Zhang, Y., Cai, T., Fu, C., Li, S., Xu, W., Lyu, R., Chen, Z., Guo, Z., Gong, X., Wang, F.2026-05-18

💻 bioinformatics

BiomniBench: Process-level Evaluation of LLM Agents for Real-world Biomedical Research

यह शोध पत्र BiomniBench प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन प्रक्रिया-स्तरीय मूल्यांकन ढांचा है जो केवल परिणाम-आधारित बेंचमार्क की सीमाओं को दूर करने और तर्क एवं विधि चयन में महत्वपूर्ण विफलताओं को उजागर करने के लिए विशेषज्ञ-निर्मित रूब्रिक्स का उपयोग करके वास्तविक दुनिया के बायोमेडिकल अनुसंधान कार्यों पर LLM एजेंटों का आकलन करता है।

Qu, Y., Lu, Y., Tu, X., Zhang, S., She, T., Shaw, A. G., Shih, J.-H., Zhao, B., Shen, M., Yang, H., Yan, J., Zhang, R. (…)2026-05-18

💻 bioinformatics

Evaluating open LLMs for agentic analysis orchestration in a typical biomedical lab

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि एक लागत प्रभावी, स्थानीय रूप से चलाने योग्य ओपन-वेट एलएलएम (विशेष रूप से qwen3.6:27b) नियमित बायोमेडिकल डेटा विश्लेषण कार्यों को व्यवस्थित करने में फ्रंटियर-स्तर की सटीकता प्राप्त कर सकता है, जो महंगे प्रोप्रायटरी मॉडलों के लिए एक स्केलेबल विकल्प प्रदान करता है।

Nekrutenko, A.2026-05-18

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