💻 bioinformatics

Geometry-aware ligand-receptor analysis distinguishes interface association from spatial localization and reveals a continuum of tumor communication

यह शोध पत्र एक ज्यामिति-जागरूक (geometry-aware) ढांचे को प्रस्तुत करता है जो लिगैंड-रिसेप्टर अंतःक्रियाओं में इंटरफ़ेस-संबद्ध संवर्धन (interface-associated enrichment) को वास्तविक स्थानिक स्थानीयकरण (true spatial localization) से अलग करता है, जिससे यह प्रकट होता है कि ट्यूमर कोशिका संचार को विविक्त संचार व्यवस्थाओं (discrete communication regimes) के बजाय स्थानिक बाधा के एक निरंतरता (continuum of spatial constraint) के रूप में बेहतर ढंग से वर्णित किया जा सकता है।

Yepes, S.2026-04-08
💻 bioinformatics

Exploring transcriptomic and genomic latent variable correction approaches in differential expression analysis.

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण (differential expression analysis) में अभिव्यक्ति-आधारित सरोगेट वेरिएबल्स (expression-based surrogate variables) और जीनोटाइप-आधारित प्रिंसिपल कंपोनेंट्स (genotype-based principal components) दोनों को एक साथ ठीक करना, किसी भी एक विधि का उपयोग करने की तुलना में क्रॉस-डेटासेट प्रतिकृति (cross-dataset replicability) और ज्ञात रोग जीन के जैविक रिकॉल (biological recall) में महत्वपूर्ण रूप से सुधार करता है, जो मेल खाते हुए जीनोटाइप डेटा वाले ट्रांसक्रिप्टोमिक अध्ययनों के लिए एक संयुक्त सुधार ढांचे को एक मानक अभ्यास के रूप में स्थापित करता है।

Appulingam, Y., Jammal, J., Ali, A., Topp, S., NYGC ALS Consortium,, Iacoangeli, A., Pain, O.2026-04-08
💻 bioinformatics

Analysis of multicellular anatomical structures from spatial omics data using sosta

यह शोध पत्र *sosta* को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स बायोकंडक्टर (Bioconductor) पैकेज है जो स्थानिक ओमिक्स (spatial omics) डेटा में बहुकोशिकीय शारीरिक संरचनाओं के प्रत्यक्ष विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जिससे ध्यान एकल-कोशिका व्यवस्था से बदलकर जैविक रूप से प्रासंगिक ऊतक-स्तरीय संगठन पर केंद्रित होता है।

Gunz, S., Crowell, H. L., Robinson, M. D.2026-04-07
💻 bioinformatics

Correlation Between Information Entropy and Functions of Gene Sequences in the Evolutionary Context: A New Way to Construct Gene Regulatory Networks from Sequence

यह शोध पत्र एक नवीन चार-स्तरीय एकीकृत ढांचे का प्रस्ताव करता है जो न्यूक्लियोटाइड-स्तर के प्रतिबंधों को नेटवर्क-स्तर के नियामक तर्क से जोड़ने के लिए सूचना एंट्रॉपी, विकासवादी संरक्षण और डीप लर्निंग एम्बेडिंग का लाभ उठाते हुए डीएनए अनुक्रमों से सीधे जीन नियामक नेटवर्क का निर्माण करता है।

Pan, L., Chen, M., Tanik, M.2026-04-07
💻 bioinformatics

Representation Methods of Transcriptomics with Applications in Neuroimmune Biology

यह शोधपत्र तर्क देता है कि को-एक्सप्रेशन नेटवर्क विश्लेषण (co-expression network analysis), माइक्रोगलिया के लक्षण वर्णन के लिए पारंपरिक विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण (differential expression analysis) की तुलना में एक अधिक प्रभावी और संक्षिप्त ढांचा प्रदान करता है, क्योंकि यह संदर्भ-निर्भर, समवर्ती आणविक कार्यक्रमों को प्रकट करता है जो कोशिका प्रकार की कार्यात्मक विषमता को बेहतर ढंग से समझाते हैं।

Abbasi, M., Ochoa Zermeno, S., Spendlove, M. D., Tashi, Z., Plaisier, C. L., Bartelle, B. B.2026-04-07
💻 bioinformatics

Locat: Joint enrichment and depletion testing identifies localized marker genes in single-cell transcriptomics

यह शोध पत्र Locat को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन ढांचा (framework) है जो एकल-कोशिका ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (single-cell transcriptomics) में अत्यधिक विशिष्ट मार्कर जीन की पहचान करता है, जो सघन कोशिकीय क्षेत्रों के भीतर अभिव्यक्ति संवर्धन (expression enrichment) और अन्य स्थानों पर रिक्तीकरण (depletion) के लिए संयुक्त रूप से परीक्षण करके, कोशिका आबादी और विकासात्मक प्रक्षेपवक्रों (developmental trajectories) के सुदृढ़, व्याख्या योग्य और बैच-मुक्त क्रॉस-कंडीशन तुलना को सक्षम बनाता है।

Lewis, W. R., Aizenbud, Y., Strino, F., Kluger, Y., Parisi, F.2026-04-07
💻 bioinformatics

A Context-Aware Single-Cell Proteomics Analysis pipeline.

यह शोधपत्र CASPA को प्रस्तुत करता है, जो सिंगल-सेल प्रोटिओमिक्स के लिए एक स्वचालित, एंड-टू-एंड पाइपलाइन है जो एडेप्टिव क्वालिटी कंट्रोल, एंट्रॉपी-गाइडेड बैच करेक्शन और संदर्भ-जागरूक सेल टाइप एनोटेशन के लिए एक परिष्कृत लार्ज लैंग्वेज मॉडल फ्रेमवर्क के माध्यम से मौजूदा विश्लेषणात्मक सीमाओं को दूर करता है, और विविध जैविक डेटासेट्स में ऑर्थोगोनल ग्राउंड ट्रुथ के विरुद्ध मान्य उच्च सटीकता प्राप्त करता है।

Salomo Coll, C., Makar, A. N., Brenes, A. J., Inns, J., Trost, M., Rajan, N., Wilkinson, S., von Kriegsheim, A.2026-04-07
💻 bioinformatics

Accurate estimation of canine inbreeding using ultra low-coverage whole genomesequencing

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अल्ट्रा लो-कवरेज होल जीनोम सीक्वेंसिंग (ulcWGS), विविध नस्लों में कुत्तों के इनब्रीडिंग स्तरों का सटीक अनुमान लगाने के लिए हाई-कवरेज विधियों के एक लागत प्रभावी और विश्वसनीय विकल्प के रूप में कार्य करती है।

Pellegrini, M., Kim, R., Rubbi, L., Kislik, G., Smith, D.2026-04-07
💻 bioinformatics

REBEL, Reproducible Environment Builder for Explicit Library resolution

REBEL एक ऐसा फ्रेमवर्क है जो गहन कोड निरीक्षण और क्यूरेटेड ज्ञान का उपयोग करके लुप्त सिस्टम डिपेंडेंसीज़ को हल करता है और कंटेनराइजेशन विशेषज्ञता की आवश्यकता के बिना स्व-निहित, नियतात्मक वातावरण उत्पन्न करता है, जिससे बायोइन्फॉर्मेटिक्स में दीर्घकालिक, FAIR-अनुपालन वाली पुनरुत्पादकता सुनिश्चित होती है।

Martelli, E., Ratto, M. L., Nuvolari, B., Arigoni, M., Tao, J., Micocci, F. M. A., Alessandri, L.2026-04-07
💻 bioinformatics

Flow molecular dynamics simulations reveal mechanosensitive regulation of von Willebrand factor through glycan-modulated autoinhibitory modules

यह अध्ययन फ्लो मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स सिमुलेशन का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि कैसे हाइड्रोडायनामिक बल वॉन विलेब्रांड फैक्टर को एक ऑटोइनहिबिटेड कॉम्पैक्ट अवस्था से एक सक्रिय विस्तारित कन्फर्मेशन की ओर संचालित करते हैं, जो मैकेनोसेंसिटिव रेगुलेशन में ग्लाइकेन-मॉड्यूलेटेड ऑटोइनहिबिटरी मॉड्यूल्स की विशिष्ट भूमिकाओं को उजागर करता है।

Richard Louis, N. E. L., Zhao, Y. C., Ju, L. A.2026-04-07