bioinformatics पेपर

Extended t-cores for the de novo identification of transposable elements and other inexact repeats from short read RNAseq data

यह शोध पत्र कॉम्पैक्टेड डी ब्रुइन ग्राफ्स (De Bruijn graphs) के भीतर "एक्सटेंडेड टी-कोर्स" (extended t-cores) पर आधारित एक पूर्णतः 'डी नोवो' (de novo) विधि प्रस्तुत करता है, जो बिना किसी संदर्भ जीनोम की आवश्यकता के, सीधे शॉर्ट-रीड आरएनए-सीक (short-read RNA-seq) डेटा से ट्रांसपोसेबल तत्वों और अन्य इनएक्सैक्ट रिपीट को प्रभावी ढंग से पहचानने और अलग करने के लिए है।

Darmon, S., Mary, A., Lacroix, V.2026-07-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

Systematic evaluation and benchmarking of text summarization methods for biomedical literature: From word-frequency methods to language models

यह शोध पत्र 1,000 बायोमेडिकल एब्स्ट्रैक्ट्स (biomedical abstracts) पर 62 टेक्स्ट सारांशीकरण विधियों का बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रकट करता है कि सामान्य-उद्देश्य वाले, मध्यम आकार के भाषा मॉडल सटीक और अर्थपूर्ण वैज्ञानिक सारांश उत्पन्न करने में सांख्यिकीय निष्कर्षण (statistical extractive) विधियों और विशिष्ट या फ्रंटियर-स्केल मॉडलों दोनों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं।

Baumgärtel, F., Bono, E., Fillinger, L., Galou, L., Keska-Izworska, K., Walter, S., Andorfer, P., Kratochwill, K., Perc (…)2026-07-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

FUSED: A Functional Representation for Joint Structural and Elemental Analysis of Protein Ligand Binding Sites

यह शोध पत्र FUSED को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन बहुभिन्नीय कार्यात्मक प्रतिनिधित्व (multivariate functional representation) है जो प्रोटीन लिगैंड बाइंडिंग साइट्स की संरचनात्मक और अवयवी संरचनात्मक जानकारी को दूरी के निरंतर फलनों (continuous functions) के रूप में संयुक्त रूप से मॉडल करता है, और यह प्रदर्शित करता है कि यह दृष्टिकोण मौजूदा विधियों की तुलना में लिगैंड भेदभाव और बाइंडिंग-साइट वर्गीकरण के लिए संक्षिप्त, व्याख्या योग्य और प्रतिस्पर्धी भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन प्रदान करता है।

Priyankara, T. M. S., Ellingson, L.2026-07-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Integrative computational toxicology reveals PFOS and PFHxS associated inflammatory keratinocyte niches in psoriasis through exposure transcriptomics, single-cell spatial mapping and token-aware virtual perturbation

यह अध्ययन एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल टॉक्सिकोलॉजी फ्रेमवर्क का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि PFOS और PFHxS का संपर्क उन इन्फ्लेमेटरी केराटिनोसाइट प्रोग्राम्स को संचालित करता है जो सोरायसिस पैथोलॉजी के साथ अभिसरित होते हैं, जो मल्टी-ओमिक्स एकीकरण और वर्चुअल परटर्बेशन के माध्यम से विशिष्ट आणविक प्रभावकों और स्थानिक निश (spatial niches) की पहचान करते हैं।

Ma, J., Yu, Q.2026-07-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Computational design of a multi-epitope vaccine against M. tuberculosis

यह अध्ययन तीन पूर्व में अनछुए *माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस* विषाक्तता प्रोटीनों (EccB3, MycP, और पॉलीकेटाइड सिंथेज़) को लक्षित करने वाले एक नवीन मल्टी-एपिटोप वैक्सीन उम्मीदवार के कम्प्यूटेशनल डिज़ाइन और सत्यापन को प्रस्तुत करता है, जो एक व्यापक रिवर्स वैक्सिनोलॉजी पाइपलाइन के माध्यम से मजबूत संरचनात्मक स्थिरता, प्रभावी TLR बाइंडिंग और सुदृढ़ प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया प्रदर्शित करता है।

Buhari, A., Okutu, P., Oyeleke, U. A., Sivakumar, A., Hameed, S. A.2026-07-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Taxonomic profilers and their influence on metagenomic diversity analyses

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि टैक्सोनोमिक प्रोफाइलर, संदर्भ डेटाबेस और पैरामीटराइजेशन का चयन मेटाजीनोमिक विश्लेषणों में अल्फा विविधता अनुमानों और सांख्यिकीय निष्कर्षों को महत्वपूर्ण रूप से प्रभावित करता है, जो शोधकर्ताओं के लिए मजबूत और विश्वसनीय वैज्ञानिक निष्कर्ष सुनिश्चित करने हेतु संवेदनशीलता विश्लेषण करने की महत्वपूर्ण आवश्यकता को रेखांकित करता है।

Rondeau-Leclaire, J., Blanchet, G., Jacques, P.-E., Laforest-Lapointe, I.2026-07-14

💻 जैव सूचना विज्ञान

Improved 3D Radial Phyllotaxis Trajectories for Uniform Density Distribution of Readout Directions and Sequential Binning

यह शोधपत्र उन्नत 3D रेडियल फिलोटैक्सिस प्रक्षेपवक्र (trajectories), विशेष रूप से UPhy और FlexiPhy को प्रस्तुत करता है, जो समान रीडआउट दिशा घनत्व प्राप्त करते हैं और रिंगिंग आर्टिफैक्ट्स को महत्वपूर्ण रूप से कम करने तथा डायनेमिक MRI में रेट्रोस्पेक्टिव अनुक्रमिक बिनिंग की मजबूती को बढ़ाने के लिए रैंडमाइज्ड इंटरलीव ऑर्डरिंग का उपयोग करते हैं।

Leidi, M., Delitroz, J., Peper, E., Jia, Y., Barranco, J., Ledoux, J.-B., Romanin, L., Bastiaansen, J. A. M., Schneider (…)2026-07-14

💻 जैव सूचना विज्ञान

SSUplex: fast, both-strand extraction and origin-sorting of small-subunit rRNA for environmental DNA metabarcoding

SSUplex एक तेज़, ओपन-सोर्स रस्ट (Rust) टूल है जो दोनों डीएनए स्ट्रैंड्स से पूर्ण-लंबाई वाले स्मॉल-सबयूनिट rRNA रीड्स का पता लगाता है, उन्हें निकालता है और पांच श्रेणियों (बैक्टीरिया, आर्किया, यूकेरियोटा, माइटोकॉन्ड्रिया और क्लोरोप्लास्ट) में उनके मूल के आधार पर वर्गीकृत करता है, जो पर्यावरणीय डीएनए मेटाबारकोडिंग वर्कफ़्लो के लिए Metaxa2 का एक उच्च-गति, मेमोरी-कुशल विकल्प प्रदान करता है।

O'Brien, A., Vargas, J., Acuna, I., Restovic, F., Martinez, P., Parada, P.2026-07-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

TEDlm: domain-centric protein language models with optional structural pre-training

यह शोध पत्र TEDlm को प्रस्तुत करता है, जो संरचनात्मक रूप से परिभाषित डोमेन खंडों पर प्रीट्रेन किया गया एक डोमेन-केंद्रित प्रोटीन भाषा मॉडल है, जो रिमोट-होमोलॉजी डिटेक्शन और मॉलिक्यूलर फंक्शन प्रेडिक्शन में बड़े फुल-सीक्वेंस मॉडल्स से बेहतर प्रदर्शन करता है, यह प्रदर्शित करते हुए कि डोमेन-इंट्रिन्सिक संकेतों पर ध्यान केंद्रित करने से संक्षिप्त, संरचनात्मक रूप से सूचित रिप्रजेंटेशन्स प्राप्त होते हैं।

Wei, T., Kandathil, S. M., Buchan, D. W. A., Jones, D. T.2026-07-13

💻 जैव सूचना विज्ञान

amR: an R package suite to predict antimicrobial resistance in bacterial pathogens

amR R पैकेज सुइट मल्टी-स्केल जीनोमिक फीचर एक्सट्रैक्शन, मशीन लर्निंग मॉडल ट्रेनिंग और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को एकीकृत करके बैक्टीरिया के रोगजनकों में एंटीमाइक्रोबियल प्रतिरोध की भविष्यवाणी करने के लिए एक व्यापक, व्याख्या योग्य ढांचा प्रदान करता है ताकि क्रॉस-स्पीशीज और मल्टी-ड्रग रेजिस्टेंस तंत्रों का अनावरण किया जा सके।

Ghosh, A., Brenner, E. P., Boyer, E. A., McKim, A. P., Vang, C. K., Wolfe, E. P., Mayer, D. A., Lesiyon, R. L., Ravi, J.2026-07-13

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