💻 bioinformatics

Decoding antibiotic modes of action from multimodal cellular responses

यह अध्ययन MAPPER को प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल मल्टीमॉडल फ्रेमवर्क है जो प्रोटिओमिक, केमिकल और ग्रोथ डेटा को एकीकृत करके *E. coli* में एंटीबायोटिक के कार्य करने के तरीकों (modes of action) की सटीक भविष्यवाणी करता है और नवीन तंत्रों का पता लगाता है, जिससे विशिष्ट लक्ष्यों वाले एंटीबैक्टीरियल उम्मीदवारों की प्राथमिकता तय करने में सुविधा होती है।

Hesse, J., Schum, D., Leidel, L., Gareis, L. R., Herrmann, J., Müller, R., Sieber, S. A.2026-04-02
💻 bioinformatics

EMITS: expectation-maximization abundance estimation for fungal ITS communities from long-read sequencing

EMITS एक उच्च-प्रदर्शन वाला Rust-आधारित टूल है जो लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग से फंगल ITS समुदायों में प्रजाति-स्तर के प्रचुरता अनुमान (abundance estimation) को सुधारने और अस्पष्ट रीड मैपिंग को हल करने के लिए एक्सपेक्टेशन-मैक्सिमाइजेशन एल्गोरिदम का उपयोग करता है, जो सटीकता और त्रुटि न्यूनीकरण में सरल काउंटिंग विधियों की तुलना में काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।

O'Brien, A., Lagos, C., Fernandez, K., Ojeda, B., Parada, P.2026-04-02
💻 bioinformatics

TF-IDF k-mer-based Classical and Hybrid Machine Learning Models for SARS-CoV-2 Variant Classification under Imbalanced Genomic Data

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एक हाइब्रिड रैंडम फ़ॉरेस्ट-एसवीएम (Random Forest-SVM) ढांचा, जो TF-IDF-आधारित k-mer विशेषताओं का उपयोग करता है, असंतुलित SARS-CoV-2 जीनोमिक डेटा को वर्गीकृत करने में डीप लर्निंग विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है, जिससे उत्कृष्ट मैक्रो-एवरेज्ड F1-स्कोर और दुर्लभ वेरिएंट्स का सुदृढ़ पता लगाना प्राप्त होता है।

Haque, N., Mazed, A., Ankhi, J. N., Uddin, M. J.2026-04-02
💻 bioinformatics

Benchmarking Heritability Estimation Strategies Across 86 Configurations and Their Downstream Effect on Polygenic Risk Score Performance

यह अध्ययन छह टूल परिवारों और दस विधि समूहों के माध्यम से 86 SNP हेरिटेबिलिटी (वंशानुगतता) अनुमान विन्यासों का व्यवस्थित रूप से बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रकट करता है कि हालांकि एल्गोरिद्मिक विकल्पों और मानकीकरण के आधार पर हेरिटेबिलिटी अनुमानों में पर्याप्त भिन्नता होती है, इस अपस्ट्रीम परिवर्तनशीलता का डाउनस्ट्रीम पॉलीजेनिक रिस्क स्कोर प्रदर्शन पर न्यूनतम प्रभाव पड़ता है, जिससे यह सुझाव मिलता है कि हेरिटेबिलिटी को एक स्थिर स्केलर के बजाय एक कॉन्फ़िगरेशन-संवेदनशील पैरामीटर के रूप में माना जाना चाहिए।

Muneeb, M., Ascher, D.2026-04-02
💻 bioinformatics

Inferring a novel insecticide resistance metric and exposurevariability in mosquito bioassays across Africa

यह अध्ययन एक नवीन गणितीय मॉडल प्रस्तुत करता है जो मच्छर आबादी में प्रतिरोध विषमता (resistance heterogeneity) को ध्यान में रखने के लिए तीव्रता-खुराक संवेदनशीलता बायोअसे डेटा को एकीकृत करता है, जिससे कीटनाशक-युक्त मच्छरदानी की प्रभावशीलता और अफ्रीका भर में कीटनाशक प्रतिरोध के सार्वजनिक स्वास्थ्य प्रभाव के अधिक सटीक अनुमान संभव हो पाते हैं।

Denz, A., Kont, M. D., Sanou, A., Churcher, T. S., Lambert, B.2026-04-01
💻 bioinformatics

A Convolutional Deep Learning Approach to identify DNA Sequences for Gene Prediction

यह शोध पत्र एक अत्यंत कुशल कनवल्शनल न्यूरल नेटवर्क (CNN) मॉडल प्रस्तुत करता है जो जेनेटिक विकारों से जुड़े जीन की पहचान करने में अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए ह्यूमन जीनोम बिल्ड 38 से प्राप्त अमीनो एसिड अनुक्रमों के TFxIDF वेक्टराइजेशन का उपयोग करके जीन स्थानों की सटीक भविष्यवाणी करता है।

Motta, J. A., Gomez, P. D.2026-04-01
💻 bioinformatics

Benchmarking computational decontamination of ambient RNA

यह अध्ययन सिंगल-सेल और सिंगल-न्यूक्लियस आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा से एम्बिएंट आरएनए को हटाने के लिए सात अत्याधुनिक कम्प्यूटेशनल विधियों का कड़ाई से बेंचमार्किंग करता है, जिससे यह स्पष्ट होता है कि हालांकि कोई भी एकल विधि सभी परिदृश्यों में उत्कृष्ट प्रदर्शन नहीं करती है, फिर भी CellBender, DecontX, और SoupX आम तौर पर बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करते हैं।

Cargnelli, C. B., Nielsen, J. V., Madsen, J.2026-04-01
💻 bioinformatics

Searching the Druggable Genome using Large Language Models

यह शोध पत्र DGIdb मॉडल कॉन्टेक्स्ट प्रोटोकॉल (MCP) सर्वर को प्रस्तुत करता है, जो बड़े भाषा मॉडलों (LLMs) को प्राकृतिक भाषा के माध्यम से DGIdb API से अद्यतित ड्रग-जीन इंटरेक्शन डेटा तक पहुँचने में सक्षम बनाता है, जिससे सटीक बायोमेडिकल उत्तर प्रदान करने की उनकी क्षमता में महत्वपूर्ण रूप से वृद्धि होती है।

Schimmelpfennig, L. E., Cannon, M., Cody, Q., McMichael, J., Coffman, A., Kiwala, S., Krysiak, K. J., Wagner, A. H., Gri (…)2026-04-01
💻 bioinformatics

Adaptive Cluster-Count Autoencoders with Dirichlet Process Priors for Geometry-Aware Single-Cell Representation Learning

यह अध्ययन डिरिचलेट प्रोसेस प्रायर्स (Dirichlet Process Priors) के साथ एडेप्टिव क्लस्टर-काउंट ऑटोएनकोडर्स (Adaptive Cluster-Count Autoencoders) प्रस्तुत करता है, जो लेबल-रिकवरी सटीकता की मामूली लागत पर सिंगल-सेल लेटेंट स्पेस की ज्यामितीय सघनता और पृथक्करण को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाते हैं, जिससे एक कार्य-निर्भर ट्रेड-ऑफ स्थापित होता है जहाँ नॉनपैरामीट्रिक प्रायर्स सख्त क्लस्टर गणना के बजाय प्रक्षेपवक्र विश्लेषण (trajectory analysis) और मैनिफोल्ड विज़ुअलाइज़ेशन के लिए इष्टतम होते हैं।

Fu, Z.2026-04-01
💻 bioinformatics

Simplex-Constrained Neural Topic VAEs with Flow Refinement for Interpretable Single-Cell Gene-Program Discovery

यह शोधपत्र Topic-FM को प्रस्तुत करता है, जो न्यूरल टॉपिक VAEs का एक नवीन परिवार है जो लॉजिस्टिक-नॉर्मल डिरिचलेट प्रायर के माध्यम से सिम्प्लेक्स बाधाओं को लागू करता है और विविध सिंगल-सेल RNA सीक्वेंसिंग डेटासेट में जीन प्रोग्राम्स के क्लस्टरिंग प्रदर्शन, पर्यवेक्षित भेदभाव (supervised discrimination) और जैविक व्याख्यात्मकता को एक साथ बढ़ाने के लिए एक कंडीशनल ऑप्टिमल-ट्रांसपोर्ट फ्लो का उपयोग करता है।

Fu, Z.2026-04-01