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यह शोध पत्र RepurAgent को पेश करता है, जो एक मानव-पर्यवेक्षित पदानुक्रमित बहु-एजेंट एआई प्रणाली है जो एक्यूट माइलॉयड ल्यूकेमिया, कोविड-19 और मल्टीपल सल्फेटेज़ डेफिसिएंसी सहित विविध रोग परिदृश्यों में परिकल्पना सृजन और प्रयोगात्मक डिजाइन से लेकर डेटा विश्लेषण और उम्मीदवार परिशोधन तक संपूर्ण ड्रग रिपर्पजिंग जीवनचक्र को सफलतापूर्वक स्वचालित और समर्थित करती है।
यह शोध पत्र सुरलेटन (Surleton) को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन इनवर्स प्रोटीन फोल्डिंग फ्रेमवर्क है जो बैकबोन-ओनली (backbone-only) निरूपणों की सीमाओं को दूर करने के लिए बैकबोन ज्योमेट्री और प्रोटीन सतह संगठन को संयुक्त रूप से मॉडल करता है, जिससे छिपे हुए (buried) और उजागर (exposed) दोनों अवशेषों के लिए अनुक्रम रिकवरी (sequence recovery) और मॉडलिंग संतुलन में महत्वपूर्ण सुधार होता है।
सिस्ट बनाने वाले सारकोसिस्टिडे (Sarcocystidae) और गैर-सिस्ट बनाने वाले इमेरिडिया (Eimeriidae) परजीवियों के बीच प्रोटिओम के फाइलोगेनेटिक तुलना को नियोजित करते हुए, यह अध्ययन *टॉक्सोप्लाज्मा गोंडी* (*Toxoplasma gondii*) प्रोटीनों के विशिष्ट संरक्षण पैटर्न की पहचान करता है और ब्रैडीज़ोइट-संरक्षित प्रोटीनों के एक विशिष्ट क्लस्टर को ब्रैडीज़ोइट विभेदन में शामिल नवीन जीन खोजने के लिए एक आशाजनक स्रोत के रूप में चिन्हित करता है।
यह शोध पत्र HMCVelo को प्रस्तुत करता है, जो एक नियतात्मक (deterministic) ODE-आधारित ढांचा है जो हाइड्रोक्सीमिथाइलेशन गतिकी (hydroxymethylation dynamics) को मॉडल करने और उच्च-विश्वास वाली कोशिकीय प्रक्षेपवक्रों (cellular trajectories) का अनुमान लगाने के लिए Joint-snhmC-seq डेटा का लाभ उठाता है, जो पुनरुद्देश्यित (repurposed) RNA वेलोसिटी विधियों की तुलना में बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है और चक्रीय जैव रासायनिक प्रणालियों के भीतर प्रक्षेपवक्र रिज़ॉल्यूशन में सैद्धांतिक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।
यह शोध पत्र एक क्लोज्ड-लूप इन सिलिको फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो जनरेटिव मॉडलिंग, आणविक सिमुलेशन और मल्टी-ऑब्जेक्टिव बेयसियन ऑप्टिमाइज़ेशन को एकीकृत करता है ताकि रिसेप्टर-सिलेक्टिव बाइंडिंग प्रोफाइल वाले सेल-पेनेट्रेटिंग पेप्टाइड्स को सफलतापूर्वक डिजाइन किया जा सके, जैसा कि प्रयोगात्मक इमेजिंग द्वारा मान्य किया गया है जो NRP1-पॉजिटिव क्षेत्रों की तुलना में CXCR4-पॉजिटिव क्षेत्रों में अधिमान्य संवर्धन (preferential enrichment) प्रदर्शित करता है।
ProNA3D एक एकीकृत कम्प्यूटेशनल टूल और UCSF ChimeraX प्लग-इन है जिसे संरचनात्मक डेटा, AlphaFold3 स्कोरिंग और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को एकीकृत करके प्रोटीन-न्यूक्लिक एसिड और केवल न्यूक्लिक एसिड इंटरफेस का विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किया गया है ताकि प्रायोगिक और अनुमानित बायोमॉलिकुलर कॉम्प्लेक्स दोनों में कार्यात्मक कनेक्टिविटी और इंटरेक्शन मोड को प्रकट किया जा सके।
यह अध्ययन प्रीफ्रंटल कॉर्टेक्स में एपिजेनेटिक रूप से बाधित बेसल एस्ट्रोसाइट्स को डाउन सिंड्रोम से जुड़े अल्जाइमर रोग में एक प्रमुख संवेदनशीलता कारक के रूप में पहचानता है, जो शास्त्रीय प्रतिक्रियाशील सक्रियण के बजाय होमियोस्टैटिक कार्यों की हानि और तनाव एवं सूजन संबंधी संकेतों के प्रति कम प्रतिक्रियाशीलता द्वारा चिह्नित है।
यह शोध पत्र एक पुनरुत्पादक, ओपन विश्लेषणात्मक पाइपलाइन प्रस्तुत करता है जो सेलुलर संरचनाओं के लिए एक फाइन-ट्यून्ड सेलपोज़-एसएएम (Cellpose-SAM) मॉडल और नैनोकणों के लिए एक एम्पिरिकल बेयस दृष्टिकोण को जोड़ता है ताकि वॉल्यूम इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी का उपयोग करके ट्यूमर स्फेरॉइड्स के भीतर नैनोकण वितरण और कोशिकीय आकारिकी का पूर्णतः मात्रात्मक 3D पुनर्निर्माण किया जा सके।
यह अध्ययन *Cynodon dactylon* में 237 NAC ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर जीनों की पहली व्यापक जीनोम-व्यापी पहचान और लक्षण वर्णन प्रस्तुत करता है, जो उनकी फाइलोजेनेटिक विविधता, ऊतक-विशिष्ट अभिव्यक्ति पैटर्न, और सूखा, गर्मी, नमक तथा जलमग्नता के तनावों के प्रति विशिष्ट अपरेगुलेशन या डाउनरेगुलेशन प्रोफाइल को प्रकट करता है, जिससे तनाव-सहिष्णु बर्मूडाग्रास की ब्रीडिंग के लिए एक आधार स्थापित होता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि उत्परिवर्तन-प्रेरित प्रोटीन फोल्डिंग और बाइंडिंग इंटरैक्शन का बायोफिजिकल अस्थिरीकरण कैंसर-ड्राइविंग क्षमता में एक प्रमुख योगदानकर्ता है, जो मानव संरचनात्मक प्रोटीन इंटरैक्टोम में संरचनात्मक व्यवधानों और ऑन्कोजेनिसिटी के बीच एक मजबूत सकारात्मक सहसंबंध को प्रकट करता है।