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bioinformatics

1202 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

Single-Cell Multi-Omics Dissection of Malignant Evolutionary Mechanisms and Construction of a Prognostic Model for Clear Cell Renal Cell Carcinoma

यह अध्ययन क्लियर सेल रीनल सेल कार्सिनोमा (ccRCC) ग्रेड्स में सिंगल-सेल आरएनए (RNA) और एटीएसी (ATAC) सीक्वेंसिंग को एकीकृत करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि एपिजेनेटिक परिवर्तन मेटाबॉलिक और इनवेसिव बदलावों से पहले होते हैं, जबकि एक सुदृढ़ CBG प्रोग्नोस्टिक सिग्नेचर को परिभाषित करता है और इम्यून एग्जॉशन एवं इंटरसेलुलर कम्युनिकेशन नेटवर्क के गतिशील विकास को मैप करता है।

Liu, R., Shi, Y., Xiao, Y., Ren, B., Li, L., Qi, B., Li, T., Zhang, Y., Gao, J.2026-06-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Handshake: Partner-Specific Protein-Protein Binding Site Prediction at Scale Using ProstT5 and Cross-Chain Attention

यह शोध पत्र हैंडशेक (Handshake) का परिचय देता है, जो एक केवल-अनुक्रम (sequence-only) आधारित डीप लर्निंग मॉडल है जो बड़े पैमाने पर पार्टनर-विशिष्ट प्रोटीन-प्रोटीन बाइंडिंग साइटों की सटीक भविष्यवाणी करने के लिए प्रोस्टटी5 (ProstT5) और क्रॉस-चेन अटेंशन का लाभ उठाता है, साथ ही यह भी प्रकट करता है कि प्रशिक्षण डेटा में उच्च अनुक्रम अतिरेक (sequence redundancy) मौजूदा बेंचमार्क में प्रदर्शन मेट्रिक्स को काफी बढ़ा देता है।

Haspel, N.2026-06-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Divergent Loop Architecture Shapes Pocket2 Variation in Shark Legumains

यह अध्ययन एक विचलित सतह लूप (divergent surface loop) के रूप में "पॉकेट2" (Pocket2) की पहचान करता है जो शार्क लेगुमेन (shark legumains) में संरचनात्मक और कार्यात्मक भिन्नता का एक प्रमुख स्रोत है, जो उनके अन्यथा अत्यधिक संरक्षित उत्प्रेरक कोर (catalytic cores) के विपरीत है और इस क्षेत्र को प्रजाति-विशिष्ट प्रोटीज अनुकूलन (species-specific protease adaptation) की भविष्य की जांच के लिए एक लक्ष्य के रूप में सुझाव देता है।

Eijzenga, M., Leibowitz, M., Henley, E. M.2026-06-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

CryoDiff: An uncertainty-aware diffusion model for Cryo-EM map enhancement

यह शोध पत्र CryoDiff को प्रस्तुत करता है, जो एक अनिश्चितता-जागरूक (uncertainty-aware) डिफ्यूजन मॉडल है जो संरचनात्मक रिज़ॉल्यूशन में सुधार करने और वोक्सेल-वार (voxel-wise) आत्मविश्वास अनुमान प्रदान करने के माध्यम से मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है, जिससे क्रायो-ईएम (cryo-EM) मैप्स को उन्नत करने और इस प्रकार मैप की व्याख्यात्मकता एवं डाउनस्ट्रीम मॉडल निर्माण को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ावा देने में मदद मिलती है।

Wen, B., He, B., Cheng, Y., Zhou, S., Han, R., Zhang, F.2026-06-06
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Cellpin enables reference-based imputation and denoising of spatial transcriptomes

यह शोध पत्र cellpin को प्रस्तुत करता है, जो विशेष रूप से सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा पर प्रशिक्षित एक स्केलेबल वेरिएशनल ऑटोएनकोडर है, जो क्रॉस-मोडैलिटी अलाइनमेंट की आवश्यकता के बिना अनमैपितेड जीन को प्रभावी ढंग से इम्प्यूट करने और स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइल को डिनोइज़ करने के लिए टीचर-स्टूडेंट लेटेंट डिस्टिलेशन और नॉइज़ सिमुलेशन का उपयोग करता है।

Putze, P., Lucarelli, D., Wellappili, D., Bahrami, M., Luecken, M. D., Theis, F. J., Saur, D.2026-06-05
💻 जैव सूचना विज्ञान

OmniGene-4: A Unified Bio-Language MoE Model with Router-Level Interpretability

OmniGene-4 एक एकीकृत, राउटर-व्याख्यात्मक मिक्स्चर-ऑफ-एक्सपर्ट्स फाउंडेशन मॉडल पेश करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि कैसे निरंतर प्रीट्रेनिंग क्रॉस-टास्क विशेषज्ञता को प्रेरित करती है जबकि एक्सपर्ट कंप्यूटेशन सीक्वेंस-ग्राउंडेड जैविक तर्क को संभालता है, जिससे मल्टी-मोडल इनपुट तक विस्तारित होने पर भी काफी कम कंप्यूट लागत के साथ प्रोटीन होमोलॉजी और सामान्य जैविक ज्ञान में अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त होता है।

Wang, L.2026-06-04
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UnBlender: validating individual analyses in respiratory bulk RNA-seq cell type deconvolution

यह शोध पत्र UnBlender पेश करता है, जो एक ऐसा पाइपलाइन है जिसे श्वसन वैज्ञानिकों को बल्क आरएनए-सीक्वेंसिंग (RNA-seq) डेटा पर अनुकूलन योग्य सेल टाइप डिकनवल्शन करने में सक्षम बनाने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जबकि यह अनुमानित सेल टाइप अनुपातों की सटीकता को नियमित रूप से मान्य करता है ताकि पुनरुत्पादनीय और विश्वसनीय निष्कर्ष सुनिश्चित किए जा सकें।

Gillett, T. E., van den Berge, M., Nawijn, M. C., Koppelman, G. H.2026-06-04
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An interpretable machine learning framework for dog breed inference and ancestry decomposition

यह शोध पत्र एक व्याख्यात्मक मशीन लर्निंग फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो जीनोम-व्यापी SNP डेटा से कुत्ते की नस्ल की पहचान और वंशावली को सटीक रूप से अनुमान लगाने के लिए डाइमेंशनैलिटी रिडक्शन को मल्टी-आउटपुट रैंडम फॉरेस्ट मॉडल के साथ जोड़ता है, जिसने ब्रीड-विशिष्ट लक्षणों से जुड़े जैविक रूप से प्रासंगिक जेनेटिक लोकी की पहचान करते हुए डॉग एजिंग प्रोजेक्ट डेटासेट पर 91.7% सटीकता प्राप्त की है।

Bian, Y., Bierman, R., Snyder-Mackler, N., Promislow, D., Karlsson, E., Dog Aging Project Consortium,, Akey, J. M.2026-06-04
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ROTS 2.0: A reproducibility-driven framework for robust statistical modeling across diverse high-throughput omics study designs

यह शोध पत्र ROTS 2.0 प्रस्तुत करता है, जो R और Python में उपलब्ध एक उन्नत ओपन-सोर्स फ्रेमवर्क है, जो जटिल प्रयोगात्मक सेटिंग्स में फीचर चयन की विश्वसनीयता में सुधार करने के लिए मल्टी-ग्रुप तुलनाओं और सर्वाइवल एनालिसिस सहित विविध हाई-थ्रूपुट ओमिक्स अध्ययन डिजाइनों तक रिप्रोडसिबिलिटी-ऑप्टिमाइज्ड टेस्ट स्टैटिस्टिक का विस्तार करता है।

Suomi, T., Kettunen, J., Pusa, T., Elo, L. L.2026-06-03
💻 जैव सूचना विज्ञान

SwiftNJ: Fast Exact Neighbour Joining via Correctness-Gated Coding Agents

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि एक करेक्टनेस-गेटेड (correctness-gated) कोडिंग एजेंट SwiftNJ, जो कि एक अनुकूलित नेबर जॉइनिंग (Neighbour Joining) कार्यान्वयन है, के माध्यम से कम्प्यूटेशनल फाइलोगेनेटिक्स (computational phylogenetics) में स्थापित RapidNJ बेसलाइन से काफी बेहतर प्रदर्शन कर सकता है, जो संदर्भ मानकों के विरुद्ध सटीक शुद्धता बनाए रखते हुए 0.565 का ज्यामितीय-माध्य रनटाइम अनुपात (geometric-mean runtime ratio) प्राप्त करता है।

Christensen, J.2026-05-29