856 पेपर
FoundedPBI एक एन्सेम्बल डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो जीनोमिक फाउंडेशन मॉडल्स और नवीन लॉन्ग-कॉन्टेक्स्ट एग्रीगेशन रणनीतियों का लाभ उठाकर डीएनए अनुक्रमों से फेज-बैक्टीरिया इंटरैक्शन की सटीक भविष्यवाणी करता है, जो बेंचमार्क डेटासेट्स पर मौजूदा अत्याधुनिक विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।
यह अध्ययन *E. coli* में 107 क्रमिक एंजाइम युग्मों के संरचनात्मक मॉडलिंग और कम्प्यूटेशनल विश्लेषण का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि, इन एंजाइमों के परस्पर क्रिया करने की प्रवृत्ति के बावजूद, उनके उत्प्रेरक स्थल (catalytic sites) मेटाबोलाइट स्थानांतरण को सुगम बनाने के लिए व्यवस्थित रूप से स्थानिक रूप से अनुकूलित विन्यासों में स्थित नहीं हैं।
यह शोध पत्र Tripso को प्रस्तुत करता है, जो एक स्व-पर्यवेक्षित (self-supervised) ट्रांसफार्मर मॉडल है जो एकल लेटेंट निरूपणों (single latent representations) से आगे बढ़कर कोशिका अवस्थाओं के व्याख्या योग्य, जीन प्रोग्राम-केंद्रित एम्बेडिंग सीखने की दिशा में अग्रसर है, जिससे विकास, रोग और प्रयोगात्मक प्रणालियों में जैविक रूप से सार्थक पैटर्न और कार्रवाई योग्य परिकल्पनाओं की खोज संभव हो पाती है।
यह शोधपत्र सिग्नेचर डिस्टेंस (SD) प्रस्तुत करता है, जो एनर्जी डिस्टेंस का एक संरचनात्मक सामान्यीकरण है जो स्थानीय घनत्व और टोपोलॉजिकल परिवर्तनों का पता लगाने के लिए सॉर्टेड पॉइंटवाइज डिस्टेंस प्रोफाइल्स के माध्यम से अनुभवजन्य वितरणों की तुलना करता है, जो उच्च-आयामी जैविक डेटा में बेहतर जनरेटिव मॉडल मूल्यांकन, परिकल्पना परीक्षण और डेटा संवर्धन के लिए एक विभेदक (differentiable) और गणनात्मक रूप से कुशल मीट्रिक प्रदान करता है।
यह शोध पत्र Chromatix को प्रस्तुत करता है, जो JAX पर निर्मित एक ओपन-सोर्स, GPU-त्वरित, डिफरेंशिएबल वेव-ऑप्टिक्स लाइब्रेरी है, जो कंप्यूटेशनल माइक्रोस्कोपी में पुन: प्रयोज्यता और प्रदर्शन की सीमाओं को दूर करने के लिए ऑप्टिकल सिमुलेशन को मानकीकृत करती है, और होलोग्राफी एवं फेज रिट्रीवल जैसे अनुप्रयोगों में महत्वपूर्ण गति प्राप्त करती है।
यह शोध पत्र cellSight को प्रस्तुत करता है, जो एक स्वचालित, उपयोगकर्ता के अनुकूल वर्कफ़्लो है जिसे मैन्युअल प्रयास को कम करके, पुनरुत्पादकता को बढ़ाकर और जैविक खोजों को गति देकर सिंगल-सेल आरएनए-अनुक्रमण (RNA-sequencing) विश्लेषण को सुव्यवस्थित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
यह शोध पत्र Cenote-Taker 3 को प्रस्तुत करता है, जो एक उच्च-प्रदर्शन वाला, ओपन-सोर्स कमांड-लाइन टूल है जो अनुक्रमण डेटा (sequencing data) से वायरल जीनोम और प्रोफेज की खोज और एनोटेशन के लिए गति और सटीकता में मौजूदा विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है, और साथ ही geNomad जैसे अन्य अग्रणी टूल्स के पूरक परिणाम भी प्रदान करता है।
यह अध्ययन एक पूर्णतः कम्प्यूटेशनल पाइपलाइन प्रस्तुत करता है जिसने SpCas9 के PI/RuvC इंटरफेस को लक्षित करने वाले एक उच्च-आत्मीयता (high-affinity) वाले VHH नैनोबॉडी को सफलतापूर्वक डिजाइन और परमाणु स्तर पर मान्य किया है, जो CRISPR-Cas9 की कार्यक्षमता को बढ़ाने के लिए माध्यमिक प्रभावकों (secondary effectors) को भर्ती करने हेतु एक स्थिर, गैर-निरोधात्मक द्विसंयोजक हब संरचना (bivalent hub architecture) स्थापित करता है।
यह अध्ययन कार्टिलेज पुनर्जनन के लिए BMPR1A को लक्षित करने वाले 'डी नोवो' पेप्टाइड्स को डिजाइन करने हेतु चार जनरेटिव एआई टूल्स का बेंचमार्किंग करता है, जो एक कठोर मल्टी-मेट्रिक कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क के माध्यम से एक शीर्ष प्रदर्शन करने वाले PepMLM उम्मीदवार की पहचान करता है और भविष्य के प्रयोगात्मक सत्यापन के लिए एक पुनरुत्पादक पाइपलाइन स्थापित करता है।
CBIcall एक ओपन-सोर्स, कॉन्फ़िगरेशन-ड्रिवन फ्रेमवर्क है जो एक एकल YAML फ़ाइल के माध्यम से मापदंडों को मान्य करके और वर्कफ़्लो को डिस्पैच करके विविध कंप्यूटिंग वातावरणों में पुनरुत्पादनीय (reproducible) और मानकीकृत वेरिएंट कॉलिंग सुनिश्चित करता है, जैसा कि EU HEREDITARY जैसी बड़े पैमाने की कोहोर्ट विश्लेषणों में प्रदर्शित किया गया है।