💻 जैव सूचना विज्ञान

Bias-mitigated microbiome inference refines coronary artery disease signature

यह शोधपत्र BootDA को प्रस्तुत करता है, जो एक नॉन-पैरामीट्रिक बूटस्ट्रैप विधि है जो रूपांतरणों (transformations) या स्यूडोकाउंट्स (pseudocounts) पर निर्भर हुए बिना माइक्रोबायोम डेटा में चार प्रमुख पूर्वाग्रहों (biases) को एक साथ ठीक करती है, जिससे वास्तविक विभेदक प्रचुरता (differential abundance) की पहचान करने और कोरोनरी आर्टरी डिजीज के माइक्रोबियल सिग्नेचर को परिष्कृत करने में बेहतर संवेदनशीलता और विशिष्टता प्राप्त होती है।

Honeybrook, L.2026-06-10
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Pseudoperplexity Probes Memorization in Protein Language Models

यह अध्ययन यह प्रदर्शित करने के लिए स्यूडोपरप्लेक्सिटी (pseudoperplexity) का उपयोग करता है कि प्रोटीन भाषा मॉडल ProtT5 अपने प्रशिक्षण डेटा का पता लगाने योग्य लेकिन सीमित रट्टा मारता है (memorization), जो यह सुझाव देता है कि यह केवल अनुक्रमों को रटने के बजाय मुख्य रूप से प्रोटीनों के सांख्यिकीय व्याकरण का सामान्यीकरण करता है।

Plaikner, A., Ploner, M., Sewald, Z., Senoner, T., Franz, S., Brenner, M., Heinzinger, M., Rost, B.2026-06-10
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ECMME: an atlas of selection pressures on the mammalian extracellular matrix reveals contrasting evolutionary dynamics

यह अध्ययन ECMME प्रस्तुत करता है, जो 228 स्तनधारी प्रजातियों का उपयोग करके 272 मानव बाह्यकोशिकीय मैट्रिक्स (एक्स्ट्रासेलुलर मैट्रिक्स) प्रोटीन में प्रति-अवशेष चयन दबावों का विश्लेषण करने वाला एक व्यापक वेब एटलस है, जो ईसीएम (ECM) विकासवादी गतिशीलता की जांच के लिए एक ओपन-एक्सेस संसाधन प्रदान करने हेतु कोलेजन में व्यापक शुद्धिकरण चयन (प्यूरीफाइंग सिलेक्शन) के साथ-साथ एपिसोडिक सकारात्मक चयन के विशिष्ट पैटर्न को प्रकट करता है।

Petrov, P. B., Oshinjo, A., Roning, J., Izzi, V.2026-06-10
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FLAG-X: Hybrid machine learning workflows for automated gating of clinical flow cytometry data

लेखक FLAG-X प्रस्तुत करते हैं, जो एक पायथन पैकेज है जो विशेषज्ञ एनोटेशन के साथ अत्याधुनिक मशीन लर्निंग विधियों को हाइब्रिड वर्कफ़्लो में एकीकृत करके मैनुअल और स्वचालित फ्लो साइटोमेट्री विश्लेषण के बीच के अंतर को पाटता है, जिससे नियमित नैदानिक गेटिंग में मानकीकरण और दक्षता की कमी को संबोधित किया जा सके।

Martini, P., Mohammadi, M., Thrun, M. C., Blumenthal, D. B., Krause, S. W.2026-06-09
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Supervised Deep Learning for Efficient Cryo-EM Image Alignment in Drug Discovery with cryoPARES

यह शोध पत्र cryoPARES को प्रस्तुत करता है, जो एक सुपरवाइज्ड डीप लर्निंग विधि है जो पूर्व पोज़ जानकारी का लाभ उठाकर और मैन्युअल हस्तक्षेप को समाप्त करके क्रायो-ईएम (Cryo-EM) इमेज अलाइनमेंट को त्वरित करती है और दवा की खोज के लिए रीयल-टाइम, स्वचालित संरचनात्मक निर्धारण को सक्षम बनाती है।

Sanchez-Garcia, R., Berndt, A., Apelbaum, A., Reeks, J., Williams, P. A., Poelking, C., Deane, C., Saur, M.2026-06-08
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Multi-feature Classification to Improve Colorimetric Loop-Mediated Isothermal Amplification Fidelity

यह अध्ययन थर्मोडायनामिक और अनुक्रम विशेषताओं, विशेष रूप से F1c और B1c प्राइमरों के उपयोग वाले एक मशीन लर्निंग वर्गीकरण मॉडल को विकसित करके कलरिमेट्रिक लूप-मीडिएटेड आइसोथर्मल एम्प्लीफिकेशन (LAMP) की पुनरुत्पादकता चुनौतियों को संबोधित करता है, ताकि परख की सफलता का पूर्वानुमान लगाया जा सके और प्राइमर डिजाइन की निष्ठा में सुधार किया जा सके।

Melton, G., Negron, D. A., Hauser, K., Jagannathan, S., Tolli, N., Jennings, K., Necciai, B., Sozhamannan, S., Abramson (…)2026-06-08
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Intra-slide calibration technology improves immunohistochemical harmonization within and between anatomic pathology laboratories

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि इंट्रा-स्लाइड अंशांकन (कैलिब्रेशन) तकनीक, जब कम्प्यूटेशनल विश्लेषण के साथ संयुक्त होती है, तो विभिन्न एनाटॉमिकल पैथोलॉजी प्रयोगशालाओं में p53 इम्यूनोहिस्टोकेमिकल परीक्षणों के सामंजस्य और पुनरुत्पादकता में महत्वपूर्ण सुधार करती है, जिससे न्यूरो-ऑन्कोलॉजी में अधिक वस्तुनिष्ठ नैदानिक निर्णय लेने में सहायता मिलती है।

Fernandes, G. M. d. M., Wang, W., Parwani, A., Ahmadian, S. S., Alves, M. J., Philips, J. J., Otero, J. J.2026-06-08
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DDI_single: Single-Sequence-Based Protein Domain Assembly

DDI_single एक नवीन सिंगल-सीक्वेंस-आधारित एल्गोरिदम है जो ESM-1b प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल और एक गेटेड क्रॉस-अटेंशन मॉड्यूल का लाभ उठाकर इंटर-डोमेन अवशेषों (residue) की अंतःक्रियाओं की सटीक भविष्यवाणी करता है, जिससे यह trRosettaX_single जैसे मौजूदा तरीकों की तुलना में मल्टी-डोमेन प्रोटीन संरचनाओं को असेंबल करने में बेहतर सटीकता प्राप्त करता है।

Shengyi, Z.2026-06-08
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From topography to connectome: Towards an integrated understanding of the resting brain

यह अध्ययन एक डीप-लर्निंग मॉडल पेश करता है जो व्यक्तिगत मस्तिष्क टोपोग्राफी मानचित्रों को कार्यात्मक कनेक्टोम्स में सफलतापूर्वक अनुवादित करता है, जिससे विविध rsfMRI अनुसंधान दृष्टिकोणों को एकीकृत करने के लिए स्थानिक संगठन और नेटवर्क कनेक्टिविटी के बीच एक सीधा संबंध स्थापित होता है।

Naranjo Rincon, S., Ahmad, F., Easley, T., Shoushtari, S., Glatard, T., Kiar, G., Modi, H., Dahan, S., Robinson, E., Kam (…)2026-06-08
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TRACEY: an updated resource for SNARE protein domain annotation with improved HMMs and expanded sequence coverage

यह शोध पत्र TRACEY संसाधन के एक अद्यतन संस्करण को प्रस्तुत करता है जो उन्नत HMM प्रोफाइल उत्पन्न करने के लिए लगभग 19,000 क्यूरेटेड अनुक्रमों के एक व्यापक रूप से विस्तारित, गैर-अतिरेखी (non-redundant) डेटासेट को शामिल करके और विचलित एवं वंश-विशिष्ट पैरालॉग्स के अधिक सटीक पता लगाने के लिए एक पुनर्गठित वेब इंटरफेस के माध्यम से SNARE प्रोटीन डोमेन एनोटेशन में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Pulido-Quetglas, C., Fasshauer, D.2026-06-08