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bioinformatics

1202 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

STITCH links cellular morphology and gene expression in spatial transcriptomics

यह शोध पत्र STITCH को प्रस्तुत करता है, जो कि केंडल शेप मैनिफोल्ड (Kendall shape manifold) में टेंजेंट प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस (tangent principal component analysis) पर आधारित एक व्याख्यात्मक विधि है, जो स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) में आकार-स्वतंत्र कोशिकीय आकृति विज्ञान (size-independent cellular morphology) को जीन अभिव्यक्ति से प्रभावी ढंग से जोड़ता है, और विविध डेटासेट्स में जैविक रूप से प्रासंगिक आकार-ट्रांसक्रिप्टोम संबंधों की पहचान करने में मौजूदा डीप लर्निंग दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Kumar, S., Shi, Y., Vallius, T., Day, C.-P., Absil, P.- A., Srivastava, A., Hannenhalli, S., Gopalan, V.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Calibrated Uncertainty Quantification for Patient-Level AML Drug Sensitivity Prediction Using Split Conformal Prediction

यह अध्ययन एक स्प्लिट कॉन्फॉर्मल प्रेडिक्शन फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जिसे बीटएएमएल (BeatAML) 2.0 कोहॉर्ट पर लागू किया गया है, जो रोगी-स्तरीय एएमएल (AML) ड्रग संवेदनशीलता भविष्यवाणियों के लिए सांख्यिकीय रूप से कैलिब्रेटेड अनिश्चितता अंतराल सफलतापूर्वक उत्पन्न करता है, जो ड्रग क्लास के बीच विशिष्ट अनिश्चितता पैटर्न को प्रकट करता है और यह प्रदर्शित करता है कि ऐसी अनिश्चितता मानक आणविक जोखिम वर्गीकरणों से स्वतंत्र है।

Shokrzadeh, A. J., Shokrzadeh, P.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning

यह शोध पत्र scCRAFT+ को प्रस्तुत करता है, जो एक सुदृढ़ अर्ध-पर्यवेक्षित (semi-supervised) scRNA-seq एकीकरण मॉडल है जो मार्कर जीन जानकारी को शामिल करने के लिए वर्चुअल एडवरसेरियल ट्रेनिंग का लाभ उठाता है, जिससे सूक्ष्म सेल उपप्रकारों के अंतर को बनाए रखने और शोरयुक्त या अपूर्ण मार्कर सेटों के साथ भी एनोटेशन सटीकता में सुधार करने में मौजूदा विधियों की सीमाओं को दूर किया जा सके।

He, C., Filippidis, P., Xing, J., Kleinstein, S., Guan, L.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Pillbox: A Leakage-Aware Foundation-Model Predictor and Lineage-Ceiling Diagnostic for Cancer Drug Response

पिलबॉक्स (Pillbox) एक लीकेज-ऑडिटेड फाउंडेशन-मॉडल प्रेडिक्टर है जो कैंसर ड्रग रिस्पॉन्स प्रेडिक्शन में उच्च सटीकता प्राप्त करने के लिए FiLM-कंडीशन्ड ग्राफ अटेंशन के माध्यम से CpGPT, CLAMP और जीन-एक्सप्रेशन एम्बेडिंग्स को एकीकृत करता है, जबकि फीचर-स्टैक सैचुरेशन (feature-stack saturation) का निदान करने और यह पुष्टि करने के लिए क्रॉस-आर्किटेक्चर रेसिडुअल कोरिलेशन का उपयोग करता है कि टिश्यू लीनेज (tissue lineage) ड्रग रिस्पॉन्स के लिए प्रमुख कारक बना हुआ है।

Hill, J. J. K., Ryoo, H. J., Ghanta, A., Singh, S., Anders, D., Jiao, E., Jeong, J.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

GermRL: Alleviating The Germline Bias In Autoregressive Antibody Language Models Through Reinforcement Learning

यह शोध पत्र GermRL को प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का सुदृढीकरण शिक्षण (reinforcement learning) ढांचा है जो ऑटोरेग्रेसिव एंटीबॉडी लैंग्वेज मॉडल्स में जर्मलाइन पूर्वाग्रह (germline bias) को प्रभावी ढंग से कम करता है, जिससे चिकित्सीय खोज के लिए जर्मलाइन अनुक्रमों से उच्च उत्परिवर्तन थ्रेशोल्ड वाले संरचनात्मक रूप से प्रशंसनीय, विविध एंटीबॉडी उम्मीदवारों के वन-शॉट जनरेशन को सक्षम बनाया जा सके।

Ludwig, L., Chungyoun, M., Gray, J. J.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

DivQuant: Estimation of Species Richness and Entropy from Small Samples

DivQuant एक अनुकूलन-आधारित उपकरण है जो समस्या को नेयमैन χ2\chi^2 उद्देश्य के साथ एक उत्तल द्विघाती प्रोग्राम (convex quadratic program) के रूप में स्वरूपित करके छोटे नमूनों से प्रजातियों की प्रचुरता और शैनन एंट्रॉपी के अनुमान में सुधार करता है, जिससे विविध जैविक डेटासेट में अत्याधुनिक विधियों की तुलना में बेहतर सटीकता और सुव्यवस्थित आत्मविश्वास अंतराल (confidence intervals) प्राप्त होता है।

Schmitz, J. E., Rahmann, S.2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

An AI-Powered Trisomy 21 Research Assistant

T21 रिसर्च असिस्टेंट NVIDIA Nemotron मॉडल्स पर निर्मित एक सेक्शन-अवेयर रिट्रीवल-ऑगमेंटेड जनरेशन सिस्टम है जो शोध संबंधी प्रश्नों के लिए कठोरता से उद्धृत, साक्ष्य-आधारित उत्तर प्रदान करने हेतु 1,789 ओपन-एक्सेस डाउन सिंड्रोम प्रकाशनों के प्रयोगात्मक परिणामों को प्राथमिकता देता है।

NANDI, S., Sundararajan, Z., Subirana-Granes, M., Espinosa, J. M., Pividori, M., Sullivan, K. D., Galbraith, M. D., Cost (…)2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

EditorForge: An Active-Site-Aware Framework for Inverse-Folding-Based Protein Redesign

EditorForge एक मॉड्यूलर फ्रेमवर्क है जो स्पष्ट डिज़ाइन मास्क, सक्रिय-साइट शील्डिंग और संरचनात्मक गुणवत्ता नियंत्रण को एकीकृत करके इनवर्स-फोल्डिंग-आधारित प्रोटीन रीडिज़ाइन को बढ़ाता है, ताकि एंजाइम और जीनोम-एडिटर डोमेन के लिए सुरक्षित रूप से बाधित, उच्च-विश्वास वाले अनुक्रम उम्मीदवारों को उत्पन्न किया जा सके।

Chen, A., Siddiqui, J., Taucar, W., Tiralongo, L., Tkachenko, M., Xu, A., Bawa, S., Guo, S., Pinska, O., Rim, J., Shi, J (…)2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

OMIO: A policy-driven Python library for reproducible microscopy image I/O

OMIO एक हल्का, ओपन-सोर्स पायथन लाइब्रेरी है जो निम्न-स्तरीय फ़ाइल पठन (low-level file reading) को एक केंद्रीकृत, नीति-संचालित परत (policy-driven layer) से अलग करके सूक्ष्मदर्शी इमेज विश्लेषण की पुनरुत्पादकता सुनिश्चित करता है, जो विषम फ़ाइल स्वरूपों (heterogeneous file formats) में मानक अक्ष परंपराओं (canonical axis conventions) और सुदृढ़ मेटाडेटा सामान्यीकरण को लागू करता है।

Musacchio, F., Antony, H., Crux, S., Fuhrmann, F., Gockel, N., Hoffmann, D. M., Mercan, D., Nebeling, F. C., Fuhrmann, M (…)2026-06-11
💻 जैव सूचना विज्ञान

Depth normalization for single-cell genomics count data

यह शोध पत्र PFlogPF नामक एक अद्वितीय सामान्यीकरण (नॉर्मलाइजेशन) विधि का प्रस्ताव और सत्यापन करता है, जो एकल-कोशिका जीनोमिक्स डेटा में विचरण को प्रभावी ढंग से स्थिर करने, अनुक्रमण गहराई (सीक्वेंसिंग डेप्थ) को ध्यान में रखने और फीचर प्रचुरता की एकतोनता (मोनोटोनिसिटी) को बनाए रखने के लिए योगात्मक और गुणात्मक आनुपातिक फिटिंग को लघुगणकीय रूपांतरण (लॉग ट्रांसफॉर्म) के साथ जोड़ता है।

Booeshaghi, A. S., Hallgrimsdottir, I. B., Galvez-Merchan, A., Pachter, L.2026-06-10