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bioinformatics

1210 पेपर

💻 जैव सूचना विज्ञान

CARIBOU: Computational AI Research Interface for Bioinformatics, Omics, and Unifying Agents

CARIBOU एक मल्टी-एजेंट AI फ्रेमवर्क है जिसे संस्थागत हाई-परफॉर्मेंस कंप्यूटिंग वातावरण के भीतर स्वायत्त, पुनरावृत्ति योग्य और प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य बायोइनफॉरमैटिक्स विश्लेषण के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो बड़े पैमाने के सिंगल-सेल और स्पेशियल ओमिक्स डेटासेट को प्रोसेस करने में स्टैटिक कोड जनरेशन की सीमाओं को दूर करने के लिए रिसर्चर-एडिटेबल ब्लूप्रिंट और पर्सिस्टेंट एक्जीक्यूटेबल स्टेट्स का उपयोग करता है।

Riffle, D., Shirooni, N., Sureshkumar, P., Vijay, V., Rose, M. F.2026-05-28
💻 जैव सूचना विज्ञान

VaxjoOnto: A Vaccine Ontology-driven Framework for Adjuvant Selection

VaxjoOnto एक नवीन ढांचा है जो ज्ञात और नवीन दोनों रोगों के लिए एडजुवेंट्स (adjuvants) को प्रभावी ढंग से प्राथमिकता देने के लिए एक वैक्सीन ऑन्टोलॉजी-संचालित हेटेरोजेनियस नॉलेज ग्राफ और एक ग्राफ न्यूरल नेटवर्क का लाभ उठाता है, जो एंटीजन की खोज से ध्यान हटाकर एडजुवेंट चयन पर केंद्रित करके वैक्सीन विकास की एक महत्वपूर्ण बाधा को संबोधित करता है।

He, Y., Zheng, Y.2026-05-27
💻 जैव सूचना विज्ञान

Signal, Bounds, and Baselines: Principles for Evaluating Virtual Cell Perturbation Models

यह शोध पत्र वर्चुअल सेल परटर्बेशन मॉडल्स का कठोरता से मूल्यांकन करने के लिए SBB (सिग्नल, बाउंड्स और बेसलाइन्स) फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि जटिल डीप लर्निंग विधियाँ अक्सर सरल रैखिक बेसलाइन्स की तुलना में सार्थक रूप से बेहतर प्रदर्शन करने में विफल रहती हैं और वास्तविक जैविक सिग्नल को सांख्यिकीय आर्टिफैक्ट्स से अलग करने के लिए मानकीकृत मेट्रिक्स की आवश्यकता पर प्रकाश डालती है।

Vollenweider, M. S., Bühlmann, P.2026-05-27
💻 जैव सूचना विज्ञान

There and back again: a multi-omics tale of thyroid co-expression network rewiring

यह अध्ययन एक कृंतक मॉडल में थायराइड विषाक्तता और सुधार का विश्लेषण करने के लिए समवर्ती मल्टी-ओमिक्स भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क (simultaneous multi-omics weighted gene co-expression networks) के निर्माण के लिए एक सर्वोत्तम-अभ्यास ढांचा स्थापित करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि बिना स्केल किए गए ओमिक्स परतों को संयोजित करना जैविक संरचना को संरक्षित करता है और पूरक मॉड्यूल संरक्षण एवं विभेदक कनेक्टिविटी विश्लेषणों के माध्यम से व्यापक आणविक व्यवधान और आंशिक बहाली को प्रकट करता है।

Pozhidaeva, M., Bussmann, H., Huisinga, M., Buesen, R., Hackermüller, J., Canzler, S.2026-05-27
💻 जैव सूचना विज्ञान

GAE-Δ: A Graph-Learning Framework for Gene Network Rewiring and Clinical Outcome Prediction from Multi-Omics Data

GAE-Δ ढांचा मल्टी-ओमिक्स डेटा में फेनोटाइप-विशिष्ट जीन नेटवर्क रीवायरिंग को मॉडल करने के लिए एक ग्राफ ऑटोएनकोडर का लाभ उठाता है, जो मौजूदा लीनियर फैक्टराइजेशन और नेटवर्क-आधारित विधियों की तुलना में बेहतर नैदानिक परिणाम की भविष्यवाणी करता है और जैविक रूप से प्रासंगिक कैंसर ड्राइवरों की पहचान करता है।

Tang, Z., Chen, Z., Chen, M., Wang, Y., Ennis, S., Niranjan, M., Ewing, R.2026-05-26
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Decoding Multicellular Communication Motifs from Spatial Transcriptomics with ALARMIST

यह शोध पत्र ALARMIST को प्रस्तुत करता है, जो एक संभाव्य ढांचा (probabilistic framework) है जो स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) डेटा से व्याख्या योग्य बहुकोशिकीय संचार रूपांकनों (multicellular communication motifs) को डिकोड करता है ताकि उच्च-क्रम के सिग्नलिंग पैटर्न और उनके डाउनस्ट्रीम फेनोटाइपिक प्रभावों की पहचान की जा सके, जो फेफड़ों के एडेनोकार्सिनोमा और ग्लियोब्लास्टोमा में ट्यूमर की प्रगति के सूक्ष्म पर्यावरणीय चालकों (microenvironmental drivers) को उजागर करने में इसकी उपयोगिता को प्रदर्शित करता है।

Fan, J., Hood, J., Strong, J., Quinn, J. F., Dai, Y., Data Science TeamLab,, Schein, A., Yu, K. K. H., Tansey, W.2026-05-26
💻 जैव सूचना विज्ञान

Integrated optimization of experimental and computational workflows improves genome recovery in long-read gut metagenomics

यह शोध पत्र साइक्लोनSEQ (CycloneSEQ) प्लेटफॉर्म के एक व्यवस्थित अनुकूलन को प्रस्तुत करता है, जो लॉन्ग-रीड गट मेटाजीनोमिक्स (long-read gut metagenomics) से पूर्ण सूक्ष्मजीव जीनोम की रिकवरी में शॉर्ट-रीड सीक्वेंसिंग की सीमाओं को दूर करने के लिए प्रयोगात्मक नमूना प्रसंस्करण को कम्प्यूटेशनल असेंबली वर्कफ़्लो के साथ एकीकृत करता है।

Hu, Y., Sun, L., Huang, Y., Jiang, F., Tong, X., Yang, J., Ju, Y., Yang, Z., Liufu, S., Hu, Y., Ma, W., Guo, R., Li, W. (…)2026-05-26
💻 जैव सूचना विज्ञान

Characterizing homology-induced data leakage and memorization in genome-trained sequence models

यह शोध पत्र प्रकट करता है कि होमोलॉजी-प्रेरित डेटा लीकेज (homology-induced data leakage) जीनोम-प्रशिक्षित अनुक्रम मॉडलों के प्रदर्शन को व्यवस्थित रूप से बढ़ा देता है क्योंकि यह उन्हें सामान्यीकरण योग्य सिद्धांतों के बजाय रटे हुए संबंधों पर निर्भर होने के लिए मजबूर करता है, और अधिक विश्वसनीय मूल्यांकन तथा बेहतर मॉडल सामान्यीकरण क्षमता सक्षम करने के लिए होमोलॉजी-जागरूक डेटा विभाजन हेतु hashFrag टूल का प्रस्ताव करता है।

Rafi, A. M., Kiyota, B., Yachie, N., de Boer, C. G.2026-05-25
💻 जैव सूचना विज्ञान

Time-Resolved Phosphoproteomics-Guided BFS Beam Search Reveals Cell-Type-Specific EGFR Signaling Architectures and SHP2 Inhibitor-Induced Pathway Rewiring

यह अध्ययन एक व्यवस्थित कम्प्यूटेशनल ढांचे को प्रस्तुत करता है जो सेल-टाइप-विशिष्ट EGFR सिग्नलिंग नेटवर्क को पुनर्गठित करने के लिए टाइम-रिज़ॉल्व्ड फॉस्फोप्रोटिओमिक्स को BFS-निर्देशित बीम सर्च एल्गोरिदम के साथ एकीकृत करता है, जो सफलतापूर्वक यह प्रकट करता है कि कैसे SHP2 निषेध (इनहिबिशन) पाथवे आर्किटेक्चर को पुनर्गठित करता है और अनुकूलन संबंधी प्रतिरोध तंत्रों को संचालित करता है।

Lee, H., Lee, G.2026-05-23
💻 जैव सूचना विज्ञान

Interpreting Omics Data Analysis with Large Language Models for Disease Target and Drug Discovery

यह शोध पत्र एक प्रोवेनेंस-अवेयर (provenance-aware) टेक्स्ट-टू-टारगेट फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो व्याख्या योग्य, ऑडिट-रेडी रोग लक्ष्यों और दवा खोज रणनीतियों को उत्पन्न करने के लिए स्कीमा-प्रतिबंधित लार्ज लैंग्वेज मॉडल रिट्रीवल को न्यूमेरिक ओमिक्स डेटा विश्लेषण के साथ एकीकृत करता है, जो अल्जाइमर रोग और अग्नाशय के डक्टल एडेनोकार्सिनोमा में महत्वपूर्ण सत्यापन प्रदर्शित करता है।

XU, Z., Chen, W., Ren, W., Xu, T., Amaechin, S., Khan, R., Chen, Y., Province, M., Payne, P., Li, F.2026-05-23