bioinformatics पेपर

scProfiterole: Clustering of Single-Cell Proteomic DataUsing Graph Contrastive Learning via Spectral Filters

यह शोध पत्र scProfiterole प्रस्तुत करता है, जो एक कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो शोर वाले सिंगल-सेल प्रोटिओमिक डेटा में सेल प्रकार की पहचान की मजबूती और सटीकता को बढ़ाने के लिए ग्राफ कंट्रास्टिव लर्निंग प्रतिमान के भीतर स्पेक्ट्रल ग्राफ फिल्टर के बहुपद इंटरपोलेशन (polynomial interpolations) को लागू करने हेतु अर्नोल्डी ऑर्थोनॉर्मलाइजेशन (Arnoldi orthonormalization) का लाभ उठाता है।

Coskun, M., Lopes, F. B., Kubilay Tolunay, P., Chance, M. R., Koyuturk, M.2026-03-10

💻 bioinformatics

AQuA2-Cloud: a web platform for fluorescence bioimaging activity analysis

AQuA2-Cloud एक क्लाउड-नेटिव वेब प्लेटफॉर्म है जो मूल AQuA2 सॉफ्टवेयर की कम्प्यूटेशनल और लाइसेंसिंग सीमाओं को दूर करते हुए, बिना MATLAB की आवश्यकता के मानक वेब ब्राउज़र के माध्यम से सुलभ, मल्टी-यूज़र और उच्च-सटीक स्पैटियोटेम्पोरल फ्लोरोसेंस बायोइमेजिंग विश्लेषण को सक्षम बनाता है।

Bright, M., Mi, X., Duarte, D., Carey, E., Lyu, B., Wang, Y., Nimmerjahn, A., Yu, G.2026-03-10

💻 bioinformatics

Measuring Amorphous Motion: Application of Optical Flow to Three-Dimensional Fluorescence Microscopy Images

यह शोध पत्र OpticalFlow3D को प्रस्तुत करता है, जो एक सुलभ पायथन (Python) और मैटलैब (MATLAB) टूल है जो ऑब्जेक्ट सेगमेंटेशन की आवश्यकता के बिना जटिल, अमोर्फस जैविक गति का मात्रात्मक विश्लेषण करने के लिए 3D फ्लोरोसेंस माइक्रोस्कोपी छवियों पर ऑप्टिकल फ्लो लागू करता है, जिससे विभिन्न पैमानों पर नए जैविक अंतर्दृष्टि की सुविधा मिलती है।

Lee, R. M., Eisenman, L. R., Hobson, C., Aaron, J. S., Chew, T.-L.2026-03-10

💻 bioinformatics

Automatic Generation of Model Sequences for Complex Regions in Assembly Graphs

यह शोधपत्र ट्रिवियल टेंगल ट्रैवर्सर (TTT) को प्रस्तुत करता है, जो एक स्वचालित एल्गोरिदम है जो कवरेज की गहराई और रीड अलाइनमेंट डेटा को संयोजित करके अनुकूलित, साक्ष्य-आधारित अनुक्रम ट्रैवर्सल उत्पन्न करता है, जिससे जीनोम अनुक्रमण में जटिल असेंबली ग्राफ टेंगल (tangles) का समाधान होता है, और इस प्रकार श्रम-साध्य मैनुअल क्यूरेशन की आवश्यकता को समाप्त किया जाता है।

Antipov, D., Chen, Y., Sollitto, M., Phillippy, A. M., Formenti, G., Koren, S.2026-03-10

💻 bioinformatics

In silico analysis of the human titin protein (Immunoglobulin-like, fibronectin type III, and Protein kinase domains) as a potential forensic marker for postmortem interval (PMI) estimation

यह अध्ययन मानव टिटिन के इम्युनोग्लोबुलिन-लाइक, फाइब्रोनेक्टिन टाइप III, और प्रोटीन काइनेज डोमेन का पहला इन सिलिको विश्लेषण प्रस्तुत करता है, जो उनकी विभेदी स्थिरता को प्रकट करता है और उन्हें मृत्यु उपरांत अंतराल अनुमान के लिए संभावित बहु-डोमेन बायोमार्कर के रूप में प्रस्तावित करता है।

Gill, M. U., Akhtar, M.2026-03-10

💻 bioinformatics

DIA-NN EasyFilter workflow for the fast and user-friendly critical assessment and visualization of DIA-NN proteomics analysis outcome

प्रोग्रामिंग कौशल के बिना DIA-NN के संकुचित (compressed) PARQUET आउटपुट की जांच करने की कठिनाई को दूर करने के लिए, लेखकों ने DIA-NN EasyFilter (DEF) विकसित किया है, जो एक तेज़ और उपयोगकर्ता के अनुकूल KNIME-आधारित वर्कफ़्लो है जो गैर-कोडरों के लिए व्यापक प्रोटीन फ़िल्टरिंग, गुणवत्ता मूल्यांकन और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम बनाता है।

Moagi, M. G., Thatiana, F. F., Kristof, E. K., Arda, A. G., Arianti, R., Horvatovich, P., Csosz, E.2026-03-10

💻 bioinformatics

NanoVI: a Bayesian variational inference Nextflow pipelinefor species-level taxonomic classification from full-length16S rRNA Nanopore reads

NanoVI एक ओपन-सोर्स Nextflow पाइपलाइन है जो फुल-लेंथ 16S rRNA नैनोपोर रीड्स के सटीक, अनिश्चितता-मात्रांकित प्रजाति-स्तरीय टैक्सोनोमिक वर्गीकरण को करने के लिए बेयसियन वेरिएशनल इन्फरेंस का उपयोग करती है, जो मौजूदा EM-आधारित टूल्स की तुलना में तेज़ निष्पादन और कम फाल्स पॉजिटिव प्रदान करती है।

Curiqueo, C., Fuentes-Santander, F., Ugalde, J. A.2026-03-10

💻 bioinformatics

PhosSight: a Unified Deep Learning Framework Boosting and Accelerating Phosphoproteome Identification to Enable Biological Discoveries

PhosSight एक एकीकृत डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो फॉस्फोरिलेशन-विशिष्ट विशेषताओं का लाभ उठाकर डेटा-डिपेंडेंट और डेटा-इंडिपेंडेंट एक्विजिशन मोड दोनों में फॉस्फोप्रोटिओम पहचान को बढ़ाता है और खोज दक्षता को तेज करता है, जो अंततः प्रिसिजन ऑन्कोलॉजी में नवीन प्रोग्नोसिस-एसोसिएटेड काइनेज लक्ष्यों की खोज को सक्षम बनाता है।

Wang, B., Cheng, Z., She, C., Zhang, J., Lv, L., Zhu, H., Liu, L., Fu, Y., Yi, X.2026-03-10

💻 bioinformatics

FAMUS: A Few-Shot Learning Framework for Large-Scale Protein Annotation

FAMUS एक नवीन, मॉड्यूलर कंट्रास्टिव लर्निंग फ्रेमवर्क है जो एकल शीर्ष हिट्स के बजाय संपूर्ण प्रोफाइल डेटाबेस के विरुद्ध समानता स्कोर का लाभ उठाकर बड़े पैमाने पर प्रोटीन कार्यात्मक एनोटेशन में सुधार करता है, जो KofamScan और InterProScan जैसे मौजूदा उपकरणों से बेहतर प्रदर्शन करता है और सुलभ कोंडा (conda) और वेब-आधारित कार्यान्वयन प्रदान करता है।

Shur, G., Burstein, D.2026-03-10

💻 bioinformatics

Developing SCL2205 : A Protein Sequence-based Spatial Modelling Dataset for the Protein Language Model Frontier

यह शोध पत्र SCL2205 को प्रस्तुत करता है, जो UniProtKB से प्राप्त एक उच्च-गुणवत्ता वाला, कठोरता से क्यूरेट किया गया प्रोटीन अनुक्रम डेटासेट है जो मौजूदा बेंचमार्क में डेटा लीकेज और गुणवत्ता संबंधी समस्याओं का समाधान करता है, और प्रोटीन उप-कोशिकीय स्थानीयकरण (sub-cellular localization) भविष्यवाणी के लिए अत्याधुनिक मॉडलों की तुलना में महत्वपूर्ण प्रदर्शन सुधार प्रदर्शित करते हुए पुनरुत्पादनीय डीप लर्निंग अनुसंधान को बढ़ावा देने के लिए खुले रूप से उपलब्ध है।

Ouso, D., Pollastri, G.2026-03-10

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