bioinformatics पेपर

FlyPredictome: A structural atlas of predicted protein-protein interactions in Drosophila

फ्लाईप्रेडिक्टोम (FlyPredictome) ड्रोसोफिला (Drosophila) में 1.5 मिलियन अनुमानित प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन का एक व्यापक संरचनात्मक एटलस प्रस्तुत करता है, जो बाइंडिंग इंटरफेस को मैप करने के लिए अल्फाफोल्ड-मल्टीमर (AlphaFold-Multimer) का उपयोग करता है, उत्परिवर्तन विश्लेषण (mutation analysis) के माध्यम से कार्यात्मक प्रासंगिकता को सत्यापित करता है, और जीव के इंटरैक्टोम (interactome) को खोजने के लिए एक खुला डेटाबेस प्रदान करता है।

Kim, A.-R., Comjean, A., Veal, A., Rodiger, J., Han, M., Hu, Y., Perrimon, N.2026-04-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Track Display Jockey (trackDJ): a user-friendly R package for visualization of epigenomic data

यह शोध पत्र trackDJ का परिचय देता है, जो एक उपयोगकर्ता के अनुकूल R पैकेज है जो इंटरैक्टिव जीनोम ब्राउज़र और जटिल मौजूदा उपकरणों के बीच के अंतर को पाटने के लिए उचित डिफ़ॉल्ट्स के साथ उच्च-स्तरीय प्लॉटिंग कार्यों की पेशकश करके प्रकाशन-गुणवत्ता वाले एपिजेनोमिक विज़ुअलाइज़ेशन आकृतियों के पुनरुत्पादक, प्रोग्रामेटिक निर्माण को सुव्यवस्थित करता है।

Bokil, N. V., Page, D. C.2026-04-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

DIOPT: the DRSC Integrative Ortholog Prediction Tool, 2026 update

यह 2026 का अपडेट DRSC इंटीग्रेटिव ऑर्थोलॉग प्रेडिक्शन टूल (DIOPT) में किए गए संवर्द्धनों का वर्णन करता है, जिसमें विस्तारित प्रजाति और एल्गोरिदम कवरेज, बेहतर वेब पोर्टल सुविधाएँ, और आर्थ्रोपोड्स के लिए एक विशेष सिस्टर टूल की शुरुआत शामिल है, जिसका उद्देश्य क्रॉस-स्पीशीज़ फंक्शनल जीनोमिक्स अनुसंधान के लिए इसकी उपयोगिता को सुदृढ़ करना है।

Hu, Y., Comjean, A., Gao, C., Yamamoto, S., Mohr, S., Perrimon, N.2026-04-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

TFBindFormer: A Cross-Attention Transformer for Transcription Factor-DNA Binding Prediction

TFBindFormer एक हाइब्रिड क्रॉस-अटेंशन ट्रांसफॉर्मर है जो डीएनए जीनोमिक विशेषताओं को टीएफ-विशिष्ट प्रोटीन अनुक्रम और संरचनात्मक जानकारी के साथ स्पष्ट रूप से एकीकृत करके ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर-डीएनए बाइंडिंग भविष्यवाणियों की सटीकता और स्केलेबिलिटी में महत्वपूर्ण सुधार करता है, जो विविध सेल प्रकारों और जीनोमिक संदर्भों में मौजूदा डीएनए-ओनली मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Liu, P., Wang, L., Basnet, S., Cheng, J.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

CROssBARv2: A Unified Computational Framework for Heterogeneous Biomedical Data Representation and LLM-Driven Exploration

CROssBARv2 एक एकीकृत, स्केलेबल कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो विषम बायोमेडिकल डेटा को वेक्टर एम्बेडिंग्स के साथ एक प्रोवेनेंस-रिच नॉलेज ग्राफ में एकीकृत करता है, जो AI-संचालित अन्वेषण, CROssBAR-LLM के माध्यम से भ्रम-मुक्त (hallucination-free) प्राकृतिक भाषा क्वेरी, और ड्रग रिपर्पजिंग एवं प्रोटीन फंक्शन प्रेडिक्शन के लिए उन्नत भविष्य कहनेवाला मॉडलिंग को सक्षम बनाता है।

Sen, B., Ulusoy, E., Darcan, M., Ergun, M., Lobentanzer, S., Rifaioglu, A. S., Turei, D., Saez-Rodriguez, J., Dogan, T.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Discovery of Selective Nrf2 Activators from Natural Products: AComputational Screening Approach to Minimize Off-Target Effects on PXR and CYP2D6

यह अध्ययन लगभग 630,000 प्राकृतिक उत्पादों की एक बड़े पैमाने पर कम्प्यूटेशनल स्क्रीनिंग प्रस्तुत करता है, जिसमें 10 अति-चयनात्मक (ultraseelective) Nrf2 सक्रियकर्ताओं की पहचान करने के लिए एक नवीन तीन-स्तरीय चयनात्मकता रणनीति का उपयोग किया गया है जो PXR और CYP2D6 के साथ ऑफ-टारगेट इंटरैक्शन को न्यूनतम करते हुए प्रभावी रूप से KEAP1 से बंधते हैं, जिससे ऑक्सीडेटिव स्ट्रेस से संबंधित रोगों के लिए सुरक्षित उपचार विकसित करने हेतु एक आशाजनक मार्ग प्राप्त होता है।

Wang, Y., Gong, Y., Li, R., Li, Z., Cai, H., Fan, L., Ma, H.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Benchmarking precision matrix estimation methods for differential co-expression network analysis

यह शोध पत्र सिम्युलेटेड डेटा का उपयोग करके डिफरेंशियल को-एक्सप्रेशन नेटवर्क विश्लेषण के लिए विभिन्न प्रिसिजन मैट्रिक्स अनुमान विधियों का बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रकट करता है कि प्रदर्शन विशिष्ट डेटा विशेषताओं पर अत्यधिक निर्भर है और GLassoElnetFast को सबसे सटीक विधि के रूप में पहचानते हुए भ्रामक निष्कर्षों से बचने के लिए व्यापक मूल्यांकन ढांचे की आवश्यकता पर बल देता है।

Overmann, M., Grabert, G., Kacprowski, T.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Sex-biased gene expression shapes sex differences in gene essentiality

यह अध्ययन लिंग-पक्षपाती ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रोफाइल को CRISPR स्क्रीन्स के साथ एकीकृत करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि जबकि लिंग-पक्षपाती जीन अभिव्यक्ति जीन की अनिवार्यता में लिंग संबंधी अंतर को प्रभावित कर सकती है, लिंग-पक्षपाती कार्यात्मक निर्भरता मुख्य रूप से प्रत्यक्ष, अभिव्यक्ति-स्वतंत्र प्रभावों द्वारा संचालित होती है, विशेष रूप से X गुणसूत्र पर जहाँ खुराक (dosage) एक प्रमुख भूमिका निभाती है।

Rocca, C., DeCasien, A. R.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Beyond Structure and Affinity: Context-Dependent Signals for de novo Binder Success

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जीवविज्ञान-सूचित अनुक्रम विशेषताओं—विशेष रूप से वे जो एकत्रीकरण प्रवृत्ति (aggregation propensity), टोपोलॉजी और संदर्भ-निर्भर संकेतों को कैप्चर करती हैं—को एकीकृत करने से पारंपरिक संरचना- और आत्मीयता-आधारित मूल्यांकनों की तुलना में 'डी नोवो' प्रोटीन बाइंडर डिजाइनों की प्रयोगात्मक सफलता दर में महत्वपूर्ण सुधार होता है।

Bozkurt, C.2026-04-15

💻 जैव सूचना विज्ञान

Decoding Single-Cell Omics of Perturbation Responses Using DeSCOPE

DeSCOPE एक हल्का कंडीशनल वेरिएशनल ऑटोएन्कोडर फ्रेमवर्क है जो अनदेखे जीन, सेल प्रकारों और संयोजी बहु-जीन परिदृश्यों में आनुवंशिक परिवर्तनों के प्रति सिंगल-सेल प्रतिक्रियाओं की भविष्यवाणी करने में मौजूदा बेसलाइन से बेहतर प्रदर्शन करता है, जो चिकित्सीय लक्ष्य डिजाइन के लिए एक बहुमुखी मल्टी-मोडल वर्चुअल सेल मॉडल के रूप में कार्य करता है।

Wu, P., Wei, H., Li, Y., Zheng, X., Zhou, C., Hu, X., Wang, C.2026-04-15

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