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Graph Lens Lite: An interactive biological network viewer for displaying, exploring, and sharing disease pathobiology and drug mechanism of action models

यह शोधपत्र ग्राफ लेंस लाइट (Graph Lens Lite) का परिचय देता है, जो एक ब्राउज़र-आधारित इंटरैक्टिव टूल है जिसे एक्सप्रेसिव क्वेरीइंग (expressive querying), टोपोलॉजिकल विश्लेषण और अनुकूलन योग्य स्टाइलिंग जैसी विशेषताओं के माध्यम से रोग संबंधी पैथोबायोलॉजी और ड्रग मैकेनिज्म ऑफ एक्शन के अध्ययन के लिए जैविक नेटवर्क को विज़ुअलाइज़ करने, विश्लेषण करने और साझा करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।

Ley, M., Keska-Izworska, K., Fillinger, L., Walter, S. M., Baumgärtel, F., Bono, E., Galou, L., Andorfer, P., Hauser, P (…)2026-03-02
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ToxiVerse: A Public Platform for Chemical Toxicity Data Sharing and Customizable Predictive Modeling

ToxiVerse एक मुक्त रूप से सुलभ, उपयोगकर्ता के अनुकूल वेब प्लेटफॉर्म है जो क्यूरेटेड विषाक्तता डेटासेट, रासायनिक बायोप्रोफाइलिंग और स्वचालित मशीन लर्निंग टूल को एकीकृत करता है ताकि बिना प्रोग्रामिंग विशेषज्ञता वाले शोधकर्ताओं को रासायनिक विषाक्तता का अनुमान लगाने और दवा विकास एवं पर्यावरणीय सुरक्षा में सहायता करने में सक्षम बनाया जा सके।

Durai, P., Russo, D. P., Shen, Y., Wang, T., Chung, E., Li, L., Zhu, H.2026-03-02
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Assessment of Generative De Novo Peptide Design Methods for G Protein-Coupled Receptors

यह अध्ययन GPCR पेप्टाइड डिजाइन के लिए डीप लर्निंग-आधारित विधियों का बेंचमार्किंग करता है, जिससे यह पता चलता है कि जबकि जनरेटिव मॉडल पेप्टाइड बैकबोन को पर्याप्त रूप से सैंपल करते हैं, वर्तमान पाइपलाइन महत्वपूर्ण आत्मविश्वास अतिरंजना (confidence overestimation) और अनुक्रम स्मृति (sequence memorization) से ग्रस्त हैं, जो एक अनसुलझे स्कोरिंग समस्या को उजागर करती है जो वैध डिजाइनों की विश्वसनीय पहचान में बाधा डालती है।

Junker, H., Schoeder, C. T.2026-03-02
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Atlas-scale spatially aware clustering with support for 3D and multimodal data using SpatialLeiden

यह शोध पत्र SpatialLeiden एल्गोरिदम का एक विस्तार प्रस्तुत करता है जो लचीले नेबर-ग्राफ मल्टीप्लेक्सिंग के माध्यम से मल्टी-सैंपल, 3D और मल्टीमॉडल स्थानिक ओमिक्स डेटा के स्केलेबल, एटलस-स्केल क्लस्टरिंग को सक्षम बनाता है, जो मानक हार्डवेयर पर उत्कृष्ट मॉडुलैरिटी और स्थिरता प्रदान करते हुए scverse इकोसिस्टम के साथ एकीकृत होता है।

Müller-Bötticher, N., Malt, A., Kiessling, P., Eils, R., Kuppe, C., Ishaque, N.2026-03-02
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Evaluating genome assemblies with HMM-Flagger

HMM-Flagger एक संदर्भ-मुक्त (reference-free) उपकरण है जो सिंथेटिक डेटा पर उच्च सटीकता प्रदर्शित करता है और HG002 एवं ह्यूमन पैनजीनोम रेफरेंस कंसोर्टियम जैसे मानव जीनोम प्रोजेक्ट्स में मिसअसेंबली की पहचान करने और नवीन कॉन्फ़िगरेशन को मान्य करने में सफल रहा है, जो कि हैप्लोटाइप-रिजॉल्व्ड जीनोम असेंबली में संरचनात्मक त्रुटियों का पता लगाने के लिए हिडन मार्कोव मॉडल का उपयोग करता है।

Asri, M., Eizenga, J. M., Hebbar, P., Real, T. D., Lucas, J., Loucks, H., Calicchio, A., Diekhans, M., Eichler, E. E., S (…)2026-03-02
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Scalable mass-spectrometry-based molecular phylogeny with TreeMS2

यह शोध पत्र TreeMS2 प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल और एनोटेशन-स्वतंत्र कम्प्यूटेशनल ढांचा है जो प्रोटिओमिक और मेटाबोलॉमिक फेनोटाइप्स में विकासवादी संबंधों और कार्यात्मक अनुकूलनों को प्रकट करने के लिए कच्चे मास स्पेक्ट्रोमेट्री डेटा से सीधे आणविक फाइलोजेनी (molecular phylogenies) का निर्माण करता है।

Dierckx, M., Adams, C., Gauglitz, J. M., Bittremieux, W.2026-03-02
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STEQ: A statistically consistent quartet distance based species tree estimation method

यह शोध पत्र STEQ को प्रस्तुत करता है, जो जीन वृक्षों (gene trees) से बड़े पैमाने पर प्रजाति वृक्षों (species trees) का अनुमान लगाने के लिए एक तेज़ और सांख्यिकीय रूप से सुसंगत दूरी-आधारित विधि है, जो ASTRAL जैसे अग्रणी तरीकों के साथ प्रतिस्पर्धी सटीकता प्राप्त करते हुए बेहतर स्केलेबिलिटी प्रदान करता है।

Saha, P., Saha, A., Roddur, M. S., Sikdar, S., Anik, N. H., Reaz, R., Bayzid, M. S.2026-03-02
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DNA fragment length analysis using machine learning assisted vibrational spectroscopy

यह शोध पत्र ATR-FTIR और रमन स्पेक्ट्रोस्कोपी को डीप लर्निंग मॉडल्स के साथ एकीकृत करके, न्यूनतम नमूना आवश्यकताओं के साथ जटिल मिश्रणों के सफल विखंडन (deconvolution) और उच्च सटीकता को प्राप्त करते हुए, डीएनए खंड लंबाई वितरण को मापने के लिए एक तीव्र, लेबल-मुक्त और गैर-विनाशकारी विधि प्रस्तुत करता है।

Fatayer, R., Ahmed, W., Szeto, I., Sammut, S.-J., Senthil Murugan, G.2026-03-02
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Explainable AI for end-to-end pathogen target discovery and molecular design

यह शोध पत्र APEX को प्रस्तुत करता है, जो एक व्याख्यात्मक एआई (explainable AI) ढांचा है जो क्रॉस-स्पीशीज रोगजनक लक्ष्य खोज (cross-species pathogen target discovery) और पॉकेट-गाइडेड आणविक डिजाइन को सक्षम करने के लिए विकासवादी एम्बेडिंग (evolutionary embeddings) और ग्राफ अटेंशन नेटवर्क को एकीकृत करता है, जो नवीन ड्रग लक्ष्यों की सफलतापूर्वक पहचान करने और रोगाणुरोधी विकास के लिए विशिष्ट अवरोधक उम्मीदवारों को उत्पन्न करने में सक्षम है।

Polonio, A., Perez-Garcia, A., Fernandez-Ortuno, D., Jimenez-Castro, L.2026-03-02
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scDynOmics: An Optimized Transformer Model for Representation Learning from Single-Cell Multiomics

यह शोधपत्र scDynOmics का परिचय देता है, जो एक स्केलेबल और व्याख्यात्मक ट्रांसफॉर्मर मॉडल है जो जीन नियामक नेटवर्क और Linformer-शैली के अटेंशन का लाभ उठाकर कॉम्पैक्ट मल्टीमॉडल सिंगल-सेल रिप्रजेंटेशन सीखने के लिए है, जिन्हें फिर सेलुलर वर्गीकरण और ट्रेजेक्टरी विश्लेषण में अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए लो-रैंक मॉड्यूल के माध्यम से कुशलतापूर्वक अनुकूलित किया जाता है।

Yu, G., Ramnarine, T. J. S., Klughammer, J., Mages, S. W.2026-03-02