💻 bioinformatics

Exploring the mechanism of Panax Notoginseng in the treatment of skin wound based on network pharmacology and experimental verification

यह अध्ययन नेटवर्क फार्माकोलॉजी को प्रयोगात्मक सत्यापन के साथ एकीकृत करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि पैनेक्स नोटोजीन्सेंस (Panax notoginseng), NF-κB, MAPK और JAK-STAT सिग्नलिंग मार्गों के बहु-घटक, बहु-लक्ष्य विनियमन के माध्यम से प्रमुख सूजन संबंधी साइटोकिन्स (TNF-α, IL-6, IL-10) को नियंत्रित करके चूहों में त्वचा के घाव भरने की प्रक्रिया को तेज करता है।

Li, Y.-b., Li, Q.-l., Liu, J., Li, J.-c., Geng, H.-m., Li, G.-k., Jin, C., Luo, J., Zhang, Z.2026-03-02
💻 bioinformatics

SpatialCompassV (SCOMV): De novo cell and gene spatial pattern classification and spatially differential gene identification

SpatialCompassV (SCOMV) एक नवीन कम्प्यूटेशनल टूल है जो पूर्व जैविक एनोटेशन पर निर्भर किए बिना, ट्रांसक्रिप्ट स्थानों और रुचि के क्षेत्रों के बीच सदिश संबंधों (vectorial relationships) को परिमाणित करके, कोशिका और जीन स्थानिक पैटर्न के 'डी नोवो' वर्गीकरण और स्थानिक रूप से विभेदक जीनों की पहचान को सक्षम बनाता है।

Nomura, R., Sakai, S. A., Kageyama, S.-I., Tsuchihara, K., Yamashita, R.2026-02-28
💻 bioinformatics

Nanopore sequencing reaches amplicon sequence variant (ASV) resolution

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ऑक्सफोर्ड नैनोपोर टेक्नोलॉजीज (ONT) अनुक्रमण सटीकता में हालिया सुधार अब एम्प्लिकॉन की एक विस्तृत श्रृंखला में कच्चे रीड्स (raw reads) से सीधे त्रुटि-रहित एम्प्लिकॉन सीक्वेंस वेरिएंट्स (ASVs) उत्पन्न करने में सक्षम बनाते हैं, जिससे संदर्भ डेटाबेस पर निर्भरता के बिना उच्च-रिज़ॉल्यूशन प्रोफाइलिंग संभव होती है, हालांकि जटिल नमूनों में बहुत लंबे एम्प्लिकॉन्स के लिए पूर्ण रिज़ॉल्यूशन प्राप्त करने के लिए वर्तमान में पैसिबियो (PacBio) की तुलना में काफी अधिक अनुक्रमण गहराई की आवश्यकता होती है।

Riisgaard-Jensen, M., Villanelo, S. A. R., Andersen, K. S., Kirkegaard, R., Hansen, S. H., Jiang, C., Stefansen, A. V. (…)2026-02-28
💻 bioinformatics

Identifying Convergent Therapeutic Targets and Pathways for Post-Traumatic Stress Disorder, Schizophrenia And Bipolar Disorder via In Silico Approaches

यह अध्ययन पोस्ट-ट्रॉमेटिक स्ट्रेस डिसऑर्डर, सिज़ोफ्रेनिया और बाइपोलर डिसऑर्डर में ऑटोइम्यून इन्फ्लेमेशन और संक्रामक रोग पथों से जुड़े साझा आणविक बायोमार्कर, नियामक नेटवर्क और चिकित्सीय लक्ष्यों की पहचान करने के लिए इन सिलिको सिस्टम्स बायोलॉजी दृष्टिकोणों का उपयोग करता है।

Khan, M., Rahman, F., Nishu, N. A., Hossain, M. A.2026-02-28
💻 bioinformatics

Benchmarking computational tools for locus-specific analysis of transposable elements in single-cell RNA-seq datasets

यह शोध पत्र एक व्यापक बेंचमार्किंग फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो सिंगल-सेल आरएनए-सीक (RNA-seq) डेटा में लोकस-विशिष्ट ट्रांसपोसेबल एलिमेंट विश्लेषण के लिए कम्प्यूटेशनल टूल्स का मूल्यांकन करता है, जिससे यह पता चलता है कि जहाँ पुराने इंसर्शन (insertions) को सटीक रूप से मात्राबद्ध किया जा सकता है, वहीं मैपिंग अस्पष्टताओं के कारण नए (young) टीई (TEs) को हल करना कठिन बना हुआ है और यह सर्वोत्तम प्रथाओं के रूप में यूनिक-मैपर रणनीतियों या सबफैमिली एग्रीगेशन (subfamily aggregation) की सिफारिश करता है।

Finazzi, V., Vallejos, C. A., Scialdone, A.2026-02-28
💻 bioinformatics

Simulations reveal hybridization in Caribbean Acropora restoration poses low risk of genetic swamping but limited potential for adaptive introgression

एजेंट-आधारित सिमुलेशन का उपयोग करते हुए, कैरिबियन *Acropora* बहाली पर यह अध्ययन निष्कर्ष निकालता है कि जबकि संकरण (हाइब्रिडाइजेशन) आनुवंशिक उत्परिवर्तन (जेनेटिक स्वैम्पिंग) का एक कम जोखिम है, यह लाभकारी अनुकूलन अंतर्प्रवेशन (एडैप्टिव इंट्रोग्रेशन) के लिए सीमित क्षमता प्रदान करता है, जो यह सुझाव देता है कि हाइब्रिड-मध्यस्थ आनुवंशिक विनिमय प्रासंगिक प्रबंधन समयसीमा के भीतर मूंगा बहाली में महत्वपूर्ण रूप से सहायता करने की संभावना कम है।

LaPolice, T. M., Howe, C. N., Locatelli, N. S., Huber, C. D.2026-02-28
💻 bioinformatics

Deep genomic models of allele-specific measurements

यह शोधपत्र DeepAllele को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो सूक्ष्म नियामक परिवर्तनों की भविष्यवाणी करने और मौजूदा सांख्यिकीय विधियों की तुलना में अधिक सटीकता के साथ कार्यात्मक रूप से प्रासंगिक cis-नियामक मोटिफ्स (cis-regulatory motifs) को उजागर करने के लिए स्पष्ट रूप से फेज़्ड (phased) डेटासेट से युग्मित एलील-विशिष्ट इनपुट का लाभ उठाता है।

Mostafavi, S., Tue, X., Sasse, A., Chowdhary, K., Spiro, A., Wang, L., Chikina, M., Benoist, C.2026-02-27
💻 bioinformatics

EGGS: Empirical Genotype Generalizer for Samples

EGGS एक C-आधारित सॉफ़्टवेयर टूल है जिसे लापता साइटों वाले प्रतिकृति (replicates) के अनुभवजन्य जीनोटाइप डेटा को सामान्य बनाने के लिए डिज़ाइन किया गया है और यह प्रारूप रूपांतरण, चरण हटाने (phase removal), तथा अनुक्रमण त्रुटियों (sequencing errors) और डीमिनेशन (deamination) के अनुकरण जैसी विविध कार्यात्मकताएँ प्रदान करता है।

Smith, T. Q., Rahman, A., Szpiech, Z. A.2026-02-27
💻 bioinformatics

CycleGRN: Inferring Gene Regulatory Networks from Cyclic Flow Dynamics in Single-Cell RNA-seq

CycleGRN एक नवीन ढांचा है जो चक्रीय जैविक प्रक्रियाओं को स्टोकेस्टिक डिफरेंशियल इक्वेशंस (stochastic differential equations) के रूप में मॉडल करके और फ्लो-अलाइन्ड निर्देशित ग्राफों (flow-aligned directed graphs) का उपयोग करके सिंगल-सेल आरएनए-सीक्वेन्सिंग (single-cell RNA-seq) डेटा से जीन नियामक नेटवर्क का अनुमान लगाता है, जिससे बिना किसी टेम्पोरल बिनिंग (temporal bining) या स्प्लिसिंग डायनेमिक्स (splicing dynamics) की आवश्यकता के दोलनी (oscillatory) और दिशात्मक जीन अंतःक्रियाओं को सटीक रूप से पुनर्प्राप्त किया जा सकता है।

Zhao, W., Fertig, E. J., Stein-O'Brien, G. L.2026-02-27
💻 bioinformatics

MOSAIC: A Spectral Framework for Integrative Phenotypic Characterization Using Population-Level Single-Cell Multi-Omics

MOSAIC एक स्पेक्ट्रल फ्रेमवर्क है जो जनसंख्या-स्तर के सिंगल-सेल मल्टी-ओमिक्स डेटा को एक उच्च-रिज़ॉल्यूशन फीचर-बाय-सैंपल जॉइंट एम्बेडिंग में एकीकृत करता है ताकि डिफरेंशियल कनेक्टिविटी विश्लेषण, अनसुपरवाइज्ड सबग्रुप डिटेक्शन और बेहतर क्लिनिकल आउटकम प्रेडिक्शन के माध्यम से सिस्टम-लेवल फेनोटाइपिक कैरेक्टराइजेशन को सक्षम बनाया जा सके।

Lu, C., Kluger, Y., Ma, R.2026-02-27