bioinformatics पेपर

Helicase: Vectorized parsing and bitpacking of genomic sequences

यह शोधपत्र Helicase को प्रस्तुत करता है, जो एक Rust लाइब्रेरी है जो विविध CPU आर्किटेक्चर पर मौजूदा अत्याधुनिक टूल्स की तुलना में काफी बेहतर प्रदर्शन करते हुए, सबसे तेज़ ज्ञात सामान्य-उद्देश्य वाले FASTA/Q पार्सिंग और बिटपैकिंग प्रदर्शन प्रदान करने के लिए SIMD वेक्टराइजेशन और फाइनाइट स्टेट मशीनों का लाभ उठाती है।

Martayan, I., Lobet, L., Marchet, C., Paperman, C.2026-03-22

💻 जैव सूचना विज्ञान

miRBind2 enables sequence-only prediction of miRNA binding and transcript repression

यह शोध पत्र miRBind2 को प्रस्तुत करता है, जो एक पैरामीटर-कुशल (parameter-efficient) डीप लर्निंग मॉडल है जो केवल अनुक्रम-आधारित (sequence-only) डेटा का उपयोग करके miRNA लक्ष्य स्थलों और जीन-स्तरीय दमन (gene-level repression) की भविष्यवाणी करता है, और इंजीनियर किए गए जैविक लक्षणों (engineered biological features) पर निर्भर रहे बिना मौजूदा अत्याधुनिक विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Cechak, D., Tzimotoudis, D., Sammut, S., Gresova, K., Marsalkova, E., Farrugia, D., Alexiou, P.2026-03-21

💻 जैव सूचना विज्ञान

Coupling codon and protein constraints decouples drivers of variant pathogenicity

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि कोडन-स्तरीय बाधाओं को प्रोटीन-अंतर्निहित विशेषताओं के साथ एकीकृत करने से यह स्पष्ट होता है कि वेरिएंट की रोगजनकता (pathogenicity) प्राप्त प्रोटीन उत्पाद और अनुवाद प्रक्रिया दोनों द्वारा संचालित होती है, जिसमें इन कारकों का सापेक्ष महत्व वेरिएंट के प्रकार और प्रयोगात्मक संदर्भ के अनुसार भिन्न होता है।

Chen, R., Palpant, N., Foley, G., Boden, M.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

Integrative transcriptome-based drug repurposing in tuberculosis

यह अध्ययन एक सुदृढ़ कम्प्यूटेशनल वर्कफ़्लो प्रस्तुत करता है जो भविष्य के प्रयोगात्मक सत्यापन के लिए 64 एफडीए-अनुमोदित दवाओं को आशाजनक होस्ट-निर्देशित चिकित्साओं के रूप में और 12 नवीन ब्रिजिंग जीन के रूप में व्यवस्थित रूप से पहचानने के लिए विविध तपेदिक (ट्यूबरकुलोसिस) ट्रांसक्रिप्टोमिक हस्ताक्षरों को कई कनेक्टिविटी स्कोरिंग विधियों के साथ एकीकृत करता है।

Samart, K., Thang, L., Buskirk, L. R., Tonielli, A. P., Krishnan, A., Ravi, J.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

TriGraphQA: a triple graph learning framework for model quality assessment of protein complexes

TriGraphQA एक नवीन ट्रिपल ग्राफ लर्निंग फ्रेमवर्क है जो तीन ज्यामितीय दृश्यों और एक इंटरफ़ेस कॉन्टेक्स्ट एग्रीगेशन मॉड्यूल के माध्यम से इंट्रा-चेन फोल्डिंग और इंटर-चेन बाइंडिंग को स्पष्ट रूप से अलग करके प्रोटीन कॉम्प्लेक्स गुणवत्ता मूल्यांकन में सुधार करता है, जिससे यह नियर-नेटिव असेंबली की पहचान करने में अत्याधुनिक तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Liang, L., Zhao, K.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

RNASTOP: A Deep Learning Framework for mRNA Chemical Stability Prediction and Optimization

RNASTOP एक नवीन डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो mRNA रासायनिक स्थिरता के पूर्वानुमान की सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करता है और तर्कसंगत अनुक्रम अनुकूलन को सक्षम बनाता है, जिससे स्थिर और प्रभावी mRNA चिकित्सा के विकास में तेजी आती है।

Lin, S., Chen, J., Sun, H., Zhang, Y., Yang, W., tan, h., Wei, D.-Q., Jiang, Q., Xiong, Y.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

Computational Prediction of Plasmodium falciparum Antigen-T-cell Receptor Interactions via Molecular Docking: Implications for Malaria Vaccine Design

यह अध्ययन मानव टी-सेल रिसेप्टर्स के साथ उनकी अंतःक्रियाओं का मूल्यांकन करके, मलेरिया वैक्सीन डिजाइन के लिए शीर्ष *प्लाज्मोडियम फाल्सीपेरम* एंटीजन उम्मीदवारों के रूप में PfCyRPA, PfMSP10 और PfCSP की पहचान करने के लिए कम्प्यूटेशनल मॉलिक्यूलर डॉकिंग और इम्यूनोइनफॉर्मेटिक्स का उपयोग करता है।

Kipkoech, G., Kanda, W., Irungu, B., Nyangi, M., Kimani, C., Nyangacha, R., Keter, L., Atieno, D., Gathirwa, J., Kigondu (…)2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

A Multi-Dataset Transcriptomic Analysis Unravels Core Mechanisms Involving Vitamin D Metabolism and Inflammatory Pathways for Frailty Diagnosis.

यह अध्ययन दुर्बलता (frailty) के मुख्य तंत्रों और नैदानिक बायोमार्कर के रूप में विशेष रूप से विटामिन डी चयापचय और सूजन संबंधी मार्गों को उजागर करते हुए, मजबूत आणविक हस्ताक्षरों की पहचान करने के लिए मल्टी-डेटासेट ट्रांसक्रिप्टोमिक विश्लेषण और मशीन लर्निंग का उपयोग करता है।

Hu, X., Zheng, W., Li, Y., Zhou, D.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

Differentiable Gene Set Enrichment Analysis for Pathway-Level Supervision in Transcriptomic Learning

यह शोध पत्र डिफरेंशिएबल GSEA (dGSEA) प्रस्तुत करता है, जो शास्त्रीय जीन सेट एनरिचमेंट एनालिसिस (Gene Set Enrichment Analysis) के लिए एक स्केलेबल और संख्यात्मक रूप से स्थिर सरोगेट है, जो डिस्क्रीट रैंकिंग ऑपरेशन्स को डिफरेंशिएबल एप्रोक्सिमेशन्स से बदलकर ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रेडिक्शन मॉडल्स में पाथवे-लेवल सुपरविजन को सक्षम बनाता है, जिससे जीन-वाइज ट्रेनिंग ऑब्जेक्टिव्स और पाथवे-लेवल इंटरप्रिटेशन के बीच के अंतर को पाटा जा सकता है।

Li, S., Ruan, Y., Yang, X., Wen, Z., Saigo, H.2026-03-20

💻 जैव सूचना विज्ञान

ECHO: a nanopore sequencing-based workflow for (epi)genetic profiling of the human repeatome

यह शोध पत्र ECHO को प्रस्तुत करता है, जो एक उपयोगकर्ता के अनुकूल, Snakemake-आधारित पाइपलाइन है जो मानव रिपीटोम (human repeatome) के व्यापक, पुनरुत्पादक और स्केलेबल एंड-टू-एंड (एपि)जेनेटिक प्रोफाइलिंग को सक्षम करने के लिए ऑक्सफोर्ड नैनोपोर सीक्वेंसिंग का लाभ उठाती है।

Poggiali, B., Putzeys, L., Andersen, J. D., Vidaki, A.2026-03-20

← पिछला अगला →