bioinformatics पेपर

MAP: A Knowledge-driven Framework for Predicting Single-cell Responses for Unprofiled Drugs

यह शोध पत्र MAP को प्रस्तुत करता है, जो एक ज्ञान-संचालित ढांचा (framework) है जो तंत्र-जागरूक एम्बेडिंग (mechanism-aware embeddings) उत्पन्न करने के लिए एक बड़े पैमाने के जैविक ज्ञान ग्राफ और कंट्रास्टिव लर्निंग को एकीकृत करता है, जिससे अनप्रोफाइल्ड दवाओं के प्रति सिंगल-सेल प्रतिक्रियाओं का सटीक ज़ीरो-शॉट पूर्वानुमान संभव होता है और मौजूदा बेसलाइनों की तुलना में सामान्यीकरण (generalization) में सुधार होता है।

Feng, J., Zhao, Z., Zhang, X., Liu, M., Chen, J., Quan, X., Zhang, J., Wang, Y., Zhang, Y., Xie, W.2026-02-27

💻 bioinformatics

SpaMOAL: A spatial multi-omics graph contrastive learning method for spatial domains identification

SpaMOAL एक ग्राफ-आधारित कंट्रास्टिव लर्निंग विधि है जो स्थानिक ऊतकों के डोमेन की सटीक पहचान करने के लिए स्थानिक निर्देशांकों, हिस्टोलॉजिकल छवियों और मल्टी-ओमिक्स आणविक प्रोफाइल को एकीकृत करती है, जो बेंचमार्किंग अध्ययनों में मौजूदा दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करती है।

Wang, J., Huo, Y., Zhao, R., Pan, Y., Wang, H., Li, X.2026-02-26

💻 bioinformatics

Optimal transport fate mapping resolves T cell differentiation dynamics across tissues

यह अध्ययन एक अनुकूलतम परिवहन-आधारित (optimal transport-based) ढांचे को प्रस्तुत करता है जो वायरल संक्रमण के दौरान ऊतकों में निरंतर CD8 T कोशिका विभेदन और प्रवासन प्रक्षेपवक्रों का पुनर्निर्माण करता है, जो आंतों में प्रवेश की विशिष्ट लहरों को प्रकट करता है और परिसंचारी (circulating) से ऊतक-निवासी स्मृति (tissue-resident memory) नियति के बीच अंतर करने वाले एक प्रमुख नियामक के रूप में AP4 की पहचान करता है।

Plotkin, A. L., Mullins, G. N., Green, W. D., Shi, H., Chung, H. K., Yi, H., Stanley, N., Milner, J. J.2026-02-26

💻 bioinformatics

keju: powerful and accurate inference in Massively Parallel Reporter Assays

यह शोध पत्र **keju** को प्रस्तुत करता है, जो एक पदानुक्रमित सांख्यिकीय मॉडल है जो DNA काउंट्स पर सशर्त होने के माध्यम से बैच-विशिष्ट और मोडैलिटी-विशिष्ट अनिश्चितताओं को ध्यान में रखकर मासिवली पैरेलल रिपोर्टर एसे (MPRA) अनुमान की संवेदनशीलता और फॉल्स पॉजिटिव रेट नियंत्रण में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

Xue, A., Zahm, A. M., English, J., Sankararaman, S., Pimentel, H.2026-02-26

💻 bioinformatics

A Benchmarking Study of Feature Screening Approaches Across Omics Classification Settings

यह अध्ययन उच्च-आयामी ओमिक्स वर्गीकरण के लिए विभिन्न मॉडल-मुक्त सुदृढ़ स्क्रीनिंग विधियों का बेंचमार्किंग करता है, यह प्रदर्शित करते हुए कि BcorSIS दृष्टिकोण टाइप 1 मधुमेह से संबंधित बहु-जैव चिकित्सा डेटासेट सहित कई डेटासेट में सबसे प्रभावी और गणनात्मक रूप से कुशल फीचर चयन प्रदान करता है।

VonKaenel, E., Bramer, L., Flores, J., Metz, T., Nakayasu, E. S., Webb-Robertson, B.-J.2026-02-26

💻 bioinformatics

Gene-First Identity Construction for Robust Cell Identification in Single-Cell Transcriptomics

GeCCo एक गणितीय रूप से आधारित ढांचा प्रस्तुत करता है जो कोशिकाओं को जीन कार्यक्रमों के एक कठोरता से व्युत्पन्न पदानुक्रम पर प्रक्षेपित करके कोशिका पहचानों का निर्माण करता है, जिससे मौजूदा क्लस्टरिंग विधियों की ज्यामितीय विसंगति को हल करते हुए उत्कृष्ट पदानुक्रमित निरंतरता प्राप्त होती है और सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स में नवीन जैविक अवस्थाओं को प्रकट किया जाता है।

Yang, L., Huang, Z., Cai, J., Xin, H.2026-02-26

💻 bioinformatics

Integration of single-cell multi-omic data with graph-based topic modelling

यह शोध पत्र bionSBM को प्रस्तुत करता है, जो एक ग्राफ-आधारित टॉपिक मॉडलिंग विधि है जो सिंगल-सेल मल्टी-ओमिक डेटा को एकीकृत करती है ताकि अत्याधुनिक दृष्टिकोणों की तुलना में बेहतर क्लस्टरिंग प्रदर्शन और जैविक व्याख्यात्मकता प्राप्त की जा सके।

Malagoli, G., Valle, F., Tirabassi, A., Marsico, A., Martignetti, L., Caselle, M., Colome-Tatche, M.2026-02-26

💻 bioinformatics

ITSxRust: ITS region extraction with partial-chain recovery and structured diagnostics for long-read amplicon sequencing

ITSxRust एक उच्च-प्रदर्शन वाला रस्ट-आधारित टूल है जो कुशल HMMER खोजों को एक नवीन आंशिक-श्रृंखला रिकवरी रणनीति और संरचित निदान के साथ एकीकृत करके लॉन्ग-रीड फंगल एम्प्लिकॉन अनुक्रमण के लिए ITS क्षेत्र निष्कर्षण की थ्रूपुट, सटीकता और मजबूती में महत्वपूर्ण सुधार करता है।

O'Brien, A., Lagos, C., Fernandez, K., Parada, P.2026-02-26

💻 bioinformatics

POTTR: Identifying Recurrent Trajectories in Evolutionary and Developmental Processes using Posets

यह शोध पत्र POTTR प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन कॉम्बिनेटोरियल एल्गोरिदम है जो विविध जैविक डेटासेटों में सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण आवर्ती आनुवंशिक प्रक्षेपवक्रों और संरक्षित विभेदन मार्गों की पहचान करने के लिए अपूर्ण आंशिक क्रमबद्ध सेटों (posets) और एक संघर्ष ग्राफ दृष्टिकोण का उपयोग करता है, जिससे ट्यूमर फाइलोजी और वंश अनुरेखण में निहित अनिश्चितताओं को प्रभावी ढंग से हल किया जा सके, और यह NP-hard मैक्सिमम k-कॉमन इंड्यूस्ड इनकम्प्लीट सबपोसेट समस्या को हल करता है।

Käufler, S. C., Schmidt, H., Jürgens, M., Klau, G. W., Sashittal, P., Raphael, B.2026-02-26

💻 bioinformatics

MaxGeomHash: An Algorithm for Variable-Size Random Sampling of Distinct Elements

यह शोध पत्र MaxGeomHash को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन समानांतर करने योग्य (parallelizable) और क्रम-अपरिवर्तनीय (permutation-invariant) स्केचिंग एल्गोरिदम है जो उप-रैखिक जटिलता (sub-linear complexity) के साथ विशिष्ट k-mers के परिवर्तनीय-आकार के यादृच्छिक नमूनों को उत्पन्न करता है, जो मौजूदा निश्चित-आकार (MinHash) और रैखिक-आकार (FracMinHash) विधियों की तुलना में भंडारण दक्षता और समानता अनुमान सटीकता के बीच एक संतुलित समझौता प्रदान करता है।

Hera, M. R., Koslicki, D., Martinez, C.2026-02-25

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