1018 पेपर
यह शोध पत्र edgePython को प्रस्तुत करता है, जो व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले edgeR पैकेज का एक पायथन पोर्ट है, जो पायथन इकोसिस्टम के भीतर सिंगल-सेल जीनोमिक्स डेटा के विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण (differential expression analysis) को सुगम बनाने के लिए नेगेटिव बाइनोमियल-गामा मिश्रित मॉडल और एम्पेरिकल बेयस श्रिंकेज (empirical Bayes shrinkage) के साथ इसकी क्षमताओं का विस्तार करता है।
यह शोध पत्र NanoHIVSeq को प्रस्तुत करता है, जो एक UMI-मुक्त और संदर्भ-मुक्त (reference-free) बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन है जो बल्क PCR एम्प्लिकॉन्स से पूर्ण-लंबाई वाले HIV-1 Env वेरिएंट्स को >99.9% सटीकता के साथ सटीक रूप से रिकवर करने के लिए ऑक्सफोर्ड नैनोपोर डुप्लेक्स सीक्वेंसिंग का लाभ उठाता है, जो पारंपरिक अनुक्रमण विधियों के एक उच्च-थ्रूपुट, पुनरुत्पादनीय और सरलीकृत विकल्प की पेशकश करता है।
यह अध्ययन एंटीसेंस ओलिगोन्यूक्लियोटाइड प्रभावकारिता की भविष्यवाणी करने के लिए विभिन्न लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स का बेंचमार्किंग करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि डीएनए अनुक्रमों और लक्षित जीन जानकारी के साथ फ्यू-शॉट प्रॉम्प्टिंग, मॉलिक्यूलर एम्बेडिंग-आधारित फाइन-ट्यूनिंग से बेहतर प्रदर्शन करती है, जिसमें GPT-3.5-Turbo ने कई डेटासेट्स में उच्चतम भविष्य कहने वाली सटीकता प्राप्त की है।
ModCRElib एक स्टैंडअलोन सॉफ्टवेयर पैकेज है जो सिस-रेगुलेटरी तत्वों (cis-regulatory elements) को मॉडल करने के लिए संरचनात्मक जानकारी का लाभ उठाता है, जिससे उपयोगकर्ता ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग मोटिफ और साइटों की भविष्यवाणी करने, एफिनिटी प्रोफाइल उत्पन्न करने और एक लचीले एवं अनुकूलन योग्य विश्लेषण पाइपलाइन के माध्यम से उच्च-क्रम के नियामक परिसरों (higher-order regulatory complexes) का अनुकरण करने में सक्षम होते हैं।
यह शोध पत्र RIMA को प्रस्तुत करता है, जो विभिन्न प्रजातियों के बीच सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक एटलस (single-cell transcriptomic atlases) को मात्रात्मक रूप से मिलान करने के लिए एक कठोर कम्प्यूटेशनल विधि है, जो चूहे, खरगोश और मकाक में गैस्ट्रुलेशन (gastrulation) के दौरान संरक्षित विकासात्मक सिद्धांतों और टेम्पोरल शिफ्ट्स (temporal shifts) को सफलतापूर्वक प्रकट करता है और क्रॉस-स्पीशीज जीन एक्सप्रेशन भविष्यवाणी तथा विविध जैविक डेटासेटों के व्यापक अनुप्रयोगों को सक्षम बनाता है।
यह शोध पत्र एक मॉडल-निर्देशित वर्चुअल स्क्रीनिंग (MGVS) पाइपलाइन प्रस्तुत करता है जो जनरेटिव स्ट्रक्चर-बेस्ड ड्रग डिज़ाइन मॉडल्स की संश्लेषण क्षमता (synthesizability) संबंधी सीमाओं को दूर करते हुए, अल्ट्रा-लार्ज डेटाबेस में संश्लेषण योग्य एनालॉग्स की कुशलतापूर्वक पहचान करता है, जिससे मानक वर्चुअल लिगैंड स्क्रीनिंग की तुलना में स्क्रीनिंग दक्षता में 25 गुना सुधार प्राप्त होता है।
यह शोधपत्र UnivAIRRse को प्रस्तुत करता है, जो एक एकीकृत पदानुक्रमित ढांचा (unified hierarchical framework) है जो व्यवस्थित तुलना करने, वर्तमान सीमाओं की पहचान करने और भविष्य के डिजिटल-ट्विन-तैयार प्रतिरक्षा सिमुलेशन उपकरणों के विकास को निर्देशित करने के लिए पांच परिचालन स्तरों में एडेप्टिव इम्यून रिसेप्टर रिपर्टोइर सिम्युलेटर्स को व्यवस्थित करता है।
यह शोध पत्र एक नवीन ग्राफ-आधारित ढांचे का प्रस्ताव करता है जो कई प्रकार के कैंसरों में नियामक मॉड्यूल की पहचान करने के लिए प्रतिस्पर्धी भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन और संवर्धित जैविक व्याख्यात्मकता प्राप्त करने हेतु ओमिक्स डेटा निरूपणों में संरचित सांख्यिकीय वितरणों को एकीकृत करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ड्रग रिपर्पजिंग (दवा का पुनरुद्देश्य), विशेष रूप से आणविक गतिशीलता सिमुलेशन के माध्यम से चिकुनगुन्या वायरस के nsP2 सक्रिय स्थल को स्थिर करने और अवरुद्ध करने के लिए एचआईवी प्रोटिएज इनहिबिटर इंडिनैविर का उपयोग करना, CHIKV संक्रमण के उपचार के लिए एक आशाजनक और लागत प्रभावी चिकित्सीय रणनीति प्रदान करता है।
BioGraphX एक व्याख्यात्मक, संरचना-मुक्त ढांचे को पेश करता है जो अनुक्रमों से 158 जैव-भौतिक रूप से आधारित विशेषताओं को एनकोड करके प्रोटीन उपकोशिकीय स्थानीयकरण (subcellular localization) की भविष्यवाणी करता है, जिससे न्यूनतम पैरामीटर गणना के साथ अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त होता है और प्रोटीन लक्ष्यीकरण को नियंत्रित करने वाले जैव-भौतिक तर्क की गहरी अंतर्दृष्टि प्रदान होती है।