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💻 जैव सूचना विज्ञान

Personalized Morphology, Replication Timing, and RNA based Gene Expression Networks for Basal-like and Classical subtyping genes in Pancreatic Adenocarcinoma

यह अध्ययन मिथाइलेशन डेटा से प्राप्त रेप्लिकेशन-टाइमिंग प्रॉक्सी और मॉर्फोलॉजिकल एम्बेडिंग्स को व्यक्तिगत LIONESS जीन नेटवर्क में एकीकृत करने में अग्रणी है, जो यह प्रदर्शित करता है कि ये एपिजेनेटिक और संरचनात्मक विशेषताएं अग्नाशय के एडेनोकार्सिनोमा में बेसल-लाइक बनाम क्लासिकल उपप्रकारों की मजबूती और वर्गीकरण सटीकता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाती हैं।

Leyva, A., Niazi, M. K. K.2026-03-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

Grass Expression Atlas: an RNA-seq-based expression resource for grass species.

ग्रास एक्सप्रेशन एटलस (GExA) एक निःशुल्क उपलब्ध, संवादात्मक वेब संसाधन है जो चार मिलेट प्रजातियों के साथ जौ और ज्वार के हजारों RNA-seq डेटासेट को एकीकृत और समान रूप से संसाधित करता है, ताकि विविध ऊतकों, विकासात्मक चरणों और स्थितियों में जीन अभिव्यक्ति की तीव्र खोज को सुगम बनाया जा सके।

Kambara, K., Chen, Q., Tsugama, D.2026-03-16
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Stoic: Fast and accurate protein stoichiometry prediction

स्टोइक (Stoic) एक तेज़ और सटीक विधि है जो प्रोटीन कॉम्प्लेक्स के स्टोकियोमेट्री (stoichiometry) की भविष्यवाणी करने के लिए इंटरफ़ेस अवशेषों (interface residues) की पहचान करने हेतु प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल एम्बेडिंग्स और ग्राफ न्यूरल नेटवर्क का लाभ उठाती है, जिससे वर्तमान ब्रूट-फोर्स दृष्टिकोणों की कम्प्यूटेशनल सीमाओं को दूर किया जा सके।

Litvinov, D., Pantolini, L., Skrinjar, P., Tauriello, G., McCafferty, C. L., Engel, B. D., Schwede, T., Durairaj, J.2026-03-16
💻 जैव सूचना विज्ञान

PepCABO: Latent-space Bayesian optimization for peptide-MHC binding using contrastive alignment

PepCABO एक नवीन लेटेंट-स्पेस बेयसियन ऑप्टिमाइज़ेशन फ्रेमवर्क है जो कंट्रास्टिव अलाइनमेंट के साथ एक ड्यूल वेरिएशनल ऑटोएनकोडर का लाभ उठाता है ताकि एलील्स के बीच संरचित ज्ञान हस्तांतरण को सक्षम बनाकर और कम- एवं उच्च-बजट वाले प्रयोगात्मक परिवेशों में सैंपल दक्षता में सुधार करके उच्च-एफिनिटी पेप्टाइड-MHC बाइंडर्स की कुशलतापूर्वक खोज की जा सके।

Ghane, M., Korpela, D., Dumitrescu, A., Lähdesmäki, H.2026-03-16
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Introducing non-enzymatic crosslinks into atomistic simulations of collagen fibrils

यह शोध पत्र ColBuilder फ्रेमवर्क के एक विस्तार को प्रस्तुत करता है जो गैर-एंजाइमी उन्नत ग्लाइकेशन एंड-प्रोडक्ट (AGE) क्रॉसलिंक्स को शामिल करते हुए परमाणु स्तर के कोलेजन फाइब्रिल मॉडल के निर्माण को सक्षम बनाता है, जो मान्य फोर्स-फील्ड पैरामीटर प्रदान करता है और एंजाइमी क्रॉसलिंक्स की तुलना में उनके विशिष्ट संरचनात्मक और यांत्रिक प्रभावों को प्रदर्शित करता है।

Giannetti, G., Pils, J., Graeter, F., Monego, D., Dellago, C.2026-03-16
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Scaling the PBWT for Long-Range Shared Ancestry Detection in Large Haplotype Panels

यह शोध पत्र PBML को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन एल्गोरिदम है जो एक एकल संकुचित PBWT इंडेक्स पर गैर-सूचनात्मक लघु मिलान को फ़िल्टर करके, बड़े और विविध हैप्लोटाइप पैनलों में जैविक रूप से महत्वपूर्ण, लंबी दूरी के साझा पूर्वज ट्रैक (kL-SMEMs) को कुशलतापूर्वक पहचानता है, जिससे मौजूदा विधियों की तुलना में पर्याप्त गति और मेमोरी सुधार प्राप्त होता है।

Islam, U. I., Cozzi, D., Gagie, T., Varki, R., Colonna, V., Garrison, E., Bonizzoni, P., Boucher, C.2026-03-15
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Bayesian AMMI-Based Simulation of Genotype x Environment Interactions

यह शोध पत्र एक बेयसियन AMMI-आधारित सिमुलेशन फ्रेमवर्क प्रस्तावित करता है जो उच्च-थ्रूपुट पर्यावरणीय सहप्रसरण मैट्रिसेस (covariance matrices) का उपयोग करके व्याख्या योग्य जीनोटाइप-दर-पर्यावरण इंटरेक्शन प्रभावों को उत्पन्न करता है, जो पारंपरिक सिमुलेशन विधियों की तुलना में जटिल पर्यावरणीय परिस्थितियों के तहत दिशात्मक संबंधों को पकड़ने और जीनोमिक चयन रणनीतियों में सुधार करने की अपनी क्षमता को प्रदर्शित करता है।

Lee, H., Segae, V. S., Garcia-Abadillo, J., de Oliveira Bussiman, F., Trujano Chavez, M. Z., Hidalgo, J., Jarquin, D.2026-03-15
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Efficient protein structure prediction fromcompact computers to datacenters withOpenFold-TRT

यह शोध पत्र OpenFold-TRT प्रस्तुत करता है, जो TensorRT और MMseqs2-GPU का संयोजन करने वाला त्वरणों का एक सेट है जो विविध हार्डवेयर—कॉम्पैक्ट ARM सिस्टम से लेकर बड़े पैमाने के डेटा केंद्रों तक—में उच्च-थ्रूपुट, सटीक प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी को सक्षम बनाता है, जो सटीकता से समझौता किए बिना AlphaFold2 की तुलना में 131 गुना तक तेज़ इन्फरेंस (inference) प्राप्त करता है।

Didi, K., Sohani, P., Berressem, F., Nesterovskiy, A., Fomitchev, B., Ohannessian, R., Elbalkini, M., Cogan, J., Costa (…)2026-03-15
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Resistance to Pyrethroids in Aedes aegypti: Insights into Transcriptomic Response to Different Insecticide Concentrations Transcriptomic responses of Aedes aegypti to insecticide concentrations

यह अध्ययन प्रकट करता है कि एडीज एजिप्टी (Aedes aegypti) मच्छर टाइप I और टाइप II पाइरेथ्रॉइड्स के प्रति प्रतिरोध विकसित करने के लिए विशिष्ट, सांद्रता-निर्भर ट्रांसक्रिप्टोमिक रणनीतियों का उपयोग करते हैं, जो परमथ्रिन के लिए क्यूटिकल मोटा होने और चयापचय विषहरण (metabolic detoxification) से लेकर लैम्ब्डा-साइहेलोथ्रिन के लिए माइटोकॉन्ड्रियल और ऑक्सीडेटिव तनाव अनुकूलन तक विस्तृत हैं, जो वेक्टर नियंत्रण कार्यक्रमों में कीटनाशी के प्रकार और खुराक दोनों पर विचार करने की आवश्यकता को रेखांकित करते हैं।

Munoz, A. M., Mejia-Jaramillo, A. M., Lowenberger, C., Rodriguez, K. S., Triana-Chavez, O.2026-03-15
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stMCP: Spatial Transcriptomics with a Model Context Protocol Server

यह शोध पत्र stMCP को प्रस्तुत करता है, जो एक मॉडल कॉन्टेक्स्ट प्रोटोकॉल फ्रेमवर्क है जो सुलभ, पुनरुत्पादनीय और गोपनीयता-संरक्षित स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (spatial transcriptomics) विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जिससे लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स को प्राकृतिक भाषा के माध्यम से स्थानीय कम्प्यूटेशनल टूल्स को ऑर्केस्ट्रेट करने की अनुमति मिलती है, जिससे जीवविज्ञानी क्लाउड-आधारित एआई सेवाओं पर विशाल डेटा अपलोड करने की लागत और जोखिमों के बिना स्वतंत्र रूप से जटिल डेटासेट का अन्वेषण करने के लिए सशक्त होते हैं।

Smith, J. J., Wang, X., McPheeters, M., Widjaja-Adhi, M. A., Littleton, S., Saban, D., Golczak, M., Jenkins, M. W.2026-03-14