bioinformatics पेपर

RNAElectra: An ELECTRA-Style RNA Foundation Model for RNA Regulatory Inference

RNAElectra एक नवीन RNA फाउंडेशन मॉडल है जो पारंपरिक मास्क किए गए लैंग्वेज मॉडलिंग दृष्टिकोणों की तुलना में RNA नियामक अनुमान (RNA regulatory inference) में बेहतर क्रॉस-टास्क सामान्यीकरण और व्याख्यात्मकता प्राप्त करने के लिए विविध नॉन-कोडिंग RNA पर ELECTRA-शैली के रिप्लेस्ड-टोकन डिटेक्शन प्रीट्रेनिंग का लाभ उठाता है।

Ding, K., Liu, L., Parker, B., Wen, J.2026-03-17

💻 जैव सूचना विज्ञान

Learning Universal Representations of Intermolecular Interactions with ATOMICA

यह शोध पत्र ATOMICA को प्रस्तुत करता है, जो बीस लाख से अधिक कॉम्प्लेक्सों पर प्रशिक्षित एक ज्यामितीय डीप लर्निंग मॉडल है, जो पांच आणविक मोडैलिटीज के माध्यम से अंतर-आणविक इंटरफेस के सार्वभौमिक, मल्टीस्केल परमाणु निरूपण उत्पन्न करने के लिए बनाया गया है, जो संरचना-कार्य बेंचमार्क में बेहतर प्रदर्शन प्रदर्शित करता है और पहले से अज्ञात "डार्क" प्रोटीन पॉकेट्स के लिए कार्यात्मक लिगेंड्स की सफलतापूर्वक भविष्यवाणी करता है।

Fang, A., Desgagne, M., Zhang, Z., Zhou, A., Loscalzo, J., Pentelute, B. L., Zitnik, M.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Metagenomic-scale analysis of the predicted protein structure universe

यह अध्ययन AFESM प्रस्तुत करता है, जो अल्फाफोल्ड2 (AlphaFold2) और ईएसएमफोल्ड (ESMFold) से प्राप्त 820 मिलियन अनुमानित प्रोटीन संरचनाओं का एक व्यापक डेटासेट है, जो लाखों संरचनात्मक क्लस्टरों को प्रकट करता है, नवीन डोमेन फोल्ड और संयोजनों को उजागर करता है, और प्रोटीन संरचना ब्रह्मांड की हमारी समझ को विस्तृत करने में मेटाजीनोमिक डेटा और भविष्यवाणी की गुणवत्ता की महत्वपूर्ण भूमिका को रेखांकित करता है।

Yeo, J., Han, Y., Bordin, N., Lau, A. M., Kandathil, S. M., Kim, H., Levy Karin, E., Mirdita, M., Jones, D. T., Orengo (…)2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

BiOS: An Open-Source Framework for the Integration of Heterogeneous Biodiversity Data

बायोडायवर्सिटी ऑब्जर्वेटरी सिस्टम (BiOS) एक ओपन-सोर्स, मॉड्यूलर फ्रेमवर्क है जो बैकएंड प्रबंधन को फ्रंटएंड प्रस्तुति से अलग करके जैव विविधता अनुसंधान में डेटा की विषमता और विखंडन की बाधाओं को दूर करता है ताकि विविध डेटासेट्स को FAIR सिद्धांतों के तहत एकीकृत करने के लिए प्रोग्रामेटिक API एक्सेस और एक सहज वेब इंटरफेस दोनों प्रदान किए जा सकें।

Roldan, A., Duran, T. G., Far, A. J., Capa, M., Arboleda, E., Cancellario, T.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

SC-BIG: A Hierarchical Bayesian Model for Bulk-Informed Single Nucleotide Variant Calling in Single Cells

यह शोध पत्र SC-BIG को प्रस्तुत करता है, जो एक पदानुक्रमित बेयस मॉडल (hierarchical Bayesian model) है जो बल्क अनुक्रमण डेटा (bulk sequencing data) का लाभ उठाकर कैंसर सेल अंशों (cancer cell fractions) का संयुक्त रूप से अनुमान लगाता है और कॉपी-नंबर परिवर्तनों (copy-number alterations) तथा क्लोनल मिश्रण (clonal admixtures) की उपस्थिति में एकल कोशिकाओं में दैहिक SNV (somatic SNV) का पता लगाने की सटीकता और अनिश्चितता परिमाणीकरण (uncertainty quantification) में सुधार करता है, जो मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Schuette, D., Kono, T. J. Y., Schwarz, R. F.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

An explanatory benchmark of spatial domain detection reveals key drivers of method performance

यह शोध पत्र विविध वास्तविक और अर्ध-कृत्रिम डेटासेट्स में 26 स्थानिक डोमेन डिटेक्शन विधियों का एक व्यापक बेंचमार्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि प्रदर्शन मुख्य रूप से वास्तुशिल्प नवीनता के बजाय डेटा रिज़ॉल्यूशन और सेलुलर विषमता द्वारा संचालित होता है, और भविष्य के टूल विकास और चयन के मार्गदर्शन के लिए एक मॉड्यूलर फ्रेमवर्क पेश करता है।

Descoeudres, A., Prusina, T., Schmidt, N., Do, V. H., Mages, S., Klughammer, J., Matijevic, D., Canzar, S.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction

यह शोधपत्र ITEC को प्रस्तुत करता है, जो एक पूर्णतः अनसुपरवाइज्ड (unsupervised) विधि है जो टेराबाइट-स्केल भ्रूणीय इमेजिंग डेटा में त्रुटियों को पुनरावृत्ति से ट्रैक और सुधार कर, कई प्रजातियों में पूर्ण सेल वंश (cell lineages) और फेट मैप्स (fate maps) का उच्च-सटीकता वाला, दीर्घकालिक पुनर्निर्माण प्राप्त करता है।

Wang, M., Zhang, Q., Wang, C., Chi, Y., Zheng, W., Mu, Z., Cao, X., Zhang, W., Yang, B., Schier, A. F., Acedo, J. N., Wa (…)2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Integrative modeling of read depth and B-allele frequency improves single-cell copy number calling from targeted DNA sequencing panels

यह शोधपत्र scPloidyR प्रस्तुत करता है, जो एक हिडन मार्कोव मॉडल है जो लक्षित सिंगल-सेल डीएनए पैनलों से अनुक्रमण रीड डेप्थ (sequencing read depth) और बी-एलिल फ्रीक्वेंसी (B-allele frequency) का संयुक्त रूप से विश्लेषण करता है ताकि यदि एलिलिक जानकारी उपलब्ध हो, तो केवल डेप्थ-आधारित विधियों की तुलना में कॉपी नंबर वेरिएशन डिटेक्शन की सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार किया जा सके।

Pei, D., Griffard-Smith, R., Cano Urrego, B., Schueddig, E.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Reinforcement Learning for Antibiotic Stewardship: Optimizing Prescribing Policies Under Antimicrobial Resistance Dynamics

यह शोध पत्र एक सिमुलेशन फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि पदानुक्रमित सुदृढीकरण शिक्षण (hierarchical reinforcement learning), टेम्पोरल एब्स्ट्रैक्शन और जोखिम स्तरीकरण का लाभ उठाकर, जटिल, आंशिक रूप से अवलोकन योग्य वातावरणों में निश्चित नियमों और फ्लैट आरएल (flat RL) दृष्टिकोणों को पछाड़ते हुए, रोगाणुरोधी प्रतिरोध गतिकी के तहत एंटीबायोटिक प्रिस्क्राइबिंग नीतियों को प्रभावी ढंग से अनुकूलित करता है।

Lee, J., Blumberg, S.2026-03-16

💻 जैव सूचना विज्ञान

Reliable Molecular Retrieval from Mass Spectra using Conformal Prediction

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि LC-MS/MS आणविक पुनर्प्राप्ति (molecular retrieval) पर कॉन्फॉर्मल प्रेडिक्शन लागू करने से गारंटीकृत कवरेज संभावनाओं के साथ स्पेक्ट्रम-विशिष्ट कैंडिडेट सेट उत्पन्न होते हैं, जो इन-डिस्ट्रीब्यूशन और शिफ्टेड डेटा दोनों परिदृश्यों में विश्वसनीयता और दक्षता को प्रभावी ढंग से संतुलित करते हैं।

Rakhshaninejad, M., De Waele, G., Jürgens, M., Waegeman, W.2026-03-16

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