1211 पेपर
यह शोध पत्र 10-minimizers को प्रस्तुत करता है, जो निरंतर-स्थान (constant-space) नमूनाकरण योजनाओं का एक नया वर्ग है जो गैर-अनंतकालीन (non-asymptotic) शासन में रैंडम मिनिमाइज़र्स की तुलना में प्रमाणित रूप से कम घनत्व प्राप्त करते हैं और "स्पेसर्स" नामक एक विशिष्ट संस्करण के माध्यम से प्रतिस्पर्धी k-mer रिट्रीवल गति प्रदान करते हैं।
यह शोधपत्र scTimeBench को प्रस्तुत करता है, जो एक मॉड्यूलर बेंचमार्किंग प्लेटफॉर्म है जो कई डेटासेट्स और कार्यों के माध्यम से नौ अत्याधुनिक सिंगल-सेल टाइम-सीरीज विधियों का मूल्यांकन करता है, जिससे यह पता चलता है कि हालांकि कई विधियां उच्च पूर्वानुमान सटीकता प्राप्त करती हैं, वे सरल बेसलाइनों की तुलना में जैविक संकेतों और वंश निष्ठा (lineage fidelity) को बनाए रखने में अक्सर विफल रहती हैं।
MosaicTR एक कम्प्यूटेशनल टूल है जो टैंडम रिपीट की प्रति-लोक (per-locus) दैहिक अस्थिरता (somatic instability) को सटीक रूप से मापने के लिए हैपलोटाइप-टैग्ड लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग का लाभ उठाता है, जो शॉर्ट-रीड विधियों की सीमाओं को दूर करते हुए मिसमैच रिपेयर डेफिशिएंसी के बायोमार्कर और रिपीट एक्सपेंशन विकारों में रोग की प्रगति की निगरानी करने के रूप में कार्य करता है।
यह शोध पत्र MutationNetwork को प्रस्तुत करता है, जो एक ग्राफ-आधारित ढांचा है जो उत्परिवर्तन-केंद्रित नेटवर्क (mutation-centric networks) के निर्माण के लिए लंबी दूरी के इंट्राक्रोमोसोमल इंटरैक्शन को स्थानीय जीनोमिक ओवरलैप्स के साथ एकीकृत करता है, जिससे स्तन कैंसर के उपप्रकारों का प्रभावी क्लस्टरिंग और नेटवर्क-स्तरीय प्रभाव विश्लेषण के माध्यम से नॉन-कोडिंग ड्राइवर म्यूटेशन की प्राथमिकता निर्धारण सक्षम होता है।
VICAST एक एकीकृत सॉफ्टवेयर टूलकिट है जिसे अर्ध-स्वचालित जीनोम एनोटेशन को मैनुअल क्यूरेशन और अनुकूलित लो-फ्रीक्वेंसी वेरिएंट कॉलिंग के साथ जोड़कर वायरल पैसेज अध्ययनों को सुव्यवस्थित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो विविध वायरल परिवारों के लिए मौजूदा उपकरणों की तुलना में बेहतर गति और सटीकता प्रदान करता है।
यह शोध पत्र SLAB प्रस्तुत करता है, जो PBWT पर आधारित एक कुशल स्वीप लाइन एल्गोरिदम है जो जनसंख्या आनुवंशिक अंतर्दृष्टि और चयन संकेतों को प्रकट करने के लिए चौड़ाई-अधिकतम (width-maximal) हैप्लोटाइप ब्लॉक कोर की पहचान करता है, जो पारंपरिक IBD दर विश्लेषणों के पूरक हैं।
ओमिकक्लॉ (OmicClaw) एक निष्पादन योग्य प्राकृतिक-भाषा ढांचा है जो एकीकृत ओमिकवर्स (OmicVerse) पारिस्थितिकी तंत्र और जे.ए.आर.वी.आई.एस. (J.A.R.V.I.S.) रनटाइम पर निर्मित है, जो उपयोगकर्ता के अनुरोधों को लाइव डेटा ऑब्जेक्ट्स पर सत्यापित क्रियाओं में परिवर्तित करके खंडित मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण को पुनरुत्पादनीय, पता लगाने योग्य वर्कफ़्लो में बदल देता है।
यह अध्ययन यह प्रदर्शित करने के लिए एक फेनोटाइप-संरचित गणितीय मॉडल विकसित करता है कि कैसे इंट्रा-ट्यूमर प्रसार विषमता और जीवन-इतिहास व्यापार (life-history trade-offs) इको-इवोल्यूशनरी गतिशीलता को संचालित करते हैं, जो यह प्रकट करता है कि हालांकि सभी उपचार ट्यूमर की वृद्धि को धीमा करते हैं, वे विशिष्ट चिकित्सीय लक्ष्यीकरण रणनीति के आधार पर या तो तेज़-या धीमी-प्रसार करने वाले क्लोन को चुनिंदा रूप से समृद्ध करके विशिष्ट विकासवादी प्रक्षेपवक्र (evolutionary trajectories) उत्पन्न करते हैं।
यह शोध पत्र 3D-Manhattan को प्रस्तुत करता है, जो एक ब्राउज़र-आधारित संवादात्मक उपकरण है जो समय, लक्षणों या प्रयोगात्मक स्थितियों के माध्यम से आनुवंशिक जुड़ावों के तुलनात्मक विश्लेषण को सुगम बनाने के लिए एक एकीकृत 3D समन्वय प्रणाली (coordinate system) में कई GWAS परिणामों को विज़ुअलाइज़ करता है।
यह अध्ययन कृषि में रोगाणुरोधी प्रतिरोध से निपटने के लिए *राल्स्टोनिया सोलानेसिरम* (Ralstonia solanacearum) के प्रमुख विरुलेंस प्रोटीनों को लक्षित करने वाले एक नवीन जीवाणुरोधी एजेंट "सोल्रेस" (Solres) को तर्कसंगत रूप से डिजाइन करने और कम्प्यूटेशनल रूप से मान्य करने के लिए एक एकीकृत कृत्रिम बुद्धिमत्ता और क्वांटम रसायन विज्ञान ढांचे को प्रस्तुत करता है।