1018 पेपर
PHoNUPS एक निःशुल्क, ओपन-सोर्स R-आधारित सॉफ्टवेयर टूल है जिसे विविध फ़ाइल स्वरूपों को प्रकाशन-योग्य सांख्यिकी, हिस्टोग्राम और कंटूर प्लॉट्स में एकीकृत करके मल्टी-इंस्ट्रूमेंट एक्स्ट्रासेलुलर वेसिकल डेटा के विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन को मानकीकृत करने के लिए डिज़ाइन किया गया है ताकि पुनरुत्पादकता और MISEV रिपोर्टिंग मानकों के पालन को बढ़ाया जा सके।
यह शोध पत्र एक हाइब्रिड क्वांटम-क्लासिकल ग्राफ न्यूरल नेटवर्क प्रस्तुत करता है जो ड्रग डिज़ाइन के लिए प्रोटीन-लिगैंड पृथक्करण दरों (dissociation rates) की भविष्यवाणी करने की सटीकता और पैरामीटर दक्षता में महत्वपूर्ण सुधार करने के लिए अल्पकालिक आणविक गतिशीलता सिमुलेशन (molecular dynamics simulations) और वेरिएशनल क्वांटम सर्किट को एकीकृत करता है।
BiomarkerKB एक व्यापक, FAIR-अनुपालन वाला ज्ञानकोश और ग्राफ-आधारित प्लेटफॉर्म है जो प्रिसिजन मेडिसिन में पुनरुत्पादक अन्वेषण और खोज को सक्षम करने के लिए विविध स्रोतों से 2,00,000 से अधिक बायोमार्कर-रोग जुड़ावों को एक मानकीकृत ढांचे में सामंजस्यपूर्ण रूप से एकीकृत करता है।
लेखकों ने EMTscore विकसित किया है, जो एक ओपन-सोर्स R पैकेज है जो सिंगल-सेल या बल्क ओमिक्स डेटा से कई विवरेध एपिथेलियल-मेसेनकाइमल ट्रांजिशन (EMT) मार्गों के कुशल, निष्पक्ष स्कोरिंग को सक्षम बनाता है ताकि EMT और अन्य कोशिकीय प्रक्रियाओं के बीच सहसंबंधों की तीव्र स्क्रीनिंग की सुविधा मिल सके।
यह शोध पत्र स्यूडोटाइम ग्राफ डिफ्यूजन (PGD) प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का पोस्ट हॉक फ्रेमवर्क है जो रैंडम-वॉक डिफ्यूजन का उपयोग करके अनुमानित पथों के साथ सेल-लेवल फीचर्स और जीन एक्सप्रेशन को स्मूथ करके सिंगल-सेल ट्रेजेक्टरीज के विज़ुअलाइज़ेशन और इंटरप्रिटेशन को बढ़ाता है।
RFhap एक नवीन ट्रियो-आधारित फेज़िंग विधि है जो मल्टी-k-मर मार्कर्स और एक रैंडम फ़ॉरेस्ट क्लासिफायर का उपयोग करती है ताकि मौजूदा टूल्स जैसे कि Hifiasm-Trio की तुलना में मानव जीनोम में हैप्लोटाइप-रिज़ॉल्व्ड डी नोवो असेंबली की सटीकता और निरंतरता (contiguity) में महत्वपूर्ण सुधार किया जा सके।
यह शोध पत्र scGeneLens का परिचय देता है, जो एक ऐसा ढांचा है जो यह प्रकट करता है कि कैसे scFoundation और scGPT जैसे विभिन्न सिंगल-सेल फाउंडेशन मॉडल्स (scFMs), सेल-टाइप मार्कर जीन या साझा जैविक पथों (shared biological pathways) में से किसी एक को प्राथमिकता देकर, कोशिकाओं के प्रति विशिष्ट "बहुलतावादी" (pluralistic) धारणाएं विकसित करते हैं, जिससे भविष्य के मॉडल डिज़ाइन के लिए व्यावहारिक अंतर्दृष्टि प्राप्त होती है।
थायरा (Thyra) एक आधुनिक पायथन लाइब्रेरी है जो डेटा विखंडन को दूर करने, इंटरऑपरेबिलिटी को बढ़ाने और स्थानिक ओमिक्स (spatial omics) इकोसिस्टम के भीतर एकीकृत बहु-मोडल विश्लेषण को सक्षम करने के लिए मास स्पेक्ट्रोमेट्री इमेजिंग को स्पेशियल डेटा (SpatialData) फ्रेमवर्क के साथ जोड़ती है।
यह शोध पत्र scTREND को प्रस्तुत करता है, जो एक एनोटेशन-मुक्त (annotation-free) कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो एकल-कोशिका ट्रांसक्रिप्टोमिक्स (single-cell transcriptomics) को नैदानिक परिणामों के साथ एकीकृत करता है ताकि समय-परिवर्तनीय, स्थिति-निर्भर कोशिका-स्तरीय खतरों (cell-level hazards) को मॉडल किया जा सके, जिससे पूर्व-निर्धारित कोशिका-प्रकार लेबल की आवश्यकता के बिना विविध रोगों और स्थानिक या बल्क डेटा मोडैलिटीज में गतिशील जोखिम मूल्यांकन को सक्षम बनाया जा सके।
लेखक TLand प्रस्तुत करते हैं, जो RegulomeDB डेटाबेस पर आधारित एक नवीन मशीन-लर्निंग आर्किटेक्चर है, जो सेल- और ऑर्गन-विशिष्ट नॉन-कोडिंग रेगुलेटरी वेरिएंट्स की भविष्यवाणी करने और उन्हें प्राथमिकता देने में मौजूदा मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करता है, जिससे मानव जीनोम में GWAS-जुड़े SNPs की व्याख्या में सुधार होता है।