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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

Benchmarking circRNA Detection Tools from Long-Read Sequencing Using Data-Driven and Flexible Simulation Framework

यह अध्ययन यथार्थवादी ऑक्सफोर्ड नैनोपोर लॉन्ग-रीड डेटासेट उत्पन्न करने के लिए एक नवीन, ओपन-सोर्स सिमुलेशन फ्रेमवर्क पेश करता है और तीन circRNA डिटेक्शन टूल्स (CIRI-long, IsoCIRC, और circNICK-Irs) की तुलना करने वाला पहला व्यापक बेंचमार्क प्रस्तुत करता है, जो भविष्य के टूल चयन और विकास के मार्गदर्शन के लिए उनके विशिष्ट प्रदर्शन प्रोफाइल और सीमित ओवरलैप को प्रकट करता है।

Rusakovich, A., CORRE, S., Cadieu, E., Fraboulet, R.-M., Le Bars, V., Galibert, M.-D., Derrien, T., Blum, Y.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Joint Learning of Drug-Drug Combination and Drug-DrugInteraction via Coupled Tensor-Tensor Factorization with SideInformation

यह शोध पत्र SI-ADMM का प्रस्ताव करता है, जो एक नवीन संयुक्त शिक्षण ढांचा है जो युग्मित टेंसर-टेंसर गुणनखंडन (coupled tensor-tensor factorization) पर आधारित है और जो प्रभावी ड्रग संयोजनों और ड्रग-ड्रग इंटरैक्शन की एक साथ भविष्यवाणी करने के लिए मल्टी-व्यू सहायक ड्रग सूचना को एकीकृत करता है, जो मानक पूर्णता (standard completion) और यथार्थवादी नई-ड्रग भविष्यवाणी परिदृश्यों दोनों में बेहतर सुदृढ़ता और प्रदर्शन प्रदर्शित करता है।

Zhang, X., Fang, Z., Tang, K., Chen, H., Li, J.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

t2pmhc: A Structure-Informed Graph Neural Network to predict TCR-pMHC Binding

यह शोध पत्र t2pmhc को प्रस्तुत करता है, जो एक संरचना-सूचित ग्राफ न्यूरल नेटवर्क फ्रेमवर्क है जो मौजूदा अनुक्रम-आधारित विधियों की तुलना में अनदेखे पेप्टाइड्स के लिए बेहतर सामान्यीकरण और जैविक रूप से सुसंगत बाइंडिंग भविष्यवाणियों को प्राप्त करने के लिए TCR-pMHC परिसरों की अनुमानित 3D संरचनाओं का लाभ उठाता है।

Polster, M., Stadelmaier, J., Ball, E., Scheid, J., Bauer, J., Nelde, A., Claassen, M., Dubbelaar, M. L., Walz, J. S., N (…)2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Rigidity-Aware Geometric Pretraining for Protein Design and Conformational Ensembles

यह शोध पत्र RigidSSL प्रस्तुत करता है, जो एक रिजिडिटी-अवेयर (rigidity-aware) स्व-पर्यवेक्षित शिक्षण ढांचा है जो प्रोटीन डिजाइनक्षमता, नवीनता और जैव-भौतिक रूप से यथार्थवादी विन्यास संबंधी एन्सेम्बल के मॉडलिंग को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाने के लिए स्थिर संरचनाओं और आणविक गतिशीलता प्रक्षेपवक्रों पर ज्यामितीय प्रीट्रेनिंग का लाभ उठाता है।

Ni, Z., Li, Y., Qiu, Z., Schölkopf, B., Guo, H., Liu, W., Liu, S.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

ProtNHF: Neural Hamiltonian Flows for Controllable Protein Sequence Generation

ProtNHF एक जनरेटिव मॉडल है जो न्यूरल हैमिल्टोनियन फ्लो और एक एडिटिव एनर्जी स्ट्रक्चर का लाभ उठाता है ताकि इन्फरेंस-टाइम एनालिटिकल बायस फंक्शन्स के माध्यम से अमीनो एसिड संरचना और नेट चार्ज जैसे गुणों पर निरंतर, मात्रात्मक नियंत्रण के साथ कंट्रोलेबल प्रोटीन सीक्वेंस जनरेशन को सक्षम बनाया जा सके, जिससे रिट्रेनिंग या आर्किटेक्चरल संशोधनों की आवश्यकता समाप्त हो जाती है।

Raghavan, B., Rogers, D. M.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Single-Cell Genomics Decontamination with CellSweep

यह शोध पत्र CellSweep का परिचय देता है, जो एक कुशल और प्रभावी टूल है जो सटीक डाउनस्ट्रीम विश्लेषण सुनिश्चित करने के लिए सिंगल-सेल जीनोमिक्स डेटा से एम्बिएंट (ambient) और बल्क (bulk) संदूषण को हटाने में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Caskey, M., Rich, J., Weber, R., Mortazavi, A., Pachter, L., Hallgrimsdottir, I. B.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Using Variable Window Sizes for Phylogenomic Analyses of Whole Genome Alignments

यह अध्ययन एक स्प्लिटिंग-एंड-मर्जिंग (विभाजन और विलय) दृष्टिकोण प्रस्तुत करता है जो पूरे जीनोम संरेखणों में परिवर्तनशील विंडो आकारों की अनुमति देने के लिए पिछले फिक्स्ड-विंडो तरीकों का विस्तार करता है, जो सिम्युलेटेड डेटा पर जीन ट्री टोपोलॉजी को पुनः प्राप्त करने में बेहतर सटीकता प्रदर्शित करता है और हेलिकोनियस तितलियों और महान वानरों में पुनर्संयोजन-संचालित भिन्नता के बारे में सूक्ष्म अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।

Ivan, J., Lanfear, R.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

Reliable prediction of short linear motifs in the human proteome

यह शोध पत्र SLiMMine को प्रस्तुत करता है, जो एक डीप लर्निंग-आधारित वेब सर्वर है जो मानव प्रोटिओम में ज्ञात शॉर्ट लीनियर मोटिफ्स (SLiMs) की सटीक भविष्यवाणी करने के लिए परिष्कृत एनोटेशन और प्रोटीन एम्बेडिंग्स का उपयोग करता है, जिससे फॉल्स पॉजिटिव्स में काफी कमी आती है और नवीन SLiMs तथा विशिष्ट प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की खोज सक्षम होती है।

Pancsa, R., Ficho, E., Kalman, Z. E., Gerdan, C., Remenyi, I., Zeke, A., Tusnady, G. E., Dobson, L.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

A latent space thermodynamic model of cell differentiation

यह शोध पत्र लेटेंट स्पेस डायनेमिक्स (LSD) का परिचय देता है, जो एक ऊष्मप्रवैगिकी (थर्मोडायनामिक्स) से प्रेरित ढांचा है जो सेलुलर विभेदन (डिफरेंशिएशन) को एक सीखे गए वाडिंगटन लैंडस्केप पर विकास के रूप में मॉडल करने के लिए न्यूरल ऑर्डिनरी डिफरेंशियल इक्वेशंस का उपयोग करता है, जिससे एक अवकलनीय क्षमता फलन (डिफरेंशिएबल पोटेंशियल फंक्शन) और स्थानीय एंट्रॉपी के माध्यम से सटीक प्रक्षेपवक्र पुनर्निर्माण, भाग्य भविष्यवाणी और कोशिकीय प्लास्टिसिटी का मात्रात्मक विश्लेषण सक्षम होता है।

Poursina, A., Hajhashemi, S., Mikaeili Namini, A., Saberi, A., Emad, A., Najafabadi, H. S.2026-03-06
💻 जैव सूचना विज्ञान

RNA-seq analysis in seconds using GPUs

यह शोधपत्र kallisto का एक GPU-त्वरित संस्करण प्रस्तुत करता है जो व्यापक समानांतरता (massive parallelism) के लिए मूल एल्गोरिदम को पुनर्गठित करके इसके CPU समकक्ष की तुलना में 30-50 गुना गति वृद्धि प्राप्त करता है, जिससे RNA-seq ट्रांसक्रिप्ट मात्रा निर्धारण (transcript quantification) को मिनटों के बजाय सेकंडों में पूरा करना सक्षम होता है।

Melsted, P., Guthnyjarson, E. M., Nordal, J.2026-03-06