biophysics पेपर

Residue burial encodes a protein's fold

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि प्रोटीन की नेटिव फोल्ड (native fold) की भविष्यवाणी पारंपरिक कॉन्टैक्ट मैप्स (contact maps), सीक्वेंस एम्बेडिंग्स (sequence embeddings), या पेयरवाइज कॉन्टैक्ट प्रेडिक्शन्स (pairwise contact predictions) की तुलना में प्रत्येक अवशेष (residue) की बाइनरी कोर आइडेंटिटी (दफन बनाम उजागर/buried vs. exposed) को एनकोड करके अधिक कुशलता से की जा सकती है, जो प्रभावी रूप से प्रोटीन फोल्डिंग को एक अवशेष दफन भविष्यवाणी समस्या (residue burial prediction problem) के रूप में पुनर्गठित करता है।

Grigas, A. T., Sumner, J., O'Hern, C. S.2026-03-31

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Programmable Edge-to-Edge Assembly of RNA Nanostructures

यह शोध पत्र अल्फा किसिंग लूप (alphaKL) को प्रस्तुत करता है, जो एक प्रोग्राम करने योग्य आरएनए (RNA) कनेक्टर है जो पारंपरिक एंड-टू-एंड जॉइनिंग विधियों की ज्यामितीय सीमाओं को दूर करने के लिए किसिंग लूप्स को ट्रिप्लेक्स इंटरैक्शन के साथ जोड़कर जटिल त्रि-आयामी आरएनए नैनोस्ट्रक्चर के एज-टू-एज असेंबली को सक्षम बनाता है।

Geary, C., Tran, M. P., Poppleton, E., Taskina, A., Göpfrich, K.2026-03-31

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Mutation-induced reshaping of protein conformational dynamics revealed by a coarse-grained modeling framework

यह अध्ययन ICed-ENM प्रस्तुत करता है, जो एक गणनात्मक रूप से कुशल कोर्स-ग्रेन्ड (coarse-grained) मॉडलिंग ढांचा है जो इलास्टिक नेटवर्क मॉडलों को परिष्कृत करता है ताकि यह मात्रात्मक रूप से निर्धारित किया जा सके कि रोग-संबंधी मिसेंस उत्परिवर्तन (missense mutations) प्रोटीन के विन्यास संबंधी ऊर्जा परिदृश्यों (conformational energy landscapes) को कैसे नया रूप देते हैं और कंपन एंट्रॉपी (vibrational entropy) परिवर्तनों के माध्यम से उत्परिवर्तन-संवेदनशील क्षेत्रों की पहचान करते हैं।

Lee, B. H., Scaramozzino, D., Piticchio, S., Orellana, L.2026-03-31

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Determinants of metal import and specificity in a bacterial transporter

यह अध्ययन *Deinococcus radiodurans* Nramp ट्रांसपोर्टर में धातु आयात विशिष्टता के संरचनात्मक और विकासवादी निर्धारकों को स्पष्ट करता है, जो यह प्रकट करता है कि जहाँ Mn²⁺ आयात एक वैश्विक एपिस्टेसिस मॉडल का अनुसरण करता है, वहीं Mg²⁺ विशिष्टता कोर स्थितियों और मॉड्युलेटर उत्परिवर्तनों के संयोजन द्वारा नियंत्रित होती है जो संरचनात्मक संतुलन को बदलते हैं, जिससे दीर्घ-रेंज एपिस्टेसिस का विशिष्टता मॉड्यूलेशन से संबंध स्थापित होता है।

Berry, S. P., Freedman, C. B., Marks, D. S., Gaudet, R.2026-03-31

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Disentangling fluorescence signals from diffusing single molecules by independent component analysis

यह शोध पत्र इंडिपेंडेंट फ्लोरोसेंस कंपोनेंट एनालिसिस (IFCA) प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन ढांचा है जो स्वतंत्र रूप से विसरित एकल अणुओं से जटिल, विषम संकेतों को मजबूती से अनमिक्स करने और मात्रात्मक रूप से लक्षणबद्ध करने के लिए तीसरे क्रम के क्यूमुलेंट टेंसर अपघटन का उपयोग करता है, यहाँ तक कि कम फोटॉन दर और तीव्र सब-मिलीसेकंड गतिकी के तहत भी।

Ishii, K., Sakaguchi, M., Tahara, T.2026-03-30

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Simulating Neutron Protein Crystallography Experiments: Applications to the Development of the NMX Instrument at ESS

यह शोध पत्र न्यूट्रॉन प्रोटीन क्रिस्टलोग्राफी के लिए इवेंट फॉर्मेशन में सुधार करने और पर्यावरणीय प्रकीर्णन प्रभावों का आकलन करने हेतु रे-स्प्लिटिंग तकनीकों और एक नई सैंपलिंग विधि को लागू करके, यूरोपियन स्पैलेशन सोर्स पर आगामी NMX उपकरण को अनुकूलित करने के लिए McStas का उपयोग करते हुए मोंटे कार्लो सिमुलेशन प्रस्तुत करता है।

Bertelsen, M., Willendrup, P. K., Yoo, S., Meligrana, A., McDonagh, D., Bergmann, J., Oksanen, E., Finke, A. D.2026-03-30

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The limits of scaling in aggregation-driven patterning of cell collectives

सीमित भ्रूणीय कोशिकाओं पर प्रयोगों को एक निरंतर मॉडल (continuum model) के साथ संयोजित करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि एकत्रीकरण-प्रेरित पैटर्न निर्माण (aggregation-driven patterning) एक विकासात्मक समय-आकार व्यापार-बंद (developmental time-size tradeoff) के अधीन है, जहाँ बड़े तंत्रों में स्केल्ड पैटर्न बनाने के लिए आवश्यक विलंबित कोर्सनिंग गतिकी (delayed coarsening dynamics) के कारण मजबूत स्केलिंग बनाए रखने की क्षमता सीमित हो जाती है।

Aulehla, A., Erzberger, A., Stokkermans, A., Zhao, M. L., Rombouts, J.2026-03-30

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Why structural divergence varies among residues in enzyme evolution: contributions of mutation, stability, and activity constraints

34 एंजाइम परिवारों पर म्यूटेशन-स्टेबिलिटी-एक्टिविटी (MSA) मॉडल को लागू करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अवशेष-निर्भर संरचनात्मक विचलन प्रोफाइल उत्परिवर्तन (mutation), स्थिरता (stability) और गतिविधि (activity) संबंधी बाधाओं के एक परिवर्तनशील संतुलन से उत्पन्न होते हैं, जो यह प्रकट करते हैं कि ये प्रोफाइल एंजाइम विकास को नियंत्रित करने वाले चयनात्मक शासन (selective regimes) के बारे में विशिष्ट जानकारी संहिताबद्ध करते हैं।

Echave, J., Carpentier, M.2026-03-29

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A shared rephasing compass reveals structured local mismatch placement during hyperthermal sarcomeric oscillations

एक साझा रीफेज़िंग कंपास (rephasing compass) के माध्यम से हाइपरथर्मल सारकोमेरिक दोलनों का पुनर्र्विश्लेषण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि पड़ोसी सारकोमेयर्स के बीच स्थानीय समय अंतराल यादृच्छिक नहीं हैं बल्कि एक संरचित, एज-बायस्ड (edge-biased) पैटर्न का पालन करते हैं जो सेल-विशिष्ट सर्कुलर कोऑर्डिनेट्स को संरेखित करने के बाद ही स्पष्ट रूप से दिखाई देता है।

Shintani, S. A.2026-03-29

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Apical Localization of RNA Polymerases Modulate Transcription Dynamics and Supercoiling Domains Revealed by Cryo-ET

क्रायो-इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि आरएनए पॉलीमरेज़ और डीएनए-बाइंडिंग प्रोटीन अधिमानतः प्लेक्टोनीम शीर्षों (plectoneme apices) पर स्थानीयकृत होते हैं ताकि ट्विन-सुपरकॉइलिंग डोमेन को अलग करने वाले टॉर्सनल ब्लॉकों के रूप में कार्य कर सकें, जहाँ टोपोआइसोमेरेज़ I द्वारा संचालित लोड-एंड-रिलीज़ तंत्र ट्रांसक्रिप्शनल बर्स्टिंग के लिए एक संरचनात्मक आधार प्रदान करता है।

Zhang, M., Canari-Chumpitaz, C., Liu, J., Onoa, B., de Cleir, S., Cheng, E., Requejo, K. I., Bustamante, C.2026-03-26

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