388 पेपर
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि रक्त के नमूनों से प्राप्त इन्फ्रारेड आणविक प्रोफाइल उच्च विशिष्टता और समय के साथ स्थिरता प्रदर्शित करते हैं, जो मानक नैदानिक प्रयोगशाला पैनलों की तुलना में अधिक अंतर्निहित सूचनात्मक सामग्री प्रदान करते हैं और जब इन दोनों डेटा मोडैलिटीज को संयोजित किया जाता है, तो व्यक्तिगत पहचान की सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करते हैं।
यह शोध पत्र फ्लक्स-ड्रिवन मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स (FD-MD) ढांचे को पेश करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि बायोमॉलिक्यूलर कंडेंसेट इंटरफेस एंट्रोपिक लागतों को कम करके अमाइलॉइड न्यूक्लिएशन को महत्वपूर्ण रूप से तेज करते हैं, जबकि आणविक फ्लक्स और सेगमेंट रिजिडिटी संयुक्त रूप से गैर-संतुलन विकास रूपात्मकता (नॉन-इक्विलिब्रियम ग्रोथ मोरफोलॉजी) और एजिंग प्रक्षेपवक्र (एजिंग ट्रैजेक्टरी) को निर्धारित करते हैं।
सॉल्यूशन एनएमआर (NMR) स्पेक्ट्रोस्कोपी का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि मानव TSPO का हृदय रोग से जुड़ा A14V वेरिएंट गतिशील N-टर्मिनल ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिक्स में संरचनात्मक विषमता (conformational heterogeneity) को कम करता है, जिससे प्रोटीन के समग्र फोल्ड को सुरक्षित रखते हुए VDAC इंटरैक्शन इंटरफेस के पास इसकी संरचना स्थानीय रूप से स्थिर हो जाती है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि लचीले GT70 एंजाइम GumK की डोनर सबस्ट्रेट विशिष्टता स्थानीय अनुरूपता अवस्थाओं (local conformational states) और सबस्ट्रेट रसायन विज्ञान के बीच एक अंतर्संबंध द्वारा नियंत्रित होती है, एक ऐसी प्रक्रिया जिसे AI-संवर्धित डॉकिंग के माध्यम से स्पष्ट किया गया है जो ओपन बनाम क्लोज्ड पॉकेट विन्यास में विशिष्ट बाइंडिंग इंटरैक्शन को प्रकट करती है।
यह अध्ययन साइक्लिन T2 इंटरेक्शन लैंडस्केप को मैप करने के लिए फ्रैगिलिट (FragLite) केमिकल फ्रैग्मेंट्स का उपयोग करता है, जो एकीकृत बायोफिजिकल और कम्प्यूटेशनल विश्लेषणों के माध्यम से CDK9, AFF4 और HIV-1 Tat के लिए ज्ञात बाइंडिंग साइटों की सफलतापूर्वक पहचान करने के साथ-साथ एक नवीन BRD4 रिक्रूटमेंट इंटरफेस की खोज और लक्षण वर्णन करता है।
यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि उच्च-रिज़ॉल्यूशन संरचनात्मक पूर्ववृत्त (structural priors) को 2D टेम्पलेट मिलान के साथ संयोजित करने से छोटे मैक्रोमोलेक्यूलर कॉम्प्लेक्स के क्रायो-ईएम (cryo-EM) पुनर्निर्माण में महत्वपूर्ण सुधार होता है, जिससे सफलतापूर्वक एक पूर्व में असाध्य ~43 kDa प्रोटीन काइनेज को हल किया गया और एकल-कण क्रायो-ईएम को 50 kDa से काफी नीचे के लक्ष्यों तक विस्तारित करने की विधि की क्षमता का पूर्वानुमान लगाया गया।
यह शोध पत्र RNASCAPE को प्रस्तुत करता है, जो एक डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो न्यूनतम एक्सप्रेशन डेटा और फॉर्मूलेशन मापदंडों का उपयोग करके लिपिड नैनोपार्टिकल्स से साइटोसोलिक mRNA एस्केप दक्षता को सटीक रूप से परिमाणित करता है, जिससे स्केलेबल और विश्वसनीय चिकित्सीय वितरण अनुकूलन में वर्तमान बाधाओं को दूर किया जा सकता है।
यह अध्ययन एक कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो विशिष्ट अवशेषों (residues) द्वारा संचालित प्रमुख संरचनात्मक (conformational) और विलायक-एक्सपोज़र (solvent-exposure) परिवर्तनों की पहचान करके, KRAS उत्परिवर्तन-प्रेरित दवा प्रतिरोध का सटीक रूप से पूर्वानुमान लगाने के लिए आणविक गतिशीलता सिमुलेशन (molecular dynamics simulations) को मशीन लर्निंग क्लासिफायर के साथ एकीकृत करता है।
यह अध्ययन 19 सामान्य पेप्टॉइड अवशेषों के लिए पहला MARTINI 3-अनुकूल कोर्स-ग्रेन्ड फोर्सफील्ड प्रस्तुत करता है, जिसे ऑल-एटम संदर्भ सिमुलेशन से प्राप्त किया गया है और मार्टिनाइज़2 (martinize2) टूल में एकीकृत किया गया है, ताकि पेप्टॉइड संरचनाओं, स्व-संयोजन और अंतःक्रियाओं के कुशल और सटीक मेसोस्केल मॉडलिंग को सक्षम बनाया जा सके।
सिंगल-मॉलिक्यूल ऑप्टिकल ट्वीज़र्स, बायोकेमिकल एसेज़ और क्रायो-ईएम को एकीकृत करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि ClpX में केंद्रीय कपलर (central coupler) प्रमुख अवशेषों (residues) को व्यवस्थित करके पड़ोसी सबयूनिट्स में ATP हाइड्रोलिसिस को ट्रिगर करता है, जिससे अंत-सबयूनिट संचार सुगम होता है, और इस प्रकार कुशल प्रोटीन अनफोल्डिंग के लिए तीव्र बल उत्पादन में रासायनिक ऊर्जा को युग्मित करता है।