⚛️ biophysics

Physics-Grounded Evaluation to Guide Accurate Biomolecular Prediction

यह शोधपत्र एक भौतिकी-आधारित मूल्यांकन प्रस्तुत करता है जो यह प्रकट करता है कि अत्याधुनिक प्रोटीन संरचना पूर्वानुमान मॉडल, बुनियादी ऊर्जा सिद्धांतों को समाहित करने के बावजूद, परमाणु अंतःक्रियाओं और विन्यास संबंधी प्राथमिकताओं में व्यापक पूर्वाग्रह प्रदर्शित करते हैं जो उनकी सटीकता और सामान्यीकरण क्षमता को सीमित करते हैं, जिससे विश्वसनीय जैव-आणविक कार्य पूर्वानुमान में सक्षम अगली पीढ़ी के मॉडलों के विकास को निर्देशित करने के लिए ऐसे ढांचों की आवश्यकता पर बल मिलता है।

Lyu, N., Du, S., Shao, Q., Yang, Z., Ma, J., Herschlag, D.2026-03-25
⚛️ biophysics

Both ATP and Mg2+ are Required for High-Affinity Binding of Indolmycin to Human Mitochondrial Tryptophanyl-tRNA Synthetase

यह अध्ययन प्रकट करता है कि मानव माइटोकॉन्ड्रियल ट्रिप्टोफैनिल-tRNA सिंथेटेस को एक सुदृढ़ ग्राउंड-स्टेट मेटल कोऑर्डिनेशन तंत्र के माध्यम से उच्च-आत्मीयता वाले इंडोलमाइसिन बाइंडिंग प्राप्त करने के लिए ATP और Mg2+ दोनों की आवश्यकता होती है जो संरचनात्मक और ऊष्मागतिक रूप से बैक्टीरिया के एंजाइमों की नकल करता है, जो मानव साइटोप्लाज्मिक TrpRS के बाइंडिंग गुणों के बिल्कुल विपरीत है।

carter, c. W.2026-03-25
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Molecular mechanics of smooth muscle contraction and relaxation modulated by caldesmon

लेजर-ट्रैप परख (laser-trap assay) का उपयोग करके ऊतक-स्तरीय अध्ययनों के पिछले विरोधाभासों को सुलझाते हुए, यह शोध प्रदर्शित करता है कि कैलडेस्मोन (caldesmon) प्रतिस्पर्धी एक्टोमायोसिन बाइंडिंग के माध्यम से बल उत्पादन को रोककर और विश्राम की गति को तेज करके चिकनी मांसपेशियों (smooth muscle) में एक महत्वपूर्ण आणविक नियामक के रूप में कार्य करता है, जिससे उच्च रक्तचाप और अस्थमा जैसे विकारों के रोग-शरीर विज्ञान (pathophysiology) में नई अंतर्दृष्टि प्राप्त होती है।

Schultz, M. L. C., Kachmar, L., Liu, C., Bai, A., Fletcher, S., Lauzon, A.-M.2026-03-25
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CGRig: a rigid-body protein model with residue-level interaction sites for long-time and large-scale protein assembly simulation

यह शोध पत्र CGRig को प्रस्तुत करता है, जो एक रिजिड-बॉडी प्रोटीन मॉडल है जो आवश्यक संरचनात्मक विशिष्टता को बनाए रखते हुए और ऑल-एटम सटीकता के तुलनीय प्रदर्शन प्राप्त करते हुए प्रोटीन असेंबली के कुशल, बड़े पैमाने के सिमुलेशन को सक्षम करने के लिए अवशेष-स्तरीय (residue-level) इंटरेक्शन साइटों को ओवरडैम्प्ड लैंग्विन डायनेमिक्स के साथ एकीकृत करता है।

Teshirogi, Y., Terada, T.2026-03-24
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A Novel Eukaryotic Ribosome Factor Enables Translation Restart Following Cellular Dormancy

यह अध्ययन SNOR की पहचान करता है, जो *Schizosaccharomyces pombe* में एक नवीन संरक्षित राइबोसोम-जुड़ा कारक है जो ग्लूकोज-प्रेरित सुप्तावस्था के दौरान राइबोसोम को संरचनात्मक रूप से अवरुद्ध करके प्रोटीन संश्लेषण को रोकता है और तनाव राहत के बाद अनुवाद (ट्रांसलेशन) को पुनः आरंभ करने के लिए आवश्यक है।

Gluc, M., Rosa, H., Bozko, M., Turner, L. A., Prince, C. R., Peskova, Y., Feaga, H. A., Gould, K. L., Mattei, S., Jomaa (…)2026-03-24
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Investigator-blind discovery of structural elements controlling GPCR function

लेखकों ने मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स डेटा के लिए एक अन्वेषक-अंध (investigator-blind), अनसुपरवाइज्ड विश्लेषण पाइपलाइन विकसित की, जिसने सफलतापूर्वक ज्ञात कार्यात्मक माइक्रोस्विचेस और दो नवीन संरचनात्मक रूपांकंटों (ट्रांसमेम्ब्रेन हेलिक्स 2 में एक किंक और TM2 एवं TM3 की एक युग्मित पिस्टन जैसी गति) की पहचान की जो GPCR कार्य को नियंत्रित करते हैं।

Ji, J., Lyman, E.2026-03-24
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Mutational Robustness Predicts Protein Dynamics Across Natural and Designed Proteins

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एकल-अमीनो एसिड प्रतिस्थापन की स्थिरता भिन्नता (stability variance) से व्युत्पन्न एक प्रति-अवशेष उत्परिवर्तनत्मक सुदृढ़ता सूचकांक (per-residue mutational robustness index), प्राकृतिक और 'डी नोवो' डिज़ाइन किए गए दोनों प्रकार के प्रोटीनों में प्रोटीन गतिशीलता की प्रभावी ढंग से भविष्यवाणी करता है, जो pLDDT जैसे संरचनात्मक विश्वास स्कोर के लिए एक जैव-भौतिक रूप से आधारित पूरक प्रदान करता है।

Zuk, O.2026-03-23
⚛️ biophysics

Cell Cycle-Dependent Chromatin Motion: A Role for DNA Content Doubling Over Cohesion

उच्च-रिज़ॉल्यूशन ट्रैकिंग, आनुवंशिक प्रयोगों और पॉलीमर मॉडलिंग को संयोजित करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि कोशिका चक्र के दौरान क्रोमैटिन गति में क्रमिक कमी को कोहेसिन-मध्यस्थ सिस्टर क्रोमैटिड एंट्रैपमेंट (sister chromatid entrapment) के बजाय वैश्विक रूप से डीएनए सामग्री के दोगुना होने से संचालित किया जाता है।

Rey-Millet, M., Costes, L., Le-Floch, E., Ayoub, H., Saccomani, Q., Manghi, M., Bystricky, K.2026-03-21
⚛️ biophysics

Phase diagrams for biophysical fitness landscape design

यह शोध पत्र फिटनेस लैंडस्केप डिज़ाइन (FLD) के लिए एक स्पष्ट विश्लेषणात्मक सिद्धांत स्थापित करता है और एंटीबॉडी-एंटीजन बाइंडिंग एफिनिटी के एक बड़े पैमाने के प्रयोगात्मक डेटासेट के विरुद्ध इसे मान्य करता है, जो प्रोटीन विकास के लिए मात्रात्मक रूप से प्रोग्राम करने योग्य बायोफिजिकल फिटनेस लैंडस्केप को इंजीनियर करने की व्यवहार्यता को प्रदर्शित करता है।

Mohanty, V., Shakhnovich, E.2026-03-20
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Open Fourier Ptychographic Microscopy (OpenFPM)

यह शोध पत्र OpenFPM को प्रस्तुत करता है, जो 3D-प्रिंटेड घटकों के साथ निर्मित और रास्पबेरी पाई (Raspberry Pi) के माध्यम से नियंत्रित एक ओपन-सोर्स, कम लागत वाला फूरियर प्टाइकोग्राफिक माइक्रोस्कोपी प्लेटफॉर्म है, जो बायोमेडिकल अनुसंधान के लिए उन्नत LED-एरे माइक्रोस्कोपी को सुलभ बनाने हेतु 1 मिमी के फील्ड-ऑफ-व्यू पर उच्च-रिज़ॉल्यूशन आयाम (amplitude) और चरण (phase) इमेजिंग सफलतापूर्वक प्राप्त करता है।

Walker, L. D., Copeland, L., Rooney, L. M., Bendkowski, C., Shaw, M. J., McConnell, G.2026-03-20