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Development of force-field corrections for the RNA A-bulge motif

यह अध्ययन AMBER RNA फोर्स फील्ड्स में एक लक्षित हाइड्रोजन-बॉन्ड सुधार (gHBfix-18Ab*) प्रस्तुत करता है जो MAPT A-bulge मोटिफ में गैर-नेटिव बेस-ट्रिपल अवस्थाओं के लिए त्रुटिपूर्ण प्राथमिकता को हल करता है, सफलतापूर्वक प्रयोगात्मक रूप से प्रेक्षित स्टैक्ड कन्फर्मेशन को बहाल करता है जबकि अन्य RNA संरचनाओं की स्थिरता को सुरक्षित रखता है।

Kudo, T., Ekimoto, T., Yamane, T., Ikeguchi, M.2026-08-27
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Emergence of new function through evolutionary divergence of an intrinsically disordered region

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि पैरलॉगस प्रोटीन FCHO1 और FCHO2 का कार्यात्मक विचलन एक अंतर्निहित अव्यवस्थित क्षेत्र (intrinsically disordered region) के भीतर एक क्षणिक सर्पिल संरचना (transient helical structure) के विकासवादी अधिग्रहण से उत्पन्न होता है, जो दोनों प्रोटीनों द्वारा साझा की जाने वाली पूर्वज झिल्ली-बाइंडिंग गतिविधि को संरक्षित करते हुए FCHO1 को नई स्व-संयोजन (self-association) क्षमताएं प्रदान करता है।

Elena-Real, C. A., Körber, A. M., Gatin-Fraudet, B., Kovinko, A., Motzny, K., Saiti, A., Lange, A., Broichhagen, J., Mi (…)2026-08-25
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Geometry of Braided DNA Dictates Supercoiling Partitioning

अभियंत्रित डीएनए-ब्रेडिंग सबस्ट्रेट्स (DNA-braiding substrates), कोणीय ऑप्टिकल ट्रैप मापों और मोंटे कार्लो सिमुलेशनों को संयोजित करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि रेप्लिकेशन फोर्क (replication fork) पर डीएनए स्ट्रैंड्स का ज्यामितीय पृथक्करण यह निर्धारित करता है कि रेप्लिकोजोम (replisome) सुपरकॉइलिंग को अपने पीछे विभाजित करने के लिए घूमता है या आगे तनाव संचित करने के लिए स्थिर रहता है, जिससे एक भौतिक तंत्र का पता चलता है जिसके द्वारा डीएनए ज्यामिति रेप्लिकेशन गतिकी और टोपोलॉजिकल तनाव प्रबंधन को नियंत्रित करती है।

Hong, Y., Singh, G., Wang, H., Park, S. h., Wang, M. D.2026-08-24
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Enhanced-Sampling Molecular Dynamics Recovers Rare Functional RNA Conformations Across Diverse Structural Contexts

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि टेम्परेचर रेप्लिका-एक्सचेंज मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स (T-REMD), प्रयोगात्मक रूप से मान्य आरएनए (RNA) कन्फर्मेशनल एन्सेम्बल्स उत्पन्न करने में पारंपरिक और अन्य उन्नत सैंपलिंग विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है, जो सफलतापूर्वक दुर्लभ कार्यात्मक उप-अवस्थाओं (substates) को पुनर्प्राप्त करता है और विविध संरचनात्मक संदर्भों में लिगैंड स्क्रीनिंग में सुधार करता है।

Li, D., Ken, M.2026-08-24
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Regulation of the human voltage-gated proton channel by membrane sterols

यह अध्ययन स्पष्ट करता है कि कैसे कोलेस्ट्रॉल S4 कन्फर्मेशनल डायनेमिक्स (conformational dynamics) को बदलकर मानव वोल्टेज-गेटेड प्रोटॉन चैनल (hHv1) को बाधित करता है, एक ऐसी प्रक्रिया जिसे इसके पूर्ववर्ती डेसमोस्टेरॉल द्वारा कम किया जाता है और Y141 जैसे विशिष्ट अवशेषों (residues) के माध्यम से संचालित किया जाता है, जिससे स्टेरॉल चयापचय का कोशिकीय pH होमियोस्टेसिस से संबंध स्थापित होता है।

Han, S., Duan, R., Applewhite, S., Wang, S., Wang, G., Qian, M., Covey, D. F., Zou, X., Wang, S.2026-08-22
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Visualizing Reaction Pathways via Reciprocal Space Kinetic Decomposition

यह शोध पत्र एक रेसिप्रोकल स्पेस काइनेटिक डिकंपोजिशन फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो डेटा को पूर्व-निर्धारित काइनेटिक मॉडलों के अनुसार अलग करके, टाइम-रिजॉल्व्ड सीरियल क्रिस्टलोग्राफी में कमजोर क्षणिक संरचनात्मक संकेतों को अलग करता है, जिससे मानक संरचना परिशोधन वर्कफ़्लो के साथ अनुकूलता बनाए रखते हुए अल्ट्राफास्ट प्रोटीन डायनेमिक्स की यांत्रिक व्याख्या को बढ़ाया जा सकता है।

Grunewald, L., Meszaros, P., Westenhoff, S.2026-08-20
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Cardiolipin increases the peak of reversible traveling H+ fronts at the membrane surface

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि माइटोकॉन्ड्रियल झिल्लियों में कार्डियोलिपिन संवर्धन सतह प्रोटॉन सांद्रता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है और प्रतिवर्ती, स्व-उत्प्रेरक अम्लीकरण तरंगों के प्रसार को सुगम बनाता है, जो एक ऐसा तंत्र है जो श्वसन श्रृंखला और ATP सिंथेज़ गतिविधियों के लिए स्थानीय pH को अनुकूलित करके ATP पुनर्जनन की दक्षता को बढ़ा सकता है।

Baroudi, N.-B., Kruglik, S., Lopez, P., Haliyo, S., Genet, S.2026-08-19
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BENDER: A Cross-taxon IDP Simulation Database Reveals Conserved Sequence-Ensemble Laws Across the Tree of Life

यह शोध पत्र BENDER को प्रस्तुत करता है, जो 11,000 से अधिक अंतर्निहित रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन अनुक्रमों का एक क्रॉस-टैक्सन सिमुलेशन डेटाबेस है, जो जीवन के वृक्ष (tree of life) में वर्तमान बल क्षेत्रों (force fields) की विश्वसनीयता को प्रदर्शित करता है और मानव-विशिष्ट विकासवादी विशिष्टताओं से परे, संपर्क नेटवर्क में हब टोपोलॉजी जैसे अनुक्रम-एन्सेम्बल संबंधों को नियंत्रित करने वाले संरक्षित भौतिक नियमों को प्रकट करता है।

Velasquez, J., Rahman, T.2026-08-19
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Modeling steady state thermoregulation of near-term human fetus

यह शोध पत्र शारीरिक विखंडन (एनाटॉमिकल सेगमेंटेशन) और एक नए प्लेसेंटल-अम्बिलिकलल हीट-एक्सचेंजर प्रतिनिधित्व को शामिल करके अल्पकालिक भ्रूण के आंतरिक तापमान का अनुमान लगाने के लिए दो उन्नत स्थिर-अवस्था मॉडल प्रस्तुत करता है, जो भ्रूण के तापमान को मातृ कोर स्तरों से थोड़ा अधिक सटीक रूप से अनुमानित करने में सफल रहा है और भविष्य के क्षणिक मातृ-भ्रूण तापीय नियमन अध्ययनों के लिए एक आधार प्रदान करता है।

Payne, A., Joshi, A., Viswanathan, S. H., Shah, S. P., Zhang, D., Lindsey, S. E., Rykaczewski, K.2026-08-18
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Inward and Outward Tethers Read Out the Spontaneous Curvature of Cellular Membranes

यह अध्ययन जाइंट प्लाज्मा मेम्ब्रेन वेसिकल्स पर ड्यूल-डायरेक्शन टेदर पुलिंग का उपयोग करते हुए एक सामान्य प्रयोग-सिमुलेशन फ्रेमवर्क पेश करता है ताकि देशी कोशिकीय झिल्लियों के प्रभावी स्वैच्छिक वक्रता (स्पोंटेनियस कर्वेचर) को सीधे मापा जा सके और व्यक्तिगत प्रोटीनों के वक्रता प्रभाव को परिमाणित किया जा सके, जिससे जटिल जैविक प्रणालियों में इस महत्वपूर्ण भौतिक गुण के लक्षण वर्णन में पिछली चुनौतियों को दूर किया जा सके।

Geiger, B. J., Hamel Ascanio, L. E., Drakouli, E., Thusgaard Ruhoff, V., Klasner, N., Baroojii, Y. F., Moreno-Pescador (…)2026-08-17