biophysics पेपर

A High Throughput SPR-Based Array for Quantitative Profiling of Glycosaminoglycan Protein Interactions

यह शोध पत्र एक नवीन उच्च-थ्रूपुट सरफेस प्लास्मोन रेजोनेंस (SPR) ऐरे प्रस्तुत करता है जो 16 विविध ग्लाइकोसामिनोग्लाइकन तैयारियों और प्रोटीनों के बीच की अंतःक्रियाओं का मात्रात्मक प्रोफाइल करने में सक्षम है, जिसने ज्ञात बाइंडिंग विशिष्टताओं को सफलतापूर्वक प्रमाणित किया है और स्लिट2 (Slit2) का कॉन्ड्रोटिन और डर्मेटान सल्फेट्स से जुड़ना जैसी पूर्व में अज्ञात अंतःक्रियाओं की खोज की है।

Jowitt, T. A., Birchenough, H. L., Popplewell, J. F., Dyer, D. P., Day, A. J.2026-07-04

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De novo design of RNA pseudoknots with deep learning

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि रासायनिक मैपिंग डेटा पर प्रशिक्षित एक RNet फाउंडेशन मॉडल द्वारा निर्देशित डीप लर्निंग उपकरण, आरएनए (RNA) के सटीक द्वितीयक संरचनाओं और सुव्यवस्थित 3D फोल्ड्स के साथ डे नोवो (de novo) आरएनए स्यूडोनॉट्स (pseudoknots) को सफलतापूर्वक डिजाइन कर सकते हैं, जो सामान्य आरएनए 3D संरचना भविष्यवाणी की समस्या के पूर्व समाधानों की आवश्यकता के बिना, एक एटरना (Eterna) प्रतियोगिता में मानव प्रदर्शन के बराबर है।

Townley, J., Kladwang, W., Baker, D., Blair, H. M., Choe, C., El Nesr, G., Favor, A., Fisker, E., Haack, D. B., He, S. (…)2026-07-03

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Using spIsoNet to address the preferred-orientation problem in cryoEM reconstructions

यह शोध पत्र क्रायो-ईएम (cryoEM) पुनर्निर्माणों में प्रिफर्ड-ओरिएंटेशन (preferred-orientation) आर्टिफैक्ट्स को कम करने के लिए दो पूरक वर्कफ़्लो: मैप एनिसोट्रॉपी सुधार (map anisotropy correction) और पार्टिकल मिसअलाइनमेंट सुधार (particle misalignment correction) के माध्यम से ओपन-सोर्स, सेल्फ-सुपरवाइज्ड डीप-लर्निंग टूल spIsoNet का उपयोग करने के लिए एक व्यावहारिक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है।

Fan, H., Liu, Y.-T., Zhou, Z. H.2026-07-03

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CryoGO enables high-resolution structural profiling of endogenous cellular macromolecules

यह शोध पत्र cryoGO को प्रस्तुत करता है, जो EM ग्रिड्स पर सीधे कोशिकाओं को खोलने की एक सरल और स्केलेबल यांत्रिक विधि है, जो न्यूनतम नमूना मात्रा का उपयोग करके विविध अंतर्जात मैक्रोमोलेक्यूल्स के उनके मूल कोशिकीय वातावरण में उच्च-रिज़ॉल्यूशन, समय-समाधान संरचनात्मक प्रोफाइलिंग को सक्षम बनाता है।

Li, Y., Zhang, Y., Wu, C., Zhu, C., Xiong, Y.2026-07-01

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Who's driving? Common evolutionary mechanism of activation of class A GPCRs

सह-विकास (coevolution) और मशीन लर्निंग का लाभ उठाकर एक अनुक्रम-स्वतंत्र सामूहिक चर (sequence-independent collective variable) प्राप्त करने के माध्यम से, यह अध्ययन क्लास A GPCR सक्रियण के लिए एक एकीकृत, विकासवादी रूप से संरक्षित तंत्र स्थापित करता है जो विविध परिवार के सदस्यों, जिनमें अनाथ रिसेप्टर्स (orphan receptors) भी शामिल हैं, में संरचनात्मक संक्रमणों और लिगैंड प्रभावों के पूर्वानुमान को सक्षम बनाता है।

Marciniak, A., Kozielewicz, P., Mitrovic, D., Delemotte, L.2026-06-30

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Collinearity of Decomposed Energy Terms in MM-GBSA Binding Free Energy Calculations

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि MM-GBSA बाइंडिंग फ्री एनर्जी गणनाओं में विघटित ऊर्जा पद स्वतंत्र होने के बजाय अत्यधिक कोलीनियर (सह-रैखिक) हैं, जो यह प्रकट करता है कि पृथक्करणीयता की पारंपरिक धारणाएं अमान्य हैं और अधिक सुदृढ़ भविष्य कहनेवाला मॉडलिंग के लिए सहसंबद्ध पदों को प्रभावी ध्रुवीय, गैर-ध्रुवीय और एंट्रॉपी योगदानों में संयोजित करने का आग्रह करता है।

Sevim, A., Kocak, A.2026-06-29

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Cryo-EM Structures of Apo, Agonist- and Antagonist-Bound Heteromeric Kainate Receptors

यह अध्ययन एपो (apo), एगोनिस्ट-बाउंड और एंटागोनिस्ट-बाउंड अवस्थाओं में हेटेरोमेरिक GluK2/GluK5 कायनेट रिसेप्टर्स की क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचनाएं प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि होमोमर्स की तुलना में हेटेरोटेट्रामर्स में कम कन्फर्मेशनल डायनामिक्स (conformational dynamics) होती है और यह प्रदर्शित करता है कि रिसेप्टर को पोर-ऑक्लूडेड (pore-occluded) कन्फर्मेशन में लॉक करने के लिए GluK2 को लक्षित करने की तुलना में UBP310 के साथ GluK5 सबयूनिट को लक्षित करना अधिक प्रभावी है।

Tajima, N., Zhou, C., Segura-Covarrubias, G., Hoffman, A. M.2026-06-27

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Emergent Tissue Rheology in a 3D Mechanically Adaptive Viscoelastic Cell Network Model

यह शोध पत्र एक 3D यांत्रिक रूप से अनुकूल विस्कोइलास्टिक सेल-नेटवर्क मॉडल प्रस्तुत करता है जो विविक्त एकल-कोशिका अंतःक्रियाओं और कनेक्शन पुनर्निर्माण को उभरते ऊतक-स्तर के रियोलॉजी से जोड़ता है, और प्रयोगात्मक माइक्रोपिपेट एस्पिरेशन और संपीड़न परीक्षणों के विरुद्ध स्वर्लिंग (swirling) और जैमिंग (jamming) जैसी जटिल घटनाओं को पुनरुत्पादित करने की अपनी क्षमता को सफलतापूर्वक प्रमाणित करता है।

Kidambi, V., Tomizawa, Y., Hoshino, K.2026-06-19

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Role of stereochemistry on electron transport in peptides

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ओलिगोपेप्टाइड्स में स्टीरियोकेमिकल संशोधन, टायरोसिन-आधारित अनुक्रमों में एरोमैटिक साइड-चेन स्टैकिंग और एलेनिन-आधारित अनुक्रमों में माध्यमिक संरचनात्मक विन्यासों को बदलकर इलेक्ट्रॉन परिवहन को महत्वपूर्ण रूप से नियंत्रित करते हैं, जो पेप्टाइड-आधारित इलेक्ट्रॉनिक सामग्रियों को डिजाइन करने के लिए नए मार्ग प्रदान करते हैं।

Samajdar, R., Chhabra, H., Meigooni, M., Yi, S., Liu, X., Wu, J. L., Tajkhorshid, E., Schroeder, C. M.2026-06-16

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A framework for the organization of microtubules in developing neurons

यह शोध पत्र एक एकीकृत वैचारिक ढांचे और जैव-भौतिक मॉडल का प्रस्ताव करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि कैसे ज्यामितीय प्रभाव, समानांतर प्रवर्धन और संसाधन-साझाकरण ध्रुवीकरण तंत्र सामूहिक रूप से उन विशिष्ट माइक्रोट्यूब्यूल अभिविन्यासों को स्थापित करते हैं जो विकसित होते न्यूरॉन्स में एक्सोन-डेंड्राइट विभेदन को परिभाषित करते हैं।

Nicolaou, K., Mulder, B. M., Kapitein, L. C., Berger, F.2026-06-16

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