🧬 biology

Geometric Representations of Knowledge Inside Biological Large Language Models: an Empirical Analysis

यह अनुभवजन्य अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि जैविक लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स (SCFMs) जैविक ज्ञान के लिए एक वास्तविक, निम्न-आयामी और आंशिक रूप से रैखिकीकृत ज्यामितीय संरचना को एनकोड करते हैं, यह संरचना मामूली है, अक्सर गैर-रैखिक रूप से उलझी हुई है, और काफी हद तक उस चीज़ के साथ ओवरलैप करती है जिसे शास्त्रीय अभिव्यक्ति-आधारित विधियाँ जैसे कि PCA पहले से ही पुनः प्राप्त कर सकती हैं, जो प्राकृतिक भाषा मॉडल्स में देखी गई स्पष्ट, नियमित ज्यामिति से कम है।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

An Empirical Comparison of Virtual Cell Models: Perturbation Prediction, Representation, and the Baseline Gap

यह शोध पत्र ग्यारह वर्चुअल सेल मॉडलों के एक एकीकृत बेंचमार्क को प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि जहाँ डीप लर्निंग दृष्टिकोण प्रतिनिधित्व कार्यों और संयोजी व्यवधान (combinatorial perturbation) भविष्यवाणी में बेसलाइन की तुलना में काफी बेहतर प्रदर्शन करते हैं, वहीं वे आम तौर पर अनदेखे एकल-जीन व्यवधानों की भविष्यवाणी करने में सरल रैखिक मॉडलों से आगे निकलने में विफल रहते हैं, जो यह सुझाव देता है कि क्षेत्र ने सेल स्टेट विश्लेषण के लिए एक वास्तविक "वर्चुअल सिम्युलेटर" के बजाय एक "वर्चुअल माइक्रोस्कोप" प्राप्त कर लिया है।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

Findings from Sparse Autoencoders for DNA Sequence Models: Motif Detectors, Reading-Frame Features, and the Scarcity of Regulatory Logic

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जबकि स्पार्स ऑटोएनकोडर्स (sparse autoencoders) डीएनए फाउंडेशन मॉडल्स से सीक्वेंस मोटिफ्स (sequence motifs) और रीडिंग फ्रेम्स (reading frames) जैसे मोनोसेमेंटिक (monosemantic), जैविक रूप से व्याख्या योग्य फीचर्स को प्रभावी ढंग से निकालते हैं, वे जटिल नियामक तर्क (complex regulatory logic) को कूटबद्ध करने वाले फीचर्स की एक महत्वपूर्ण कमी को भी प्रकट करते हैं, जो यह सुझाव देता है कि वर्तमान मॉडल्स एक जीनोमिक शब्दकोश (genomic dictionary) को कैप्चर करते हैं न कि एक व्याकरण इंजन (grammar engine) को।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

Information Entropy of Biological Data: An Empirical Analysis

यह शोध पत्र छह जैविक डेटा मोडैलिटीज़ (modalities) के माध्यम से एक एकीकृत अनुभवजन्य विश्लेषण प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि परिमित-नमूना पूर्वाग्रह (finite-sample bias) सूचना-सैद्धांतिक अनुमानों को गंभीर रूप से विकृत कर देता है, और यह तर्क देता है कि एन्ट्रॉपी (entropy) और पारस्परिक सूचना (mutual information) को एस्टिमेटर (estimator) और नमूना आकार निर्दिष्ट किए बिना रिपोर्ट करना अक्षम्य है, क्योंकि पूर्वाग्रह-सुधारित विधियाँ विशिष्ट जैविक संकेतों को प्रकट करती हैं और एन्ट्रॉपी के व्यवस्थित कम आकलन तथा सूचना सामग्री के अधिक आकलन को ठीक करती हैं।

Alexander Memming2026-07-22
🧬 biology

WITHDRAWN: MicroRNA-sequencing Analysis of Plasma-derived Exosomes Provides Novel Insights into the Disease Mechanism of Childhood Atopic Dermatitis

इस शोधपत्र को इसके लेखकों द्वारा एक संस्थागत प्रीप्रिंट नीति का अनुपालन करने के लिए वापस ले लिया गया है, और वे स्पष्ट रूप से अनुरोध करते हैं कि इस कार्य को उद्धृत न किया जाए।

Teng Zhu, Jing Sun, Jing Tian, Yuan Liang, Lin Ma2026-07-22
🧬 biology

Machine learning–derived exosome-related biomarkers for prostate cancer diagnosis and AKR1B1-centered functional characterization

यह अध्ययन मशीन लर्निंग का उपयोग करके प्रोस्टेट कैंसर के लिए एक सुदृढ़ आठ-जीन एक्सोसोम-संबंधित नैदानिक हस्ताक्षर की पहचान करता है, जिसमें विशेष रूप से ट्यूमर प्रतिरक्षा, चयापचय और संभावित दवा लक्ष्यीकरण से जुड़े एक आशाजनक बायोमार्कर के रूप में AKR1B1 के लक्षण वर्णन पर ध्यान केंद्रित किया गया है।

Junming Fu, Jian Chen, Chenjing Liu, Wenjun Ren, Chenguang Wu2026-07-22
🧬 biology

Comparative Bioactivity of Marine Macroalgae and Microalgae From the Brazilian Coast

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ब्राजीली समुद्री मैक्रोएल्गी (*Amansia multifida*, *Enantiocladia duperreyi*) और माइक्रोएल्गी (*Chaetoceros muelleri*, *Thalassiosira pseudonana*) के अर्क कम से मध्यम विषाक्तता के साथ महत्वपूर्ण रोगाणुरोधी और एंटीऑक्सीडेंट गतिविधियों का प्रदर्शन करते हैं, जो बायोप्रोस्पेक्टिंग के लिए बायोएक्टिव यौगिकों के स्रोत के रूप में उनकी क्षमता को उजागर करते हैं।

Arielle Araujo santod, Edson de Jesus Marques, Gabriel do Nascimento Santos, José Marcos de Castro Nunes, Edson Delgado (…)2026-07-22
🧬 biology

iPSC-Derived Myogenic Progenitor Cells from People with ME/CFS Reveal Altered Genes and Pathways with Drug Repurposing Potential

यह अध्ययन ME/CFS में अंतर्निहित ट्रांसक्रिप्टोमिक असामान्यताओं की पहचान करने के लिए रोगी-व्युत्पन्न iPSC मायोजेनिक प्रोजेनेटर कोशिकाओं का उपयोग करता है, जो डाउनरेगुलेटेड सेल साइकिल और इम्यून पाथवे के साथ-साथ अपरेगुलेटेड मेटाबॉलिक रीप्रोग्रामिंग को प्रकट करता है, जिससे आगे के चिकित्सीय सत्यापन के लिए 22 संभावित ड्रग रिपर्पजिंग उम्मीदवारों की पहचान हुई।

Dao Nguyen, Trang T. T. Truong, Bruna Panizzutti, Megan Ellis, Briana Spolding, CourtneySwinton, Chiara Cristina Bortola (…)2026-07-21
🧬 biology

Expression profiles of lncRNAs H19, SPRY4-IT1, and XIST and their association with IDO1 and TDO2 in breast cancer

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि स्तन कैंसर के रोगियों में lncRNAs H19, SPRY4-IT1, और XIST के अभिव्यक्ति स्तरों में महत्वपूर्ण परिवर्तन दिखाई देते हैं, साथ ही सीरम IDO1 और TDO2 की सांद्रता में वृद्धि होती है, जिनमें इन मार्करों के बीच विशिष्ट सहसंबंध इम्यून-मेटाबॉलिक डिसरेगुलेशन (प्रतिरक्षा-चयापचय संबंधी अनियमितता) में उनकी संयुक्त भूमिका और रोग की प्रगति के लिए संभावित बायोमार्कर के रूप में उनकी उपयोगिता का सुझाव देते हैं।

Ashraf A. Hassan, Neveen A. Hussein, Yousri A. Rostom, Rana M. Habib, Hend A. Nour, Hany A. Alkhadry2026-07-21
🧬 biology

MicroRNA-195: Bridging Peripheral Immune Dysfunction and Central White Matter Pathology in Schizophrenia

यह अध्ययन miR-195/EIF4E अक्ष को एक महत्वपूर्ण तंत्र के रूप में पहचानता है जो BDNF अनुवाद को विनियमित करके और संदर्भ-निर्भर इम्यूनोमॉड्यूलेटरी प्रभाव डालकर सिज़ोफ्रेनिया में परिधीय प्रतिरक्षा शिथिलता को केंद्रीय श्वेत द्रव्य विकृति से जोड़ता है।

Shujuan Pan, Wendi Zhang, Qianru Zhou, Xiaoyu Wang, Hu Deng, Leilei Wang, Junchao Huang, Song Chen, Zhiren Wan, Yunlong (…)2026-07-21