Gaussian Accelerated Molecular Dynamics in GROMACS
Questo articolo presenta la prima implementazione della dinamica molecolare accelerata Gaussiana (GaMD) abilitata da GPU in GROMACS 2025.4, dimostrando la sua efficacia per il campionamento potenziato del ripiegamento proteico e del legame dei ligandi attraverso il recupero riuscito dell'energia libera in quattro sistemi di benchmark senza richiedere variabili collettive predefinite.