🧬 biology

Proteomic profiling of formalin-fixed paraffin-embedded specimens reveals candidate intraoperative diagnostic biomarkers for Hirschsprung disease

Questo studio ha utilizzato il profilo proteomico di tessuti inclusi in paraffina e fissati in formalina per identificare quattro nuovi biomarcatori candidati (CTNNA2, EPDR1, NACAD e NCAM2) che sono espressi specificamente nelle regioni gangliari, offrendo strumenti promettenti per la diagnosi intraoperatoria della malattia di Hirschsprung.

Shigemitsu Kojima, Ayako Yamazaki, Masahito Yoshihara, Ryo Konno, Kenichiro Konishi, Shinya Takazawa, Akira Nishi, Jun F (…)2026-08-31
🧬 biology

Context-aware LLM extraction and controlled-vocabulary normalization of GEO transcriptomic sample metadata

Questo articolo presenta una pipeline di modelli linguistici di grandi dimensioni distribuibile localmente che estrae e normalizza metadati trascrizionali GEO non strutturati in etichette strutturate con vocabolario controllato per tessuto, condizione e trattamento, raggiungendo un'elevata accuratezza e superando significativamente i metodi di corrispondenza deterministici.

Mateusz Szczepaniak, Jonathan Wren2026-08-31
🧬 biology

Associations between bacteriome and chemical pollutants in indoor dust from Czech households

Questo studio analizza la polvere domestica di 88 nuclei familiari cechi per rivelare associazioni significative tra specifici generi batterici, come *Methylobacterium-Methylorubrum* e *Sphingomonas*, e vari inquinanti chimici quali IPA e PBDE, suggerendo che le interazioni tra contaminanti biologici e chimici possano alterare i rischi per la salute indoor, nonostante la necessità di ulteriori ricerche meccanicistiche per stabilire la causalità.

Klvanova Eva, Jan Böhm, Paula Marcinekova, Lisa Melymuk, Petr Kukacka, Petr Senk, Jakub Martinik, Petra Pribylova, Simon (…)2026-08-31
🧬 biology

Comprehensive Comparative Evaluation and Consensus Strategy for CRISPR/Cas9 gRNA Design Targeting the TaDREB1 Gene in Bread Wheat (Triticum aestivum)

Questo studio stabilisce una solida strategia di consenso per la progettazione di gRNA CRISPR/Cas9 nel frumento tenero confrontando cinque strumenti di predizione mirati al gene TaDREB1 per identificare una sequenza guida altamente affidabile e mettere in evidenza i limiti critici negli attuali output algoritmici.

Tarek Osama Mohamed Amin, Ghufran Siddiq2026-08-31
🧬 biology

A Computationally De-Risked CD47 Inhibitor for Glioblastoma

Questo studio presenta una pipeline di scoperta di farmaci guidata dal calcolo computazionale che ha identificato e ingegnerizzato una nuova proteina di cefalopode secreta, non-Fc, denominata AOA_UR2_F7P_M16C, come un potente inibitore di CD47 deimmunizzato con un alto potenziale per il trattamento del glioblastoma, evitando al contempo la tossicità ematologica e l'immunogenicità delle precedenti terapie anticorpali.

Timothy Payton2026-08-31
🧬 biology

Study on the mechanism of type 2 diabetes mellitus on tendon repair based on bioinformatics analysis combined with machine learning models

Questo studio integra la randomizzazione mendeliana, la bioinformatica e l'apprendimento automatico per stabilire un legame causale tra il diabete di tipo 2 e l'alterazione della riparazione tendinea, identificando MYL2, MYL3 e TTN come geni hub chiave che probabilmente interrompono la guarigione attraverso la disfunzione del citoscheletro e le alterazioni immunitarie mediate dai macrofagi.

Shulong Sun, Hua Li, Guanghui Li, Yan Li, Liubing Yang, Yujing Cao, Ji Li2026-08-31
🧬 biology

3D µEFPocket for Multimodal Communications with Brain Organoids

Questo articolo introduce il µEFPocket, un'interfaccia biologica microfluidica conforme e ultrasottile fabbricata in parylene C che consente la stimolazione simultanea, ad alta risoluzione spatiotemporale, chimica ed elettrica insieme alla registrazione ottica ed elettrica in organoidi cerebrali umani, superando così le sfide della complessità 3D per facilitare saggi funzionali multimodali e studi a circuito chiuso.

Yihang Wang, Miguel Cuevas, Zhihan Zhang, Gooyoon Chung, Jingze Zhang, Yilan Yin, Qianzhi Luo, Will Lipman, Josh Henders (…)2026-08-31
🧬 biology

Exploration of Evolutionary Dynamics and Genomic Architecture in Acinetobacter baumannii

Questo studio integra analisi del pan-genoma, filogenomiche e composizionali per rivelare che il lignaggio ST2 di *Acinetobacter baumannii*, dominante a livello globale, si affida a un'architettura genomica aperta in cui i geni della resistenza antimicrobica acquisiti orizzontalmente sono mantenuti stabilmente all'interno di isole genomiche, sottolineando la critica necessità di una sorveglianza genomica completa attraverso cromosomi, plasmidi e fag *** *Note: In Italian, "fagi" (plural of phage) is often used, but "fagi" or "batteriofagi" is the standard term. I have provided the direct translation.* **Corrected single sentence version:** Questo studio integra analisi del pan-genoma, filogenomiche e composizionali per rivelare che il lignaggio ST2 di *Acinetobacter baumannii*, dominante a livello globale, si affida a un'architettura genomica aperta in cui i geni della resistenza antimicrobica acquisiti orizzontalmente sono mantenuti stabilmente all'interno di isole genomiche, sottolineando la critica necessità di una sorveglianza genomica completa attraverso cromosomi, plasmidi e fagi.

Rhythm Sharma, Dinesh Lakhanpal2026-08-31