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🧬 biology

Long-read RNA-seq resolves isoform-level and context-specific regulatory architecture of complex traits in cattle

Questo studio sfrutta dati di RNA-seq a lettura lunga su scala di popolazione e dati multi-omici da 432 vacche da latte per costruire un atlante trascrizionale bovino completo, rivelando migliaia di nuove isoforme e varianti regolatorie contestuali che migliorano significativamente la risoluzione della genetica dei tratti complessi e colmano il vuoto della "regolazione mancante" lasciato dai metodi tradizionali a lettura breve.

Lingzhao Fang, Weijie Zheng, Qi Zhang, Jinfeng He, Xiaoning Zhu, Mian Gong, Houcheng Li, Lin Liu, Jianbin Li, Zhu Ma, Bo (…)2026-08-31
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Valorization of Shrimp Shell Waste: Crude Protease-Assisted Astaxanthin Extraction Using Bacillus cereus XT-1 and Functional Gene Analysis

Questo studio dimostra che *Bacillus cereus* XT-1, che sovraregola il gene *nprC* per produrre una chiave proteasi neutra da 35 kDa, funge da agente biologico efficiente e sostenibile per l'estrazione di astaxantina ad alta resa e stabile dai residui di gusci di gambero con un'attività antiossidante potenziata.

Xiaoxi Zeng, Lan Yu, Cheng Zhang, Keting Lei, Xuan Li, Yongjian Shao, Lingzhi Chen, Yang Fang, Jie Liu, Liang Ma2026-08-30
🧬 biology

Symbiodiniaceae shifts in the corals Acropora cf. solitaryensis and A. aff. divaricata at the climate-driven poleward margin

Questo studio dimostra che, mentre le popolazioni in espansione di *Acropora cf. solitaryensis* e *A. aff. divaricata* al loro margine verso il polo guidato dal clima mantengono un'elevata diversità genetica dell'ospite e connettività, esse esibiscono assemblaggi distinti di Symbiodiniaceae caratterizzati da uno spostamento dai simbionti della radiazione C3 alla radiazione C1, probabilmente guidato da temperature dell'acqua di mare più basse.

Nina Yasuda, Akifumi Shimura, Masumi Kamata, Hiroki Taninaka, Kenji Takata, Takashi Nakamura, Akira Iguchi, Takehisa Yam (…)2026-08-30
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Sexual evolution in plants: genetic network co-option and reproductive innovation

Questa recensione propone un quadro evolutivo integrativo che dimostra come la riproduzione sessuata delle piante, originatasi nelle alghe verdi ancestrali oltre un miliardo di anni fa, si sia diversificata attraverso le linee terrestri mediante l'iterativa cooptazione, duplicazione e riconfigurazione di moduli genetici conservati, quali i fattori di trascrizione MADS-box e i sistemi ormonali.

Vladimir Brukhin2026-08-30
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A Two-step Feature Selection Framework for Computationally Efficient Machine Learning on Genome-wide SNP Data

Questo articolo propone un framework di selezione delle caratteristiche in due fasi che combina il filtraggio rigido basato sulla varianza con XGBoost per ridurre 61 milioni di SNP a un sottoinsieme computazionalmente trattabile, consentendo una previsione efficiente dell'origine geografica basata sull'apprendimento automatico su dataset genomici su larga scala senza requisiti di risorse proibitivi.

Jinhyun Kim, Seungjun Lee, Daewon Lee, Seo Woo Song, Cheolheon Park, Huiran Yeom2026-08-30
🧬 biology

Type IV Collagen-Enriched 3D Extracellular Matrix Niche Enhances Proliferation and Preserves Phenotype in Primary Mouse Hepatocytes

Questo studio dimostra che una nicchia di matrice extracellulare 3D arricchita in collagene di tipo IV preserva efficacemente il fenotipo maturo e la proliferazione stabile degli epatociti primari di topo durante periodi di coltura prolungati, prevenendo al contempo la metaplasia biliare tipicamente indotta da substrati convenzionali come il Matrigel.

Yusuke Murasawa2026-08-29
🧬 biology

Preclinical evaluation of a novel multiplex ddPCR assay for detecting tetracycline resistance and differentiating Ureaplasma species

Questo studio ha sviluppato e validato un saggio ddPCR multiplex altamente sensibile, specifico e riproducibile, capace di quantificare simultaneamente i geni di resistenza alla tetraciclina (tetM e int-Tn) e di differenziare tra Ureaplasma urealyticum e Ureaplasma parvum per guidare strategie di trattamento clinico ottimali.

Lihong Zhao, Yuanyuan Jiang, Yulong Zong, Ruiying Li, Hui Zhang, Jin Wang, Zhe Li2026-08-29
🧬 biology

Locus-resolved reconstruction of the pig UGT family reveals an isoform-collapse artifact in frozen ESM-2 retrieval

Questo studio ricostruisce la famiglia genica UGT del suino per rivelare che, sebbene gli embedding ESM-2 congelati migliorino il ranking di specifiche isoforme proteiche, essi non superano i metodi tradizionali di ricerca di sequenza nel recupero di geni aggiuntivi una volta che la valutazione viene standardizzata a livello di locus, esponendo così un artefatto di risoluzione delle isoforme nei precedenti benchmark.

Xiaotong Zhao¹, Hua Chang², Zhuoyu Zhao¹, Xun Xiang¹2026-08-29
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Balancing Protein Expression and Minicell Yield in E. coliNissle 1917 via RBS Engineering

Questo studio dimostra che l'ingegnerizzazione della forza del sito di legame del ribosoma (RBS) in minicellule di *E. coli* Nissle 1917 consente di bilanciare con precisione i livelli di espressione delle proteine ricombinanti e la resa delle minicellule, rivelando che, sebbene un'espressione più elevata riduca la produzione a causa del carico metabolico, le minicellule forniscono un ambiente superiore per mantenere la solubilità proteica.

Yao Ruan, Honglei Xie, Yan Niu, Tian Liu, Xi Shen, Mingxia Zhang, Shengping Lei, Jun Yu2026-08-29