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🧬 biology

SSR marker-based genetic diversity and population structure of large-leaf tea germplasm across four major tea-producing regions of Yunnan, China

Questo studio ha utilizzato marcatori SSR per analizzare 216 accessioni di tè a foglia larga provenienti da quattro regioni dello Yunnan, rivelando un'abbondante diversità genetica principalmente all'interno delle popolazioni e una debole differenziazione regionale guidata da un esteso flusso genico e scambi storici, fornendo così una base per futuri sforzi di conservazione e miglioramento genetico.

Qihuan Ding, Wuxiang Fu, Ning Chi, Jianmei Su, Shanshan Wu, Zhanxia Ma2026-07-01
🧬 biology

GcQCR7 Mediates Pathogenicity via Maintaining Cell Wall Integrity and Enhancing Oxidative Stress Tolerance in Glomerella cingulata

Questo studio dimostra che la subunità mitocondriale GcQCR7 è essenziale per la patogenicità di *Glomerella cingulata* mantenendo l'integrità della parete cellulare, il metabolismo energetico e la tolleranza allo stress ossidativo, identificandola così come un nuovo bersaglio per la gestione della maculatura fogliare da *Glomerella* nella produzione di mele.

Mingjuan Yang, Xinyue Cui, Shan Zhang, Fang Wang, Weichao Ren, Pingliang Li, Na Liu, Baohua Li, Chengying Jiang, Sen Lia (…)2026-07-01
🧬 biology

Mechanosensing at the endoplasmic reticulum by IRE1

Questo studio identifica il reticolo endoplasmatico come un organello meccanosensibile autonomo in cui la proteina transmembrana IRE1 rileva direttamente la tensione di membrana per innescare la segnalazione JNK e potenziare la sintesi proteica globale, collegando così le forze meccaniche all'adattamento muscolare indipendentemente dal suo ruolo canonico nella risposta alle proteine ripiegate in modo errato.

Hesso Farhan, Michaela Mayr, Luiz Garcia-Souza, Murphy McDermott, Utku Horzum, Yannick Frey, Margot Haun, Stephan Geley (…)2026-07-01
🧬 biology

Transglutaminase 2 contributes to the blood clotting cascade

Questo studio mette in discussione la visione di lunga data secondo cui il Fattore XIIIa sia l'unica transglutaminasi responsabile della stabilizzazione del coagulo, dimostrando che anche la transglutaminasi tissutale (TG2) svolge un ruolo significativo nel rinforzare i coaguli di sangue e nel ridurre la fibrinolisi.

Gerry Melino, Mauro Piacentini, N Mutch, Alessandro Mauriello, Manuel Scimeca, Mara Mancini, Valerio Da Ros, Francesco B (…)2026-07-01
🧬 biology

Shotgun-NF: A reproducible Nextflow pipeline for end-to-end shotgun metagenomics analysis

Shotgun-NF è una pipeline Nextflow portatile, modulare e riproducibile che unifica una suite completa di strumenti per l'analisi metagenomica shotgun end-to-end, dai dati di sequenziamento grezzi fino a approfondimenti comparativi a livello di ceppo, garantendo al contempo la coerenza dell'esecuzione attraverso diversi ambienti computazionali mediante la containerizzazione e il tracciamento automatizzato della provenienza.

Fereshteh Izadi, Sepideh Mofidifar, Emily A. Wasson, Carla S. Möller-Levet, André P. Gerber2026-07-01
🧬 biology

Predicting Microbiologically Influenced Corrosion Risk from Quorum Sensing Biofilm Community Features: A Random Forest-SHAP Approach

Questo studio introduce un framework di machine learning Random Forest-SHAP che predice con successo il rischio di corrosione influenzata microbiologicamente integrando nuove caratteristiche della comunità di biofilm legate al quorum sensing con i tradizionali parametri ambientali e microbici, raggiungendo un punteggio F1 di 0,762 e dimostrando il valore predittivo dei segnali di comunicazione batterica nella valutazione della corrosione.

Bipul Bhattarai, Naina Maharajan, Sulav Dahal2026-07-01
🧬 biology

AI-Based Pipeline for Vascularization Detection in Histological Images; low-cost solution Using Moderate Computing Resources

Questo articolo presenta una pipeline di IA a basso costo e intuitiva che combina un semplice processamento delle immagini con un metodo di ricerca di somiglianza interattivo e auto-apprendente per consentire ai patologi di rilevare rapidamente e accuratamente la vascolarizzazione nelle immagini istologiche utilizzando risorse computazionali modeste e una minima etichettatura manuale.

Jan Žídek, Bretislav Lipový, Veronika Pavliňáková, Martin Knoz, Jakub Holoubek, David Izsák, Vladimir Váňa, Jan Herudek (…)2026-07-01
🧬 biology

Ecological Inference Is Structured Empirical Risk Minimization: Generalization Across Space, Nested Units, and Niche Support

Questo articolo sostiene che il frequente fallimento dei modelli geografici nel generalizzare tra i siti derivi da un fondamentale disallineamento dell'estimando nei dati di indagine nidificati, dimostrando che l'inferenza ecologica è strutturalmente equivalente alla minimizzazione del rischio empirico sotto la generalizzazione del dominio e richiedendo una validazione di holdout a livello di popolazione piuttosto che la standard validazione incrociata a livello individuale per garantire un trasferimento spaziale affidabile.

R. Craig Stillwell2026-07-01
🧬 biology

BioGPT-ClinVar: Parameter-Efficient Fine-Tuning of a Biomedical LLM for Genomic Variant Interpretation

Questo studio presenta BioGPT-ClinVar, un framework di fine-tuning parametricamente efficiente che utilizza la Low-Rank Adaptation (LoRA) per adattare il modello BioGPT da 150 milioni di parametri all'interpretazione delle varianti genomiche, dimostrando una convergenza efficace su un dataset ClinVar curato e fornendo al contempo una pipeline open-source e riproducibile per future applicazioni cliniche e di sorveglianza.

Sepideh Moafi2026-07-01