Sex-biased gene expression shapes sex differences in gene essentiality
この研究は、CRISPR スクリーニングとトランスクリプトーム解析を統合し、性差のある遺伝子発現が必ずしも性差のある遺伝子必須性（細胞生存への依存度）を決定する主要な要因ではなく、特に X 染色体において発現に依存しない直接的な性差や染色体用量効果が支配的であることを明らかにしました。
💻 Category
bioinformatics
1235 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Beyond Structure and Affinity: Context-Dependent Signals for de novo Binder Success
本研究は、構造や親和性に基づく評価だけでは予測できない新規タンパク質結合体の成否を、自然タンパク質から学習した生物学的シグナル（凝集性、PTM サイト密度、トポロジーなど）を用いた多層的かつ文脈依存型の分析によって特定し、合成前の候補選別におけるヒット率を大幅に向上させることを示しています。
Decoding Single-Cell Omics of Perturbation Responses Using DeSCOPE
遺伝的摂動に対する細胞応答を予測する新たな軽量条件付き変分オートエンコーダー「DeSCOPE」を開発し、未知の遺伝子や細胞タイプ、さらには多遺伝子組み合わせ摂動に対する高い汎用性と精度を実証することで、遺伝子制御ネットワークの解明や治療標的の設計を支援する汎用的なマルチモーダル仮想細胞モデルを提案した。
π-MSNet: A billion-scale, AI-ready living proteomics data portal
本論文は、16 億以上の MS/MS スペクトルを含む大規模かつ高品質な生きたプロテオミクスデータポータル「π-MSNet」を提案し、一貫した品質管理と AI 対応データロード機能を通じて深層学習モデルの性能向上とプロテオミクス分野における AI 革新を加速させることを示しています。
Differential co-localisation analysis of multi-sample and multi-condition experiments with spatialFDA
空間オミクスデータにおける細胞の共局在パターンを複数の条件間で比較・解析するための新しいフレームワーク「spatialFDA」が開発され、シミュレーションおよび実データ（1 型糖尿病）を用いた検証によりその有効性が示されました。
Beyond single markers: bacterial synergies identified by Multidimensional Feature Selection reveal conserved microbiome disease signatures
この論文は、単一マーカーの分析では見逃されてきた微生物間の共起シナジーを特定する新しい多次元特徴選択フレームワークを開発し、大腸がんを含む多様な疾患において、個々の微生物よりもはるかに強力かつ再現性のある疾患バイオマーカーを同定したことを報告しています。
Predicting Antibody Self-Association with Sequence Structure Fusion Models: The Central Role of CSI-BLI in Early Developability Screening
本論文では、抗体の自己会合を予測するために配列と構造情報を融合した深層学習モデルと解釈可能な物理化学的モデルを開発し、これらが CSI-BLI assay を用いた早期開発性スクリーニングにおいて、高粘度や体内クリアランスの予測に有効であることを示しました。
PepHammer - a lightweight web-based tool for bioactive peptide matching and identification
本論文は、大規模なペプチドミクスデータセットから特定の生物学的・臨床的関心に沿ったバイオ活性ペプチドを効率的に同定・探索することを可能にする軽量な Web ツール「PepHammer」を提案し、その有用性をヒト母乳ペプチドミクスの事例を通じて実証している。
Testing and Estimating Causal Treatment Effect Heterogeneity in Observational Studies via Revised Deep Semiparametric Regression: A Lung Transplant Case Study
この論文は、深層半パラメトリック回帰に基づく「deepHTL」という分析枠組みを開発し、大規模な肺移植レジストリデータを用いて、患者の特性に応じた片肺移植と両肺移植の因果効果の異質性を統計的に検証・推定することで、臓器配分における患者選択の科学的根拠を提供するものである。
Genomic characterization of Escherichia coli and Enterobacter hormaechei clinical isolates from a tertiary healthcare facility in Kenya
ケニアの医療施設から分離された多剤耐性大腸菌と Enterobacter hormaechei のゲノム解析により、特定の系統型や抗生物質耐性遺伝子（blaCTX-M、blaACT など）の存在が確認されたもののカルバペネム耐性遺伝子は検出されず、環境由来のプラスミドを介した耐性遺伝子の水平伝播のリスクが示唆されました。