Protein inverse folding through joint modeling of surface and backbone geometry
この論文は、タンパク質表面の幾何学情報を骨格構造と統合してモデル化する「Surleton」という逆フォールディングフレームワークを提案し、特に表面に露出したアミノ酸残基の予測精度を向上させることで、タンパク質逆フォールディングの性能を高めることを示しています。
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bioinformatics
766 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
A phylogenetic approach reveals evolutionary aspects and novel genes of bradyzoite conversion in Toxoplasma gondii
本論文は、系統解析を用いてトキソプラズマの緩慢期（ブラディゾイト）分化に関与するタンパク質を同定し、この過程が高度に保存された経路と、胞子形成寄生虫に特異的な新規経路の両方によって制御されていることを明らかにした。
HMCVelo: A Deterministic Model for Hydroxymethylation Velocity in Single Cells
本研究は、単細胞レベルのヒドロキシメチル化とメチル化の同時計測技術を活用し、DNA メチル化動態を初めて記述する決定論的モデル「HMCVelo」を提案し、従来の RNA ベロシティ法を上回る精度で細胞軌跡を推定可能にしたことを報告しています。
Closed-Loop Multi-Objective Optimization for Receptor-Selective Cell-Penetrating Peptide Design
本研究は、受容体ごとの結合スコアを明示的な目的関数として多目的最適化問題に組み込んだクローズドループ型計算フレームワークを開発し、CXCR4 と NRP1 に対して選択的な相互作用プロファイルを持つ細胞透過ペプチドの設計を成功させたことを示しています。
ProNA3D: Distance-Based Analysis of Nucleic Acid-Containing Interfaces
ProNA3D は、実験構造および AI 予測モデルを含むタンパク質 - 核酸複合体の界面を距離ベースで統合的に分析・可視化し、機能的洞察や Cryo-EM 密度マップとの統合解析を可能にする新しいツールです。
Epigenetically constrained astrocyte states underlie prefrontal cortex vulnerability in Down syndrome associated Alzheimer disease
この研究は、ダウン症候群関連アルツハイマー病において前頭前野の基底星膠細胞がエピジェネティックな制約によりストレス応答能力を失い、これが神経変性の脆弱性の主要な要因であることを明らかにした。
3D Reconstruction of Nanoparticle Distribution in Tumor Spheroids with Volume Electron Microscopy
本研究は、腫瘍球内のナノ粒子分布と細胞構造を同時に定量化するエンドツーエンドの解析パイプラインを提案し、ハイブリッドセグメンテーション戦略を用いた 3 次元再構成によりナノ粒子の核周集積や細胞形態の定量的評価を可能にした。
Genome-wide identification and characterization of the NAC transcription factor family in Cynodon dactylon and their expression during abiotic stresses
本論文は、耐環境ストレス性の高い芝草であるヒメクサギ（Cynodon dactylon）のゲノムから NAC 転写因子ファミリーを網羅的に同定・分類し、その組織特異的発現と乾燥・高温・塩・冠水などの非生物的ストレスに対する応答性を解明することで、ストレス耐性品種の育種に向けた基盤を確立したものである。
Mutation-induced biophysical destabilization as a key contributor to cancer-driving potential in the human structural protein interactome
本研究は、がん関連変異がタンパク質の折りたたみ安定性や結合安定性を低下させる生物物理的破綻が、がん駆動能の主要な要因であることを示すとともに、がん駆動遺伝子における変異が全がんゲノムにわたる変異よりも構造的・機能的な影響が大きいことを明らかにした。
Single-cell hit calling in high-content imaging screens with Buscar
本研究は、従来の集計統計に依存する手法の限界を克服し、単一細胞レベルの形態的多様性を活用して化合物の効能と特異性を同時に定量化する新しいヒットコール法「Buscar」を開発し、その心筋線維芽細胞、MitoCheck、CPJUMP1 の 3 つのデータセットにおける再現性と有効性を実証したことを報告しています。