Impact of Regularization Methods and Outlier Removal on Unsupervised Sample Classification
本研究は、高含量アッセイにおける非反復的なバッチ効果や外れ値の除去が分類結果にほとんど影響を与えないことを示し、これらのアッセイの品質指標として反復性のみに依存することの限界と、分類パターンが技術的要因に左右されにくいという実証的知見を提示しています。
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bioinformatics
1235 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
MTB-KB: A Curated Knowledgebase of Mycobacterium tuberculosis Related Studies
本論文は、結核研究の知識を統合し、対話型ナレッジグラフや検索機能を備えた包括的なデータベース「MTB-KB」を構築・公開し、結核の予防・診断・治療および根絶に向けた研究と政策決定を支援するものであると述べています。
Structure-Based and Stability-Validated Prioritization of BACE1 Inhibitors Integrating Meta-Ensemble QSAR and Molecular Dynamics
本論文は、メタアンサンブル QSAR、構造ベースドッキング、ESM-1b によるハイブリッド相互作用重み付け、および分子動力学シミュレーションを統合した堅牢な計算フレームワークを開発し、アルツハイマー病治療標的である BACE1 に対して BBB 透過性と安定な結合特性を兼ね備えた新規リード化合物を特定したことを報告しています。
TCMCard: A High-Confidence Digital Infrastructure for Traditional Chinese Medicine Quantified by Multi-Dimensional Evidence Integration
本論文は、実験データ、文献、構造類似性を統合する多面的証拠統合フレームワークに基づき、低信頼性のノイズを大幅に排除して伝統中国医学の多成分・多標的メカニズムを解明するための高信頼性デジタル基盤「TCMCard」を提案し、対話型可視化プラットフォームを通じて方剤の相乗作用に関する洞察を提供するものである。
Generating, curating, and evaluating trnL reference sequence databases: Benchmarking OBITools3/ecoPCR, RESCRIPt, and MetaCurator
本論文は、植物の DNA メタバーコーディングに不可欠な trnL 参照配列データベースの生成と評価を目的として、OBITools3/ecoPCR、RESCRIPt、MetaCurator の 3 つのツールを比較し、各 trnL 領域（CD、CH、GH）における分類性能を評価した結果、ツールや領域によって最適な選択が異なることを示し、高品質なデータベースと解析ワークフローを公開したものである。
MHCXGraph: A Graph-Based approach to detecting T cell receptor cross-reactivity
本研究では、配列類似性を超えた保存された構造的決定因子を特定し、T 細胞受容体の交差反応性を検出するために、pMHC 複合体の構造情報をグラフベースの分析と統合した新しい計算手法「MHCXGraph」を提案し、その有効性と実用性を検証しました。
Synolog: A Scalable Synteny-Based Framework for Genome Architecture Characterization
本論文は、複数の生物種におけるゲノムアーキテクチャの特性を大規模かつ効率的に解析するための新しいバイオインフォマティクスツール「Synolog」を開発し、その直交群同定や相同性クラスター特定などの機能を用いて、カメ類の遺伝子拡大やメタゾアの進化、硬骨魚類の染色体レベルアセンブリ再構築などの実例を示し、配列類似性のみに基づく手法との比較を通じて相同性に基づくアプローチの利点を論じている。
PERREO: An integrated pipeline for repetitive elements analysis enables the repeatome expression profiling in cancer
本論文は、がんを含む多様な生物学的文脈における反復配列の発現解析を可能にするため、標準的な RNA-seq パイプラインの限界を克服し、短・長リード両方のシーケンスデータに対応した包括的で使いやすいツール「PERREO」を開発し、その有効性を細胞株、腫瘍組織、液体生検データで実証したことを報告しています。
Deep learning enables direct HLA typing from immunopeptidomics data
本研究では、深層学習を用いて免疫ペプチドミクスデータから直接 HLA タイピングを可能にする新しい予測ツール「Immunotype」を開発し、多様な組織においてタンパク質レベルで 87.2% の精度を達成したことを報告しています。
Benchmarking ambient RNA removal across droplet and well-plate platforms reveals artificial count generation as a critical failure mode of scAR and CellClear
本論文は、複数の実験プラットフォームにわたるシステマティックなベンチマークを通じて、scAR や CellClear が人工的なカウントを生成してカウント行列の整合性を損なう重大な欠陥を持つ一方、CellBender や SoupX が信頼性の高い結果を示すことを明らかにし、環境 RNA 除去ツールの選定において除去感度だけでなくカウント行列の整合性を重視すべきであると結論付けています。