419 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
本研究は、AFSample2、ESMFlow-PDB、ESMFlow-MD の 3 つの AI ツールから生成された異なるタンパク質構造アンサンブルを、重み付きアンサンブル（WE）シミュレーションと RiteWeight（RW）アルゴリズムという 2 段階の物理ベース手法を用いて再重み付けし、特定の力場に対して一貫した平衡状態のアンサンブルへと統一する計算手法を提案し、その有効性をアデニル酸キナーゼの例で実証したものである。
本論文は、複数の実験的に解かれたコンフォメーション状態を持つタンパク質を対象とした評価において、MSA（多重配列アラインメント）の攪乱手法を適用することで、AlphaFold3 が従来モデルや BioEmu と同等以上の性能でタンパク質の多様な状態をサンプリングできることを示しました。
本論文は、SARS-CoV-2 に対する広域中和抗体が、変異に耐性のある「最小フラストレーション（エネルギー的安定性）」コアと変異を許容する「中立フラストレーション」領域というエネルギー論的配分戦略を用いて進化の制約を受ける保存エピトープを標的とし、これにより免疫逃避を回避する分子メカニズムを解明したものである。
本論文は、既存のイオン力場パラメータを OPC 水モデルに直接転用することの限界を明らかにし、単イオンおよびイオン対の性質を実験値と整合させるために、カチオンとアニオンのパラメータを最適に組み合わせた新しい力場「MS/G-LB(OPC)」を提案しています。
本研究は、クロマチン接触データの標準的な前処理手法に存在するバイアスを特定し、統計的に整合性のある新たな前処理フレームワークと深層学習モデル「CCUT」を開発することで、ポリマー物理学に基づく物理的に解釈可能なゲノム構造の再構築と実験データおよび物理モデル間の定量的な比較を可能にしたことを示しています。
この論文は、転写因子 YY1 が濃度依存的に異なる相互作用機構（液状の動的な結合と固状の架橋）を介して、それぞれ異なる機械的特性を持つ DNA コンデンセートを形成し、それがクロマチンの材料状態とゲノム調節を制御することを、単一分子イメージングにより明らかにしたものである。
この論文は、多発性硬化症の再髄鞘化を促進する化合物 CN045 が M1 型ムスカリン受容体と H3 型ヒスタミン受容体にどのように結合するかを分子動力学シミュレーションなどを通じて解明し、特に M1 受容体との安定な結合様式とリガンド特異的な構造変化のメカニズムを明らかにしたものである。
本研究では、酸性条件下でのクライオ電子顕微鏡解析により、カルシウム存在下で閉鎖状態を示すバクテリア性リガンド開口型イオンチャネル DeCLIC の、以前に報告されていなかった拡張された孔径を持つ機能的な開口状態の構造を解明し、カルシウム結合部位と N 末端ドメインの動的特性がチャネルの閉鎖を駆動するメカニズムを提案しました。
この論文は、SARS-CoV-2 のようなウイルスの進化を先回りして抑制し、脱出変異を事前に封じ込めるための、抗体群を設計してウイルスの生物物理学的適応度景観を意図的に再構築する新しい手法「生物物理学的適応度景観設計（FLD）」を提案している。
本研究は、質量フォトメトリーを用いて、PD-1 と VEGF の両方を標的とする二重特異性抗体イボネシマブが、VEGF によって主に 2:2 の化学量論で二量体を形成し、PD-1 との結合において特定の親和性特性を示すことを明らかにした。