⚛️ biophysics
Light Martini water accelerates sampling in coarse-grained molecular dynamics simulations
著者らは、ビーズの質量を減少させた低粘度の水モデルである「ライトMartini水」を導入しており、これは平衡特性やシミュレーションの精度を維持しつつ、天然変性タンパク質や脂質二重層の粗視化分子動力学シミュレーションにおけるサンプリング速度を大幅に加速させるものである。
⚛️ Category
biophysics
412 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
⚛️ biophysics
Self-Supervised Discovery of Discrete Local States in Noisy Image Sequences
本論文は、あらかじめ定義されたテンプレートやクリーンなターゲットを必要とせずに、ノイズを含む画像シーケンスを、反復的な局所状態とその時空間的関係からなる離散的な語彙へとマッピングする自己教師あり学習フレームワークを導入し、合成データ、ベンチマーク、および生物学的データにおいて解釈可能な構造の復元に成功している。
⚛️ biophysics
Expansion of DNA-Encoded Library Hits Using Generative Chemistry and Ultra-Large Compound Catalogs
本論文は、実験的に検証されたDNAコード化ライブラリ（DEL）データと生成AIおよび超大規模化合物カタログを組み合わせた相乗的な手法を提示するものであり、これにより初期ヒット化合物から多様でドラッグライクかつ市販可能な化合物へと迅速に拡張することに成功し、元のDEL選択と比較して特性が向上した新規53BP1阻害剤を同定した。
⚛️ biophysics
FRET-guided integrative modeling resolves Mg2+-dependent RNA tertiary-contact formation
本研究は、smFRETを用いた統合モデリングを用いることで、生理的な塩濃度において、Mg2+依存的なGAAAテトラループ–レセプターRNA三次接触の形成が、結合状態と非結合状態の不均一な平衡状態を伴うことを示し、静的な高分解能構造では捉えきれない動的なコンフォメーション・アンサンブルを明らかにしている。
⚛️ biophysics
A Bottom-Up Platform for Quantitative Single-ParticleTracking Through Bacterial Biofilm Mimics
本論文は、高速SlimVar顕微鏡と量子ドットプローブを用いたボトムアップ的な手法の枠組みを提示し、定義された最小限のバイオフィルム模倣体内における分子輸送を定量的に測定することで、複雑な天然バイオフィルム環境における粒子の追跡に伴う光学および分析上の課題を克服するモジュール式のワークフローを確立するものである。
⚛️ biophysics
The hearing-essential intracellular domain of PCDH15 reveals a new layer of auditory mechanotransduction
本研究は、聴覚に不可欠なPCDH15 CD2の細胞内ドメインが、本質的に無秩序で拡張した酸性ポリアンフォライトであり、その生物物理学的特性は、聴覚メカノトランスダクションにおける力伝達および適応に寄与する可能性のある、機械的応答性の構造要素として機能することを示唆していることを明らかにしている。
⚛️ biophysics
The Rossmann2x2 Fold Attains its Native Structure Via a Defined Pathway of Sequential and Cooperative Folding Units
この単一分子力学分光法による研究は、Rossmann2x2フォールドタンパク質（Ross）が、自律的に折り畳まれる一次ユニットがその後の依存的な二次ユニットの組織化を導くことから始まる、離散的な協同的折り畳み単位（フォルドン）が逐次的に組み立てられる厳密かつ可逆的な経路を経て、その天然構造に到達することを明らかにしている。
⚛️ biophysics
Fully Two-Photon-Driven RESOLFT Microscopy for Super-Resolution Imaging inside Tissue
本論文は、二光子励起と可逆的なフォトスイッチングを利用して、組織深部において205 nmの超解像イメージングを実現する2P-RESOLFT顕微鏡法を紹介しており、膵偽島における未観察の膜突起の検出に成功している。
⚛️ biophysics
The CAHRA Challenge: A Community-Wide Assessment of Cryo-EM Heterogeneous Reconstruction Algorithms
本論文は、組成の不均一性、連続的な構造変化、およびポーズとコンフォメーションの絡み合いに対処する3つの新規ベンチマークデータセットを用いて、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）の不均一性解析手法を評価するために設計されたチャレンジである、2026年コミュニティ全体における不均一再構成アルゴリズム評価（CAHRA）を紹介するものである。
⚛️ biophysics
Lipid tail chemistry regulates selective membrane interactions with model DNA nanoprobes and DNA-based coacervates
本研究は、脂質膜におけるアシル鎖の化学的性質（鎖長および不飽和度）が、パッキング、流動性、表面電荷といった生物物理学的特性を制御し、それによってDNAナノプローブやコアセルベートとの選択的な相互作用を支配していることを明らかにしており、これにより膜と生物分子の界面を設計するためのメカニズム的枠組みを提供する。