Contrasting population structures coexist in a strain-resolved estuarine microbiome
本論文は、メタゲノムアセンブリから得られた解像度の高いデータを用いて、単一の環境サンプル内で捕食圧による頻度依存選択と周期的選択という対照的な進化戦略が同時に共存していることを初めて実証し、10 年にわたる Pelagibacter 完全ゲノムの獲得への挑戦に画期的な成果をもたらした。
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microbiology
816 件の論文
Body-wrapping anterior flagella drive ultrafast swimming in bacterial zoospores
本論文は、Actinoplanes missouriensis の遊走子が、従来の後部鞭毛束とは異なり、体幹を巻き付くように配置された多数の鞭毛が同期して回転することで、微生物史上最高レベルの相対速度（約 500 体長/秒）を実現する新たな遊泳メカニズムを解明したことを報告しています。
Gardnerella fastidiominuta sp. nov. isolated from the female urinary microbiome
女性泌尿器微生物叢から単離された菌株 CCPDSM が、ゲノムおよび表現型の多角的解析に基づき、新種「Gardnerella fastidiominuta」として提案されました。
A replication-centered phylogeny illuminates the evolutionary landscape of bacterial plasmids
本研究は、PInc と呼ばれる実験的に裏付けられた複製開始タンパク質（RIP）に基づく分類枠組みを確立し、その保存されたウィングドヘリックス領域を用いて大規模な系統解析を行うことで、従来の宿主偏りを超えた細菌プラスミドの進化史と多様性を包括的に解明しました。
Nucleobase Methylation Enhances SARS-CoV-2 Chain Terminator Evasion of Exonuclease Proofreading
本論文は、SARS-CoV-2 の校正機能を持つエキソヌクレアーゼ nsp14 による切除を回避しつつ RNA 鎖を効果的に停止させる 5-メチル -3'-dUTP という新規ヌクレオシドアナログを同定し、その分子メカニズムを解明することで、次世代の抗ウイルス薬開発の指針を提供したことを示しています。
A Droplet Digital PCR Assay for Quantification of Bacteriophage Viral Vector Titer and Purity.
本研究では、実験計画法を用いて最適化されたデジタルドロップレット PCR 法を開発し、バクテリオファージベクターの純度と力価を従来の生物活性アッセイよりも高精度かつ再現性よく定量・評価できる手法を確立しました。
Structural modeling reveals the mechanism of motor ATPase coordination during type IV pilus retraction
本論文は、アルファフォールド 3 と分子動力学シミュレーション、および細胞学的・遺伝学的アプローチを統合することで、ビブリオ・コレラにおける Type IV 繊毛の強力な収縮を駆動する 2 種類のモーター ATP 酵素（PilT と PilU）の協調メカニズムを解明し、その相互作用が多種多様な細菌で保存されていることを実証したものである。
Synergistic interactions of mobile genetic elements shape the stepwise evolution of multidrug-resistant plasmids
この論文は、インテグロン、IS26、ISCR という 3 つの可動遺伝要素の相乗的な相互作用が、多剤耐性プラスミドの段階的な進化と耐性遺伝子の蓄積を駆動する「3I」フレームワークを提唱し、その予測と監視の精度向上に寄与することを明らかにしています。
Biochar Rewires Root Exudates and the Rhizosphere Microbiome and Its Functionality
本研究は、バイオ炭が小麦の根から放出される二次代謝産物などのシグナル分子を変化させ、それによって植物成長促進根圏細菌（PGPR）を中心とした有益な微生物叢を再構築し、温室効果ガス排出の抑制や栄養循環などの機能向上をもたらすことを、マイクロ流体技術と多オミクス解析を統合して明らかにした。
A Machine Learning Framework for Serogroup Classification of pathogenic species of Leptospira Based on rfb Locus Profiles
本研究は、721 件の病原性レプトスピラゲノムデータと rfb 遺伝子座のプロファイルを用いた機械学習フレームワークを開発し、従来の血清学的検査に代わる高精度な血清群分類を可能にするだけでなく、より高次な分類単位として「血清クラス（seroclass）」の概念を提唱したものである。
Does Infection Progression of Mycobacterium abscessus Depend on Sex, Age, and Mouse strain?
Mycobacterium abscessus の感染進行はマウス系統、性別、年齢に依存せず、特に BALB/cJRJ 系統の 5〜6 週齢の雌が慢性感染モデルとして適していることが示されました。
A set of constitutive promoters with graded strengths for gene expression in diverse cyanobacterial strains
この論文は、モデルおよび非モデルの多様なシアノバクテリア株において、合成 PconII プロモーターの変異体から選抜された強度が段階的に異なる 25 個の直列構成プロモーターのセットを特徴づけ、バイオテクノロジー応用に向けた遺伝子発現制御の重要なリソースを提供したことを報告しています。
ONETest PathoGenome: A Multi-Cohort Evaluation of an Optimized NGS Assay for Detection of Lower Respiratory Pathogens in Bronchoalveolar Lavage
本論文は、気管支肺胞洗浄液における下気道感染症の病原体検出において、従来の培養法や全メタゲノムシーケンシングと比較して、高い感度・特異性を示し、追加的な病原体発見や共感染の検出を可能にする自動ハイブリッドキャプチャメタゲノムアッセイ「ONETest PathoGenome」の有効性を多コホート評価を通じて実証したものである。
Characterisation of vaginal Lactobacillus isolates from South African women towards the development of a biotherapeutic to optimise the vaginal microbiome
南アフリカ人の女性から採取された腟内乳酸菌を評価した本研究は、HIV 感染リスクを低下させる生きた生物学的製剤の開発に向け、特に炎症反応が少なく乳酸産生能力に優れた「Lactobacillus crispatus」が最適な候補であり、かつ地域に特化した製剤の必要性を遺伝子解析から示唆したものである。
Crystal structure of E. coli Nissle 1917 flagellin reveals novel features that modulate bacterial motility but not TLR5 recognition
大腸菌 Nissle 1917 のフラジェリン結晶構造解析により、その特異的な構造領域が免疫認識には関与せず運動性調節に重要である一方、TLR5 認識の喪失は運動性の喪失を伴うが逆は成り立たないという、宿主環境への適応に関する新たな知見が得られました。
DEAD-box RNA helicase DDX3X maintains the homeostasis of the Zika virus translation-replication cycle
本研究は、DEAD-box RNA ヘリカーゼ DDX3X がヒトミクログリア細胞において Zika ウイルスの 5'UTR と結合してタンパク質合成を促進し、一方で NS5 と結合して RNA 合成を阻害するという、翻訳と複製のサイクルを維持する二面性の役割を担っていることを明らかにした。
A host-directed virulence factor of Clostridium perfringens is modulated by gut commensal strains
この論文は、腸内共生菌がアミノ酸や炭素源の競合を通じてクロストリジウム・ペルフリンゲンスの増殖を抑制し、特にバクテロイデス科菌株が宿主指向性の毒性因子であるシータ毒素の発現を調節することを明らかにし、腸内細菌叢の組成を調整することで感染症を予防できる可能性を示したものである。
Personalized microbiotas (counter-)select for antibiotic resistant strains
この研究は、個人の腸内細菌叢が特定の環境下で抗生物質耐性菌に競争優位性を与え、そのメカニズムがグリセロール含有化合物をめぐる栄養競合と遺伝子変異にあることを明らかにし、耐性菌の動態を微生物叢の文脈で理解する新たな道筋を示したものである。
A Live Attenuated Vaccine Candidate against Emerging Highly Pathogenic Cattle-Origin 2.3.4.4b H5N1 Viruses
本研究では、2024 年に米国で牛から検出された高病原性 H5N1 ウイルス（A/Texas/37/2024）の NS1 欠損変異株（LPhTXdNS1）を開発し、マウスを用いた実験でその安全性、免疫原性、および致死量挑战に対する保護効果が確認され、パンデミック対策としての有効なワクチン候補であることを示しました。
Evidence for the acquisition of a proteorhodopsin-like rhodopsin by a chrysophyte-infecting giant virus
本論文は、北太平洋の表層水から単離されたチャイソフイア科原生生物に感染する初の巨大ウイルス「ChrysoHV」を報告し、その特異的な形態、1.19 Mbp のゲノム、そして海洋細菌から水平伝達されたと考えられる光受容体遺伝子（プロテオロドプシンなど）の保有が、捕食性原生生物内での遺伝子交換モデルを支持することを明らかにしたものである。