EnzySeek: Efficient Exploration of Enzyme Reaction Pathways Using AI Agents
본 논문은 대규모 언어 모델과 에이전트 기술을 활용하여 단백질 구조 예측부터 QM/MM 계산까지 효소 촉매 반응 경로를 자동으로 탐색하고, 인간 전문가의 검증을 통해 지속적으로 학습하는 'EnzySeek' 에이전트를 제안합니다.
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biochemistry
388 편의 논문
Serum Bile Acid Dysregulation in Polycystic Ovary Syndrome: Quantitative Insights from Mass Spectrometry-Based Profiling
본 연구는 질량 분석 기반 프로파일링을 통해 다낭성 난소 증후군 (PCOS) 환자에서 담즙산 대사 (합성, 접합, 장내 미생물 변환) 가 조절되며, 이는 내분비 및 대사 기능 장애와 밀접하게 연관되어 있음을 규명했습니다.
Chemical Probing of Diacylglycerol Dynamics at Lipid Droplets
이 논문은 지질 방울 (LD) 내의 다이아실글리세롤 (DAG) 역학을 연구하기 위해 개발된 DONDI-5 라는 형광 프로브를 통해 DAG 가 트리글리세롤로 전환되기 전에도 지질 방울로 운반되어 일시적으로 저장될 수 있음을 규명했습니다.
Nitro Reduction-Based RNA Control and Ultrafast Release
이 논문은 리보스 2'-하이드록실기를 니트로 기능성 카바메이트로 아실화하여 RNA 기능을 선택적으로 억제했다가 THDB-BIPY 환원제 처리를 통해 분 단위로 빠르게 회복시키는, 연구 및 치료용 RNA 의 시공간적 조절을 가능하게 하는 새로운 화학적 스위치 전략을 제시합니다.
The structured hairpin region of the bacterial ESCRT-III protein IM30 orchestrates stress-induced condensate formation
이 연구는 시아노박테리아의 ESCRT-III 계열 단백질인 IM30 이 스트레스 조건에서 임계 농도 이하에서도 액체 - 액체 상분리를 통해 생체 분자 응집체를 형성하여 환경 적응을 매개함을 규명했습니다.
Structural basis of RNA-guided transcription by a dCas12f-σE-RNAP complex
본 연구는 cryo-EM 구조 분석을 통해 dCas12f-σE-RNAP 복합체가 RNA 유도 DNA 결합을 통해 전사를 개시하는 새로운 분자 기작을 규명함으로써, 기존 σ 인자 의존적 프로모터 인식 패러다임을 확장하고 프로그래머블 전사 조절의 새로운 가능성을 제시했습니다.
The deubiquitinating enzyme Otu1 releases substrates from the conserved initiation complex of the Cdc48/p97 ATPase for proteasomal degradation
이 논문은 Otu1(포유류의 Yod1) 이 Cdc48/p97 ATPase 의 관통을 시작하기 전에 기질의 폴리유비퀴틴 사슬을 절단하여 기질이 ATPase 에 갇히는 비효율적인 순환을 막고 프로테아좀으로의 전달 및 분해를 가능하게 한다는 새로운 기작을 규명하고, 이를 통해 진핵생물 전반에 보존된 기질 처리 메커니즘을 제시합니다.
Is Protein Quantification and Physical Normalization Always Necessary in Proteomics?
이 논문은 계산적 정규화 기법을 적용할 경우, 많은 정량적 프로테오믹스 실험에서 시간과 비용을 절감하기 위해 시료별 단백질 정량 및 물리적 정규화 단계를 생략해도 측정 변동성이 허용 가능한 수준으로 유지됨을 보여줍니다.
Metabolomic Profiling of Serum Biomarkers in Women with Polycystic Ovary Syndrome: Insights from an Untargeted Approach
이 연구는 비표적 대사체학 기법을 통해 다낭성 난소 증후군 (PCOS) 여성에서 인슐린 저항성 및 염증과 밀접하게 연관된 41 개의 혈청 대사체 바이오마커를 확인하고, 담즙산 대사 및 지방산 대사 등 주요 대사 경로의 교란을 규명함으로써 PCOS 의 병리기전 이해와 새로운 진단·치료 전략 개발의 가능성을 제시했습니다.
Phytochemical Characterization and In Vitro Antidiabetic Activity of Aruncus dioicus from Vietnam
본 연구는 베트남에서 채취한 아룬쿠스 디오이쿠스 (Aruncus dioicus) 에서 페닐프로파노이드 유래 화합물을 분리·동정하고, p-쿠마르산과 시나믹산 등이 PTP1B 와 글루코시다아제 억제 활성을 통해 강력한 항당뇨 효과를 보임을 규명하여 해당 식물의 의약적 가치를 입증하였습니다.
Interactions between Submicron Carbon Particles, Escherichia coli and Humic acid with Plastic Surfaces
이 연구는 저이온성 조건에서 플라스틱 표면의 친화력보다 입자 자체의 특성이 유기물 부착을 지배하며, 고전적인 물리화학적 모델로는 플라스틱과 유기물 간의 상호작용을 설명하는 데 한계가 있음을 규명했습니다.
A Hidden Binding Pocket in the β- ketoacyl-ACP Synthase FabB
이 연구는 대장균의 지방산 합성 효소인 FabB 와 FabF 의 구조적 차이를 규명하여, FabB 에는 긴 사슬 아실 결합을 위한 대체 결합 주머니가 존재하여 돌연변이에 대한 내성을 부여하고 기능적 다양성을 가능하게 한다는 사실을 발견했습니다.
PRMT1/Hmt1 drives α-synuclein aggregate dissolution through a catalysis-independent pathway
이 연구는 PRMT1/Hmt1 효소가 아르기닌이 없는 알파-시누클레인 응집체를 용해하고 제거하여 신경독성을 감소시키는 새로운 비촉매적 기작을 발견함으로써 파킨슨병 등 단백질 응집 질환의 치료 전략에 새로운 방향을 제시했습니다.
ASCH Domain-Containing Proteins Act as tRNA N4-acetylcytidine Erasers
본 논문은 세균, 고세균 및 인간에 존재하는 ASCH 도메인 함유 단백질들이 tRNA 의 N4-아세틸시티딘 (ac4C) 을 제거하는 보편적인 탈아세틸화 효소 (eraser) 로서 작동함을 규명했습니다.
The structure and catalytic mechanism of new cellular and viral HDV ribozymes
본 논문은 선충과 바이러스에서 발견된 새로운 HDV 리보자임의 결정 구조를 규명하고, 금속 이온의 루이스 산 역할과 시토신 75 의 일반 산 촉매 작용을 통해 기존 리보자임과 구별되는 독특한 촉매 메커니즘을 제시했습니다.
Membrane Proteome Remodeling in Female APP Mice Following Muscarinic Acetylcholine Receptor M1 Modulation Revealed by Peptidisc Enabled DIA-MS.
이 연구는 펩티디스크 기반 DIA-MS 기법을 활용하여 알츠하이머병 APP 마우스에서 M1 무스카린 수용체 조절이 질병 특이적인 막 단백질 네트워크를 선택적으로 재편성함을 규명함으로써, 알츠하이머병의 막 관련 생체표지자 및 치료 표적 평가에 대한 새로운 통찰을 제공했습니다.
A RAD18 SAP domain PIP motif enables PCNA mono-ubiquitination and USP1-BRCA1 synthetic lethality
이 연구는 RAD18 의 SAP 도메인 내 PIP 모티프가 PCNA 단일유비퀴틴화를 매개하여 USP1 억제제와 BRCA1 결손 사이의 합성 치명성을 결정하는 핵심 구조적 인터페이스임을 규명함으로써, USP1 표적 치료의 반응 및 내성 기전을 설명합니다.
Herring roe PLs promote SPM biosynthesis in macrophages and a keratinocyte/fibroblast co-culture as model of psoriasis
본 연구는 청어 알에서 추출한 인지질이 대식세포 및 피부 세포 공배양 모델에서 염증 해소를 촉진하는 특수 프로해결 매개체 (SPM) 의 생합성을 유도하여 건선 염증의 해결 기전을 규명했다고 요약할 수 있습니다.
Synthesis and Assembly of a New-generation Bifunctional Lipid Nanoparticle for Selective Delivery of mRNA to Antigen Presenting Cells
이 논문은 항원제시세포의 CD1d 수용체와 만노스 수용체를 동시에 표적하는 새로운 이기능성 지질 나노입자 (mRNA-BLNP3) 를 개발하여 기존 formulations 보다 간 축적을 줄이고 림프관 표적 효율을 높이며 항원 특이적 체액성 및 세포성 면역 반응을 강화한 mRNA 백신 전달 시스템의 우수성을 입증했습니다.
A druggable redox switch on SHP1 controls macrophage inflammation
이 연구는 심층 산화환원 프로테오믹스를 통해 면역 단백질의 산화환원 조절 시스테인 788 개를 규명하고, 대식세포의 염증 반응을 조절하는 SHP1 의 시스테인 102 를 표적으로 하는 고선택성 공유결합 작용제 SCA 를 개발하여 염증성 사이토카인 생성을 억제하는 새로운 치료 전략을 제시했습니다.