Identification and characterization of bacterial repeat-in-toxin adhesins using long-read genome analysis
이 연구는 긴 읽기 시퀀싱 기술과 구조 모델링을 활용하여 7 가지 병원성 그람 음성균의 RTX 접착제를 정확하게 식별하고 특성화함으로써 항생제 내성 시대에 세균의 숙주 부착을 차단하는 새로운 치료 전략의 기반을 마련했습니다.
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biochemistry
388 편의 논문
Fine-tuning STEAP1 protein expression and purification to preserve its conformation and function
이 논문은 전립선암 치료 표적인 STEAP1 단백질의 기능적 삼량체 형태를 보존하고 헴 및 FAD 보조인자의 결합을 최적화하기 위해 발현 및 정제 조건을 개선하고, 안정적 발현 시스템이 단백질 품질 향상에 효과적임을 규명했습니다.
In vivo deuteration reveals pronounced variation in myelin lipid turnover rates and reduced myelin renewal with ageing
이 연구는 중수소 표지법과 고해상도 지질체학을 결합하여 뇌 수초의 지질 교체율이 지질 종류와 뇌 부위에 따라 크게 달라지며, ApoE 의존적 교통 메커니즘을 통해 이루어지고 노화와 함께 현저히 감소함을 규명했습니다.
pH-dependent allosteric remodeling of a bacterial riboswitch couples alkaline activation to metal sensing
본 연구는 단일 분자 FRET 및 분자 동역학 시뮬레이션을 통해 pH 가 yybP-ykoY 리보스위치의 구조적 역학을 조절하여 Mn2+ 결합을 촉진하고, 이를 통해 세균이 알칼리성 스트레스 하에서 금속 이온과 양성자 신호를 통합하여 유전자 발현을 조절하는 알로스테릭 메커니즘을 규명했습니다.
Non-enzymatic assimilation of organosulfur compounds at the interface of geochemistry and biochemistry
이 논문은 효소적 환원 없이 빛과 열과 같은 지구화학적 요인이 생성한 반응성 산소 종을 매개로 DMS 및 DMSO 가 산화되어 미생물 생장을 유지할 수 있음을 보여주며, 대사 경로가 반드시 효소에 의존하지 않을 수 있고 지구화학과 생화학의 전환기에 고대적 비효소적 반응 네트워크가 존재할 수 있음을 시사합니다.
Interkingdom glycine conjugates of indole-3-carboxylates are Ah receptor ligands
이 논문은 미생물과 숙주에 의한 글리신 접합을 통해 생성된 인돌 -3- 카르복실레이트 대사산물이 인간에서 아릴 탄화수소 수용체 (AHR) 의 활성제 역할을 하며, 식물, 미생물, 인간 간의 진화적으로 보존된 화학적 상호작용을 규명했다고 요약할 수 있습니다.
Age-related Delays in Osteochondral Remodeling of Fracture Healing Illustrated by Mass Spectrometry Imaging
이 연구는 질량분석 이미징 기술을 활용하여 노화된 쥐의 골절 부위에서 연골 특이적 콜라겐이 우세하고 골 특이적 콜라겐이 감소하는 등 세포외기질 재형성이 지연되어 골절 치유가 늦어지는 분자적 기전을 공간적 프로테오믹스 관점에서 규명했습니다.
Two Distinct Binding Modes Govern High-Affinity Ligand Interactions with Amyloid Fibrils
이 논문은 아밀로이드 섬유에 대한 고친화성 리간드 결합이 두 가지 위상적으로 구별되는 결합 모드를 통해 이루어진다는 것을 규명하고, 이를 기반으로 한 새로운 리간드 설계 원리를 제시하여 신경퇴행성 질환의 표적 치료 및 바이오마커 개발에 기여합니다.
Multi-Omic Analyses of Dietary Fatty Acid-Microbe-Host Interactions Reveal Metaorganismal Lipid Metabolic Crosstalk Impacting Cardiometabolic Disease
이 연구는 다중 오믹 분석을 통해 장내 미생물군이 식이 지방산과 숙주 간의 상호작용을 매개하여 지질 대사 및 심대사 질환에 미치는 영향을 규명했습니다.
Decoding the Mechanism of Action of a Parasite TGFβAntagonist Inspires the Creation of Cell-type-specific TGFβ Modulators
기생충 Heligmosomoides polygyrus 가 분비하는 TGFβ 길항제 TGM6 의 작용 기전을 규명하여 LRP1 과 베타글리칸의 역할을 확인하고, 이를 기반으로 특정 세포 유형에서만 TGFβ 신호를 조절할 수 있는 합성 모방체 및 나노바디 기반의 프로그래밍 가능한 치료제를 개발했습니다.
Structural modification of oxazolidinone antibiotics alters nascent peptide stalling preference and peptide trajectory through the ribosome
본 연구는 옥사졸리디논 계열 항생제인 테디졸리드와 델파졸리드가 구조적 변형을 통해 리보솜 내 신생 펩타이드의 스탈링 선호도와 펩타이드 궤적을 변화시킨다는 것을 규명했습니다.
Absence of 8-HDF and MTHF Antenna Chromophore Binding in ErCRY4a Suggests a Possible Flavin-Only Cofactor State: Insights from Biochemical and Computational Analyses
본 연구는 생화학적 및 계산 분석을 통해 유럽 로빈의 크립토크롬 4a(ErCRY4a) 가 안테나 색소인 8-HDF 와 MTHF 와 결합하지 않으며 오직 FAD 만을 보조인자로 가짐을 규명하여, 이 단백질이 광분해효소와 구별되는 기능적 특성을 가질 가능성을 제시했습니다.
AlphaFast: High-throughput AlphaFold 3 via GPU-accelerated MSA construction
AlphaFast 는 GPU 가속 MMseqs2 를 도입하여 AlphaFold 3 의 MSA 생성 병목 현상을 해결함으로써 구조 정확도를 유지하면서 처리 속도를 획기적으로 향상시킨 프레임워크입니다.
Breaking β-sheets in FUS prion-like domain preserves phase separation and function but prevents aggregation and toxicity
이 연구는 FUS 단백질의 프라온 유사 도메인 내 베타-시트 구조를 프롤린 잔기 삽입으로 파괴함으로써 병리적 응집과 신경 독성을 방지하면서도 정상적인 상분리 및 생물학적 기능은 유지할 수 있음을 보여줌으로써, 베타-시트 구조 조절이 FUS 관련 신경퇴행성 질환의 치료 전략이 될 수 있음을 제시합니다.
Reconstitution of Ras-PI3Kγ membrane communication and feedback using light-induced signaling inputs
이 연구는 광유도 신호 입력을 활용하여 지지막 위에서 Ras GTPase 와 PI3Kγ 간의 피드백 메커니즘을 재구성함으로써, 전역 억제제 존재 하에서 국소적 증폭과 활동 파동 전파를 유도하는 데 확산 계수와 피드백 구조가 핵심 역할을 함을 규명했습니다.
Unique pore architecture underlies constitutive gating of human retinalTRPM1
이 논문은 인간 망막 TRPM1 채널의 첫 번째 cryo-전자현미경 구조를 규명하여, 기존 6-TM 4 중체 채널과 반대되는 도메인 스와핑 구조와 확장된 게이트가 constitutive gating(구성적 개폐) 을 가능하게 하는 메커니즘을 밝혔습니다.
Engineering a cytochrome P450 O-demethylase for the bioconversion of hardwood lignin
이 연구는 목재 리그닌 유래 화합물의 O-디메틸화를 촉매하는 사이토크롬 P450 효소 (AgcA) 의 구조를 규명하고 이를 공학적으로 개량하여 4-알킬구아이아콜과 4-알킬시링골 모두를 효율적으로 전환할 수 있도록 함으로써 리그닌의 생물학적 가치화 (biocatalytic valorization) 를 촉진했습니다.
A sequence-encoded promoter proximal super pause stabilizes an offline RNA polymerase II state
이 논문은 GATO-seq 기술과 cryo-EM 분석을 통해 RNA 중합효소 II 가 특정 서열에 의해 유도된 '초정지 (super pause)' 상태에서 역행 (backtracking) 이 억제된 독특한 '사이드트랙 (sidetracked)' 상태로 고정되는 메커니즘을 규명함으로써, 염기서열이 전사 정지 조절에 직접적으로 관여함을 입증했습니다.
A Structural Code for Assembly Specificity in GID/CTLH-Type E3 Ligases
이 연구는 GID/CTLH 형 E3 리가제의 고도로 특이적인 서브유닛 배열을 결정하는 분자적 규칙을 해독하고, 이를 통해 비자연적 상호작용 파트너를 갖도록 설계된 서브유닛을 재프로그래밍할 수 있음을 보여주었습니다.
Chemiluminescent probes allow for the rapid identification of colibactin-producing bacteria
이 연구는 대장암 발생과 관련된 콜리박틴 생성 세균을 신속하고 민감하게 식별하기 위해 클로P 효소에 선택적으로 반응하는 화학발광 프로브를 개발하고 이를 복잡한 대변 시료에서도 직접 검출할 수 있음을 입증했습니다.